genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18711787--18711812	13	2.0	13	100	0	52	61	0	7	30	1.24
18711996--18712023	14	2.0	14	100	0	56	28	28	0	42	1.56
18717168--18717810	130	4.9	131	91	3	983	55	5	3	35	1.40
18718221--18718258	18	2.1	18	90	0	58	42	10	26	21	1.85
18718865--18718926	7	9.0	7	87	3	90	53	19	0	27	1.45
18718866--18718936	34	2.0	36	86	5	101	53	19	2	23	1.58
18720050--18720103	24	2.3	23	81	15	58	48	7	12	31	1.69
18720104--18720145	22	1.9	22	90	9	68	40	0	33	26	1.56
18720102--18720145	11	4.1	10	88	11	61	38	0	31	29	1.58
18725631--18725701	35	2.0	35	97	0	133	42	8	32	16	1.79
18727133--18727176	22	2.0	21	83	12	54	13	20	11	54	1.69
18730342--18730405	32	2.0	32	100	0	128	34	31	18	15	1.93
18736400--18736462	30	2.1	30	96	0	117	33	28	25	12	1.92
18742269--18742318	21	2.4	22	83	10	68	32	32	8	28	1.86
18744033--18744104	35	2.1	35	83	0	90	27	4	25	43	1.73
18744140--18744226	34	2.5	34	82	10	97	41	0	14	43	1.46
18744204--18744247	22	2.0	22	100	0	88	40	0	18	40	1.50
18744167--18744235	35	2.1	33	84	13	88	34	0	20	44	1.52
18744230--18744263	17	2.0	17	94	0	59	44	0	14	41	1.45
18744204--18744273	22	3.4	21	75	18	76	38	0	18	42	1.51
18744261--18744317	25	2.3	25	84	6	71	35	0	19	45	1.50
18744694--18744761	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18746888--18747200	127	2.5	126	87	3	425	40	15	16	27	1.89
18746877--18747267	126	3.1	126	83	4	450	38	16	16	27	1.90
18751412--18751436	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
18755894--18755930	18	2.0	20	89	10	60	21	0	8	70	1.13
18755919--18755961	17	2.5	17	75	14	52	30	2	0	67	1.03
18756308--18757090	398	2.0	393	88	1	1161	23	25	21	29	1.99
18759026--18759053	13	2.2	13	100	0	56	60	0	0	39	0.97
18762471--18762503	15	2.3	15	89	5	50	54	6	6	33	1.50
18766433--18766467	18	1.9	18	94	0	61	11	14	8	65	1.46
18772013--18772268	46	5.6	45	86	5	320	21	21	16	40	1.91
18772054--18772286	45	5.1	45	78	9	156	22	20	17	39	1.92
18777479--18777511	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
18778263--18778385	42	2.8	42	81	7	129	25	11	26	37	1.89
18779825--18779891	26	2.9	22	82	18	91	29	2	13	53	1.54
18786640--18786695	30	1.9	30	82	7	71	26	8	7	57	1.55
18792826--18792869	21	2.1	21	82	0	52	65	11	2	20	1.35
18795787--18795819	17	1.9	17	93	0	57	57	24	3	15	1.52
18801506--18801573	26	2.6	26	77	13	68	32	5	1	60	1.30
18801646--18801721	34	2.3	34	81	6	84	25	7	3	63	1.39
18801704--18801747	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
18802313--18802380	26	2.6	26	77	13	68	32	5	1	60	1.30
18802521--18802569	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18803120--18803187	26	2.6	26	77	13	68	32	5	1	60	1.30
18801154--18803549	809	3.0	799	93	4	4114	25	13	9	52	1.70
18805424--18805643	46	4.8	46	80	9	232	30	29	19	20	1.97
18809368--18809472	41	2.6	41	87	3	149	20	27	17	34	1.95
18809281--18809683	202	2.0	203	95	0	718	25	18	15	40	1.90
18809570--18809691	41	3.0	42	81	2	140	20	27	17	34	1.95
18815048--18815178	64	2.0	64	95	0	235	32	22	16	28	1.96
18818973--18819017	18	2.5	18	89	7	65	44	8	20	26	1.80
18819349--18819510	27	6.0	27	86	2	227	42	19	13	24	1.87
18819348--18819510	54	3.0	55	90	5	251	42	19	13	24	1.87
18831511--18831707	50	3.9	50	77	4	200	27	17	25	28	1.98
18835453--18835500	20	2.5	20	86	3	62	45	0	6	47	1.27
18838507--18838532	7	3.7	7	100	0	52	73	0	0	26	0.84
18839947--18840005	30	1.9	31	86	10	86	37	1	6	54	1.37
18843790--18843837	16	3.2	16	69	22	50	62	2	6	29	1.31
18843783--18843841	28	2.1	28	90	3	91	61	1	5	32	1.28
18843846--18843906	23	2.8	22	76	16	63	67	1	3	27	1.16
18843874--18843910	11	3.5	11	88	7	58	67	0	0	32	0.91
