genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25777309--25777358	18	2.9	17	85	11	66	76	0	2	22	0.89
25786926--25786977	16	3.0	17	78	18	54	76	1	1	19	0.97
25789885--25789941	24	2.4	24	91	5	89	19	5	24	50	1.68
25790899--25790956	30	1.9	30	89	0	89	32	12	25	29	1.92
25791536--25791708	50	3.5	49	83	7	215	29	19	30	20	1.97
25798598--25798637	13	3.1	13	92	0	62	22	37	25	15	1.93
25799177--25799238	31	2.0	31	100	0	124	29	19	9	41	1.83
25804294--25804318	9	2.8	9	100	0	50	52	24	12	12	1.72
25807390--25807601	94	2.3	95	79	8	238	26	19	31	22	1.98
25807615--25807783	50	3.4	49	75	13	157	29	18	28	22	1.98
25808530--25808660	55	2.4	55	81	5	140	22	23	29	24	1.99
25811164--25811196	15	2.1	16	88	5	50	3	3	6	87	0.71
25811915--25811975	19	3.1	19	81	9	70	47	1	0	50	1.10
25812211--25812281	13	5.5	13	84	0	79	39	26	7	26	1.82
25812652--25812685	6	5.7	6	92	0	50	50	8	0	41	1.34
25812652--25812685	12	2.8	12	90	0	59	50	8	0	41	1.34
25822888--25823139	126	2.0	126	100	0	504	50	18	14	17	1.79
25824001--25824045	16	2.8	17	87	9	60	64	0	6	28	1.19
25845186--25845264	28	2.8	28	83	9	99	24	13	34	27	1.93
25847144--25847176	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
25848201--25848244	17	2.6	17	96	0	79	13	20	15	50	1.78
25849145--25849188	21	2.1	21	86	0	61	15	6	4	72	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25859502--25859546	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
25861413--25861542	47	2.8	47	86	2	172	23	15	27	33	1.95
25873399--25873435	16	2.3	16	95	0	65	40	10	37	10	1.75
25876627--25876707	42	2.0	42	83	13	107	22	20	39	17	1.92
25878030--25878106	36	2.1	36	95	0	145	33	14	23	28	1.94
25889537--25889710	43	4.0	42	73	15	124	25	18	25	30	1.98
25897372--25897435	26	2.5	26	80	10	78	40	23	23	12	1.88
25897487--25897537	23	2.2	24	85	3	68	33	21	29	15	1.94
25903488--25903722	27	8.7	27	83	3	231	40	20	8	29	1.83
25903719--25903820	27	3.8	27	69	10	73	38	19	19	22	1.94
25904501--25904565	10	6.4	10	82	7	78	38	10	18	32	1.85
25904501--25904565	21	3.2	21	89	4	89	38	10	18	32	1.85
25904500--25904577	31	2.5	31	80	2	84	37	11	16	34	1.85
25910691--25910789	28	3.5	29	86	9	125	27	15	28	29	1.96
25928001--25928167	46	3.6	45	73	13	142	29	29	20	19	1.97
25927999--25928172	93	1.9	93	90	0	276	29	30	20	19	1.97
25936440--25936479	21	1.9	21	89	0	62	45	20	0	35	1.51
25939849--25939919	37	1.9	37	82	5	90	39	1	22	36	1.63
25941390--25941422	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
25944279--25944340	31	2.0	31	83	0	79	27	22	12	37	1.91
25944548--25944655	25	4.4	25	86	5	132	30	23	19	26	1.98
25944703--25944749	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25947280--25947364	23	3.7	22	77	14	75	76	0	4	18	0.96
25947280--25947361	11	7.4	11	79	6	94	76	0	4	18	0.95
25947280--25947366	6	15.2	6	77	10	76	77	0	4	18	0.94
25947302--25947366	29	2.2	29	84	10	80	80	0	3	16	0.85
25952734--25952766	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
25954327--25954422	44	2.2	44	88	0	147	25	11	27	36	1.90
25957125--25957154	11	2.6	12	94	5	53	33	0	10	56	1.32
25960604--25960649	3	15.3	3	100	0	92	32	34	0	32	1.58
25962317--25962360	18	2.4	18	88	0	61	13	50	0	36	1.42
25962317--25962378	21	3.0	21	83	4	63	14	50	0	35	1.43
25962704--25962738	18	1.9	18	88	0	52	8	48	0	42	1.33
25967881--25967955	35	2.1	36	92	4	127	38	8	12	41	1.72
25970911--25971131	40	5.6	40	77	6	209	23	26	23	25	2.00
25970911--25971131	121	1.8	118	83	4	291	23	26	23	25	2.00
25973170--25973249	42	1.9	42	87	5	117	23	33	23	18	1.97
25973804--25973842	16	2.3	18	86	8	55	61	0	2	35	1.10
25979777--25979843	35	1.9	35	90	3	109	41	10	10	37	1.74
