genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32866781--32866960	54	3.3	54	84	4	229	40	20	9	29	1.84
32866781--32866961	81	2.2	82	83	5	235	40	20	9	29	1.84
32866781--32866961	27	6.7	27	82	3	204	40	20	9	29	1.84
32866781--32866986	27	7.7	27	78	8	98	40	20	9	29	1.84
32866887--32867000	27	4.3	26	77	10	79	40	21	11	27	1.87
32871094--32871187	34	2.8	34	80	6	109	27	22	26	23	1.99
32881771--32881799	13	2.2	13	100	0	58	20	13	37	27	1.91
32900682--32900860	40	4.5	40	92	2	274	22	22	29	25	1.99
32909109--32909326	40	5.5	40	93	3	354	22	23	27	25	2.00
32911999--32912222	40	5.6	40	82	7	215	28	26	20	23	1.99
32911962--32912222	80	3.3	80	80	6	212	27	26	21	24	1.99
32912002--32912222	120	1.8	120	82	9	281	28	27	21	23	1.99
32914522--32914548	14	1.9	14	100	0	54	29	14	3	51	1.60
32915444--32915496	19	2.8	19	88	0	79	45	11	20	22	1.83
32916118--32916220	54	1.9	53	86	5	145	25	20	17	36	1.94
32916141--32916228	27	3.3	27	79	3	106	25	15	20	38	1.92
32916972--32917215	122	2.0	122	94	0	425	38	29	7	25	1.83
32919687--32919712	13	2.0	13	100	0	52	15	23	38	23	1.92
32923601--32923671	34	2.1	33	84	2	88	30	22	18	28	1.97
32933333--32933424	42	2.2	42	88	0	130	34	19	14	31	1.91
32933557--32933692	26	5.3	26	86	3	172	28	23	19	27	1.99
32933557--32933692	52	2.7	50	89	7	197	28	23	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32933824--32933871	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
32934615--32934841	27	8.3	27	79	10	151	31	8	19	40	1.81
32934702--32934841	54	2.6	54	81	7	167	30	7	21	40	1.80
32934820--32934976	27	5.8	27	92	0	224	39	8	22	29	1.83
32934809--32934987	81	2.2	81	83	0	232	37	7	22	32	1.83
32937986--32938144	56	2.8	56	87	5	207	33	27	13	25	1.94
32940961--32940989	8	3.6	8	100	0	58	55	20	24	0	1.44
32941670--32941745	34	2.2	34	78	0	80	32	25	18	23	1.97
32943463--32943554	45	2.0	45	100	0	184	41	21	2	34	1.66
32947457--32947510	18	3.0	18	88	0	72	53	12	12	20	1.71
32947460--32947542	36	2.3	36	80	0	85	49	15	14	20	1.79
32947478--32947542	18	3.6	18	80	0	67	49	16	13	20	1.80
32947865--32948157	80	3.7	79	85	1	370	38	16	16	28	1.91
32947865--32948157	160	1.8	160	85	1	417	38	16	16	28	1.91
32947865--32948131	27	10.0	27	66	6	96	39	16	16	27	1.90
32951826--32951864	16	2.4	16	86	0	51	48	17	20	12	1.80
32959999--32960043	17	2.6	17	85	3	54	24	22	35	17	1.95
32960141--32960246	28	3.8	29	82	8	112	26	15	33	25	1.95
32960141--32960218	28	2.7	29	90	4	131	24	15	33	26	1.95
32964255--32964373	29	4.2	29	80	2	134	30	26	13	29	1.94
32964585--32964627	16	2.7	16	85	0	59	9	20	18	51	1.74
32966327--32966534	55	3.8	53	79	8	215	22	25	17	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32970572--32970654	29	2.9	29	89	1	132	30	28	8	32	1.87
32981647--32981774	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
32981647--32981774	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
32989700--32989827	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
32989700--32989827	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
32991829--32991944	43	2.7	43	95	0	214	11	25	32	30	1.91
32993364--32993417	27	2.0	26	85	3	72	35	22	25	16	1.95
33007660--33007842	40	4.6	38	79	10	172	27	27	20	24	1.99
33007663--33007842	79	2.3	79	83	10	217	27	27	21	23	1.99
33015475--33015621	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
33015521--33015701	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
33015518--33015701	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
33016711--33016735	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
33023542--33023588	20	2.3	20	92	0	76	68	8	4	19	1.33
33023551--33023594	20	2.2	20	88	4	63	72	6	2	18	1.17
33027627--33027889	94	2.8	92	80	9	250	25	29	17	28	1.97
33027627--33027888	140	1.9	140	83	3	348	25	29	17	28	1.97
