genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21106456--21106537	43	1.9	43	97	0	155	26	26	15	30	1.96
21106573--21106941	176	2.1	176	90	1	571	25	20	19	33	1.96
21106860--21107030	93	1.8	93	82	5	220	26	18	22	32	1.97
21115702--21116135	46	9.6	45	86	4	568	22	23	13	40	1.89
21115702--21116137	90	4.8	91	87	1	599	22	23	13	40	1.89
21115702--21116133	136	3.2	135	85	3	573	22	23	13	40	1.89
21115686--21116137	182	2.5	181	88	2	624	22	23	13	39	1.90
21121691--21121768	34	2.3	34	75	14	79	60	1	6	32	1.30
21122493--21122518	13	2.0	13	100	0	52	53	7	15	23	1.67
21124250--21124302	21	2.5	21	87	0	79	33	35	5	24	1.79
21126495--21126664	87	2.0	87	96	0	313	31	22	4	41	1.75
21132199--21132237	16	2.4	16	91	0	60	15	2	0	82	0.79
21133898--21133949	27	2.0	27	88	3	79	59	3	1	34	1.27
21143229--21143264	18	2.0	18	88	0	54	33	0	2	63	1.08
21151236--21151277	20	2.1	20	100	0	84	40	14	30	14	1.85
21167008--21167184	50	3.5	50	92	0	282	34	15	23	25	1.95
21167160--21167277	31	3.8	31	91	0	191	28	18	26	26	1.98
21170284--21171025	254	2.9	253	85	3	972	26	25	25	22	2.00
21170274--21171046	255	3.0	252	84	4	980	25	25	25	23	2.00
21171848--21171951	42	2.5	42	82	3	129	38	18	25	17	1.92
21172116--21172183	21	3.2	21	66	4	57	45	20	22	11	1.83
21172114--21172209	42	2.3	42	83	8	133	43	20	20	14	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21172131--21172209	21	3.8	21	68	0	68	41	20	22	15	1.89
21171861--21172357	247	2.0	247	97	0	940	35	19	18	26	1.95
21176779--21176833	26	2.2	25	90	3	83	36	0	18	45	1.49
21177141--21177244	45	2.3	45	84	0	145	20	18	19	42	1.90
21177411--21177613	72	2.8	72	80	6	198	34	11	16	37	1.85
21177411--21177693	18	15.3	18	73	11	169	34	12	16	36	1.87
21182580--21182678	3	33.0	3	74	8	67	28	7	3	61	1.37
21182644--21182677	17	2.0	17	94	0	59	29	2	0	67	1.05
21195017--21195215	43	4.6	43	71	13	138	37	21	23	18	1.94
21195051--21195166	45	2.6	44	82	5	137	37	25	18	18	1.94
21195094--21195301	87	2.4	89	78	8	228	36	21	21	21	1.96
21195311--21195445	69	2.0	69	85	1	182	28	21	20	28	1.98
21195457--21195902	44	9.8	44	71	11	263	32	18	22	26	1.97
21195463--21195910	182	2.4	185	85	5	586	31	18	22	27	1.97
21195695--21195912	45	4.7	45	73	9	161	30	17	24	27	1.97
21195734--21195910	97	1.8	97	87	0	264	31	18	23	27	1.97
21197172--21197259	3	30.0	3	77	4	81	28	5	3	62	1.34
21198591--21198643	26	2.0	26	88	0	79	47	5	9	37	1.60
21199234--21199264	15	2.1	15	93	0	53	32	12	9	45	1.75
21202855--21202980	24	5.3	24	77	10	100	26	18	17	38	1.92
21213478--21213534	20	2.9	21	86	5	75	24	28	10	36	1.88
21213621--21213661	21	2.0	21	95	0	73	24	17	29	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21214982--21215022	21	2.0	21	90	0	64	26	29	19	24	1.98
21215065--21215125	30	2.0	31	84	9	81	19	9	21	49	1.77
21215116--21215164	20	2.5	20	93	0	80	38	12	24	24	1.90
21217516--21217573	29	2.0	30	82	3	73	37	6	12	43	1.69
21221109--21221167	31	1.9	31	86	6	84	42	11	6	38	1.68
21222807--21222834	6	4.7	6	100	0	56	17	0	32	50	1.47
21222807--21222846	18	2.2	18	86	0	53	20	5	30	45	1.72
21230061--21230128	34	2.0	34	97	0	127	45	14	13	26	1.82
21234088--21234145	25	2.4	24	88	5	82	62	0	1	36	1.06
21234090--21234155	25	2.5	26	73	14	64	65	0	1	33	1.02
21234487--21234540	23	2.3	24	80	3	65	70	0	0	29	0.88
21238850--21238914	28	2.3	27	76	7	67	63	0	7	29	1.22
21240088--21240120	16	2.1	16	100	0	66	18	12	24	45	1.83
21241871--21241968	33	2.9	33	84	7	108	36	22	10	30	1.87
21242183--21242379	41	4.8	41	90	5	299	27	22	21	28	1.99
21249547--21249644	33	2.9	33	84	7	108	36	22	10	30	1.87
