genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62137079--62137681	47	12.7	47	95	1	1001	32	8	30	29	1.87
62139958--62140033	40	1.9	40	86	0	107	15	11	32	39	1.84
62140729--62140882	43	3.6	43	92	1	231	30	26	16	26	1.96
62144791--62144859	28	2.5	27	81	13	86	26	2	4	66	1.24
62144992--62145035	23	1.9	23	86	9	63	43	0	0	56	0.99
62145285--62145323	5	8.2	5	88	5	55	76	0	23	0	0.78
62145274--62145324	23	2.2	23	82	6	68	78	0	19	1	0.85
62145289--62145323	18	1.9	18	88	11	54	77	0	22	0	0.78
62148332--62148375	22	2.0	22	90	0	70	11	20	25	43	1.85
62148447--62148609	43	3.8	43	89	0	236	29	31	16	22	1.96
62152002--62152038	14	2.6	14	91	0	56	35	40	0	24	1.55
62151994--62152070	21	3.7	21	75	3	66	37	40	0	22	1.54
62153137--62153328	41	4.7	40	89	4	251	32	27	21	18	1.97
62153366--62153500	40	3.4	38	78	8	126	20	20	20	37	1.94
62153385--62153501	40	2.9	41	82	3	141	23	21	19	35	1.96
62160554--62160662	47	2.4	45	78	10	114	34	9	27	28	1.87
62160733--62160817	40	2.2	40	84	2	109	17	22	31	28	1.97
62178706--62179020	47	6.6	49	91	2	448	28	28	8	33	1.86
62181822--62181881	29	2.2	29	82	8	72	40	21	18	20	1.92
62186942--62187109	78	2.2	78	86	2	248	24	30	29	15	1.96
62189538--62189709	46	3.7	46	76	10	179	29	26	21	22	1.99
62189543--62189713	93	1.8	93	88	0	261	29	26	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62194559--62194742	67	2.9	63	76	7	190	30	16	29	23	1.96
62196270--62196308	20	1.9	21	94	5	71	58	10	2	28	1.44
62198716--62198804	29	3.1	29	90	1	126	26	16	29	26	1.97
62198729--62198839	58	1.9	57	83	1	141	27	16	30	25	1.96
62201009--62201096	28	3.2	28	80	3	99	35	20	26	18	1.95
62202325--62202379	18	3.2	17	76	19	60	60	1	34	3	1.25
62202329--62202385	18	3.2	18	74	13	55	63	1	31	3	1.22
62207952--62207985	14	2.4	14	95	0	59	23	35	8	32	1.86
62210934--62211109	56	3.1	56	98	0	334	45	8	23	22	1.80
62212234--62212417	40	4.6	41	82	8	204	24	22	27	25	2.00
62212234--62212415	79	2.3	80	82	6	201	24	23	26	25	2.00
62212286--62212450	79	2.1	79	82	6	192	26	21	26	25	2.00
62218470--62218637	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
62218493--62218637	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
62225638--62225782	40	3.6	40	81	0	173	24	26	24	25	2.00
62246015--62246232	40	5.5	40	86	4	273	23	22	27	26	2.00
62247302--62247410	37	2.9	37	95	0	191	27	32	18	22	1.97
62247560--62247648	46	1.9	46	83	0	115	25	31	8	33	1.87
62247642--62247906	47	5.6	47	91	0	406	27	28	10	33	1.90
62251715--62252058	40	8.6	40	87	0	465	24	27	22	24	2.00
62253333--62253441	37	2.9	37	93	0	182	26	32	19	22	1.97
62253593--62253681	46	1.9	46	83	0	115	25	31	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62253675--62253939	47	5.6	47	91	0	406	27	28	10	33	1.90
62253792--62253867	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
62262600--62262714	31	3.7	31	91	1	187	28	25	16	29	1.97
62262738--62262829	42	2.2	42	96	3	168	31	20	15	32	1.94
62262969--62263045	25	3.2	25	87	3	95	27	24	22	25	2.00
62263857--62263921	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
62264038--62264108	27	2.6	27	84	6	90	26	2	25	45	1.67
62264143--62264337	27	7.2	27	84	1	212	39	8	23	29	1.83
62264171--62264337	81	2.1	81	88	4	248	40	7	22	29	1.82
62267494--62267725	113	2.1	113	85	3	306	31	21	21	25	1.98
62268056--62268094	14	2.8	14	80	0	51	15	0	35	48	1.45
62269592--62269816	40	5.7	40	82	6	233	24	27	21	25	1.99
62269748--62269825	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
