genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22441838--22441963	45	2.8	45	85	2	164	17	22	16	43	1.87
22441928--22442140	45	4.7	45	77	3	205	24	19	17	38	1.93
22442530--22442562	16	2.1	16	88	5	50	60	3	0	36	1.12
22451141--22451248	26	4.2	26	92	0	180	32	6	24	37	1.81
22454594--22454670	25	3.3	23	79	12	77	53	3	2	40	1.33
22454594--22454679	25	3.6	25	73	16	76	53	3	2	40	1.31
22455588--22455625	15	2.4	16	86	4	51	57	2	2	36	1.26
22460169--22460524	180	2.0	180	86	3	493	32	16	15	36	1.90
22463575--22463601	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
22474644--22474678	17	2.1	17	94	0	61	34	8	0	57	1.29
22474669--22474721	19	2.7	19	81	16	63	33	1	3	60	1.26
22486355--22486676	87	3.7	86	71	15	248	32	17	19	29	1.95
22486205--22486579	89	4.2	89	71	14	252	34	19	18	27	1.95
22486254--22486628	176	2.1	177	88	2	556	34	18	18	27	1.95
22487994--22488261	46	5.8	46	89	1	351	21	23	14	40	1.90
22491974--22492057	12	7.2	12	73	20	72	34	1	0	64	1.02
22491978--22492047	19	3.8	19	74	12	65	34	1	0	64	1.03
22495466--22495530	27	2.5	26	75	5	67	49	23	3	24	1.64
22498432--22498459	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22501456--22501494	18	2.1	18	85	4	51	30	15	0	53	1.42
22508310--22508354	22	2.0	22	100	0	90	44	4	8	42	1.56
22508849--22508896	20	2.4	19	80	16	53	33	0	6	60	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22513744--22513783	18	2.2	19	90	4	64	32	5	0	62	1.17
22514796--22514851	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
22516030--22516059	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
22516449--22516589	54	2.6	54	90	3	221	19	24	21	34	1.96
22516449--22516589	27	5.2	27	83	9	171	19	24	21	34	1.96
22516449--22516607	27	5.9	27	80	12	166	20	24	20	34	1.96
22518354--22518438	35	2.4	35	76	7	84	35	18	18	27	1.95
22520402--22520452	26	2.0	26	100	0	102	23	11	0	64	1.26
22521885--22521935	25	2.0	26	96	3	95	58	1	0	39	1.09
22522166--22522195	10	2.9	10	95	5	51	86	0	13	0	0.57
22522295--22522362	33	2.0	34	91	2	111	33	19	22	25	1.97
22523924--22524072	63	2.4	63	82	2	183	25	28	19	26	1.99
22529998--22530073	30	2.5	30	80	4	82	39	0	2	57	1.12
22533540--22533583	10	4.5	10	80	13	56	29	2	0	68	1.02
22533522--22533581	9	6.8	9	78	12	54	33	3	0	63	1.11
22533894--22533985	48	1.9	48	84	4	123	31	17	15	35	1.91
22536514--22536609	48	2.0	48	93	0	165	37	17	33	11	1.86
22542921--22542987	21	3.2	21	78	4	73	20	8	38	31	1.84
22542971--22543089	42	2.8	42	83	2	114	25	10	42	21	1.85
22543001--22543194	21	9.2	21	80	4	106	24	9	43	22	1.82
22542971--22543131	84	1.9	84	80	2	189	24	9	43	21	1.83
22542998--22543197	63	3.2	62	76	1	166	24	9	44	23	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22542991--22543197	42	4.9	42	81	3	184	24	8	43	22	1.81
22543121--22543233	21	5.4	22	81	6	110	19	8	47	23	1.77
22543106--22543218	42	2.7	41	80	5	111	21	8	45	24	1.80
22543103--22543225	63	2.0	63	82	7	153	20	8	46	24	1.79
22543235--22543314	21	3.8	21	89	0	106	25	10	37	27	1.88
22543187--22543308	42	2.9	42	81	2	129	22	9	42	25	1.84
22543358--22543518	21	7.7	21	80	1	128	26	15	37	20	1.92
22543379--22543523	42	3.5	42	83	3	168	26	14	39	19	1.90
22548396--22548431	14	2.6	14	95	0	63	61	19	2	16	1.47
22549728--22549760	15	2.1	16	88	11	50	63	0	27	9	1.24
22555784--22555858	35	2.1	35	82	0	87	36	21	16	26	1.94
22555793--22555859	35	1.9	35	87	0	98	34	23	13	28	1.93
22559263--22559320	21	2.8	21	100	0	116	24	36	25	13	1.92
22559476--22559519	21	2.0	22	82	8	54	31	9	6	52	1.59
22562070--22562094	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
22569154--22569193	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
22573284--22573322	20	2.0	20	89	0	60	35	2	17	43	1.63
