genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9014280--9014324	18	2.5	18	96	0	81	22	20	4	53	1.63
9016039--9016063	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
9020854--9020878	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
9024396--9024431	18	2.0	18	88	0	54	50	0	13	36	1.43
9027351--9027375	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
9027386--9027434	16	3.1	15	77	8	53	38	2	0	59	1.09
9027638--9027673	18	2.0	18	88	0	54	50	2	0	47	1.15
9027685--9027713	13	2.3	13	94	5	51	41	6	0	51	1.28
9027643--9027740	45	2.1	46	84	5	126	43	4	3	48	1.37
9039377--9039456	40	2.0	40	100	0	160	32	22	15	30	1.94
9044056--9044180	63	2.0	63	96	0	232	28	19	22	30	1.98
9054364--9054484	47	2.6	47	86	1	163	27	15	25	31	1.96
9057724--9057953	78	2.9	77	92	1	370	31	20	13	34	1.91
9057918--9058055	40	3.5	40	80	0	168	36	19	12	31	1.89
9060459--9060528	31	2.3	30	80	4	79	40	10	10	40	1.72
9061320--9061345	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
9062698--9062757	30	2.0	30	90	0	93	60	13	3	23	1.48
9063630--9063724	46	2.1	46	91	0	154	32	7	13	46	1.71
9064798--9064838	21	2.0	21	85	0	55	51	14	0	34	1.43
9065808--9065850	18	2.4	18	80	7	52	34	0	0	65	0.93
9066596--9066634	16	2.4	17	91	8	64	48	0	0	51	1.00
9071784--9071817	17	2.0	17	100	0	68	70	0	5	23	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9071996--9072020	8	3.1	8	100	0	50	36	0	12	52	1.39
9072415--9072482	16	4.2	16	92	0	118	27	0	35	36	1.58
9072817--9072875	15	4.0	15	78	14	61	52	1	0	45	1.10
9072794--9072878	43	2.0	43	82	8	104	54	2	1	42	1.21
9072701--9073182	120	4.0	120	94	1	718	51	4	1	42	1.32
9072975--9073158	37	4.7	37	70	17	140	51	3	1	44	1.27
9072958--9073111	18	8.9	18	66	18	76	54	2	0	42	1.19
9082984--9083159	89	2.0	89	97	0	334	30	12	17	39	1.86
9110730--9110792	30	2.1	30	100	0	126	41	11	9	38	1.73
9110950--9111004	27	2.0	27	82	6	67	27	27	23	21	1.99
9117925--9117991	34	2.0	34	87	0	98	37	41	4	16	1.69
9133255--9133301	14	3.3	14	82	11	51	53	0	2	44	1.12
9133258--9133287	15	1.9	16	93	6	53	53	0	0	46	1.00
9133253--9133290	16	2.3	17	82	17	53	57	0	0	42	0.98
9133398--9133438	20	2.0	20	85	0	55	36	2	4	56	1.34
9134738--9134946	111	1.9	109	90	3	332	51	5	11	32	1.59
9138228--9138299	35	2.1	35	100	0	144	25	8	27	38	1.84
9138319--9138357	20	1.9	21	84	5	53	38	0	0	61	0.96
9146141--9146171	16	1.9	16	100	0	62	83	12	0	3	0.75
9150522--9150570	23	2.2	22	85	10	64	65	10	2	22	1.34
9158275--9158309	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
9158169--9158476	157	2.0	157	96	0	562	44	3	4	47	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9158412--9158729	120	2.7	120	99	0	627	50	6	0	42	1.32
9158392--9158712	55	5.5	55	68	21	206	51	5	0	42	1.31
9162231--9162291	17	3.4	17	71	15	52	24	29	0	45	1.53
9162558--9162593	18	2.0	18	89	10	56	33	5	0	61	1.19
9164018--9164061	23	1.9	23	81	9	54	65	2	2	29	1.16
9164424--9164460	16	2.2	17	90	9	67	70	0	0	29	0.88
9166035--9166085	21	2.4	21	86	0	84	25	0	31	43	1.55
9166053--9166097	13	3.3	13	87	9	63	26	0	24	48	1.51
9176839--9176912	38	1.9	38	88	0	112	35	8	4	52	1.50
9178824--9178879	22	2.6	21	78	10	69	17	7	10	64	1.47
9183236--9183422	65	2.9	65	82	3	218	20	19	24	35	1.95
9184187--9184225	20	2.0	20	89	0	60	48	5	7	38	1.54
9188456--9188500	19	2.4	19	85	7	56	53	8	0	37	1.32
9194189--9194222	16	2.1	16	88	0	50	47	14	17	20	1.83
9202360--9202411	24	2.1	25	82	3	61	42	3	9	44	1.55
9207519--9207549	8	3.9	8	95	0	53	87	0	12	0	0.55
9213171--9213218	23	2.1	23	84	0	60	27	2	6	64	1.28
