genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.300.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98432551--98432581	13	2.4	13	100	0	62	41	6	29	22	1.78
98460716--98460817	35	2.9	35	76	0	114	26	8	20	44	1.81
98460719--98460898	70	2.6	71	80	5	170	30	9	18	41	1.82
98460890--98460995	50	2.1	52	82	3	126	32	3	19	44	1.69
98461820--98461896	38	2.0	38	97	0	145	27	10	23	38	1.87
98465733--98465769	17	2.2	17	86	13	51	43	18	8	29	1.79
98473516--98473554	20	2.0	20	100	0	78	41	10	28	20	1.85
98474694--98474748	20	2.7	20	78	16	58	40	3	1	54	1.28
98475104--98475134	16	2.0	15	93	6	53	70	0	29	0	0.87
98476125--98476235	45	2.5	45	86	2	161	22	18	17	41	1.90
98482292--98482402	38	3.0	37	72	18	97	38	1	2	56	1.24
98482352--98482406	20	2.7	20	81	16	67	40	1	1	56	1.21
98482343--98482409	26	2.6	26	79	9	66	37	1	1	59	1.16
98482705--98482742	13	2.8	14	84	4	51	76	0	7	15	1.01
98482780--98482810	16	2.0	15	93	6	53	70	0	29	0	0.87
98483511--98483589	40	2.0	40	82	0	95	35	8	16	39	1.80
98483802--98483912	45	2.5	45	88	2	161	21	18	18	42	1.89
98483780--98483919	45	2.9	50	74	16	141	20	20	18	40	1.91
98484609--98484638	9	3.4	9	95	4	53	90	0	0	10	0.47
98484607--98484638	8	3.9	8	92	8	55	87	0	0	12	0.54
98487124--98487157	15	2.3	15	90	5	52	70	0	29	0	0.87
98488470--98488589	46	2.6	45	88	5	161	27	20	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98488510--98488630	46	2.6	46	86	2	152	26	20	31	21	1.98
98488650--98488829	49	3.7	49	79	2	157	29	19	26	25	1.98
98488607--98488822	98	2.3	96	81	6	235	26	18	27	27	1.98
98498328--98498428	49	2.1	49	100	0	202	38	17	12	30	1.88
98500602--98500700	33	3.0	33	90	0	162	18	10	40	31	1.83
98507430--98507735	154	2.0	154	98	0	594	44	8	17	29	1.79
98507745--98507777	14	2.4	14	100	0	66	48	9	30	12	1.71
98508248--98508290	22	2.0	22	90	0	68	46	16	2	34	1.60
98510594--98510636	22	2.0	22	90	0	68	46	16	2	34	1.60
98512749--98512803	27	2.0	27	83	13	69	21	29	1	47	1.61
98516639--98516691	26	2.0	26	100	0	106	37	18	7	35	1.80
98530457--98530510	26	2.1	26	100	0	108	22	7	11	59	1.56
98534144--98534210	34	2.0	33	88	8	100	55	1	2	40	1.24
98539742--98539880	46	3.0	46	92	1	215	39	14	23	22	1.91
98539750--98539917	46	3.5	48	87	6	209	42	13	23	20	1.87
98543218--98543288	32	2.2	32	80	5	81	29	4	15	50	1.63
98544541--98544583	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
98544659--98544704	19	2.4	19	85	3	65	47	13	10	28	1.76
98546201--98546244	13	3.6	13	82	17	58	40	47	2	9	1.48
98546246--98546309	6	10.2	6	74	15	58	73	1	1	23	1.01
98546272--98546310	20	2.0	20	89	0	60	76	2	2	17	1.01
98546328--98546395	9	7.6	9	89	0	109	26	10	19	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98550311--98550358	24	2.0	24	100	0	96	41	29	4	25	1.74
98551136--98551218	41	2.0	41	95	0	148	42	13	20	24	1.87
98554425--98554553	31	4.3	30	80	10	147	31	20	3	44	1.69
98554438--98554494	17	3.6	17	67	23	52	35	19	1	43	1.61
98555851--98555893	12	3.4	12	78	12	50	65	9	6	18	1.44
98560258--98560338	42	1.9	42	100	0	162	29	12	28	29	1.93
98560901--98560958	9	6.3	9	78	13	57	62	1	0	36	1.06
98560901--98560936	17	2.0	17	89	10	54	66	2	0	30	1.06
98561269--98561310	16	2.5	17	85	11	52	57	2	0	40	1.12
98568406--98568499	49	2.0	49	89	4	147	45	6	3	44	1.45
98568921--98568953	15	2.1	16	88	5	50	24	12	6	57	1.57
98569054--98569100	22	2.2	21	88	3	67	29	4	0	65	1.11
98575236--98575293	21	2.8	21	77	12	57	32	0	0	67	0.91
98576798--98576837	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
98580914--98580938	13	1.9	13	100	0	50	28	8	32	32	1.86
98585849--98585880	15	2.1	16	88	11	50	50	0	0	50	1.00
98587519--98587605	9	9.7	9	78	9	88	18	27	50	3	1.63
