genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2221738--2221779	18	2.3	18	83	0	57	26	52	4	16	1.63
2221489--2221778	129	2.3	126	85	3	361	21	52	5	20	1.67
2221751--2221813	21	3.0	22	71	22	53	26	53	1	17	1.52
2221788--2221857	27	2.8	24	71	6	59	28	52	5	12	1.62
2232009--2232070	31	2.0	31	87	6	90	29	25	9	35	1.88
2232691--2232763	12	6.4	12	70	25	52	45	0	1	53	1.09
2232698--2232765	24	3.0	24	77	12	81	45	0	1	52	1.09
2232687--2232767	7	11.3	7	75	19	60	48	0	1	50	1.08
2233910--2233977	22	3.0	22	85	6	93	16	22	19	42	1.89
2235699--2235737	19	2.1	18	90	4	60	66	0	0	33	0.92
2235730--2235769	19	2.1	19	90	0	62	42	2	7	47	1.45
2244669--2244907	41	5.8	41	88	6	299	27	20	24	28	1.99
2252305--2252530	41	5.5	41	89	6	291	27	19	24	28	1.99
2260292--2260348	23	2.4	23	76	5	60	36	0	3	59	1.14
2262631--2262655	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
2274779--2274817	18	2.2	17	86	13	53	69	0	0	30	0.89
2274779--2274817	8	4.5	8	87	12	51	69	0	0	30	0.89
2275008--2275055	23	2.0	24	88	4	71	66	0	0	33	0.92
2275009--2275075	23	3.1	23	68	25	56	67	0	0	32	0.91
2277096--2277274	97	1.9	93	88	6	270	15	22	3	57	1.55
2278725--2278761	17	2.1	19	85	10	51	64	2	16	16	1.40
2280102--2280170	29	2.5	27	80	11	77	60	1	0	37	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2289630--2289655	3	8.7	3	100	0	52	0	30	34	34	1.58
2296602--2296643	18	2.3	18	79	0	57	50	4	4	40	1.45
2302450--2302515	20	3.3	20	75	8	55	46	0	1	51	1.10
2307062--2307167	39	2.6	40	80	14	119	32	19	22	25	1.98
2307061--2307191	41	3.3	39	75	15	99	29	19	23	27	1.98
2307899--2307939	21	1.9	22	85	5	57	24	0	34	41	1.55
2308324--2308375	14	3.7	13	76	16	50	19	0	26	53	1.45
2308578--2308612	13	2.6	14	90	9	63	42	0	5	51	1.25
2312392--2312420	13	2.1	14	93	6	51	34	0	3	62	1.12
2312829--2312859	15	2.0	16	93	6	55	32	12	51	3	1.56
2312835--2312931	42	2.3	42	87	3	142	30	20	48	0	1.50
2312835--2312948	42	2.8	40	84	7	131	30	21	47	0	1.57
2312835--2312931	21	4.6	21	81	10	126	30	20	48	0	1.50
2313294--2313400	43	2.5	44	85	8	148	23	28	21	26	1.99
2315085--2315128	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
2315089--2315131	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
2317732--2317786	22	2.5	24	80	11	64	52	3	0	43	1.18
2317960--2317989	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2318092--2318146	9	6.0	9	87	8	76	58	1	0	40	1.09
2318090--2318145	3	18.3	3	78	10	60	60	1	0	37	1.07
2318990--2319058	35	2.0	35	100	0	138	20	11	50	17	1.76
2319660--2320157	74	6.7	74	83	5	576	31	20	15	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2319660--2320162	148	3.4	146	85	6	634	32	20	15	31	1.94
2319664--2320161	224	2.2	223	83	5	630	32	20	15	31	1.94
2332648--2332702	22	2.5	24	80	11	64	52	3	0	43	1.18
2333881--2333949	35	2.0	35	97	0	129	21	11	49	17	1.78
2335638--2335787	38	3.9	38	82	1	165	33	26	21	19	1.97
2335638--2335787	78	1.9	78	81	5	180	33	26	21	19	1.97
2351936--2352033	40	2.5	40	85	3	137	12	20	26	40	1.87
2351954--2352019	21	3.2	21	70	8	64	10	21	24	43	1.83
2365146--2365183	19	2.0	19	90	10	60	36	2	0	60	1.11
2365395--2365447	22	2.4	23	71	6	56	50	0	0	49	1.00
2366161--2366187	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
2366207--2366248	18	2.3	18	84	15	52	35	7	11	45	1.69
2369682--2369714	15	2.2	15	94	0	57	69	0	0	30	0.88
2371513--2371565	27	2.0	27	100	0	106	33	11	24	30	1.90
2373637--2373663	13	2.1	13	100	0	54	33	22	29	14	1.94
2374348--2374468	58	2.1	59	85	4	165	25	14	11	48	1.77
2382675--2382707	17	2.0	17	88	5	50	33	15	3	48	1.60
