genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   

This is table  71  of  352  ( 42160 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22241805--22241914	29	4.0	28	74	13	97	31	5	4	58	1.41
22241786--22241850	14	4.6	14	75	19	55	36	4	1	56	1.29
22241865--22241951	24	3.5	24	77	12	70	31	6	5	56	1.49
22241846--22241951	48	2.2	49	81	8	119	29	7	5	57	1.49
22242081--22242115	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
22248164--22248278	44	2.6	44	90	4	180	42	13	25	18	1.87
22249145--22249385	73	3.3	73	89	0	383	27	16	21	34	1.94
22249365--22249391	14	1.9	14	100	0	54	14	7	7	70	1.32
22249496--22249795	77	4.0	76	81	7	328	30	17	20	31	1.96
22249496--22249795	148	2.0	152	85	6	405	30	17	20	31	1.96
22249479--22249767	75	3.9	75	82	6	322	31	16	20	32	1.95
22249165--22250176	416	2.5	404	82	8	1138	29	16	19	34	1.94
22249911--22250048	71	1.9	71	92	0	231	34	16	18	31	1.93
22249805--22250362	155	3.6	154	77	12	441	28	17	19	34	1.94
22250061--22250440	77	5.1	75	82	5	443	27	16	21	33	1.95
22250369--22250666	88	3.4	88	79	8	283	30	14	19	35	1.92
22251318--22251446	30	4.3	30	95	0	240	26	50	6	17	1.69
22251904--22251955	24	2.2	23	83	10	61	36	3	0	59	1.16
22251981--22252110	25	5.2	25	74	10	95	33	6	4	55	1.45
22252047--22252154	22	4.9	22	70	15	71	30	6	5	57	1.47
22252096--22252154	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
22252267--22252301	16	2.3	15	95	5	61	31	5	2	60	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22253232--22253350	25	4.8	25	77	10	102	17	27	18	36	1.94
22253289--22253361	25	2.9	25	82	8	85	20	26	19	34	1.96
22253240--22253374	50	2.7	50	78	6	132	18	26	20	34	1.95
22265226--22265266	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
22269655--22269748	41	2.3	41	87	1	127	31	15	15	36	1.90
22272566--22272601	16	2.2	16	90	0	54	36	0	0	63	0.94
22275996--22276251	131	2.0	131	93	0	440	35	18	17	28	1.94
22276582--22276613	13	2.4	14	89	10	57	56	21	0	21	1.43
22278114--22278547	46	10.0	46	84	12	576	22	24	15	37	1.93
22278246--22278534	84	3.5	78	86	12	375	22	24	16	35	1.95
22278158--22278535	130	3.0	130	93	3	646	22	24	16	36	1.94
22278332--22278547	84	2.6	84	99	0	423	23	25	16	35	1.95
22282738--22282763	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
22283786--22283854	30	2.3	30	89	0	111	26	49	5	18	1.70
22284323--22284374	24	2.2	23	83	10	61	36	3	0	59	1.16
22284417--22284532	22	4.5	26	72	18	66	31	7	4	56	1.48
22284469--22284535	22	2.9	23	82	10	82	31	5	4	58	1.42
22284417--22284499	27	3.0	27	70	10	71	31	7	3	57	1.43
22284399--22284571	78	2.2	81	80	6	192	32	6	4	56	1.45
22284502--22284557	13	4.3	13	71	8	51	32	8	1	57	1.40
22284390--22284537	25	5.9	25	72	14	90	31	8	4	56	1.47
22284480--22284551	25	2.8	25	81	10	76	31	5	2	59	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22284598--22284653	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
22296759--22296797	13	2.9	13	85	7	51	20	10	2	66	1.33
22296708--22296979	95	2.8	96	86	5	341	24	16	18	40	1.90
22296970--22297579	73	8.3	75	84	4	758	30	15	19	34	1.93
22296970--22297573	148	4.1	146	87	5	770	30	15	19	34	1.93
22297650--22297682	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
22297548--22298026	91	5.3	90	81	5	472	26	16	17	38	1.92
22297485--22297896	182	2.3	178	83	6	492	28	16	16	37	1.92
22298705--22298802	30	3.3	30	92	0	160	22	50	8	19	1.74
22299277--22299408	23	5.6	24	71	13	69	34	6	3	56	1.40
22299344--22299485	25	5.7	25	71	14	78	30	7	4	56	1.49
22299353--22299524	77	2.2	81	80	5	190	31	6	4	57	1.44
22299433--22299504	25	2.8	25	77	10	67	30	5	4	59	1.39
22299551--22299606	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
