genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87644715--87644840	62	2.0	61	84	4	164	29	31	17	21	1.96
87651252--87651284	16	2.0	17	94	5	59	21	6	0	72	1.05
87658397--87658613	40	5.4	40	88	2	287	25	27	21	25	1.99
87661282--87661313	14	2.3	14	100	0	64	12	21	6	59	1.55
87663753--87663814	25	2.5	25	86	5	81	35	19	4	40	1.73
87664192--87664245	7	7.6	7	84	12	58	59	0	1	38	1.08
87669869--87669893	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
87672131--87672225	31	3.1	29	85	8	93	46	12	7	33	1.70
87672146--87672225	29	2.6	30	88	5	108	46	13	6	33	1.69
87672826--87672879	24	2.2	24	96	0	99	40	27	16	14	1.88
87673215--87673325	52	2.1	52	86	6	154	30	17	17	35	1.92
87675496--87675604	56	1.9	56	90	3	175	40	11	13	34	1.80
87677873--87677925	20	2.7	20	90	0	79	52	5	20	20	1.66
87681146--87681263	43	2.8	41	74	6	128	32	22	16	29	1.95
87684004--87684060	18	3.2	18	94	0	96	36	14	19	29	1.91
87684646--87684819	43	4.0	43	76	14	155	30	25	19	24	1.98
87684656--87684817	86	1.9	85	83	8	213	30	24	19	25	1.98
87688245--87688282	4	9.2	4	94	5	67	0	23	0	76	0.79
87688243--87688332	13	6.4	13	74	18	74	1	25	5	67	1.19
87688403--87688441	19	2.1	19	85	9	53	33	5	7	53	1.51
87688486--87688561	20	4.4	17	73	18	61	50	3	1	44	1.29
87694081--87694185	39	2.7	39	92	0	174	31	20	23	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87698390--87698427	4	9.2	4	94	5	67	0	23	0	76	0.79
87698388--87698477	13	6.4	13	74	18	74	1	25	5	67	1.19
87698550--87698588	19	2.1	19	85	9	53	33	5	7	53	1.51
87698633--87698708	20	4.4	17	75	18	61	51	3	0	44	1.20
87698656--87698708	20	2.8	18	83	13	63	50	3	0	45	1.19
87701154--87701664	84	6.0	84	77	7	349	42	11	11	34	1.78
87701154--87701664	168	3.0	170	77	7	455	42	11	11	34	1.78
87701216--87702042	84	9.9	86	74	13	416	42	10	12	33	1.78
87701659--87701875	88	2.5	88	85	1	292	42	11	14	30	1.81
87701496--87701828	165	2.0	163	83	4	409	41	11	13	33	1.80
87702182--87702220	16	2.4	16	78	0	51	56	0	5	38	1.22
87706023--87706069	21	2.2	22	84	3	60	38	25	8	27	1.85
87709412--87709442	14	2.2	14	100	0	62	32	0	19	48	1.49
87718175--87718277	3	34.0	3	86	1	80	33	9	1	55	1.44
87718236--87718295	28	2.1	28	84	6	77	35	6	1	56	1.35
87722570--87722615	17	2.8	18	84	15	64	28	41	30	0	1.56
87724733--87724786	3	18.3	3	81	11	67	64	0	1	33	1.04
87724961--87725001	16	2.5	17	80	11	50	65	9	7	17	1.44
87729219--87729266	26	1.9	24	87	8	69	31	0	4	64	1.12
87733067--87733107	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
87768029--87768073	17	2.5	20	75	20	53	64	2	0	33	1.06
87771054--87771125	26	2.9	24	78	15	83	36	1	0	62	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87771063--87771141	17	4.4	18	73	23	69	36	1	0	62	1.04
87771648--87771716	29	2.5	28	84	11	88	62	14	1	21	1.40
87773612--87773647	8	4.6	8	89	6	56	0	13	0	86	0.58
87777606--87777645	17	2.4	16	87	8	53	17	5	0	77	0.94
87778692--87778864	25	6.8	25	68	13	84	30	7	3	58	1.42
87778759--87778832	27	2.8	29	73	21	81	33	8	0	58	1.28
87785077--87785103	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
87790582--87790697	50	2.4	49	81	5	130	25	21	14	37	1.92
87795652--87795801	33	4.6	33	81	5	178	34	19	12	34	1.88
87795651--87795801	65	2.3	66	80	3	180	33	19	12	34	1.89
87795806--87795903	29	3.4	29	95	2	171	26	29	9	34	1.87
87800388--87800453	27	2.5	26	76	11	71	40	12	22	24	1.88
87802084--87802131	18	2.7	18	81	9	53	77	2	0	20	0.88
87802083--87802130	22	2.2	22	85	14	64	75	2	0	22	0.91
87805628--87805666	10	3.9	10	82	0	51	0	17	0	82	0.68
87816935--87816963	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
87824247--87824279	15	2.3	15	89	5	50	30	0	0	69	0.88
