genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34445484--34445532	22	2.2	23	82	10	57	40	12	6	40	1.67
34446978--34447005	13	2.2	13	100	0	56	71	0	0	28	0.86
34449009--34449092	28	3.0	28	82	1	98	38	19	23	19	1.93
34451270--34451303	16	2.1	16	94	0	59	70	2	0	26	1.01
34454449--34454473	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
34459336--34459502	43	3.9	42	79	6	151	27	16	23	32	1.96
34468577--34468647	26	2.6	26	84	6	70	43	2	21	32	1.67
34468603--34468647	13	3.5	13	78	0	54	44	2	22	31	1.65
34468592--34468647	26	2.1	27	90	3	87	46	1	21	30	1.62
34484108--34484174	33	2.0	35	82	11	86	74	1	14	8	1.13
34484152--34484197	13	3.4	14	76	11	51	71	4	19	4	1.20
34490453--34490678	39	5.8	39	90	0	353	24	25	27	23	2.00
34496266--34496537	39	7.0	39	93	0	463	22	26	29	22	1.99
34504443--34504474	16	2.0	16	93	0	55	56	28	9	6	1.55
34504670--34504790	28	4.3	28	83	1	134	27	15	33	23	1.95
34509327--34509431	28	3.8	28	87	0	147	27	15	30	26	1.96
34537815--34537839	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
34539449--34539534	44	2.0	44	97	0	163	36	13	11	38	1.82
34542960--34543025	29	2.3	29	89	0	96	27	13	30	28	1.94
34542960--34543050	29	3.2	29	81	4	87	28	10	31	28	1.91
34549431--34549566	40	3.4	40	87	3	186	23	21	28	26	1.99
34557454--34557631	40	4.5	40	91	2	261	23	23	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34565592--34565644	27	2.0	27	92	0	88	35	18	15	30	1.92
34565904--34565981	22	3.5	22	96	0	138	10	26	26	35	1.89
34565903--34565995	22	4.2	22	90	0	123	10	29	25	34	1.90
34583537--34583596	23	2.6	23	97	0	111	21	30	28	20	1.98
34594417--34594589	48	3.6	48	83	2	168	27	17	28	27	1.98
34594514--34594674	42	3.7	42	83	5	151	25	14	29	30	1.95
34594607--34594855	90	2.8	90	85	3	324	29	18	25	25	1.98
34594563--34594759	42	4.5	42	75	7	169	27	16	27	27	1.97
34594649--34594812	48	3.6	47	72	9	149	32	20	21	25	1.97
34600861--34600920	16	3.7	16	70	16	52	46	1	8	43	1.43
34601797--34601831	17	2.0	18	88	5	54	37	0	20	42	1.52
34601937--34601982	19	2.4	19	85	0	65	15	17	30	36	1.91
34611213--34611320	26	4.2	26	92	0	180	32	8	23	36	1.84
34612944--34613082	27	5.1	27	82	8	158	17	21	24	35	1.95
34612944--34613100	54	2.9	53	86	2	208	19	21	23	35	1.96
34618028--34618074	5	9.8	5	88	6	55	42	0	0	57	0.98
34618031--34618064	16	2.1	16	94	0	59	41	0	0	58	0.98
34618169--34618211	14	3.1	14	86	3	61	72	0	11	16	1.13
34619901--34620133	45	5.2	45	92	0	358	19	20	20	39	1.92
34620308--34620590	36	7.6	36	70	14	182	35	10	15	38	1.83
34620308--34620590	18	15.3	18	72	11	133	35	10	15	38	1.83
34620308--34620510	72	2.8	70	81	6	228	35	9	15	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34620308--34620511	54	3.8	53	73	15	150	35	10	15	38	1.81
34621448--34621500	24	2.2	24	90	3	81	35	16	22	24	1.95
34621513--34621634	48	2.5	50	78	10	130	38	20	23	17	1.93
34623735--34623835	47	2.1	47	90	0	157	26	15	25	31	1.96
34626087--34626133	22	2.1	22	96	0	85	29	17	14	38	1.89
34626089--34626158	22	3.0	24	82	10	83	31	18	14	35	1.91
34633520--34633581	30	2.1	30	93	0	106	24	16	6	53	1.66
34639622--34639658	18	2.1	18	90	10	58	32	5	2	59	1.34
34640333--34640375	22	2.0	22	90	0	68	25	27	2	44	1.66
34641433--34641591	54	2.9	53	75	7	149	24	25	23	25	2.00
34651518--34651549	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
34651515--34651909	50	7.8	50	77	7	332	27	17	23	31	1.97
34651621--34651788	51	3.3	50	74	8	162	27	18	22	30	1.97
34651566--34651848	101	2.8	101	86	2	381	27	18	22	31	1.97
34657674--34657716	22	2.0	21	86	13	61	4	18	2	74	1.10
34657737--34657986	137	1.8	135	80	8	299	41	10	5	43	1.60
34659244--34659346	23	4.5	23	77	8	93	35	14	23	26	1.93
