genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88919591--88919761	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
88922722--88922783	15	4.2	15	80	10	65	11	19	12	56	1.66
88925182--88925344	46	3.5	46	75	15	183	22	20	28	29	1.98
88927279--88927393	29	4.0	29	83	8	130	29	29	13	26	1.95
88927270--88927380	58	1.9	58	88	1	170	28	30	14	26	1.95
88927273--88927380	29	3.8	29	85	6	139	28	29	14	26	1.95
88927604--88927654	8	6.4	8	75	8	50	9	21	17	50	1.74
88927604--88927654	24	2.1	24	92	0	84	9	21	17	50	1.74
88928892--88928929	16	2.3	17	90	4	60	7	2	36	52	1.45
88935305--88935466	45	3.6	45	87	0	227	23	20	27	29	1.99
88956560--88956719	39	4.1	39	93	3	259	23	30	24	21	1.99
88962814--88962840	13	2.1	13	100	0	54	37	0	22	40	1.54
88969048--88969080	12	2.8	12	90	9	50	6	15	3	75	1.11
88970650--88970736	6	14.3	6	77	7	50	22	4	2	70	1.18
88970681--88970745	12	5.6	12	77	12	73	27	1	3	67	1.14
88970692--88970733	19	2.3	19	87	4	59	26	2	4	66	1.23
88971200--88971237	17	2.2	17	90	9	60	26	34	18	21	1.96
88980244--88980390	43	3.4	43	86	0	195	34	12	19	34	1.90
88990774--88990996	47	4.8	47	77	10	190	27	18	28	25	1.98
88994434--88994584	57	2.6	57	84	4	180	47	5	20	26	1.73
88997072--88997170	27	3.7	27	76	2	101	29	13	18	39	1.88
88997486--88997534	18	2.7	18	90	0	71	22	20	14	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88997873--88997906	17	1.9	18	94	5	61	26	41	17	14	1.88
89004961--89005184	48	4.7	48	85	1	288	26	29	17	26	1.98
89004960--89005184	96	2.3	96	88	1	326	26	29	17	26	1.98
89010676--89010722	14	3.4	14	80	16	53	44	21	4	29	1.71
89014055--89014093	16	2.6	16	88	8	55	17	10	2	69	1.28
89018172--89018267	40	2.5	40	79	6	108	34	39	10	15	1.82
89026268--89026353	9	9.6	9	81	5	102	44	19	9	26	1.81
89026374--89026408	6	5.7	6	96	3	61	17	0	14	68	1.21
89026373--89026416	12	3.5	12	87	6	52	18	0	11	70	1.16
89026444--89026468	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
89026445--89026482	18	2.1	18	95	0	67	7	2	47	42	1.46
89034618--89034661	23	1.9	23	90	0	70	22	20	18	38	1.93
89035649--89035724	23	3.3	23	100	0	152	48	3	21	26	1.67
89038248--89038376	65	2.0	65	100	0	258	31	15	3	49	1.60
89043018--89043189	43	4.0	44	71	13	133	25	16	26	31	1.97
89044542--89044703	41	4.0	41	83	3	157	37	22	16	24	1.93
89044861--89044895	17	2.0	17	88	5	52	20	0	14	65	1.26
89045365--89045433	8	9.3	7	73	16	50	18	1	33	46	1.58
89045366--89045434	22	3.2	20	80	15	59	20	1	33	44	1.60
89045777--89045901	41	3.1	41	89	1	180	32	17	24	25	1.97
89045785--89045921	41	3.4	41	86	2	179	31	18	24	26	1.97
89048028--89048129	43	2.4	43	93	0	168	33	20	15	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89050317--89050613	39	7.6	39	87	3	366	30	26	20	21	1.98
89050318--89050613	78	3.8	78	89	2	443	30	26	20	21	1.98
89050300--89050613	117	2.7	116	85	2	414	31	27	20	21	1.98
89055565--89055598	9	4.0	8	92	3	50	47	14	2	35	1.60
89055564--89055598	18	2.0	17	94	5	61	45	17	2	34	1.63
89055591--89055655	17	3.4	21	66	24	61	46	13	1	38	1.53
89056681--89056728	23	2.1	23	100	0	96	29	16	25	29	1.97
89056684--89056736	23	2.5	22	87	9	65	28	13	26	32	1.93
89060749--89060777	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
89066353--89066530	40	4.5	40	91	2	270	24	21	27	25	2.00
89072429--89072554	66	1.9	66	80	6	148	44	18	26	11	1.83
89072862--89072994	43	3.1	42	79	7	160	24	20	24	30	1.98
89072880--89072994	43	2.7	43	87	0	176	26	20	24	29	1.99
89076727--89076839	43	2.7	42	86	2	145	30	24	17	26	1.97
89079552--89079592	18	2.3	18	86	0	55	34	0	12	53	1.38
89083183--89083268	45	1.9	45	90	0	136	25	11	24	38	1.89
89092133--89092192	28	2.1	29	81	3	68	43	3	21	31	1.69
