genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67113511--67113596	35	2.5	35	80	3	93	41	33	1	23	1.62
67113788--67113862	21	3.5	21	75	12	73	49	24	2	24	1.63
67113944--67114123	41	4.4	41	86	0	252	21	22	13	41	1.89
67113940--67114123	82	2.2	82	95	0	332	21	23	13	41	1.89
67113891--67114121	123	1.9	123	83	3	304	23	22	14	39	1.91
67114523--67114613	7	13.0	7	77	0	74	43	32	2	20	1.64
67114539--67114625	35	2.5	35	83	3	95	45	29	1	22	1.60
67114554--67114625	21	3.5	19	76	14	63	48	26	0	25	1.51
67114923--67115155	41	5.7	41	79	1	234	24	24	13	37	1.92
67114972--67115155	82	2.2	82	92	0	305	22	25	13	39	1.90
67117919--67117971	18	2.9	17	78	10	52	56	11	16	15	1.67
67117938--67118019	6	13.3	6	70	14	60	47	12	19	20	1.81
67117955--67118044	25	3.6	25	87	0	117	47	11	18	22	1.80
67118165--67118230	27	2.5	26	82	7	78	39	21	19	19	1.93
67118189--67118245	27	2.1	27	83	6	71	38	24	21	15	1.92
67118339--67118391	22	2.4	23	84	9	74	32	18	26	22	1.97
67118910--67119049	27	5.2	27	90	0	190	29	22	14	34	1.93
67119045--67119119	27	2.8	27	79	0	78	30	8	26	34	1.85
67123886--67123925	21	1.9	21	85	10	55	10	7	27	55	1.60
67125159--67125369	27	7.8	27	77	8	153	40	17	9	33	1.81
67125162--67125396	54	4.3	54	82	3	215	41	17	8	32	1.80
67125160--67125344	82	2.3	81	82	6	223	40	18	8	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67125160--67125370	82	2.6	81	75	14	218	40	17	9	33	1.81
67125296--67125396	27	3.7	26	85	5	130	41	15	11	30	1.84
67125296--67125410	27	4.3	26	83	6	124	41	14	13	30	1.84
67125796--67125898	27	3.8	27	75	0	89	20	18	18	42	1.89
67126180--67126235	27	2.1	27	83	6	69	23	16	23	37	1.93
67129431--67129503	26	2.8	26	89	0	83	27	20	24	27	1.99
67129553--67129595	20	2.2	20	95	0	77	32	20	11	34	1.89
67129590--67129628	20	2.0	21	85	10	55	33	20	10	35	1.86
67129561--67129626	29	2.3	29	86	5	98	34	21	9	34	1.85
67137548--67137620	26	2.8	26	95	0	128	24	21	27	26	2.00
67137670--67137719	25	2.0	25	100	0	100	36	20	8	36	1.82
67137683--67137741	20	3.0	21	90	9	97	35	20	8	35	1.83
67137692--67137730	11	3.7	11	80	13	55	33	20	10	35	1.86
67137670--67137734	25	2.6	25	90	4	87	35	20	9	35	1.84
67137678--67137739	9	6.3	10	78	14	67	37	20	6	35	1.79
67137682--67137747	9	6.8	10	75	16	59	36	19	7	36	1.81
67141236--67141271	16	2.2	17	90	5	56	52	25	5	16	1.65
67142759--67142873	29	4.0	28	85	2	140	27	13	29	28	1.95
67142772--67142882	57	1.9	58	88	1	170	27	15	29	27	1.96
67149180--67149368	55	3.5	53	81	5	218	20	24	17	36	1.95
67149169--67149376	53	3.9	54	81	4	231	21	25	16	36	1.94
67149355--67149476	47	2.6	47	96	0	217	25	24	13	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67149571--67149654	44	1.9	44	85	4	116	26	25	11	36	1.90
67150194--67150251	30	1.9	31	89	3	91	31	24	8	36	1.85
67153271--67153445	46	3.8	45	79	11	212	21	21	29	28	1.98
67153267--67153437	92	1.8	93	94	1	308	21	21	29	27	1.98
67156361--67156416	28	2.0	27	89	3	85	10	17	14	57	1.65
67158792--67158964	46	3.7	46	78	4	195	23	20	28	27	1.99
67161340--67161377	8	4.8	8	90	0	58	42	26	23	7	1.81
67161336--67161377	16	2.6	16	85	14	68	47	23	21	7	1.75
67161617--67161703	29	3.0	29	88	5	124	28	13	28	28	1.95
67169796--67170236	47	9.3	47	95	2	756	32	8	29	29	1.87
67169796--67170236	96	4.6	96	94	3	759	32	8	29	29	1.87
67170355--67170433	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
67171808--67172074	47	5.7	46	76	15	221	29	20	28	21	1.98
67171812--67172069	140	1.8	141	89	2	403	29	20	28	21	1.98
67176673--67176733	18	3.4	18	80	8	79	18	31	31	19	1.96
67176677--67176747	36	2.0	36	94	0	124	19	33	26	19	1.96
67176684--67176748	18	3.6	18	82	0	85	20	38	23	18	1.93
67178368--67178487	44	2.8	42	86	7	152	35	30	12	21	1.91
