genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.288.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94521383--94521475	27	3.5	26	75	10	82	24	23	11	39	1.88
94522495--94522519	12	2.1	12	100	0	50	36	24	16	24	1.94
94525551--94525592	18	2.3	19	88	12	61	42	4	0	52	1.22
94531472--94531531	30	2.0	29	87	3	84	40	6	23	30	1.80
94538785--94538908	45	2.8	43	77	9	126	23	29	23	24	1.99
94538801--94538911	45	2.5	45	78	11	131	26	27	22	24	2.00
94539079--94539322	43	5.7	43	92	1	346	35	20	13	30	1.91
94541026--94541062	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
94543121--94543244	45	2.8	43	77	9	126	23	29	23	24	1.99
94543137--94543247	45	2.5	45	78	11	131	26	27	22	24	2.00
94543415--94543610	43	4.6	43	89	1	250	36	19	12	31	1.89
94547439--94547841	47	8.4	47	89	2	536	32	8	29	29	1.88
94547960--94548038	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
94552553--94552577	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
94555984--94556169	45	4.1	42	84	9	167	22	15	17	45	1.85
94556009--94556177	45	3.8	45	91	0	266	21	14	17	46	1.83
94558498--94558540	21	2.0	21	100	0	86	23	11	23	41	1.87
94558750--94558799	10	5.0	10	83	9	66	70	2	6	22	1.20
94558814--94558851	13	2.8	13	88	4	58	44	15	0	39	1.47
94562234--94562312	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
94562431--94562677	47	5.3	47	95	0	422	28	30	8	31	1.88
94569830--94569957	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94569830--94569957	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
94571604--94571672	32	2.2	32	94	0	120	53	15	7	23	1.67
94574239--94574394	67	2.4	64	81	7	181	30	17	30	21	1.96
94577782--94577924	75	1.9	75	82	0	178	27	12	30	29	1.93
94596950--94597015	18	3.7	18	71	17	66	66	6	3	24	1.28
94600712--94600899	40	4.7	40	69	11	107	37	25	18	19	1.93
94600796--94601019	120	1.9	120	83	0	295	37	25	16	20	1.93
94600800--94601007	40	5.2	39	77	2	164	36	25	16	21	1.94
94607626--94607704	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
94607823--94608376	47	11.6	47	91	3	874	29	30	8	31	1.88
94607823--94608376	145	3.9	143	94	1	950	29	30	8	31	1.88
94607823--94608376	192	2.9	188	90	4	883	29	30	8	31	1.88
94619652--94619692	21	2.0	21	85	9	57	36	4	7	51	1.51
94621113--94621166	26	2.1	25	82	3	63	66	1	1	29	1.12
94621112--94621166	25	2.2	25	77	6	58	65	1	1	30	1.13
94621439--94621497	27	2.1	29	81	12	70	28	5	1	64	1.24
94621519--94621598	34	2.2	38	86	8	114	30	0	0	70	0.88
94621628--94621676	19	2.4	21	76	6	57	36	4	4	55	1.38
94630787--94630888	43	2.4	42	82	6	125	29	14	26	29	1.95
94636056--94636114	30	1.9	31	82	3	75	27	20	3	49	1.65
94639239--94639335	27	3.6	27	72	8	81	22	20	19	37	1.95
94643974--94644013	19	2.0	20	85	4	55	35	15	12	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94649838--94650087	41	6.1	40	88	2	277	33	22	23	21	1.98
94649869--94650087	41	5.4	41	89	0	314	32	22	23	21	1.98
94650554--94650597	21	2.1	21	83	8	54	36	0	36	27	1.57
94656078--94656176	43	2.3	43	93	6	166	23	18	28	30	1.97
94659663--94659736	35	2.1	35	100	0	148	41	16	9	32	1.80
94662410--94662435	12	2.2	12	100	0	52	84	0	0	15	0.62
94676445--94676499	21	2.6	21	76	0	65	30	38	7	23	1.82
94682341--94682376	16	2.2	16	90	9	56	41	25	0	33	1.55
94683616--94683768	51	3.0	51	94	0	261	29	9	26	33	1.89
94686793--94687157	182	2.0	182	98	0	703	29	26	6	37	1.82
94687667--94687711	23	2.0	23	91	4	74	26	13	17	42	1.86
94687693--94687760	32	2.1	33	78	13	79	26	8	22	42	1.82
94687787--94687821	16	2.2	16	89	0	52	28	0	28	42	1.56
94698354--94698391	18	2.2	18	95	4	69	34	0	31	34	1.58
94699539--94699585	23	2.0	23	95	0	85	36	17	10	36	1.84