2382993--2383307	46	6.8	46	92	0	407	20	25	14	39	1.90
2396638--2396690	11	4.9	11	79	2	54	11	3	13	71	1.26
2396805--2396859	26	2.2	25	93	3	92	43	0	0	56	0.99
2398240--2398350	39	2.8	39	90	0	177	37	23	24	14	1.92
2408379--2408456	39	2.0	39	100	0	156	53	17	10	17	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2417803--2417866	31	2.1	31	83	13	80	57	3	1	37	1.24
2418089--2418126	11	3.2	12	88	7	51	28	2	0	68	1.03
2422463--2422494	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
2427584--2427615	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
2432441--2432474	14	2.5	14	95	4	61	76	0	5	17	0.98
2435809--2435855	20	2.4	20	79	13	53	51	0	0	48	1.00
2438636--2438660	6	4.2	6	100	0	50	32	16	36	16	1.90
2439240--2439279	20	2.0	20	100	0	80	30	5	5	60	1.40
2443393--2443484	46	2.0	46	95	0	166	34	15	7	42	1.75
2449084--2449123	21	1.9	21	89	0	62	27	25	17	30	1.97
2452462--2452496	15	2.2	16	90	5	54	31	0	5	62	1.18
2454890--2454942	3	17.7	3	84	0	70	32	5	1	60	1.31
2465551--2465589	21	1.9	21	89	5	62	48	0	2	48	1.15
2465685--2465730	24	1.9	24	82	8	58	56	2	0	41	1.11
2466231--2466276	23	2.0	23	82	4	56	50	4	0	45	1.21
2481289--2481325	19	1.9	19	88	0	56	32	2	2	62	1.23
2485422--2485561	58	2.7	48	75	23	149	57	5	5	30	1.45
2485448--2485564	58	2.0	58	100	0	234	57	5	8	29	1.50
2494174--2494220	25	2.0	25	83	8	62	51	0	2	46	1.13
2495539--2495591	23	2.2	24	83	3	63	22	11	5	60	1.52
2507106--2507131	13	2.0	13	100	0	52	30	15	0	53	1.42
2508063--2508234	93	1.9	88	86	5	245	44	13	2	39	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2511417--2511495	41	2.0	40	87	5	115	27	13	11	46	1.78
2514941--2514993	27	2.0	27	85	7	74	22	15	7	54	1.65
2523780--2523830	20	2.6	19	76	17	59	45	0	1	52	1.12
2525950--2526007	20	2.9	20	100	0	116	32	10	5	51	1.58
2527012--2527044	16	2.1	16	100	0	66	6	24	12	57	1.57
2528860--2529452	45	13.5	45	78	8	510	43	15	26	14	1.86
2528939--2529182	126	1.9	126	83	6	316	47	14	22	15	1.82
2528988--2529452	132	3.5	135	79	7	354	43	15	26	15	1.86
2528860--2529452	177	3.4	174	81	6	641	43	15	26	14	1.86
2530171--2530231	32	1.9	32	96	0	113	29	16	14	39	1.88
2537854--2537902	22	2.2	22	77	0	53	69	4	4	22	1.23
2541451--2541513	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
2542496--2542793	149	2.0	147	96	3	555	39	17	5	37	1.74
2544419--2544483	23	3.0	21	71	10	67	55	7	3	33	1.44
2544710--2544764	26	2.1	27	86	10	78	47	14	21	16	1.82
2551410--2551439	13	2.3	13	94	0	51	30	13	6	50	1.67
2553498--2553552	22	2.6	21	77	11	67	38	7	9	45	1.64
2553581--2553644	18	3.6	18	78	6	76	42	12	7	37	1.72
2553668--2553917	18	13.8	18	71	13	183	42	11	12	33	1.78
2553530--2553898	17	20.8	17	70	16	146	42	11	11	34	1.78
2553711--2553817	56	1.9	56	86	3	155	39	11	12	37	1.78
2553530--2553870	35	9.7	34	73	13	192	41	11	11	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2553688--2553895	38	5.7	36	74	12	126	42	10	12	35	1.76
2553548--2553895	74	4.9	73	72	15	203	42	11	11	34	1.77
2553674--2553870	92	2.2	92	81	7	244	42	11	12	34	1.78
2553569--2553922	92	4.0	89	75	12	243	42	11	11	34	1.77
2554498--2554524	11	2.5	11	100	0	54	22	7	0	70	1.12
2554522--2554575	10	5.2	10	80	14	56	0	22	0	77	0.76
2554520--2554572	14	3.8	13	85	14	63	0	20	0	79	0.74
2555131--2555248	30	3.9	30	80	8	107	45	3	21	29	1.68
2555146--2555248	30	3.4	30	86	4	136	45	3	21	29	1.69
2555520--2555831	54	5.9	54	92	4	510	36	18	15	29	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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