98587516--98587605	36	2.5	36	92	0	144	18	26	51	3	1.62
98587591--98587736	39	3.8	39	90	4	210	14	34	42	8	1.75
98593318--98593348	7	4.4	7	95	0	53	22	0	19	58	1.40
98595210--98595267	25	2.4	23	78	18	64	53	0	1	44	1.10
98595217--98595264	25	1.9	25	87	8	71	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98596623--98596669	19	2.3	21	79	13	55	44	4	12	38	1.62
98596839--98596879	21	1.9	22	85	5	57	41	0	4	53	1.22
98596907--98596954	24	2.0	23	84	11	62	47	10	4	37	1.57
98596972--98597017	5	8.6	5	81	13	56	39	0	2	58	1.10
98597048--98597110	29	2.1	30	82	8	76	61	6	30	1	1.30
98598303--98598352	15	3.3	15	80	0	64	36	4	12	48	1.59
98598795--98598891	27	3.6	27	72	22	80	17	3	38	41	1.65
98606938--98606973	3	12.0	3	93	0	63	0	63	0	36	0.94
98611924--98611966	4	10.8	4	84	0	59	46	20	2	30	1.63
98622674--98622746	38	1.9	38	84	13	98	35	15	9	39	1.80
98623991--98624030	21	2.0	20	85	5	53	15	7	12	65	1.47
98626012--98626086	18	4.4	17	71	25	52	32	6	4	57	1.43
98628312--98628357	24	2.0	24	87	8	69	60	0	0	39	0.97
98628308--98628358	23	2.4	21	81	18	61	58	0	0	41	0.98
98630812--98630859	25	1.9	25	83	8	62	25	14	6	54	1.63
98630920--98630953	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
98634538--98634595	26	2.2	26	96	0	107	17	20	0	62	1.33
98634538--98634603	26	2.5	26	90	4	89	19	19	0	60	1.36
98635781--98635814	16	2.1	17	88	5	52	44	2	5	47	1.42
98637336--98637383	20	2.4	20	75	10	53	43	2	22	31	1.65
98643472--98643553	27	3.2	25	80	16	89	35	1	3	59	1.23
98654634--98654806	84	2.1	84	97	1	330	41	4	8	46	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98654873--98655147	113	2.5	113	95	3	497	46	18	6	28	1.74
98654971--98655147	51	3.3	51	82	17	239	47	18	6	27	1.74
98655014--98655147	62	2.2	62	93	5	227	49	18	5	26	1.70
98655093--98655203	33	3.4	34	82	10	115	43	17	8	31	1.78
98658223--98659321	119	9.2	119	97	1	2040	43	2	6	47	1.40
98658909--98658943	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
98659150--98659184	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
98659270--98659304	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
98659540--98659609	17	4.2	17	94	1	117	35	38	1	24	1.64
98659540--98659609	33	2.1	33	92	5	115	35	38	1	24	1.64
98659730--98659979	50	5.0	50	96	1	439	53	0	5	40	1.24
98659760--98660097	15	26.6	14	63	33	76	52	0	6	40	1.28
98659730--98660114	100	4.0	100	84	14	554	52	0	5	41	1.26
98659935--98660013	37	2.2	35	91	8	124	50	0	7	41	1.31
98659871--98660048	87	2.0	87	98	0	347	52	0	7	40	1.29
98659771--98660113	187	1.8	187	96	1	643	52	0	6	40	1.27
98659958--98660113	50	3.1	50	95	1	278	51	0	6	41	1.27
98659974--98660114	23	5.7	24	76	17	146	52	0	6	41	1.27
98659871--98660126	87	3.0	86	88	8	330	51	0	6	41	1.28
98664402--98664516	43	2.7	43	80	8	126	28	18	21	31	1.97
98667960--98668127	46	3.7	46	94	2	288	28	22	15	33	1.95
98669047--98669163	47	2.4	47	83	5	128	29	13	25	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98673132--98673282	46	3.3	46	99	0	293	36	11	22	29	1.90
98673224--98673348	66	1.9	66	93	0	214	39	12	21	27	1.89
98673283--98673486	46	4.5	46	93	1	333	34	15	22	27	1.94
98673178--98673394	112	1.9	112	92	0	362	37	12	21	28	1.90
98673129--98673440	158	2.0	158	93	0	534	36	12	21	28	1.91
98677562--98677702	21	6.8	21	72	9	101	20	20	15	43	1.88
98677648--98677744	21	4.6	21	81	0	113	17	23	16	42	1.89
98677594--98677709	42	2.8	42	82	5	144	18	21	16	43	1.87
98677594--98677723	42	3.1	42	79	6	138	19	21	15	43	1.87
98685542--98685570	12	2.5	12	94	5	51	48	6	31	13	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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