94701793--94701913	40	3.0	40	88	0	197	28	28	21	21	1.99
94709626--94709819	96	2.0	96	95	0	352	27	22	19	31	1.97
94717067--94717234	43	3.9	44	76	9	152	33	23	13	28	1.93
94718853--94718934	30	2.6	33	78	11	98	35	21	12	30	1.90
94722959--94723109	50	3.0	50	99	0	293	35	27	11	25	1.91
94725433--94725465	13	2.4	14	90	5	50	63	12	0	24	1.28
94726512--94726749	56	4.2	56	91	0	368	34	23	13	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94732236--94732332	43	2.3	43	90	3	151	31	21	25	20	1.98
94735936--94735985	26	1.9	26	91	0	82	42	22	20	16	1.89
94735939--94735995	26	2.2	26	83	0	69	45	21	19	14	1.85
94736009--94736085	27	2.9	27	80	7	86	36	16	22	24	1.94
94741882--94741909	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
94747157--94747209	21	2.5	21	81	0	70	30	24	28	16	1.97
94747168--94747217	21	2.3	21	86	6	73	32	28	28	12	1.92
94747143--94747229	21	4.0	23	73	10	65	36	24	21	17	1.94
94747602--94747658	15	3.9	15	90	2	89	50	10	0	38	1.37
94748930--94748971	5	8.4	5	100	0	84	59	0	0	40	0.97
94748994--94749022	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
94751534--94751573	19	2.1	19	100	0	80	35	15	10	40	1.80
94757588--94757724	9	14.7	9	72	15	75	63	2	2	31	1.21
94757590--94757669	17	4.3	18	77	10	81	67	1	1	30	1.06
94757595--94757724	47	2.8	45	75	19	113	62	2	3	32	1.23
94766219--94766260	21	2.1	21	82	8	52	52	30	2	14	1.54
94767586--94767691	43	2.5	43	81	4	135	31	21	17	29	1.97
94770176--94770228	15	3.5	15	72	10	54	39	7	9	43	1.65
94770171--94770233	30	2.1	30	93	0	108	39	6	9	44	1.62
94770792--94770837	23	2.0	23	95	0	83	41	13	6	39	1.70
94773511--94773540	13	2.3	13	100	0	60	26	10	23	40	1.86
94773513--94773588	39	1.9	39	84	7	100	40	7	17	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94783232--94783280	23	2.2	21	85	7	62	71	2	0	26	0.97
94784759--94784806	23	2.1	23	100	0	96	27	16	12	43	1.84
94785189--94785247	31	1.9	31	89	6	93	35	11	11	40	1.79
94785538--94785562	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
94786549--94786589	21	2.0	21	90	0	64	26	29	19	24	1.98
94786623--94786691	31	2.3	31	85	7	88	21	8	20	49	1.76
94788136--94788187	23	2.3	21	81	18	61	65	0	5	28	1.16
94788142--94788224	19	4.6	18	71	24	59	63	1	6	28	1.25
94788191--94788248	27	2.2	25	85	11	73	65	3	6	24	1.33
94788195--94788248	25	2.2	24	81	15	65	64	3	7	24	1.35
94788158--94788232	33	2.2	35	81	11	93	66	2	4	26	1.22
94805018--94805224	28	7.5	28	93	1	328	32	28	13	25	1.94
94805018--94805251	84	2.8	83	85	3	301	32	27	13	26	1.93
94810944--94811224	79	3.6	79	87	6	387	26	27	21	24	1.99
94810946--94811224	40	7.2	40	87	7	380	26	27	21	24	1.99
94814474--94814525	23	2.4	22	83	6	61	46	0	7	46	1.31
94875830--94876112	40	7.2	40	90	4	441	23	22	27	26	2.00
94884911--94884944	18	1.9	17	94	5	59	26	8	0	64	1.22
94886380--94886443	27	2.4	26	82	7	74	21	21	18	37	1.94
94888621--94888654	13	2.6	13	90	0	50	47	0	20	32	1.51
94895939--94895971	16	2.1	16	94	0	57	39	6	9	45	1.61
94896721--94896755	18	1.9	18	94	0	61	22	45	8	22	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94903452--94903492	21	2.0	21	90	0	64	46	12	2	39	1.54
94903479--94903519	19	2.2	19	91	8	66	41	7	4	46	1.53
94907761--94907811	6	8.3	6	91	4	75	78	3	1	15	0.99
94909906--94909945	19	2.2	19	86	4	55	52	0	45	2	1.14
94919701--94919741	21	2.0	21	95	0	73	43	9	2	43	1.50
94920918--94920959	22	1.9	22	90	0	66	14	9	21	54	1.68
94924805--94924840	18	2.0	18	94	0	63	22	13	30	33	1.93
94925400--94925455	21	2.7	21	97	0	103	28	19	23	28	1.98
94932893--94932930	17	2.2	17	90	0	58	60	2	2	34	1.24
94938202--94938242	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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