genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82902919--82903028	31	3.5	31	91	0	175	26	24	19	30	1.98
82903052--82903143	42	2.2	42	86	0	121	35	19	13	31	1.90
82903276--82903385	26	4.3	26	91	4	165	27	23	20	29	1.99
82903276--82903385	51	2.2	49	88	8	159	27	23	20	29	1.99
82903435--82903521	20	4.3	20	89	2	131	32	18	9	40	1.82
82903450--82903522	11	7.2	11	67	16	50	34	17	8	39	1.80
82904228--82904311	27	3.1	27	94	0	141	17	28	22	30	1.97
82904349--82904709	27	13.3	27	77	6	230	32	9	20	38	1.84
82904349--82904682	54	6.2	53	78	8	262	31	9	20	39	1.84
82904659--82904790	27	4.9	27	83	0	147	40	6	22	30	1.80
82904660--82904790	54	2.4	54	83	0	163	40	6	22	29	1.80
82910426--82910584	27	5.9	27	80	11	175	35	22	23	18	1.96
82910444--82910587	54	2.7	54	91	2	236	35	23	23	17	1.95
82912181--82912288	26	4.2	26	92	0	180	36	25	5	32	1.79
82912886--82912920	18	1.9	18	88	0	52	40	11	25	22	1.88
82912904--82913010	45	2.4	45	85	3	153	42	18	17	21	1.90
82912990--82913016	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
82914090--82914125	5	7.2	5	100	0	72	61	0	0	38	0.96
82914117--82914168	24	2.0	27	82	10	65	57	3	0	38	1.17
82918187--82918224	19	2.0	20	89	5	60	63	2	13	21	1.42
82920301--82920335	13	2.7	13	95	0	61	8	11	37	42	1.72
82921225--82921374	43	3.5	42	90	5	223	32	16	18	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82925035--82925117	41	2.0	41	100	0	166	39	9	9	40	1.71
82927249--82927398	43	3.5	43	88	1	221	34	14	17	33	1.90
82930932--82930962	16	1.9	16	100	0	62	51	25	9	12	1.70
82940376--82940454	35	2.3	35	93	0	131	51	8	2	36	1.47
82946496--82946524	7	4.1	7	100	0	58	0	41	31	27	1.56
82946676--82946735	10	6.0	10	75	14	61	35	1	0	63	1.05
82946679--82946736	11	5.6	11	74	15	61	32	1	0	65	1.03
82946704--82946750	19	2.5	18	83	10	58	29	0	0	70	0.88
82948052--82948086	16	2.2	16	89	0	52	31	0	2	65	1.07
82948370--82948422	26	2.1	25	85	3	70	71	13	0	15	1.14
82954554--82954638	42	2.0	42	97	0	161	41	22	10	25	1.86
82956291--82956381	44	2.1	44	91	0	146	46	13	13	27	1.80
82958208--82958248	21	2.0	21	90	0	64	53	9	4	31	1.55
82960180--82960205	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
82970390--82970616	93	2.4	93	93	0	382	21	19	29	29	1.98
82970390--82970604	46	4.6	47	74	16	198	21	19	29	29	1.98
82972972--82973033	16	4.1	15	75	17	58	70	0	9	19	1.14
82973755--82973803	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
82978948--82978986	20	1.9	20	84	5	51	33	2	0	64	1.08
82979346--82979410	24	2.7	23	79	11	69	33	0	6	60	1.22
82979442--82979476	16	2.2	16	95	5	63	42	5	0	51	1.25
82980364--82980394	16	2.0	16	93	6	55	58	6	6	29	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82982446--82982488	22	2.0	22	81	9	52	30	4	2	62	1.28
82982809--82982852	11	3.6	11	78	21	52	63	0	2	34	1.07
82982809--82982862	26	2.1	26	86	6	74	62	1	3	31	1.23
82988380--82988486	45	2.4	44	85	4	135	31	17	19	30	1.95
82991396--82991550	43	3.6	42	79	15	158	25	19	23	30	1.98
82998341--82998365	9	2.8	9	100	0	50	64	0	12	24	1.27
82998849--82999007	43	3.7	44	78	12	177	23	18	27	30	1.98
83009078--83009377	39	8.0	39	84	8	397	24	28	25	22	1.99
83009306--83009363	28	2.1	28	100	0	116	22	27	24	25	2.00
83011591--83011620	16	1.9	15	93	6	51	26	0	0	73	0.84
83013011--83013042	15	2.0	17	88	11	50	62	6	3	28	1.34
83013480--83013540	9	6.6	9	74	20	54	40	0	3	55	1.16
83013488--83013570	18	4.5	19	73	13	57	36	1	3	59	1.23
83013488--83013553	29	2.4	28	82	5	80	39	0	3	57	1.14
83014095--83014145	20	2.6	20	87	3	68	62	0	0	37	0.95
83015146--83015191	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
83015153--83015197	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