18852854--18853592	369	2.0	369	99	0	1460	23	22	19	34	1.97
18854231--18854263	14	2.2	16	89	10	52	45	12	18	24	1.83
18854283--18854312	14	2.1	14	93	0	51	46	10	6	36	1.64
18858204--18858251	16	3.2	16	69	22	50	62	2	6	29	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18858197--18858255	28	2.1	28	90	3	91	61	1	5	32	1.28
18860989--18861041	19	2.8	18	72	11	52	67	7	0	24	1.16
18861501--18861540	21	1.9	21	94	0	71	2	25	5	67	1.23
18861509--18861570	27	2.4	26	81	7	72	1	24	3	70	1.10
18863029--18863079	5	10.2	5	76	23	54	35	1	3	58	1.28
18863042--18863084	10	4.3	10	94	5	70	32	0	6	60	1.23
18863139--18863181	17	2.5	17	88	3	59	74	0	25	0	0.82
18869162--18869186	13	1.9	13	100	0	50	24	16	8	52	1.70
18869233--18869376	70	2.1	70	97	0	270	26	25	24	23	2.00
18872035--18872068	13	2.7	13	90	4	52	32	0	8	58	1.29
18877781--18877833	22	2.4	22	81	9	63	18	7	3	69	1.28
18878032--18878057	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
18885610--18885652	19	2.2	20	91	4	70	23	13	23	39	1.90
18886339--18886376	20	2.0	20	89	5	60	26	7	0	65	1.19
18887526--18887563	19	2.0	19	94	0	67	23	31	34	10	1.89
18887650--18887785	54	2.5	55	89	1	202	27	21	27	24	1.99
18888266--18888312	21	2.2	21	96	0	85	38	4	4	53	1.40
18888376--18888422	21	2.2	21	92	0	76	40	4	2	53	1.32
18888179--18888534	110	3.2	110	93	1	608	32	6	10	50	1.63
18888487--18888541	21	2.6	21	97	0	101	34	3	3	58	1.33
18891350--18891401	19	2.7	19	84	3	68	40	3	1	53	1.30
18891328--18891491	90	1.8	90	84	2	222	42	4	3	48	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18891531--18891559	13	2.1	14	93	6	51	31	3	0	65	1.09
18891518--18891770	47	5.5	47	81	9	324	39	7	1	51	1.40
18891518--18891770	91	2.8	93	91	5	399	39	7	1	51	1.40
18895566--18895634	34	2.0	34	100	0	138	34	11	8	44	1.72
18903419--18903455	15	2.4	15	90	4	56	83	0	5	10	0.79
18903411--18903455	16	3.0	15	84	15	58	84	0	4	11	0.76
18903382--18903453	21	3.3	23	77	11	71	81	1	11	5	0.90
18904412--18904816	43	9.6	43	65	19	174	29	21	22	25	1.99
18904402--18904802	84	4.8	84	90	4	614	29	23	21	25	1.99
18904624--18904767	38	3.5	42	75	21	144	29	27	24	19	1.98
18905359--18905410	19	2.9	18	89	10	81	40	9	15	34	1.80
18905367--18905426	19	2.8	22	85	9	72	36	8	16	38	1.79
18905690--18905725	18	2.1	17	89	5	54	33	0	0	66	0.92
18909012--18909054	8	5.1	8	83	10	59	55	23	0	20	1.43
18909011--18909054	17	2.6	17	96	0	79	54	22	0	22	1.45
18909011--18909055	9	5.2	9	84	10	67	53	22	0	24	1.46
18912221--18912250	13	2.2	14	94	5	53	0	20	0	80	0.72
18917436--18917468	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
18920115--18920154	17	2.4	17	91	0	62	57	10	10	22	1.61
18923735--18923767	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
18927322--18927368	23	2.0	23	95	0	85	27	19	25	27	1.99
18931889--18931973	30	2.4	40	63	36	100	24	14	31	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18931904--18931963	30	2.0	30	100	0	120	23	13	30	33	1.93
18936012--18936200	55	3.5	53	82	5	227	21	25	17	35	1.95
18940592--18940641	26	1.9	26	87	0	73	34	4	24	38	1.74
18941112--18941136	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
18948313--18948389	29	2.6	30	72	15	79	35	6	3	54	1.45
18948497--18948554	21	2.8	21	89	0	80	39	8	22	29	1.84
18948948--18948987	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
18948936--18949002	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
18951780--18951808	11	2.6	11	100	0	58	41	17	20	20	1.90
18955001--18955034	15	2.3	15	94	0	59	35	0	8	55	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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