67183603--67183905	46	6.4	47	71	14	155	21	29	20	29	1.98
67183640--67183908	94	2.9	91	76	14	273	21	28	20	28	1.98
67191028--67191177	42	3.5	43	78	5	137	24	25	18	32	1.97
67196066--67196130	30	2.2	30	94	2	114	30	29	0	40	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67196305--67196405	21	4.8	21	79	3	87	37	22	20	18	1.94
67196305--67196408	42	2.4	41	79	4	109	37	22	21	19	1.94
67197272--67197305	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
67197726--67197754	14	2.0	15	93	6	51	3	20	6	68	1.27
67200707--67200793	43	2.0	43	86	8	124	49	2	24	24	1.62
67208430--67208502	38	1.9	38	100	0	146	32	23	13	30	1.93
67215518--67215711	47	4.1	47	87	0	271	33	10	29	26	1.89
67215681--67215867	48	3.8	48	84	8	268	35	6	26	31	1.83
67216013--67216121	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
67219617--67219644	13	2.2	13	100	0	56	35	7	14	42	1.73
67219974--67220010	19	2.0	18	89	5	56	24	16	37	21	1.93
67226249--67226280	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
67229901--67229925	13	1.9	13	100	0	50	0	32	28	40	1.57
67235685--67235739	29	1.9	28	88	3	83	32	27	18	21	1.96
67238809--67238861	25	2.1	25	100	0	106	39	9	15	35	1.79
67244145--67244316	46	3.7	46	77	13	199	20	18	29	30	1.97
67244138--67244309	93	1.8	93	93	0	299	21	19	29	29	1.98
67246163--67246219	29	2.0	28	93	3	96	31	26	21	21	1.98
67249999--67250067	34	2.0	34	100	0	138	34	8	14	42	1.77
67252026--67252051	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
67254472--67254649	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
67254472--67254649	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67254493--67254648	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
67262372--67262549	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
67262372--67262549	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
67262393--67262548	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
67265649--67265762	52	2.2	52	85	0	147	25	29	21	23	1.99
67265663--67265763	52	1.9	52	87	0	148	26	28	20	23	1.99
67279866--67279903	20	1.9	20	89	10	60	52	7	5	34	1.53
67283453--67283627	46	3.8	46	76	13	187	28	29	20	21	1.98
67283460--67283631	93	1.8	93	92	0	290	27	29	20	22	1.98
67292251--67292304	25	2.0	28	82	10	69	33	3	20	42	1.70
67292393--67292708	48	6.6	49	72	7	211	31	18	26	23	1.98
67292393--67292621	96	2.4	96	81	6	252	32	18	24	24	1.97
67298437--67298527	45	2.0	45	97	0	173	34	8	24	32	1.86
67300096--67300200	48	2.2	48	89	3	158	33	21	24	20	1.97
67303676--67303713	20	1.9	20	88	0	58	55	7	2	34	1.43
67306493--67306602	43	2.6	42	81	5	132	26	24	19	30	1.98
67306528--67306689	42	3.8	42	77	4	146	28	25	17	29	1.97
67310068--67310170	43	2.4	43	91	0	161	49	2	23	24	1.64
67323111--67323144	16	2.1	17	88	5	52	85	2	8	2	0.80
67336765--67336859	24	3.9	24	84	2	118	26	23	18	31	1.98
67342722--67343070	47	7.3	47	93	1	536	28	27	8	35	1.85
67346929--67347554	40	15.6	40	93	0	1045	25	29	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67349005--67349556	47	11.6	47	91	2	847	29	28	7	33	1.86
67349005--67349556	143	3.9	141	92	1	863	29	28	7	33	1.86
67354113--67354175	20	3.1	21	77	4	58	15	25	17	41	1.89
67359234--67359283	26	1.9	26	84	8	66	46	0	0	54	1.00
67359813--67359866	3	18.0	3	92	0	90	0	62	0	37	0.95
67362031--67362068	15	2.6	15	83	4	51	50	2	7	39	1.46
67369076--67369407	47	7.1	47	92	3	517	32	9	29	28	1.88
67369076--67369407	93	3.5	93	92	2	506	32	9	29	28	1.88
67369076--67369407	142	2.4	141	91	1	524	32	9	29	28	1.88
67369526--67369604	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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