genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24491663--24491773	40	2.8	40	84	5	136	33	16	10	39	1.83
24492640--24492731	12	7.0	12	72	13	58	2	25	3	69	1.15
24495909--24495940	6	5.3	6	92	0	55	3	18	43	34	1.66
24507683--24507906	39	5.7	39	84	4	281	31	29	18	20	1.96
24507683--24507906	117	1.9	117	87	1	324	31	29	18	20	1.96
24514724--24514924	40	5.0	41	85	1	235	35	24	20	19	1.95
24514717--24514924	41	5.1	40	85	1	236	37	23	19	19	1.95
24514717--24514924	81	2.6	80	82	3	245	37	23	19	19	1.95
24515096--24515142	7	6.7	7	80	0	58	27	0	25	46	1.53
24515091--24515142	14	3.7	14	84	0	68	28	0	23	48	1.51
24515197--24515314	7	16.7	7	68	10	53	23	0	36	39	1.55
24515218--24515271	28	1.9	28	85	7	74	27	0	35	37	1.57
24515197--24515284	21	4.2	20	75	15	79	25	0	32	42	1.55
24519747--24519790	22	2.0	22	86	0	61	43	0	0	56	0.99
24526654--24526713	10	6.0	10	83	11	70	66	3	8	21	1.33
24527397--24527477	40	2.0	40	87	0	117	35	18	28	17	1.93
24536243--24536348	25	4.2	25	79	0	95	21	23	17	36	1.95
24536233--24536348	50	2.3	50	84	0	151	21	24	17	37	1.94
24540085--24540246	44	3.8	43	74	12	136	32	25	13	29	1.94
24544677--24544716	20	2.0	21	90	5	64	22	27	20	30	1.98
24545397--24545481	41	2.0	41	84	10	111	34	12	1	51	1.48
24547173--24547212	20	2.0	21	90	5	64	25	30	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24550484--24550680	55	3.7	53	78	2	151	39	18	22	19	1.93
24550484--24550687	53	3.8	54	78	1	203	38	18	22	20	1.93
24562233--24562274	19	2.2	19	87	8	59	76	2	2	19	1.01
24567912--24567936	13	1.9	13	100	0	50	20	24	8	48	1.76
24568687--24568744	30	1.9	30	89	6	91	15	31	32	20	1.94
24572442--24572480	12	3.2	12	81	3	51	64	0	20	15	1.30
24574293--24574351	26	2.3	25	88	8	84	42	8	13	35	1.75
24576459--24576501	22	2.0	22	81	9	52	46	4	4	44	1.45
24578864--24578895	12	2.7	12	100	0	64	53	0	15	31	1.43
24584452--24584527	39	1.9	39	100	0	152	32	15	15	35	1.90
24586164--24586252	44	2.0	44	93	0	151	26	14	21	37	1.92
24592576--24592621	23	2.0	23	83	4	58	54	10	13	21	1.69
24597979--24598013	11	3.1	11	87	4	52	5	11	8	74	1.22
24603245--24603366	60	2.0	60	98	0	235	29	15	23	31	1.95
24608180--24608246	33	2.0	33	100	0	134	41	2	20	34	1.68
24612089--24612115	13	2.1	13	100	0	54	40	22	7	29	1.81
24612637--24612726	39	2.2	41	90	3	139	55	3	1	40	1.24
24612827--24612897	31	2.2	32	78	19	85	52	2	0	45	1.15
24612834--24612897	29	2.2	29	81	13	78	51	3	0	45	1.17
24638346--24638573	40	5.7	40	92	3	370	25	27	22	24	2.00
24646551--24646633	17	4.9	17	77	12	73	1	24	2	72	1.04
24646572--24646631	3	20.7	3	76	6	61	0	25	3	71	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24646538--24646624	35	2.4	35	83	7	95	1	28	2	67	1.10
24646554--24646633	6	13.2	6	78	11	56	1	22	2	73	1.02
24646569--24646633	26	2.5	26	90	7	96	0	24	3	72	0.99
24648030--24648108	29	2.6	30	76	11	81	36	1	1	60	1.13
24648068--24648168	25	4.0	23	66	30	62	30	1	3	63	1.24
24648034--24648204	55	3.2	53	77	20	176	32	1	5	60	1.29
24649292--24649393	53	1.9	53	88	4	152	29	10	14	45	1.79
24650779--24650827	20	2.5	20	89	0	71	38	12	14	34	1.83
24650819--24650843	12	2.1	12	100	0	50	40	24	8	28	1.83
24651027--24651068	22	1.9	22	90	0	66	50	4	0	45	1.23
24651228--24651280	28	1.9	27	85	11	72	26	13	15	45	1.82
24651440--24651474	16	2.2	16	95	5	63	11	0	34	54	1.37
24651604--24651911	125	2.5	124	87	3	447	38	15	18	27	1.91
24653198--24653227	16	1.9	15	93	6	51	33	0	10	56	1.32
24655358--24655389	11	3.0	11	95	4	57	75	0	0	25	0.81
24654998--24655826	132	6.4	130	91	1	1242	55	3	4	35	1.39
24654993--24655825	385	2.1	390	90	3	1313	55	3	5	36	1.39
