genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.295.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96902467--96902784	157	2.0	156	87	1	449	15	17	32	34	1.92
96904668--96904722	26	2.1	26	93	0	92	32	18	18	30	1.95
96909812--96909881	25	2.8	26	81	14	92	48	8	17	25	1.75
96921380--96921438	28	2.1	28	100	0	118	44	6	16	32	1.74
96921374--96921433	13	4.5	13	83	8	75	48	6	13	31	1.68
96923485--96923550	32	2.1	32	94	0	114	27	21	7	43	1.79
96929258--96929306	26	1.9	25	83	4	62	42	0	6	51	1.27
96935962--96936037	21	3.6	21	78	3	82	47	7	18	26	1.76
96938075--96938283	42	5.0	42	86	1	258	32	13	22	31	1.92
96938077--96938309	84	2.8	84	86	2	290	33	13	21	31	1.92
96938077--96938313	126	1.9	126	84	3	316	33	13	21	31	1.92
96940724--96940770	21	2.1	23	88	11	71	21	6	0	72	1.07
96944154--96944215	29	2.1	29	81	0	70	54	12	9	22	1.67
96944869--96945092	43	5.2	43	80	2	220	22	16	20	39	1.92
96944869--96945092	86	2.6	86	80	3	265	22	16	20	39	1.92
96957319--96957349	15	2.1	15	100	0	62	41	12	19	25	1.87
96963189--96963227	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
96963188--96963245	30	1.9	30	82	6	73	60	1	24	13	1.43
96964616--96964643	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
96973184--96973227	23	2.0	22	82	8	54	22	0	47	29	1.51
96981862--96982111	124	2.0	124	97	0	473	52	10	11	25	1.69
96982900--96982953	28	1.9	28	92	0	90	51	1	1	44	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96984633--96984747	43	2.7	43	83	0	131	31	21	14	32	1.94
96988096--96988185	40	2.2	40	82	9	112	32	16	23	27	1.96
96995596--96995691	40	2.4	40	86	8	133	30	15	28	26	1.96
96999319--96999344	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
97003725--97003781	29	2.0	29	92	0	96	21	12	35	31	1.90
97004785--97004870	28	3.0	28	93	1	145	18	3	29	48	1.64
97004788--97004882	28	3.6	24	86	13	102	15	3	32	48	1.61
97004819--97004902	23	3.4	23	83	11	71	14	2	34	48	1.56
97005073--97005117	22	2.0	23	86	4	65	15	17	22	44	1.86
97008706--97008813	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
97015713--97015755	22	2.0	22	100	0	86	27	16	13	41	1.86
97021475--97021647	27	6.4	27	81	4	197	35	17	22	24	1.95
97021475--97021647	54	3.2	54	86	1	222	35	17	22	24	1.95
97021475--97021659	81	2.3	80	83	5	219	34	17	22	25	1.96
97021783--97021863	27	3.1	26	79	8	83	23	16	20	39	1.92
97022055--97022113	28	2.1	28	81	6	66	23	28	25	22	1.99
97024741--97024879	48	2.9	48	87	3	192	33	15	21	30	1.94
97024843--97024919	38	2.0	38	94	0	136	28	15	27	28	1.96
97033222--97033319	41	2.4	40	86	3	133	25	28	15	30	1.96
97033269--97033382	40	2.9	39	78	11	124	27	24	16	31	1.96
97035833--97035878	21	2.2	21	88	0	65	41	13	2	43	1.55
97046586--97046795	69	3.0	68	81	6	233	44	25	7	22	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97046873--97047142	143	1.9	143	91	0	441	32	17	16	34	1.92
97050121--97050424	106	2.9	105	82	3	369	20	29	24	26	1.99
97051283--97051370	30	2.9	30	87	0	131	17	27	35	20	1.94
97052682--97052803	21	5.8	21	81	3	129	47	15	18	18	1.83
97052680--97052803	42	3.0	42	81	0	158	47	15	19	17	1.83
97054009--97054170	43	3.8	42	76	8	139	32	24	17	25	1.97
97063087--97063183	44	2.2	46	80	10	112	29	15	23	30	1.95
97063120--97063427	89	3.5	89	70	7	250	31	16	26	26	1.96
97062995--97063626	178	3.6	177	81	4	620	28	18	24	27	1.98
97067484--97067601	57	2.1	57	98	1	229	47	21	14	16	1.82
97070856--97071177	47	6.8	47	91	2	500	32	8	30	28	1.86
97070857--97071177	96	3.4	96	91	2	533	32	8	30	28	1.86
97070856--97071177	143	2.3	141	91	2	500	32	8	30	28	1.86
97077772--97077830	29	2.2	26	81	9	64	30	27	3	38	1.73
97083114--97083308	68	2.9	64	79	8	169	30	16	28	24	1.97
97083183--97083366	67	2.8	64	77	8	194	28	16	30	23	1.96