21252886--21253345	229	2.0	229	97	0	875	33	16	18	30	1.94
21257137--21257243	45	2.4	45	84	3	126	42	16	17	23	1.89
21258621--21258675	20	2.7	20	81	16	67	56	1	1	40	1.21
21258625--21258736	39	3.0	38	75	16	108	57	2	0	39	1.19
21258667--21258749	39	2.0	39	81	9	94	59	3	0	37	1.15
21271546--21271593	25	1.9	25	87	8	71	58	8	4	29	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21277796--21277829	18	1.9	17	88	5	50	26	2	11	58	1.47
21278013--21278043	16	1.9	16	93	0	53	12	9	22	54	1.67
21277968--21278355	62	6.2	64	92	0	491	24	13	14	47	1.80
21280299--21280477	44	4.2	43	87	4	249	27	8	20	43	1.80
21281144--21281189	21	2.2	21	84	0	56	36	30	21	10	1.88
21281618--21281729	56	2.0	56	89	3	172	31	19	9	39	1.84
21281786--21281844	30	2.0	30	83	6	77	49	20	5	25	1.69
21282289--21282337	3	16.7	3	79	12	57	0	34	2	63	1.06
21289513--21289578	27	2.4	27	92	0	105	43	33	3	19	1.66
21290567--21290614	14	3.5	13	86	11	60	18	4	2	75	1.07
21290567--21290651	28	3.0	28	74	10	73	28	5	1	64	1.24
21291059--21291104	14	3.3	14	80	16	51	45	4	0	50	1.21
21291068--21291104	15	2.5	15	87	12	51	45	5	0	48	1.25
21302626--21302656	16	1.9	16	100	0	62	6	29	0	64	1.18
21310547--21310611	30	2.2	30	83	5	78	44	4	15	35	1.67
21310806--21310854	17	2.6	19	75	21	50	61	0	4	34	1.15
21321437--21321496	21	2.8	21	78	14	59	18	28	23	30	1.98
21323576--21323692	61	1.9	61	85	0	162	41	3	17	36	1.67
21324246--21324283	19	2.0	19	89	0	58	65	5	2	26	1.27
21325220--21325276	30	1.9	29	82	10	71	35	1	7	56	1.37
21327336--21327397	10	6.1	10	73	17	56	64	1	0	33	1.03
21327348--21327378	7	4.3	7	92	8	53	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21327337--21327388	17	3.2	16	76	17	54	65	1	0	32	1.04
21337665--21337823	44	3.6	44	79	7	146	24	20	22	32	1.98
21339649--21339839	43	4.4	44	80	10	198	27	16	26	28	1.97
21348727--21348867	66	2.1	66	84	3	194	43	0	14	41	1.50
21348728--21348849	33	3.7	34	86	5	178	41	0	16	40	1.54
21348941--21349210	125	2.2	126	87	2	375	37	15	16	31	1.90
21362227--21362271	19	2.5	18	82	7	56	53	6	4	35	1.47
21363451--21363626	47	3.7	47	85	3	237	32	30	15	21	1.94
21364666--21364714	26	1.9	25	83	4	62	40	16	12	30	1.85
21367041--21367117	24	3.2	24	74	9	77	45	7	6	40	1.59
21367192--21367216	9	2.8	9	100	0	50	56	0	0	44	0.99
21367856--21367931	20	3.8	20	69	27	63	59	2	3	34	1.30
21372053--21372086	17	1.9	18	88	5	52	44	0	2	52	1.16
21377631--21377660	15	2.0	15	93	0	51	16	66	16	0	1.25
21378808--21378863	29	1.9	29	100	0	112	35	17	17	28	1.93
21381894--21381929	18	1.9	19	88	5	56	27	27	25	19	1.99
21384377--21384401	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
21384553--21384604	17	3.1	17	86	5	70	55	1	1	40	1.22
21389408--21389444	18	1.9	18	89	10	56	72	0	2	24	0.97
21389490--21389537	21	2.3	20	80	13	53	58	4	4	33	1.36
21390811--21390878	27	2.5	27	82	0	73	26	36	8	27	1.86
21400847--21401113	125	2.1	126	86	2	360	31	16	14	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21401216--21401337	33	3.7	33	90	3	185	40	13	0	45	1.49
21401201--21401337	33	4.2	33	84	7	165	42	13	1	43	1.52
21404672--21404737	9	7.4	9	75	10	55	21	3	3	72	1.11
21404678--21404716	8	4.8	8	87	6	51	15	2	2	79	0.95
21404672--21404737	17	3.8	17	85	4	78	21	3	3	72	1.11
21404729--21404766	15	2.5	15	83	8	51	21	0	7	71	1.11
21406344--21406381	11	3.5	11	82	3	51	65	10	15	7	1.45
21406341--21406381	22	1.9	22	95	5	75	63	9	17	9	1.51
21417909--21417949	6	6.7	6	83	5	55	46	17	19	17	1.85
21417932--21418042	45	2.5	45	84	8	145	44	16	16	23	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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