25990221--25990252	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
25990221--25990251	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
25998995--25999027	5	6.8	5	89	3	50	84	3	0	12	0.72
26005945--26005987	14	3.3	14	78	15	56	0	18	0	81	0.69
26016117--26016253	69	2.0	69	89	0	211	27	14	11	46	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26019207--26019243	19	1.9	19	88	0	56	43	2	16	37	1.62
26019871--26019907	2	18.5	2	94	0	65	51	0	2	45	1.15
26020338--26020371	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
26020507--26020548	21	2.0	21	100	0	84	33	9	19	38	1.84
26020879--26020918	15	2.9	14	85	7	55	65	0	7	27	1.20
26021021--26021395	186	2.0	186	98	0	723	37	4	23	35	1.74
26022853--26022914	29	2.1	30	90	3	99	25	3	14	56	1.53
26023347--26023384	19	2.0	19	85	10	51	39	5	13	42	1.66
26023853--26023890	8	4.8	8	84	9	51	76	2	10	10	1.12
26024190--26024281	37	2.5	37	81	8	116	43	1	22	32	1.61
26025130--26025171	12	3.6	12	77	6	50	45	2	14	38	1.58
26025230--26025280	22	2.4	22	70	9	52	15	1	29	52	1.54
26025324--26025366	17	2.6	16	81	7	50	74	0	0	25	0.82
26025609--26025639	16	1.9	16	100	0	62	32	0	6	61	1.21
26025784--26025825	19	2.1	21	82	8	52	45	4	2	47	1.36
26028769--26028903	56	2.4	56	84	1	162	30	16	23	29	1.96
26028754--26028903	57	2.6	57	79	1	167	30	16	22	30	1.95
26033714--26033810	25	3.9	25	77	5	106	19	23	19	37	1.94
26033789--26033854	25	2.6	25	83	9	98	22	28	18	30	1.97
26033721--26033829	50	2.2	49	81	6	121	20	24	20	34	1.96
26033737--26033889	25	6.1	25	70	16	59	21	26	18	33	1.97
26033822--26033892	25	2.8	25	76	16	67	22	29	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26051108--26051137	15	2.0	15	93	0	51	30	20	10	40	1.85
26059155--26059343	33	5.6	34	70	7	107	28	14	26	29	1.95
26059155--26059297	33	4.3	33	71	7	108	30	15	25	29	1.96
26059153--26059392	101	2.4	101	91	0	381	30	15	25	29	1.95
26063198--26063241	23	1.9	23	86	9	63	20	4	25	50	1.67
26066549--26066594	21	2.2	21	84	7	58	17	30	0	52	1.45
26066794--26066840	11	4.1	11	81	10	58	61	2	0	36	1.08
26070219--26070274	28	2.0	28	92	0	94	51	12	8	26	1.69
26072866--26072924	21	2.8	21	97	0	109	20	6	38	33	1.79
26073697--26073727	3	10.3	3	92	0	53	35	0	0	64	0.94
26075926--26075964	12	3.5	11	83	10	53	0	17	0	82	0.68
26076684--26076724	12	3.5	12	80	6	57	63	2	7	26	1.33
26076844--26076873	11	2.8	11	95	5	53	76	6	0	16	0.99
26077709--26077745	19	1.9	19	88	0	56	16	32	29	21	1.95
26083697--26083816	42	2.9	41	78	9	125	41	16	25	16	1.89
26089993--26090097	44	2.4	45	85	4	133	25	20	10	43	1.83
26089944--26090116	45	3.8	45	78	8	165	23	18	12	45	1.83
26096216--26096333	28	4.2	28	83	4	139	30	11	23	33	1.91
26096203--26096324	56	2.2	56	89	2	183	27	11	26	35	1.91
26108514--26108617	40	2.6	40	81	6	113	23	16	26	33	1.95
26108604--26108706	28	3.7	28	97	0	188	24	15	28	32	1.95
26121421--26121472	18	2.9	17	80	11	52	36	1	5	55	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26121554--26121587	16	2.1	17	88	5	52	41	0	5	52	1.25
26133814--26133882	30	2.3	30	87	5	95	30	30	21	17	1.96
26134850--26134968	40	3.0	40	76	6	123	33	24	16	25	1.96
26136921--26136961	20	2.0	20	100	0	82	43	9	21	24	1.83
26153053--26153121	30	2.3	30	97	0	129	18	23	36	21	1.95
26156478--26156608	56	2.3	55	77	11	133	31	18	23	26	1.97
26157275--26157307	18	1.9	17	88	11	50	21	15	9	54	1.68
26163505--26163676	40	4.3	40	82	2	213	26	27	21	24	1.99
26163505--26163676	80	2.2	79	87	3	238	26	27	21	24	1.99
26168186--26168268	43	1.9	43	87	4	123	34	21	13	30	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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