97087152--97087234	31	2.6	31	80	3	85	61	19	3	15	1.48
97092937--97093088	9	17.0	9	82	1	171	35	1	16	46	1.55
97092937--97093087	27	5.6	27	88	1	196	35	1	15	47	1.55
97093193--97093248	15	3.8	15	76	21	64	51	0	1	46	1.11
97095822--97096002	61	3.0	61	97	0	344	55	18	7	18	1.64
97098356--97098405	25	2.0	25	84	11	66	40	26	4	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97098423--97098462	14	2.9	14	88	0	53	47	22	0	30	1.52
97098620--97098821	81	2.5	83	83	5	261	17	19	26	35	1.95
97098620--97098797	41	4.4	41	87	2	261	17	18	27	35	1.94
97099213--97099320	26	4.2	26	97	0	198	37	26	5	30	1.79
97104297--97104361	34	2.0	34	84	6	89	30	26	16	26	1.97
97110702--97110843	51	2.9	49	86	2	185	28	19	23	28	1.99
97110707--97110843	49	2.7	51	85	2	179	28	19	23	28	1.98
97113959--97114012	25	2.2	25	83	6	65	33	27	16	22	1.95
97114235--97114317	24	3.4	24	69	12	62	34	20	27	16	1.94
97123399--97123437	17	2.4	16	86	4	51	38	17	5	38	1.72
97123555--97123674	25	4.8	25	75	10	86	30	23	26	19	1.98
97127420--97127466	20	2.3	20	81	0	67	59	21	2	17	1.47
97128715--97128754	21	1.9	21	94	0	71	30	10	17	42	1.82
97133638--97133676	18	2.2	18	100	0	78	28	41	15	15	1.87
97134268--97134310	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
97135099--97135229	65	2.0	69	88	8	200	32	13	6	47	1.70
97135159--97135192	13	2.5	14	85	4	52	44	5	2	47	1.42
97138299--97138345	17	2.6	19	83	13	71	36	31	0	31	1.58
97142286--97142335	21	2.3	22	93	6	84	34	28	26	12	1.92
97142261--97142345	21	3.9	23	77	13	81	36	25	21	16	1.94
97143833--97143879	22	2.1	23	88	4	69	4	21	4	70	1.22
97147547--97147716	43	4.0	43	79	7	175	31	27	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97148377--97148401	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
97155110--97155293	97	1.9	94	90	5	289	30	12	10	45	1.76
97160265--97160303	20	2.0	20	89	0	60	35	0	12	51	1.40
97160704--97160737	16	2.3	14	90	10	50	64	5	23	5	1.38
97160701--97160754	26	2.1	25	82	3	63	70	3	22	3	1.19
97165950--97166027	37	2.1	37	80	2	86	23	26	16	33	1.96
97172485--97172515	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
97173290--97173326	19	2.0	19	94	5	67	51	10	0	37	1.37
97173279--97173326	19	2.6	18	84	12	62	50	8	0	41	1.33
97173830--97174149	127	2.5	126	85	3	426	38	21	14	25	1.91
97174689--97174716	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
97176693--97176808	45	2.5	46	80	4	128	30	19	18	31	1.96
97176678--97177171	44	11.2	44	69	5	253	26	23	19	30	1.98
97176921--97177158	45	5.4	44	73	12	211	26	23	20	28	1.99
97176779--97177158	89	4.3	88	84	2	433	26	24	20	28	1.99
97176779--97177169	175	2.2	177	84	3	477	26	24	20	29	1.99
97184296--97184351	24	2.3	24	81	9	60	41	7	35	16	1.75
97185725--97185836	27	4.1	27	83	7	129	16	23	23	37	1.93
97185725--97185836	54	2.1	54	86	3	154	16	23	23	37	1.93
97188528--97188568	19	2.2	19	86	8	57	41	7	19	31	1.79
97191772--97191832	27	2.2	28	94	2	106	26	14	14	44	1.84
97191998--97192036	20	2.1	19	90	9	62	41	0	12	46	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97193510--97193536	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
97193766--97193812	22	2.1	22	92	0	76	29	0	17	53	1.44
97194067--97194100	12	2.7	13	90	4	52	44	38	0	17	1.49
97194066--97194111	13	3.7	12	85	2	56	41	43	0	15	1.46
97194650--97194990	3	113.0	3	67	17	68	28	8	2	60	1.41
97194681--97194736	23	2.5	23	85	2	69	30	5	1	62	1.28
97194943--97194990	24	2.0	24	91	0	78	31	6	0	62	1.20
97195099--97195133	15	2.2	16	90	5	54	22	8	0	68	1.16
97195098--97195134	16	2.3	17	81	13	51	21	8	0	70	1.13
97196240--97196328	38	2.4	38	92	1	153	37	2	4	56	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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