genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89195854--89195917	24	2.7	24	80	4	67	23	35	31	9	1.87
89198037--89198157	58	2.1	59	88	1	181	24	20	22	32	1.98
89202511--89202704	96	2.0	96	85	2	264	13	33	17	36	1.88
89207484--89207510	9	3.0	9	100	0	54	11	11	44	33	1.75
89207831--89207877	24	2.0	24	95	0	85	23	36	34	6	1.80
89213424--89213544	58	2.1	59	88	1	181	24	19	23	32	1.97
89214207--89214240	5	7.2	5	87	12	54	23	17	38	20	1.93
89231316--89231443	28	4.5	28	84	2	157	29	12	24	33	1.92
89231316--89231443	29	4.5	29	85	2	154	29	12	24	33	1.92
89235539--89235637	43	2.3	43	85	1	128	20	33	29	17	1.95
89235611--89238353	43	64.6	43	76	5	2185	19	31	30	18	1.96
89235611--89238353	128	21.5	129	78	4	2185	19	31	30	18	1.96
89235497--89238354	85	33.7	84	75	6	2020	19	31	30	18	1.96
89235911--89238373	382	6.5	381	76	7	1481	19	31	30	18	1.95
89238961--89239082	58	2.1	59	85	1	165	24	18	23	32	1.97
89239515--89239900	195	2.0	184	87	6	540	28	24	25	21	1.99
89249264--89249438	46	3.8	46	74	7	183	29	27	21	22	1.99
89249269--89249439	93	1.8	93	89	0	270	28	28	21	21	1.98
89249362--89249447	46	1.9	45	85	4	120	30	30	19	19	1.97
89249857--89249916	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
89256826--89256996	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
89256821--89256993	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89257410--89257468	30	2.0	29	86	3	82	30	25	6	37	1.82
89262432--89262490	29	2.0	31	83	9	79	64	11	15	8	1.49
89263127--89264093	43	22.7	42	75	9	576	19	32	30	17	1.95
89263127--89264012	85	10.4	85	79	8	619	19	32	31	17	1.95
89263127--89264093	170	5.7	170	79	7	847	19	32	30	17	1.95
89264045--89264133	42	2.1	43	83	6	110	20	30	26	22	1.98
89264366--89264430	24	2.7	24	85	2	85	21	30	35	12	1.90
89268357--89268574	40	5.5	40	92	1	350	23	22	28	26	1.99
89268810--89268919	55	2.0	55	100	0	220	27	16	16	40	1.89
89274262--89274370	58	1.9	57	84	5	148	26	17	17	38	1.92
89274803--89275168	195	1.9	186	87	7	529	30	27	24	18	1.97
89278101--89278171	35	2.0	35	83	0	88	26	22	9	40	1.85
89283273--89283343	35	2.0	35	91	0	115	26	23	12	36	1.91
89289454--89289486	13	2.6	13	95	4	59	30	0	15	54	1.41
89294483--89294527	6	7.5	6	97	0	81	15	2	0	82	0.77
89294494--89294534	18	2.3	18	86	0	55	19	4	0	75	0.98
89296395--89296430	11	3.3	11	96	0	63	58	22	19	0	1.40
89297466--89297498	13	2.6	13	95	4	59	30	0	15	54	1.41
89302045--89302078	17	2.0	17	100	0	68	35	11	17	35	1.87
89303069--89303283	46	4.6	46	80	5	216	27	19	28	24	1.98
89303072--89303385	46	6.7	46	74	8	186	25	19	29	25	1.99
89303072--89303283	94	2.3	94	83	0	253	28	18	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89303818--89303888	34	2.1	34	97	0	133	39	11	22	26	1.88
89305072--89305396	49	6.8	49	75	11	203	27	20	28	24	1.99
89305072--89305346	98	2.9	94	81	7	304	27	20	28	23	1.99
89305072--89305359	49	6.0	49	78	11	229	27	19	28	24	1.99
89307278--89307464	40	4.7	40	89	2	286	19	19	28	32	1.96
89311152--89311647	48	10.1	48	90	5	771	35	6	27	31	1.81
89311617--89311675	28	2.1	28	93	0	100	38	0	23	37	1.55
89311569--89311711	76	1.9	76	92	0	241	35	4	27	32	1.76
89311625--89311683	28	2.1	28	87	0	82	35	3	27	33	1.74
89311848--89311950	37	2.8	37	95	0	179	23	21	32	23	1.98
89313153--89313177	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
89315054--89315132	25	3.3	25	69	16	85	35	3	29	31	1.75
89315029--89315182	47	3.3	47	93	0	272	33	7	29	29	1.84
89319905--89319955	23	2.2	24	96	3	95	64	13	3	17	1.42
89328195--89328399	64	3.2	64	85	6	236	32	15	27	24	1.95
89328219--89328399	64	2.8	64	89	4	251	29	15	29	25	1.96
