genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21947507--21948457	331	2.9	327	89	3	1424	29	23	22	24	1.99
21948579--21948783	87	2.3	89	82	3	245	32	19	21	26	1.97
21948641--21948816	87	2.0	87	82	2	210	31	19	22	26	1.98
21951316--21951523	96	2.1	99	82	5	253	40	1	15	41	1.56
21951611--21952142	126	4.3	126	90	2	842	33	18	21	26	1.96
21951611--21952142	251	2.1	248	91	1	848	33	18	21	26	1.96
21955163--21955546	116	3.3	116	95	0	669	47	9	3	39	1.54
21955937--21955973	18	2.1	18	89	0	56	40	13	24	21	1.89
21957772--21957830	31	1.9	31	89	0	91	38	0	30	30	1.57
21957779--21957829	20	2.5	20	83	6	57	39	0	29	31	1.57
21957779--21957828	11	4.7	11	75	9	59	38	0	30	32	1.58
21957779--21957836	11	5.5	10	76	15	55	39	0	27	32	1.57
21957779--21957842	31	2.1	31	85	5	85	40	0	26	32	1.56
21958934--21958974	21	1.9	22	85	5	57	65	7	0	26	1.18
21960180--21960224	20	2.3	20	88	3	65	62	6	4	26	1.39
21962078--21962127	24	2.1	24	96	0	91	40	16	22	22	1.91
21962221--21962251	15	2.1	15	100	0	62	22	25	32	19	1.97
21967460--21967500	7	5.9	7	94	0	64	51	0	19	29	1.47
21967460--21967501	21	2.0	21	95	0	75	50	0	21	28	1.49
21967464--21967512	21	2.3	21	85	0	62	48	4	22	24	1.67
21968779--21968820	15	2.7	16	81	3	59	35	0	0	64	0.94
21969517--21969604	26	3.5	24	79	10	63	39	6	7	45	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21969554--21969606	26	2.0	26	100	0	106	37	7	11	43	1.69
21974013--21974180	38	4.2	38	77	13	176	30	24	14	30	1.94
21974020--21974220	85	2.4	85	92	1	332	29	24	14	30	1.95
21974058--21974220	47	3.7	45	76	16	180	30	23	14	31	1.94
21976155--21976243	25	3.6	25	90	3	135	24	26	19	29	1.98
21978276--21978319	16	2.7	16	86	10	54	61	4	0	34	1.16
21978617--21978671	24	2.3	24	90	3	85	18	14	23	43	1.87
21980326--21980359	17	2.1	17	88	5	52	70	0	0	29	0.87
21981113--21981152	6	6.7	6	100	0	80	35	15	17	32	1.91
21986326--21986362	17	2.1	19	90	10	60	37	0	0	62	0.96
21997684--21997730	23	2.1	23	88	7	71	19	6	2	72	1.17
22004975--22005012	19	2.0	19	89	0	58	26	13	18	42	1.87
22006355--22006661	46	6.7	46	87	0	391	19	23	15	41	1.90
22010914--22010951	18	2.1	19	95	5	69	42	0	57	0	0.98
22013830--22013885	24	2.3	24	96	0	103	28	17	25	28	1.98
22029926--22029953	14	2.0	14	100	0	56	35	28	7	28	1.84
22030389--22030888	247	2.0	246	96	1	912	32	21	13	32	1.91
22036529--22036585	29	2.0	29	86	6	80	47	10	10	31	1.72
22047961--22048003	11	4.5	10	81	18	56	18	2	18	60	1.47
22055609--22055720	47	2.3	47	83	7	127	21	17	28	32	1.96
22055650--22055779	47	2.8	47	83	9	167	23	16	26	33	1.96
22058369--22058429	31	2.0	31	93	0	104	39	9	11	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22059893--22059941	26	2.0	26	88	11	77	51	0	2	46	1.12
22066281--22066342	4	16.0	4	93	6	110	24	0	25	50	1.50
22076444--22076487	21	2.2	21	88	8	65	68	0	6	25	1.14
22082980--22083027	20	2.3	20	78	3	60	50	8	14	27	1.71
22083960--22084019	31	1.9	31	86	0	84	45	10	20	25	1.81
22084983--22085063	40	2.0	40	100	0	162	45	4	19	29	1.71
22085967--22086085	61	2.0	61	89	3	186	43	1	4	50	1.31
22088056--22088179	35	3.6	34	79	4	131	31	10	23	34	1.89
22095483--22095568	35	2.5	35	92	0	136	31	12	25	30	1.93
22095484--22095586	35	2.9	35	88	2	127	30	16	23	30	1.96
22095485--22095609	35	3.6	34	80	8	119	29	14	24	32	1.94
22097240--22097266	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
22099218--22099244	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
22108795--22108822	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
22110910--22110962	17	3.4	17	70	20	60	22	24	11	41	1.86
22110906--22110965	30	2.0	30	100	0	120	23	26	10	40	1.86