83020083--83020170	26	3.4	26	93	0	140	26	40	14	18	1.89
83020064--83020170	26	4.0	26	88	2	133	26	41	14	17	1.89
83021465--83021582	43	2.8	42	77	1	119	23	20	25	30	1.98
83023995--83024061	27	2.5	27	90	4	100	34	31	16	17	1.93
83024147--83024240	45	2.1	45	82	4	109	32	22	18	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83024171--83024280	15	7.3	15	80	0	94	30	23	20	26	1.98
83029059--83029085	9	3.0	9	100	0	54	11	0	33	55	1.35
83029073--83029151	42	1.9	42	92	2	133	25	1	27	45	1.61
83029205--83029311	34	3.1	34	81	4	117	45	0	13	41	1.43
83029370--83029764	126	3.2	126	88	2	573	36	16	16	29	1.91
83032818--83032873	24	2.4	22	80	16	67	51	5	0	42	1.24
83033300--83033334	18	1.9	18	94	0	61	42	0	25	31	1.55
83035093--83035157	30	2.2	30	91	0	103	38	3	30	27	1.72
83036976--83037026	13	3.9	13	89	0	84	35	25	7	31	1.85
83036963--83037018	26	2.2	26	80	6	60	33	23	5	37	1.78
83037450--83037561	36	3.2	34	72	22	90	37	0	1	60	1.07
83043424--83043878	150	3.0	150	92	0	734	34	12	22	30	1.91
83056507--83056573	30	2.2	30	89	0	98	13	22	37	26	1.91
83059712--83060132	27	15.7	27	78	7	176	38	20	8	32	1.82
83059873--83060104	80	2.9	79	88	1	329	41	20	7	29	1.80
83059873--83060104	53	4.3	52	81	5	232	41	20	7	29	1.80
83059873--83060132	107	2.4	107	79	5	267	41	20	7	29	1.80
83059873--83060132	80	3.2	79	85	5	310	41	20	7	29	1.80
83060087--83060194	27	3.9	27	73	13	76	41	18	8	31	1.80
83060235--83060312	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
83060625--83060665	20	2.0	20	90	9	66	21	17	34	26	1.95
83060902--83060928	14	1.9	14	100	0	54	44	25	7	22	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83061098--83061245	52	2.9	51	89	2	226	26	23	22	27	1.99
83061098--83061245	25	5.8	26	87	2	203	26	23	22	27	1.99
83061390--83061481	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
83061505--83061581	31	2.5	31	93	0	136	29	18	24	27	1.98
83065376--83065415	21	1.9	21	100	0	80	40	27	5	27	1.77
83070955--83071029	38	2.0	38	89	0	114	21	21	26	30	1.98
83071006--83071224	43	5.1	43	93	2	345	12	22	33	31	1.92
83071554--83071661	45	2.5	42	83	8	119	24	22	25	27	2.00
83074431--83074474	14	3.1	14	76	0	52	20	45	0	34	1.51
83075275--83075314	20	2.0	21	85	14	57	27	5	15	52	1.63
83076949--83077132	40	4.6	41	81	11	197	25	22	27	25	2.00
83076949--83077132	79	2.3	80	83	6	214	25	22	27	25	2.00
83077002--83077165	79	2.1	78	82	5	197	26	20	27	25	1.99
83079127--83079152	12	2.2	12	100	0	52	34	7	19	38	1.80
83084867--83085051	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
83084868--83085051	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
83084920--83085084	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
83093895--83093919	12	2.1	12	100	0	50	24	24	16	36	1.94
83095577--83095694	46	2.5	46	83	8	141	23	29	18	27	1.98
83095618--83095743	46	2.8	43	83	7	144	24	27	18	29	1.98
83102133--83102203	19	3.9	19	76	14	87	38	4	5	52	1.45
83103832--83103939	26	4.2	26	92	0	180	32	6	24	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83117033--83117063	15	2.1	15	93	0	53	29	0	0	70	0.87
83124476--83124624	42	3.5	42	83	3	183	30	16	23	29	1.96
83125282--83125353	33	2.2	33	80	12	76	8	4	38	48	1.53
83137638--83137662	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
83137757--83137886	66	2.0	66	84	3	172	29	13	10	46	1.76
83137667--83137965	155	1.9	154	80	13	344	28	13	11	46	1.77
83138085--83138579	85	5.8	85	87	3	579	32	11	11	44	1.76
83138296--83138320	5	5.0	5	100	0	50	20	0	20	60	1.37
83137825--83138579	84	8.9	84	82	6	577	32	11	11	44	1.78
83138158--83138647	253	1.9	253	83	4	641	32	11	11	45	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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