33027627--33027889	46	5.6	46	77	9	223	25	29	17	28	1.97
33030111--33030171	30	2.0	30	90	0	95	29	24	8	37	1.84
33041450--33041805	47	7.6	47	81	6	316	24	27	17	30	1.98
33041450--33041759	94	3.3	92	83	7	358	24	27	17	30	1.97
33041540--33041805	140	1.9	140	81	7	326	23	27	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33048024--33048192	93	1.8	93	84	5	234	23	18	27	30	1.97
33055181--33055351	93	1.8	93	92	0	288	29	28	19	22	1.98
33055189--33055360	47	3.7	47	73	16	167	27	28	20	23	1.99
33058334--33058504	93	1.8	93	87	2	254	21	19	29	29	1.98
33067772--33068311	47	11.5	47	92	2	870	32	8	29	29	1.86
33069722--33070035	40	7.9	40	93	1	517	22	21	28	26	1.99
33070819--33070999	79	2.3	80	83	9	210	28	27	20	23	1.99
33070816--33070937	40	3.1	40	85	4	176	30	27	18	23	1.98
33070816--33070951	40	3.4	39	83	6	166	30	26	18	25	1.98
33078654--33078834	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
33078651--33078834	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
33085617--33085668	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
33085684--33085747	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
33086950--33086995	6	7.3	6	85	4	56	19	4	0	76	0.96
33093018--33093193	47	3.6	47	71	15	158	35	14	23	26	1.94
33093018--33093460	101	4.3	101	84	5	419	34	16	24	24	1.96
33093183--33093474	53	5.5	53	78	7	261	33	18	25	23	1.97
33093180--33093474	108	2.7	108	89	2	450	33	18	24	23	1.97
33093172--33093484	161	1.9	159	79	6	346	33	17	24	23	1.96
33093180--33093509	108	3.1	107	85	4	414	35	17	24	23	1.95
33098948--33098999	27	1.9	27	88	7	79	32	23	25	19	1.97
33102478--33102585	56	1.9	56	96	0	198	34	25	12	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33103230--33103320	45	2.0	45	95	0	164	36	25	3	35	1.72
33109688--33109782	25	3.8	26	90	6	151	26	22	24	27	2.00
33109985--33110072	27	3.3	27	82	3	106	25	19	21	34	1.96
33110028--33110157	27	4.8	27	86	1	172	28	12	21	37	1.90
33110028--33110180	81	1.9	81	81	5	184	30	11	22	35	1.90
33110065--33110180	54	2.1	54	79	3	135	31	11	21	35	1.89
33110138--33110275	54	2.6	54	75	9	154	34	8	23	33	1.85
33110159--33110250	27	3.4	27	89	0	148	40	9	22	27	1.85
33110057--33110275	27	8.1	27	78	6	106	33	10	22	34	1.87
33117386--33117431	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
33117398--33117441	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
33120499--33120540	13	2.9	15	73	20	52	47	0	23	28	1.52
33121086--33121215	47	2.8	47	88	2	172	23	16	26	32	1.96
33128744--33128811	30	2.3	30	94	0	118	16	26	33	23	1.95
33130666--33130843	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
33130667--33130822	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
33130663--33130843	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
33134346--33134377	10	3.2	10	95	0	55	18	0	25	56	1.42
33134333--33134385	20	2.7	20	79	5	63	26	1	22	49	1.60
33135868--33135906	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
33136345--33136459	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
33136370--33136459	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33136565--33136626	28	2.2	28	91	0	97	30	9	29	30	1.89
33141841--33141880	20	2.0	20	100	0	80	30	25	10	35	1.88
33141971--33141999	13	2.2	13	100	0	58	24	27	13	34	1.93
33142518--33142557	12	3.4	12	96	3	73	7	15	7	70	1.33
33142519--33142569	24	2.2	23	82	3	57	5	17	5	70	1.28
33148271--33148334	29	2.2	29	91	0	101	21	35	20	21	1.96
33150260--33150319	24	2.4	25	94	2	104	25	25	21	28	1.99
33150373--33150418	5	9.4	5	77	13	51	41	19	4	34	1.71
33150449--33150496	25	1.9	25	91	0	78	29	14	22	33	1.94
33157140--33157256	56	2.0	58	93	4	202	35	24	11	27	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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