genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36525139--36525229	35	2.5	37	89	8	141	36	15	10	37	1.83
36525153--36525208	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
36525624--36527368	207	8.4	207	95	0	3026	29	23	17	29	1.97
36527589--36527730	44	3.3	44	65	13	114	27	19	21	32	1.97
36527375--36527740	85	4.3	85	81	7	442	25	21	22	31	1.98
36529910--36530087	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
36529911--36530066	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
36529907--36530087	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
36538057--36538244	35	5.3	35	94	1	322	36	13	12	37	1.83
36538057--36538249	17	10.8	18	80	16	106	36	13	11	37	1.82
36543906--36544093	67	2.8	67	93	0	315	29	17	32	20	1.96
36548617--36548681	30	2.2	30	100	0	130	43	21	4	30	1.73
36551687--36551715	14	2.0	15	93	6	51	41	13	0	44	1.44
36560928--36560952	13	1.9	13	100	0	50	24	20	48	8	1.76
36565457--36565503	22	2.1	22	92	0	76	23	25	8	42	1.82
36569856--36569899	22	2.0	22	82	8	54	45	13	6	34	1.70
36572601--36572694	43	2.2	43	90	0	143	14	24	31	28	1.95
36575815--36576433	39	15.7	40	80	6	520	27	26	22	22	1.99
36575886--36576417	79	6.7	79	82	4	615	27	26	22	22	1.99
36575815--36576417	119	5.1	119	83	3	696	27	26	23	22	1.99
36575907--36576433	198	2.7	198	90	1	833	27	26	22	23	2.00
36582482--36582510	14	2.0	15	93	6	51	41	13	0	44	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36587501--36587544	20	2.1	21	87	4	63	31	2	2	63	1.19
36587552--36587599	26	1.9	26	83	8	64	58	0	0	41	0.98
36589833--36589867	17	2.1	17	100	0	70	48	0	22	28	1.51
36594542--36594605	31	2.1	31	96	0	119	54	15	7	21	1.66
36596375--36596650	46	6.0	46	96	0	471	22	22	14	39	1.91
36598732--36598765	17	2.0	17	94	0	59	0	26	0	73	0.83
36606311--36606364	27	2.0	27	88	0	81	35	7	22	35	1.82
36609705--36609734	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
36619099--36619143	21	2.1	21	84	8	56	20	17	13	48	1.80
36620354--36620387	17	2.1	17	88	5	52	76	11	0	11	1.02
36626709--36626737	15	1.9	15	100	0	58	31	0	0	68	0.89
36628976--36629191	46	4.6	46	76	12	156	23	28	18	29	1.98
36634053--36634183	65	2.0	65	96	0	244	32	6	19	41	1.76
36638603--36638708	37	2.9	37	91	0	176	27	32	17	22	1.97
36638862--36638958	50	1.9	50	89	4	151	28	25	8	37	1.85
36638916--36639108	47	4.1	47	91	2	255	26	29	10	33	1.90
36638961--36639079	23	5.1	22	62	28	59	24	30	13	31	1.93
36641989--36642040	25	2.1	25	85	7	70	30	32	7	28	1.85
36642216--36642487	40	6.8	40	89	0	400	26	28	20	24	1.99
36643755--36643864	37	2.9	38	93	1	186	28	31	19	20	1.97
36644015--36644111	50	1.9	50	87	4	142	28	24	8	38	1.84
36644069--36644261	47	4.1	47	88	2	237	26	28	10	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36644161--36644232	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
36650184--36650231	24	2.0	24	100	0	96	50	12	8	29	1.69
36650184--36650227	13	3.5	13	81	12	65	50	13	9	27	1.72
36657298--36657413	24	4.4	28	77	13	122	34	13	23	28	1.93
36657298--36657413	52	2.2	52	89	0	178	34	13	23	28	1.93
36657436--36657634	51	3.9	51	89	3	287	31	14	24	29	1.95
36663194--36663309	52	2.2	52	93	0	196	36	15	24	24	1.94
36663194--36663309	24	4.4	27	78	15	136	36	15	24	24	1.94
36689134--36689198	25	2.6	25	90	0	94	24	23	24	27	2.00
36689402--36689640	27	8.9	27	84	6	299	25	20	17	35	1.95
36689402--36689645	54	4.6	54	88	2	341	26	20	18	35	1.95
36689402--36689645	107	2.3	108	86	2	341	26	20	18	35	1.95
36689429--36689645	80	2.7	81	81	8	271	25	19	17	36	1.94
36689629--36689810	53	3.4	52	80	8	181	32	8	19	39	1.82
36689630--36689810	27	6.8	27	85	1	213	32	8	19	39	1.82
36689803--36690051	27	9.2	27	87	0	318	38	6	22	32	1.79
36689803--36690092	27	10.7	27	87	0	301	38	6	22	31	1.81