22111983--22112105	23	5.3	23	66	11	88	10	8	17	64	1.48
22111972--22112137	47	3.5	47	93	0	269	9	9	16	64	1.48
22112013--22112132	15	7.7	15	69	14	73	9	9	16	65	1.47
22112079--22112200	63	1.9	63	91	3	201	9	11	17	61	1.56
22112493--22112578	41	2.1	41	93	0	145	40	12	8	38	1.73
22113467--22113493	14	1.9	14	100	0	54	37	48	0	14	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22117825--22117919	50	1.9	50	100	0	190	47	24	0	28	1.52
22118668--22118755	44	1.9	46	93	6	153	35	3	4	56	1.36
22122228--22122278	23	2.2	23	82	6	59	33	9	0	56	1.32
22122326--22122378	27	2.0	27	85	7	72	33	5	3	56	1.41
22126200--22126234	18	1.9	18	88	0	52	17	20	8	54	1.68
22133119--22133314	50	3.9	50	81	3	198	28	28	18	25	1.98
22133132--22133317	101	1.9	99	85	2	255	28	28	17	25	1.98
22136789--22136984	50	3.9	50	81	3	198	27	28	18	26	1.98
22136845--22136925	26	3.2	26	63	25	64	28	32	14	24	1.95
22140766--22141102	44	7.5	44	73	9	236	29	20	22	28	1.98
22140769--22140970	86	2.3	88	83	5	232	30	18	23	27	1.98
22143128--22143178	23	2.2	23	82	6	59	33	9	0	56	1.32
22143316--22143370	20	2.7	21	77	8	60	27	1	3	67	1.17
22143316--22143369	21	2.6	21	80	13	60	25	1	3	68	1.16
22145884--22145983	26	3.9	25	84	7	130	42	10	16	32	1.81
22152873--22152912	21	1.9	21	94	0	71	15	22	0	62	1.32
22153069--22153118	25	2.0	25	100	0	100	48	4	0	48	1.20
22156050--22156106	22	2.6	23	71	15	57	38	3	12	45	1.59
22160901--22160971	34	2.1	34	100	0	142	43	14	18	23	1.86
22167080--22167200	25	4.8	25	75	4	100	36	21	24	17	1.94
22168636--22168663	14	2.0	14	100	0	56	50	7	7	35	1.57
22170408--22170516	21	5.1	21	80	4	110	37	23	22	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22170886--22170943	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
22172200--22172236	5	7.2	5	96	3	65	56	0	0	43	0.99
22172259--22172287	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
22174599--22174694	44	2.2	44	88	3	140	46	9	12	31	1.73
22177485--22177517	15	2.1	16	88	5	50	57	12	12	18	1.64
22177607--22177637	5	6.2	5	92	0	53	38	16	19	25	1.92
22178111--22178171	16	3.4	18	71	15	54	47	0	27	24	1.52
22182073--22182149	41	1.9	40	84	7	102	49	1	6	42	1.36
22183492--22183542	26	2.0	25	81	11	59	41	0	9	49	1.36
22188775--22188849	39	1.9	38	81	10	89	38	4	6	50	1.47
22189286--22189328	23	1.9	22	85	4	59	60	0	4	34	1.17
22195443--22195476	17	2.0	17	88	0	50	35	20	8	35	1.84
22198825--22198852	14	2.0	14	100	0	56	21	7	21	50	1.72
22200978--22201038	11	5.5	11	72	14	54	50	1	11	36	1.48
22216700--22216815	46	2.5	45	85	12	155	33	18	21	26	1.96
22216692--22216815	23	5.3	23	77	16	123	33	17	22	26	1.96
22220899--22220945	23	2.0	23	91	0	76	36	17	14	31	1.90
22224701--22224746	25	1.9	23	86	8	65	63	8	0	28	1.24
22226208--22226232	12	2.1	12	100	0	50	84	8	8	0	0.79
22227393--22227432	21	1.9	21	89	0	62	37	2	2	57	1.26
22227768--22227826	22	2.6	24	79	15	72	28	8	1	61	1.35
22229169--22229212	15	3.0	15	90	3	63	56	0	11	31	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22229266--22229311	11	3.8	11	88	11	56	60	2	10	26	1.41
22230920--22231023	24	4.4	24	77	17	101	34	18	22	25	1.96
22230930--22231042	46	2.5	45	85	8	140	33	19	21	25	1.97
22230970--22231042	23	3.2	23	75	5	69	31	20	23	24	1.98
22236179--22236220	7	5.9	7	94	2	66	11	0	30	57	1.35
22241150--22241233	30	2.8	30	100	0	168	26	50	7	16	1.71
22241175--22241228	18	3.3	18	66	28	57	24	50	7	18	1.72
22241406--22241435	16	1.9	15	93	6	51	23	0	36	40	1.55
22241711--22241840	25	5.5	23	73	10	86	35	6	3	55	1.40
22241776--22241846	25	2.8	26	80	6	92	36	7	2	53	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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