34677866--34677898	16	2.1	16	94	0	57	24	9	6	60	1.49
34682007--34682102	34	2.8	33	83	10	115	27	23	22	26	2.00
34688057--34688089	8	4.1	8	92	0	57	15	0	51	33	1.43
34688966--34689052	34	2.6	34	87	3	113	25	25	24	25	2.00
34693270--34693532	40	6.6	39	85	4	287	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34700132--34700394	40	6.6	39	85	4	287	26	27	21	24	1.99
34704670--34704756	6	14.3	6	74	11	70	51	12	16	19	1.75
34705023--34705091	25	2.8	25	86	2	95	24	21	26	27	1.99
34705010--34705091	25	3.4	24	81	9	87	24	21	23	30	1.99
34705123--34705187	11	6.1	11	71	5	53	32	18	13	35	1.90
34705137--34705187	21	2.4	21	86	0	66	31	21	11	35	1.90
34705465--34705714	27	9.3	27	86	3	333	24	20	18	35	1.95
34705466--34705706	81	3.0	81	92	0	374	24	21	18	35	1.96
34705696--34705776	27	3.0	27	87	0	117	35	12	16	35	1.86
34705494--34705741	81	3.1	80	86	3	318	26	19	17	36	1.94
34709052--34709144	46	2.0	46	100	0	186	38	8	6	46	1.60
34711405--34711460	25	2.2	25	100	0	112	46	30	3	19	1.67
34718241--34718401	40	4.0	40	85	3	207	26	27	21	24	1.99
34720329--34720380	26	2.0	26	85	7	70	36	17	5	40	1.73
34720538--34720608	25	2.8	25	78	0	61	33	18	23	23	1.96
34729142--34729313	50	3.6	48	76	15	162	25	30	17	26	1.97
34734510--34734766	40	6.4	40	80	4	297	27	28	21	23	1.99
34734510--34734766	80	3.2	80	91	2	376	27	28	21	23	1.99
34743007--34743263	40	6.4	40	82	4	315	28	28	21	22	1.99
34743007--34743263	80	3.2	80	91	2	394	28	28	21	22	1.99
34747418--34747456	21	1.9	21	89	5	62	25	28	33	12	1.93
34748602--34748783	46	3.9	46	73	13	149	24	26	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34756865--34757082	40	5.5	40	89	2	316	24	22	27	24	2.00
34764896--34765070	40	4.4	40	89	3	257	22	22	28	25	1.99
34767777--34767861	41	2.1	41	97	0	161	41	22	11	24	1.87
34768358--34768407	23	2.2	23	85	7	66	38	32	2	28	1.68
34769526--34769632	43	2.5	43	75	4	108	33	24	12	29	1.91
34771337--34771473	67	2.0	67	97	0	256	38	18	7	35	1.79
34776128--34776314	40	4.7	40	94	1	304	24	20	25	29	1.99
34776127--34776378	40	6.3	40	89	3	303	23	20	26	28	1.99
34786308--34786675	201	1.8	201	91	0	610	31	23	20	24	1.98
34786684--34786730	21	2.2	22	85	11	62	40	48	4	6	1.48
34790162--34790217	27	2.3	23	85	14	69	32	23	28	16	1.96
34790634--34790689	27	2.1	26	86	3	76	32	16	19	32	1.94
34793308--34793373	25	2.7	25	76	2	62	33	18	22	25	1.97
34795241--34795265	12	2.1	12	100	0	50	16	36	8	40	1.77
34819465--34819515	18	2.8	18	84	0	75	47	11	17	23	1.81
34819845--34820009	27	6.1	27	81	3	199	41	20	13	24	1.88
34822248--34822469	48	4.7	48	70	12	170	27	20	23	27	1.99
34823640--34823709	31	2.3	31	97	0	131	17	34	32	15	1.91
34829796--34829920	48	2.6	48	78	5	128	29	20	20	28	1.98
34831702--34831772	30	2.4	29	83	4	88	40	9	29	19	1.84
34833334--34833412	25	3.3	25	66	10	74	29	5	27	37	1.78
34833337--34833431	47	2.0	47	97	0	181	29	6	26	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34833353--34833426	25	3.1	25	65	11	73	29	6	29	33	1.83
34857615--34857684	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
34857615--34857712	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
34863504--34863536	14	2.4	14	90	10	50	60	0	0	39	0.97
34867176--34867289	56	2.0	56	87	3	165	37	21	16	23	1.93
34867178--34867302	56	2.2	58	84	5	148	37	22	14	25	1.92
34867295--34867432	57	2.4	56	78	5	143	35	23	18	22	1.95
34867139--34867435	29	10.4	28	76	6	188	37	22	16	23	1.94
34867355--34867462	56	1.9	56	82	0	135	35	22	21	21	1.96
34873414--34873454	20	2.0	20	95	0	73	63	0	7	29	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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