89100523--89100575	26	2.0	26	100	0	106	37	0	16	45	1.48
89101538--89101667	47	2.8	47	85	0	179	23	14	27	34	1.94
89105705--89105820	43	2.7	43	79	10	128	39	17	13	29	1.88
89105801--89105851	25	2.0	25	88	0	75	37	19	13	29	1.90
89105724--89105926	111	1.8	111	80	2	246	39	17	13	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89105827--89105971	43	3.4	43	81	3	159	40	16	14	28	1.88
89105907--89106079	43	4.0	43	81	4	170	42	17	17	22	1.89
89108150--89108204	16	3.7	17	67	32	54	41	10	18	29	1.84
89108154--89108208	27	2.0	27	100	0	110	40	10	18	30	1.85
89108382--89108556	56	3.3	53	70	20	143	33	25	16	24	1.95
89108416--89108601	45	3.9	45	72	18	160	31	27	15	25	1.96
89108382--89108601	101	2.2	100	85	3	314	31	26	16	25	1.96
89108513--89108601	44	2.0	44	82	8	108	28	29	16	25	1.97
89115052--89115136	6	14.3	6	74	9	68	23	4	3	68	1.25
89115052--89115102	19	2.7	19	93	0	93	21	7	1	68	1.25
89118438--89118508	25	2.8	25	91	4	108	35	9	33	21	1.86
89123897--89124007	58	1.9	58	90	0	177	22	21	23	32	1.98
89124688--89124749	5	13.2	5	81	13	78	24	17	38	19	1.93
89124688--89124741	23	2.3	23	96	0	99	24	14	38	22	1.91
89131457--89132146	43	16.2	42	80	7	648	18	32	32	16	1.94
89132431--89132455	13	1.9	13	100	0	50	16	48	28	8	1.74
89132852--89132972	58	2.1	59	87	4	174	25	21	23	29	1.99
89134109--89134166	23	2.4	25	86	11	77	29	6	3	60	1.39
89134314--89134350	19	2.0	18	89	5	56	56	0	2	40	1.13
89139628--89139801	46	3.8	45	75	15	149	21	19	27	31	1.98
89144464--89146813	128	18.4	127	79	5	2030	18	32	32	16	1.94
89144464--89146813	212	11.1	212	80	4	2174	18	32	32	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89144496--89146813	85	27.3	86	79	4	2263	18	32	32	16	1.94
89144496--89146813	43	54.6	43	79	4	2263	18	32	32	16	1.94
89146802--89146892	42	2.1	42	84	6	112	19	34	27	18	1.96
89155645--89155680	18	1.9	18	88	5	54	47	5	25	22	1.73
89161943--89162014	35	2.1	35	89	0	108	27	25	11	36	1.90
89167119--89167190	35	2.1	35	89	0	108	26	23	12	37	1.90
89170780--89170830	25	2.0	25	100	0	102	23	23	25	27	2.00
89176495--89178116	43	38.5	43	79	7	1406	18	32	32	16	1.94
89176493--89178116	85	19.3	85	77	9	1351	18	32	32	16	1.94
89176783--89176835	28	1.9	26	84	7	61	13	30	33	22	1.92
89176810--89178116	128	10.2	129	83	3	1578	19	32	32	15	1.93
89176810--89178116	340	3.8	342	84	3	1615	19	32	32	15	1.93
89176810--89178028	468	2.6	467	93	2	2011	19	32	32	16	1.94
89179471--89179518	3	16.0	3	82	0	60	58	6	0	35	1.23
89179472--89179520	18	2.7	18	93	0	80	55	8	0	36	1.30
89179471--89179518	12	4.0	12	91	0	69	58	6	0	35	1.23
89180211--89180263	20	2.7	19	80	8	61	3	16	5	73	1.17
89180225--89180263	20	2.0	20	90	5	62	2	15	5	76	1.06
89180405--89180476	23	3.0	24	78	8	76	47	0	1	51	1.09
89180793--89181159	43	8.6	43	82	2	429	16	32	33	17	1.93
89180793--89181159	85	4.3	86	81	3	438	16	32	33	17	1.93
89180772--89181184	128	3.2	129	82	4	498	18	32	31	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89182729--89182796	28	2.4	28	90	4	102	33	26	11	27	1.91
89184287--89184937	43	15.3	42	79	6	559	18	32	33	15	1.93
89186288--89186365	37	2.1	36	88	2	111	25	32	17	24	1.97
89186483--89186916	47	9.1	47	93	3	728	29	30	8	31	1.87
89186483--89186916	96	4.6	96	94	3	731	29	30	8	31	1.87
89190393--89190586	40	4.8	40	88	0	253	25	27	22	24	2.00
89192921--89195538	43	61.6	43	79	5	1618	18	32	32	16	1.94
89192917--89195537	85	30.8	86	80	4	2755	18	32	32	16	1.94
89192917--89195537	128	20.6	129	80	4	2755	18	32	32	16	1.94
89195511--89195622	42	2.6	43	88	4	156	16	31	30	22	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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