22574416--22574487	22	3.3	22	71	11	67	26	29	12	31	1.93
22579736--22579913	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
22579737--22579892	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
22579733--22579913	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
22587485--22587611	39	3.3	39	93	0	218	27	28	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22589772--22589801	6	5.0	6	95	0	51	20	0	0	80	0.72
22592945--22593120	48	3.7	47	78	6	201	20	30	21	28	1.98
22592947--22593122	96	1.8	96	90	0	280	21	28	21	28	1.98
22601011--22601078	35	1.9	35	88	5	102	27	10	29	32	1.90
22601023--22601153	35	3.6	35	72	11	111	32	11	23	32	1.90
22602934--22603088	48	3.2	47	74	7	150	23	25	18	32	1.97
22602887--22603154	96	2.8	96	80	4	292	23	26	18	31	1.97
22610158--22610217	30	2.0	29	96	3	111	41	21	20	16	1.90
22616057--22616112	17	3.5	17	72	22	57	46	3	0	50	1.19
22616857--22616891	18	1.9	18	94	0	61	25	0	0	74	0.82
22617127--22617166	19	2.1	19	85	0	53	75	15	5	5	1.15
22631497--22631533	9	4.2	9	80	19	51	59	0	0	40	0.97
22634638--22634677	19	2.1	19	86	9	55	0	25	0	75	0.81
22634647--22634676	15	1.9	16	93	6	53	0	23	0	76	0.78
22634708--22634749	14	2.9	14	80	20	50	9	11	2	76	1.12
22636340--22636399	29	2.0	31	87	9	88	26	13	6	53	1.64
22640868--22640912	6	7.5	6	97	0	81	0	35	0	64	0.94
22646696--22646728	18	1.9	18	88	11	52	30	27	6	36	1.81
22658540--22658618	30	2.6	31	74	6	81	45	5	10	39	1.60
22666075--22666112	19	2.0	19	85	10	51	42	0	2	55	1.14
22667372--22667428	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
22667600--22667629	13	2.3	13	94	0	51	40	13	3	43	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22676748--22676821	18	4.1	18	75	15	71	32	1	2	63	1.17
22676729--22676821	46	2.0	46	83	8	118	32	3	2	62	1.23
22676877--22676922	19	2.3	21	85	7	60	32	0	0	67	0.91
22684019--22684044	8	3.2	8	100	0	52	61	0	0	38	0.96
22684830--22685089	50	5.2	50	81	5	292	30	11	18	39	1.87
22688790--22688885	48	2.0	50	83	8	126	61	4	4	30	1.34
22695343--22695453	55	2.0	54	98	1	213	47	6	7	38	1.56
22696015--22696136	41	2.9	43	82	7	160	54	2	3	40	1.30
22700905--22700958	6	9.6	5	86	13	54	20	0	0	79	0.73
22700905--22700959	12	4.8	12	86	13	80	21	0	0	78	0.76
22701026--22701141	42	2.8	42	89	2	162	30	34	11	24	1.90
22701037--22701175	42	3.3	42	85	5	120	31	36	10	21	1.87
22705597--22705714	41	2.9	40	71	9	96	22	19	27	31	1.98
22708390--22708558	33	5.1	33	83	2	196	30	21	12	35	1.91
22708396--22708559	65	2.5	66	80	2	204	31	21	12	34	1.91
22708552--22708766	29	7.4	29	90	0	322	26	27	11	34	1.90
22717097--22717127	10	3.1	10	95	0	53	41	12	6	38	1.69
22718922--22719182	33	8.0	33	80	2	276	33	21	11	32	1.89
22718915--22719172	65	4.0	66	81	3	279	33	22	12	32	1.90
22718924--22719172	97	2.5	97	94	1	426	34	21	11	32	1.90
22719175--22719331	29	5.4	29	89	0	242	24	27	12	35	1.91
22722212--22722417	40	5.2	40	94	0	342	22	22	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22724153--22724515	179	2.0	179	96	0	672	20	14	17	47	1.82
22730707--22730758	21	2.5	20	84	6	68	32	30	5	30	1.81
22730719--22730761	21	2.0	21	95	0	77	30	34	9	25	1.87
22731538--22731611	35	2.1	35	87	5	105	41	6	2	48	1.44
22734063--22734092	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83
22736778--22737959	589	2.0	589	97	0	2247	30	20	18	31	1.96
22748802--22748939	57	2.4	57	82	0	159	33	23	16	26	1.96
22757018--22757049	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
22757071--22757148	26	3.1	25	65	20	63	28	15	25	30	1.96
22757015--22757213	50	3.9	50	80	5	193	27	16	24	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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