36692465--36692551	25	3.5	25	91	0	138	24	21	24	29	1.99
36692754--36692970	27	8.0	27	81	4	231	24	19	19	36	1.95
36692754--36692979	54	4.2	54	84	0	265	24	19	18	37	1.94
36692755--36692973	81	2.7	81	84	1	278	25	19	18	36	1.95
36692963--36693114	27	5.7	27	79	8	96	31	9	19	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36692989--36693111	54	2.3	54	89	0	183	30	8	20	39	1.83
36693014--36693167	27	5.7	27	82	0	182	28	9	22	40	1.84
36693095--36693369	27	10.2	27	85	2	221	35	8	23	32	1.85
36693012--36693167	81	1.9	81	86	2	224	28	8	22	39	1.84
36693040--36693208	81	2.1	81	80	4	180	31	8	21	37	1.85
36693159--36693394	27	8.7	27	90	0	346	38	9	22	29	1.85
36701350--36701409	25	2.4	26	79	17	74	56	0	6	36	1.26
36702166--36702225	30	2.0	30	87	3	86	46	10	10	33	1.71
36706658--36706841	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
36706658--36706838	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
36706739--36706888	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
36706779--36706901	40	3.1	39	80	6	97	26	21	28	23	1.99
36714592--36714775	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
36714592--36714772	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
36714673--36714822	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
36714713--36714835	40	3.1	39	80	6	97	26	21	28	23	1.99
36743884--36743962	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
36751968--36752039	29	2.6	29	91	4	112	26	31	15	26	1.95
36757259--36757372	27	4.2	27	80	4	131	35	16	20	28	1.94
36757257--36757374	54	2.2	54	82	8	150	36	16	19	27	1.94
36757574--36757689	27	4.3	26	82	7	124	20	20	21	37	1.95
36763095--36763128	13	2.6	13	100	0	68	0	26	50	23	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36765876--36765918	19	2.3	19	95	0	77	20	16	11	51	1.75
36766783--36766833	26	2.0	26	88	7	77	37	25	13	23	1.92
36767089--36767158	25	2.8	26	87	6	92	27	20	25	27	1.99
36767209--36767272	20	3.2	20	95	4	112	34	18	10	35	1.86
36767209--36767261	11	5.2	11	73	17	60	33	18	11	35	1.87
36767209--36767278	9	7.1	10	72	18	58	35	18	10	35	1.84
36774872--36774935	31	2.1	31	87	0	92	26	23	12	37	1.90
36775144--36775251	25	4.4	24	80	8	110	27	21	21	29	1.98
36785048--36785115	22	2.9	23	80	8	75	20	16	19	44	1.87
36786784--36786828	22	2.0	22	83	8	56	37	4	2	55	1.32
36794379--36794685	46	6.5	45	74	12	187	24	28	18	29	1.98
36807012--36807381	50	7.7	50	78	11	289	23	28	20	28	1.99
36810384--36810425	22	2.1	19	86	13	57	45	2	0	52	1.13
36810458--36810487	16	1.9	16	93	6	53	40	3	0	56	1.16
36813506--36813562	30	1.9	30	89	7	89	35	7	26	31	1.83
36814101--36814186	44	2.0	44	86	4	120	37	13	24	24	1.92
36814324--36814365	18	2.3	18	91	0	66	45	16	19	19	1.86
36814341--36814463	47	2.6	47	92	0	210	35	12	26	26	1.91
36814436--36814630	54	3.6	54	80	4	205	36	16	25	22	1.94
36814450--36814630	55	3.4	54	81	2	211	35	17	25	21	1.95
36814507--36814650	53	2.7	53	82	2	171	35	16	25	22	1.95
36814450--36814660	108	2.0	109	81	3	257	37	15	25	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36815204--36815777	291	2.0	291	98	0	1112	39	9	19	31	1.83
36828694--36828896	40	5.1	40	86	3	268	24	28	23	24	2.00
36845072--36845180	55	2.0	55	90	0	173	26	34	22	16	1.95
36861385--36861418	12	2.8	12	90	0	50	32	35	0	32	1.58
36864608--36864764	46	3.4	45	73	14	158	22	18	28	30	1.97
36864650--36864818	47	3.6	47	74	10	193	22	18	28	30	1.98
36864600--36864865	93	2.9	93	89	1	399	22	19	28	29	1.98
36871119--36871239	43	2.8	44	78	9	133	33	27	16	23	1.96
36879190--36879228	16	2.4	16	82	0	51	33	5	28	33	1.79
36879217--36879303	44	1.9	46	88	4	133	28	6	28	35	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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