89332285--89332324	21	2.0	21	90	5	64	22	30	37	10	1.87
89333645--89333955	46	6.7	45	75	10	279	24	28	17	29	1.97
89333642--89333958	94	3.4	92	76	8	295	24	28	18	29	1.98
89333648--89333956	140	2.2	140	99	0	609	24	27	17	29	1.97
89341466--89341632	46	3.6	46	83	3	183	23	28	17	29	1.97
89347186--89347392	40	5.2	40	88	4	278	25	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89355192--89355447	40	6.5	40	91	3	335	25	27	22	24	2.00
89358965--89359000	15	2.4	15	85	0	54	36	41	2	19	1.66
89364853--89364902	23	2.2	23	92	3	84	26	26	4	44	1.72
89367726--89367901	90	2.0	90	91	0	289	23	18	20	37	1.94
89374012--89374059	23	2.1	23	100	0	96	33	31	4	31	1.77
89376712--89376739	6	4.7	6	100	0	56	82	0	0	17	0.68
89389083--89389139	28	2.1	27	96	3	105	22	24	7	45	1.77
89389935--89389998	29	2.3	27	82	17	78	34	23	23	18	1.96
89396169--89396198	15	2.0	15	93	0	51	30	6	0	63	1.20
89396751--89396812	27	2.3	26	78	8	70	27	1	8	62	1.32
89399593--89399648	21	2.8	20	74	12	53	55	5	7	32	1.50
89400857--89400921	32	2.0	32	96	0	121	32	15	10	41	1.81
89402098--89402134	15	2.4	16	82	13	51	21	5	0	72	1.04
89403542--89403569	14	2.0	14	100	0	56	57	14	14	14	1.66
89409418--89409457	21	2.0	20	85	5	53	10	20	7	62	1.50
89412215--89412245	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
89413245--89413278	7	4.9	7	96	0	59	14	32	14	38	1.87
89418377--89418415	16	2.3	18	86	8	55	69	0	2	28	1.02
89421333--89421380	19	2.6	19	80	6	55	70	18	10	0	1.15
89429837--89429872	16	2.2	16	90	0	54	30	19	2	47	1.64
89433480--89433625	28	5.1	28	91	4	231	28	30	14	27	1.95
89441841--89441881	3	13.7	3	89	0	55	29	36	4	29	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89441828--89441881	12	4.5	12	80	0	54	27	38	5	27	1.79
89442939--89443250	72	4.3	72	86	2	414	54	14	6	25	1.63
89443675--89443727	18	2.9	18	91	0	88	41	13	13	32	1.82
89446622--89446688	34	1.9	35	93	3	118	44	10	5	38	1.63
89448549--89448620	21	3.3	22	74	16	78	47	20	15	16	1.83
89448785--89448826	22	1.9	22	95	0	75	30	11	9	47	1.72
89449925--89449963	21	1.9	20	89	5	60	23	38	0	38	1.55
89452760--89452786	13	2.1	13	100	0	54	29	14	0	55	1.40
89454950--89455039	46	2.0	46	95	0	162	34	13	7	44	1.72
89457995--89458040	23	2.0	24	83	8	60	69	2	10	17	1.27
89461976--89462005	10	2.9	10	95	5	51	86	0	10	3	0.67
89531691--89531935	46	5.7	46	70	19	161	32	20	20	26	1.97
89531687--89532057	44	8.6	42	72	13	206	31	20	21	26	1.98
89533386--89533459	3	25.3	3	80	5	89	31	2	2	63	1.22
89536492--89536669	93	1.9	93	89	0	275	43	20	23	11	1.85
89539146--89539497	25	14.1	25	73	15	221	29	5	2	61	1.33
89539391--89539452	19	3.1	19	79	6	70	25	1	3	69	1.13
89540938--89540970	10	3.0	11	86	13	50	63	0	9	27	1.24
89541512--89541554	18	2.3	18	84	4	50	60	2	11	25	1.43
89546959--89547061	38	2.6	39	72	13	95	24	18	25	32	1.97
89552440--89552491	15	3.0	18	84	15	58	59	0	0	40	0.97
89555674--89555724	20	2.5	19	84	9	57	62	3	1	31	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89555899--89555957	19	3.1	20	81	13	63	64	1	5	28	1.24
89555928--89555985	30	1.9	30	86	6	82	62	0	1	36	1.06
89556287--89556328	9	4.7	9	80	11	50	71	4	2	21	1.16
89556282--89556372	27	3.4	26	78	6	83	65	4	3	26	1.26
89556286--89556362	26	3.0	25	83	5	75	63	5	2	28	1.29
89556375--89556430	20	2.7	21	83	8	62	60	0	7	32	1.24
89556386--89556430	20	2.1	22	88	8	67	60	0	8	31	1.28
89556706--89556741	9	4.1	9	89	7	56	33	0	0	66	0.92
89556706--89556739	17	2.0	17	94	0	59	32	0	0	67	0.91
89556698--89556757	10	6.3	9	75	14	50	36	0	5	58	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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