24656209--24656251	18	2.4	18	80	0	50	44	11	25	18	1.84
24656305--24656368	30	2.1	30	88	0	92	7	18	48	25	1.75
24656870--24656916	7	6.7	7	90	0	76	57	12	2	27	1.47
24657993--24658039	21	2.2	22	82	14	55	48	4	17	29	1.65
24658025--24658074	10	4.6	11	78	19	52	42	0	30	28	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24667509--24667547	21	1.9	19	85	10	51	61	10	10	17	1.55
24668985--24669009	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24675915--24675958	23	1.9	23	100	0	88	40	15	11	31	1.83
24676443--24676494	19	2.6	21	79	14	65	28	0	1	69	0.99
24676445--24676495	20	2.6	19	77	22	52	29	0	1	68	1.00
24681671--24681701	15	2.1	15	100	0	62	25	6	12	54	1.62
24686351--24686398	25	1.9	25	100	0	96	41	6	8	43	1.60
24688740--24688790	24	2.0	26	85	7	70	52	3	1	41	1.31
24689303--24689452	39	3.9	38	86	2	176	29	16	5	48	1.68
24689303--24689452	78	1.9	77	87	1	219	29	16	5	48	1.68
24690674--24690759	45	1.9	45	92	0	145	25	32	13	27	1.94
24690853--24691821	210	4.7	209	85	5	1201	30	22	17	29	1.97
24820620--24820670	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
24820543--24820851	103	3.0	103	95	2	543	18	19	30	31	1.96
24828878--24828907	15	2.0	15	93	0	51	46	23	6	23	1.75
24829654--24829751	49	2.0	49	100	0	196	42	12	18	26	1.85
24830786--24830831	23	2.0	23	87	4	67	39	0	4	56	1.19
24831072--24831146	30	2.6	29	81	8	89	53	4	1	41	1.28
24831928--24831975	23	2.1	23	88	0	69	18	47	10	22	1.79
24837482--24837512	15	2.1	15	93	0	53	16	0	0	83	0.64
24840096--24840144	20	2.2	23	75	24	68	22	18	20	38	1.93
24840102--24840144	20	2.2	20	100	0	86	20	16	23	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24840478--24840550	35	2.0	35	81	5	83	31	20	20	27	1.97
24840487--24840558	35	2.1	34	84	2	90	26	23	23	26	2.00
24841497--24841530	14	2.5	13	90	4	50	11	11	0	76	1.02
24861272--24861553	146	1.9	145	82	4	352	31	23	14	31	1.94
24861523--24861688	61	2.7	60	77	6	181	28	25	15	29	1.96
24861584--24861755	32	5.5	32	70	11	122	30	28	12	27	1.93
24861902--24862050	53	2.8	53	86	0	199	30	26	10	32	1.89
24867808--24867874	34	2.1	30	83	10	80	49	0	2	47	1.16
24868683--24868733	23	2.1	25	82	7	61	72	3	3	19	1.16
24868780--24868836	3	18.7	3	81	3	69	57	1	5	35	1.31
24868860--24868903	21	2.0	22	83	12	56	68	0	9	22	1.18
24868950--24868984	18	2.0	18	88	5	54	54	5	2	37	1.39
24869740--24869803	25	2.5	25	82	7	76	7	7	15	68	1.36
24870407--24870695	133	2.2	133	82	7	340	28	18	18	33	1.95
24870448--24870698	89	2.8	88	81	9	273	29	18	18	34	1.94
24870430--24871170	44	16.1	44	69	13	312	28	18	17	35	1.94
24870764--24870934	45	3.7	44	69	10	117	29	17	16	36	1.92
24870746--24871128	96	4.0	96	75	7	339	28	18	16	37	1.92
24876210--24876276	20	3.3	20	72	12	73	29	31	19	19	1.96
24876195--24876257	21	3.0	20	67	15	56	30	31	15	22	1.95
24876115--24876320	45	4.7	43	85	10	240	29	29	20	20	1.98
24876107--24876320	86	2.4	89	81	10	260	29	29	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24890617--24890678	28	2.3	27	80	5	70	9	6	12	70	1.31
24895796--24895847	20	2.6	20	71	0	50	23	7	13	55	1.63
24895971--24896028	22	2.7	22	81	2	73	20	12	13	53	1.72
24896006--24896057	20	2.6	20	78	0	68	25	9	11	53	1.67
24896752--24896812	27	2.3	26	86	5	79	52	0	1	45	1.10
24902319--24902345	12	2.2	12	100	0	54	44	40	14	0	1.46
24905362--24905420	31	1.9	31	86	3	84	23	10	11	54	1.67
24906439--24906478	9	4.4	9	87	9	55	27	0	0	72	0.85
24906541--24906597	22	2.6	23	83	10	75	36	1	1	59	1.18
24907208--24907292	31	2.9	30	80	16	97	60	4	0	35	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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