22304614--22304647	17	2.1	16	88	5	50	44	5	0	50	1.26
22306858--22306904	17	2.8	17	84	15	55	63	0	8	27	1.23
22306926--22307351	3	141.0	3	67	11	102	57	2	9	30	1.45
22307047--22307086	17	2.4	17	91	0	62	62	0	7	30	1.23
22307016--22307063	23	2.0	23	84	4	60	64	2	8	25	1.32
22307277--22307351	28	2.6	28	80	6	78	62	4	6	26	1.38
22307566--22307599	3	11.3	3	93	0	59	67	2	0	29	1.05
22319612--22319656	22	2.0	22	95	0	81	26	20	8	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22324043--22324085	6	6.8	6	89	10	68	18	0	2	79	0.85
22324043--22324108	32	2.1	31	83	8	80	22	1	3	72	1.06
22329675--22329731	28	2.0	28	93	0	96	57	10	7	24	1.56
22329745--22329791	16	2.9	17	78	9	53	72	0	8	19	1.10
22333195--22333266	4	18.0	4	100	0	144	25	0	25	50	1.50
22337284--22337356	29	2.4	31	80	11	89	39	20	1	38	1.61
22337809--22337849	18	2.2	19	86	4	57	4	12	7	75	1.16
22348298--22348327	15	2.0	15	100	0	60	40	13	20	26	1.89
22350599--22350821	73	3.1	71	83	6	283	29	17	20	33	1.95
22350599--22351545	75	12.5	75	86	7	1156	32	17	17	32	1.93
22350599--22351545	223	4.2	225	86	8	1246	32	17	17	32	1.93
22351378--22352096	360	2.0	359	96	3	1333	31	17	16	34	1.92
22352786--22352810	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
22354646--22354709	15	4.3	15	81	0	65	29	17	1	51	1.54
22355655--22355683	13	2.1	14	93	6	51	44	0	3	51	1.18
22356611--22356651	18	2.3	18	87	8	57	56	2	0	41	1.13
22356657--22356716	21	2.8	22	75	14	70	61	3	3	31	1.28
22357676--22357725	24	2.1	24	100	0	100	20	24	20	36	1.95
22358053--22358087	15	2.4	14	86	9	52	22	0	31	45	1.53
22358025--22358083	22	2.7	23	78	5	59	25	0	25	49	1.51
22358053--22358115	14	4.6	14	74	21	53	20	0	38	41	1.53
22358172--22358206	7	4.9	7	86	6	52	20	0	40	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22358287--22358325	14	2.8	14	84	0	51	23	0	28	48	1.51
22358292--22358404	22	5.3	21	72	16	63	23	0	29	46	1.52
22358344--22358404	7	8.6	7	76	3	59	21	0	31	47	1.51
22358344--22358425	14	5.8	14	78	2	65	21	1	34	42	1.61
22358367--22358427	21	2.9	21	82	0	68	22	1	36	39	1.64
22363720--22363753	16	2.1	16	100	0	68	58	5	29	5	1.45
22366998--22367030	11	3.1	11	91	4	50	30	0	6	63	1.18
22369952--22370003	16	3.2	16	68	10	52	53	13	9	23	1.68
22369758--22370164	204	2.0	203	98	0	787	40	20	13	25	1.89
22374052--22374083	5	6.4	5	92	0	55	59	0	3	37	1.13
22382941--22382997	25	2.2	25	79	11	62	24	26	0	49	1.51
22383094--22383191	40	2.6	38	77	8	101	29	25	19	25	1.98
22383385--22383417	5	6.4	5	96	3	57	45	18	0	36	1.49
22383380--22383417	15	2.4	16	86	8	60	44	15	2	36	1.61
22386070--22386153	40	2.1	40	97	0	159	27	3	13	55	1.54
22389386--22389468	28	3.0	28	75	3	69	21	14	6	57	1.58
22399238--22399271	6	5.7	6	92	0	50	82	0	5	11	0.83
22401347--22401403	15	3.9	14	84	11	78	35	1	12	50	1.50
22401780--22401838	21	2.7	21	76	5	64	15	16	23	44	1.86
22402721--22402754	15	2.3	15	89	0	50	35	2	23	38	1.70
22407263--22407313	6	8.5	6	86	0	66	76	5	1	15	1.07
22407263--22407313	18	2.8	18	93	0	84	76	5	1	15	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22408618--22408648	8	3.8	8	95	4	53	77	0	12	9	0.99
22408603--22408641	21	1.9	20	89	5	60	74	0	12	12	1.08
22408595--22408673	29	2.7	29	82	9	81	73	2	11	12	1.20
22426891--22426968	22	3.2	24	75	20	72	55	2	0	42	1.13
22427195--22427244	22	2.2	23	82	10	59	54	0	2	44	1.11
22428795--22428831	19	1.9	19	94	0	65	70	0	29	0	0.88
22429450--22429479	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
22430009--22430085	18	4.3	18	77	6	66	41	10	14	33	1.80
22435015--22435057	15	2.9	15	76	10	52	32	0	6	60	1.23
22436331--22436357	6	4.5	6	100	0	54	18	18	14	48	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352