87827726--87827774	26	2.0	24	88	8	71	30	0	6	63	1.19
87830544--87830620	5	15.8	5	70	24	58	37	0	2	59	1.11
87830545--87830618	21	3.5	22	80	9	84	37	0	2	59	1.12
87831007--87831037	3	10.3	3	92	0	53	32	3	0	64	1.09
87837003--87837064	24	2.6	23	72	7	61	48	1	8	41	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87841347--87841512	35	4.6	35	81	8	190	31	12	24	31	1.91
87841351--87841517	75	2.3	74	82	8	193	32	12	22	31	1.92
87846024--87846105	42	1.9	43	87	2	121	32	25	20	20	1.97
87848199--87848244	21	2.2	21	84	7	58	8	0	10	80	0.91
87848199--87848248	14	3.4	15	83	10	59	10	0	10	80	0.92
87851888--87852057	81	2.1	81	95	0	313	43	14	20	21	1.87
87859614--87859663	21	2.3	22	80	13	59	38	0	12	50	1.40
87861940--87861974	15	2.3	15	90	0	52	31	11	25	31	1.91
87869138--87869180	19	2.1	21	83	8	54	16	4	25	53	1.62
87876153--87876193	20	2.0	20	90	0	64	29	19	9	41	1.83
87881306--87881345	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
87883017--87883175	27	5.9	27	83	11	193	34	22	24	18	1.96
87883035--87883175	54	2.6	54	94	2	248	34	24	24	17	1.95
87884787--87884892	26	4.2	26	95	4	198	35	26	6	31	1.82
87884787--87884892	50	2.1	52	96	3	198	35	26	6	31	1.82
87889784--87889942	27	5.9	27	83	11	193	34	22	24	18	1.96
87889802--87889942	54	2.6	54	94	2	248	34	24	24	17	1.95
87891555--87891610	26	2.2	26	96	0	103	35	26	8	28	1.87
87895570--87895597	13	2.2	13	100	0	56	46	21	0	32	1.52
87896280--87896417	40	3.5	40	73	8	113	32	21	15	31	1.94
87897303--87897351	17	2.8	17	90	3	71	2	22	0	75	0.90
87897879--87897924	20	2.3	20	96	0	83	47	6	0	45	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87899393--87899418	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
87899560--87899605	21	2.2	21	100	0	92	43	8	10	36	1.71
87902505--87902686	47	3.9	47	88	2	213	36	28	14	20	1.92
87915293--87915377	40	2.2	40	78	6	93	28	11	3	56	1.51
87928431--87928465	15	2.3	15	95	0	61	51	5	2	40	1.40
87928599--87928654	15	3.7	15	71	7	51	67	0	3	28	1.07
87933987--87934032	19	2.4	20	78	7	51	60	4	6	28	1.40
87934501--87934680	55	3.0	62	84	13	277	33	23	6	36	1.80
87936214--87936269	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
87944151--87944255	26	4.2	26	92	6	180	31	5	25	37	1.80
87944151--87944255	49	2.1	52	92	5	180	31	5	25	37	1.80
87951700--87951826	42	3.0	42	85	6	161	29	26	13	29	1.94
87951787--87951908	47	2.6	46	87	2	163	29	27	15	27	1.96
87951933--87952019	31	2.8	31	79	6	104	26	24	20	28	1.99
87961136--87961169	17	1.9	18	88	5	52	32	5	5	55	1.48
87963096--87963120	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
87963362--87963444	40	2.0	41	95	2	150	33	22	9	33	1.87
87965719--87965790	34	2.1	34	82	5	83	30	5	2	61	1.33
87966080--87966136	3	18.3	3	87	3	78	29	3	1	64	1.20
87971648--87971734	40	2.2	40	85	4	113	36	25	13	24	1.92
87974049--87974083	15	2.3	15	95	0	61	51	5	2	40	1.40
87974215--87974269	15	3.6	16	73	9	53	65	0	3	30	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87980616--87980640	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
87980882--87980964	40	2.0	41	95	2	150	33	22	9	33	1.87
87982200--87982247	22	2.2	21	77	3	51	31	0	16	52	1.45
87985332--87985428	25	3.8	26	94	1	153	27	23	22	25	2.00
87985332--87985428	51	1.9	51	89	4	151	27	23	22	25	2.00
87985478--87985552	20	3.8	20	86	10	95	33	20	10	36	1.87
87988212--87988251	18	2.2	18	86	0	53	25	25	22	27	2.00
87991297--87991404	26	4.2	26	91	0	180	32	8	24	35	1.85
87992880--87992931	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
87998313--87998420	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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