9221977--9222047	36	2.0	36	88	2	108	30	22	12	33	1.91
9234137--9234171	14	2.4	14	95	4	61	42	0	2	54	1.15
9241641--9241666	12	2.2	12	100	0	52	7	23	0	69	1.14
9242264--9242303	20	2.0	20	86	13	57	45	2	22	30	1.66
9243299--9243371	4	17.8	4	74	5	56	64	4	26	5	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9246093--9246459	46	7.6	49	87	8	449	34	14	22	28	1.93
9246093--9246459	98	3.7	97	85	9	510	34	14	22	28	1.93
9246107--9246459	196	1.8	196	92	0	607	34	14	22	28	1.93
9246423--9246531	37	3.0	37	90	2	177	35	16	22	24	1.95
9250350--9250415	25	2.6	25	87	0	87	28	21	30	19	1.98
9252207--9252268	22	2.8	22	87	0	88	17	20	17	43	1.88
9262573--9262597	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
9275999--9276039	6	6.8	6	82	0	55	78	2	4	14	1.03
9278957--9278998	22	2.0	22	90	9	70	21	4	28	45	1.72
9294473--9294523	19	2.7	19	93	3	86	23	19	17	39	1.92
9294737--9294794	9	6.4	9	87	0	80	25	8	22	43	1.82
9295437--9295616	3	59.3	3	76	4	173	30	6	1	62	1.29
9295453--9295614	55	2.9	55	83	1	189	30	5	1	62	1.26
9303644--9303727	6	14.5	6	91	7	129	53	0	46	0	1.00
9304551--9305224	44	15.1	44	74	9	470	32	18	20	28	1.96
9304954--9305080	45	2.7	47	75	14	134	30	18	19	30	1.96
9304876--9305207	180	1.8	182	85	3	472	31	18	20	30	1.96
9304563--9305217	268	2.4	268	77	9	629	31	18	21	28	1.97
9304648--9305218	224	2.5	224	92	1	930	31	18	21	29	1.97
9304648--9305300	224	2.9	224	88	2	742	31	18	20	29	1.97
9304916--9305446	183	3.0	173	79	7	501	31	18	21	28	1.97
9306811--9306981	3	56.3	3	75	4	146	29	5	2	62	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9307003--9307058	4	14.0	4	74	7	51	17	5	3	73	1.17
9309192--9309302	38	3.0	37	72	18	97	38	1	2	56	1.24
9309252--9309306	20	2.7	20	81	16	67	40	1	1	56	1.21
9309603--9309640	13	2.8	14	84	4	51	76	0	7	15	1.01
9310700--9310806	45	2.4	45	88	0	160	22	17	17	42	1.89
9310685--9310812	45	2.6	51	75	14	142	21	19	18	40	1.91
9310790--9310824	18	1.9	18	88	0	52	17	25	17	40	1.90
9316817--9316934	38	3.1	37	73	18	102	38	1	2	57	1.22
9316884--9316938	20	2.7	20	81	16	67	40	1	1	56	1.21
9316875--9316941	26	2.6	26	79	9	66	37	1	1	59	1.16
9318291--9318406	45	2.6	45	90	0	178	20	19	19	39	1.93
9318390--9318424	18	1.9	18	88	0	52	17	25	17	40	1.90
9342770--9342794	12	2.1	12	100	0	50	8	52	8	32	1.60
9344608--9344633	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
9352033--9352058	10	2.6	10	100	0	52	26	0	19	53	1.45
9353350--9353685	187	1.8	185	94	2	602	42	8	25	23	1.83
9363124--9363199	30	2.5	30	89	0	116	15	28	35	19	1.93
9363419--9363877	183	2.5	185	88	1	681	44	7	23	24	1.79
9367421--9367492	32	2.2	32	85	4	101	20	33	29	16	1.95
9369829--9369909	33	2.4	34	76	14	87	29	23	17	29	1.97
9370220--9370272	26	2.0	26	85	7	72	20	16	22	39	1.92
9371525--9371625	24	4.2	24	83	5	123	19	36	4	38	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9378161--9378226	33	2.0	33	96	0	123	31	24	13	30	1.94
9379885--9379972	21	4.1	22	77	10	92	35	26	23	14	1.94
9379890--9379971	44	1.9	41	82	7	101	32	28	24	14	1.94
9380163--9380280	23	4.6	26	86	9	131	44	33	5	16	1.70
9380177--9380283	28	4.0	28	86	7	134	44	30	4	19	1.71
9385163--9385243	33	2.4	34	76	14	87	29	23	17	29	1.97
9385554--9385606	26	2.0	26	85	7	72	20	16	22	39	1.92
9388337--9388413	24	3.2	24	84	0	109	19	37	5	37	1.74
9392317--9392399	6	14.3	6	87	2	82	74	7	1	16	1.10
9393386--9393440	18	3.1	18	86	0	74	32	12	14	40	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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