62277461--62277680	40	5.5	39	81	7	196	24	27	22	25	2.00
62277612--62277689	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
62281343--62281403	28	2.3	26	86	8	86	18	22	22	36	1.95
62282545--62282656	21	5.0	21	69	20	68	47	30	0	22	1.52
62285154--62285294	46	3.0	44	76	14	126	29	29	19	21	1.98
62292639--62292810	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	22	1.98
62292632--62292807	46	3.8	46	78	10	205	29	28	19	21	1.98
62296244--62296354	27	4.1	29	70	24	100	51	14	0	34	1.43
62296282--62296361	25	3.5	25	66	22	75	51	17	0	31	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62296332--62296447	9	13.1	9	70	10	78	44	20	0	33	1.58
62296287--62296447	18	9.2	18	69	13	93	46	19	0	33	1.55
62296267--62296430	43	3.9	43	85	10	216	48	17	0	33	1.52
62296340--62296424	36	2.4	34	84	5	125	47	18	1	32	1.57
62296287--62296458	79	2.2	76	78	9	184	47	18	1	33	1.57
62301909--62301948	21	1.9	21	85	10	55	32	17	47	2	1.61
62302176--62302256	31	2.5	33	82	11	105	11	6	20	61	1.50
62302311--62302484	43	4.1	43	85	2	226	26	34	17	21	1.96
62302347--62302515	86	2.0	86	85	2	232	27	31	17	23	1.96
62304533--62304563	14	2.3	14	94	5	55	67	0	3	29	1.06
62306170--62306218	25	2.0	25	84	11	66	24	2	18	55	1.53
62308643--62308787	40	3.6	40	85	0	191	22	26	25	25	2.00
62317787--62317865	37	2.1	37	88	0	113	25	31	17	25	1.97
62317984--62318478	47	10.4	47	92	1	729	28	29	9	32	1.88
62330254--62330762	48	10.6	48	74	3	396	29	18	28	23	1.98
62330244--62330762	96	5.4	96	84	0	651	29	17	28	24	1.97
62333779--62333842	27	2.5	25	85	10	76	29	28	14	28	1.95
62337883--62337934	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
62340211--62340240	15	2.1	14	93	6	51	83	0	16	0	0.65
62341526--62341623	28	3.5	28	98	0	187	26	12	27	33	1.92
62343412--62343587	46	3.8	45	80	10	203	21	20	29	28	1.98
62343408--62343579	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62346471--62346553	29	2.9	29	82	12	100	10	15	15	57	1.64
62346480--62346557	15	5.4	15	80	11	92	10	16	12	60	1.59
62348939--62349114	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
62348935--62349106	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
62353937--62354091	43	3.6	43	79	8	172	25	15	26	32	1.95
62354850--62354898	22	2.2	20	77	19	53	20	2	26	51	1.59
62355385--62355417	14	2.4	14	90	5	50	21	33	24	21	1.97
62361560--62361780	51	4.4	51	81	1	194	28	28	16	26	1.97
62363962--62364077	42	2.8	42	90	0	178	21	18	30	30	1.97
62364149--62364215	32	2.1	32	97	0	125	34	7	29	28	1.85
62366232--62366361	37	3.5	36	89	3	188	29	16	28	25	1.97
62366241--62366379	74	1.9	73	88	4	208	28	17	29	25	1.97
62366349--62366525	42	4.2	42	75	2	158	24	15	28	31	1.95
62373331--62373498	40	4.2	40	85	3	232	26	27	22	23	1.99
62381289--62381436	40	3.7	40	81	7	183	29	28	19	22	1.98
62390481--62390647	42	4.0	42	89	0	244	21	17	29	31	1.96
62390482--62390647	84	2.0	84	91	0	269	21	17	28	31	1.96
62393329--62393364	18	2.0	18	94	0	63	22	16	36	25	1.94
62393954--62394022	15	4.6	15	81	3	59	57	17	11	13	1.64
62393968--62394027	30	2.0	31	87	9	88	60	18	10	11	1.58
62398492--62398669	40	4.5	40	94	2	297	25	27	23	24	2.00
62400559--62400678	51	2.3	52	81	8	140	29	30	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62408145--62408204	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
62416530--62416796	40	6.7	40	93	3	450	25	27	22	24	2.00
62422585--62422644	27	2.2	27	81	0	66	36	11	8	43	1.71
62422631--62423045	27	15.4	27	81	7	364	29	9	21	39	1.85
62422637--62423045	54	7.6	54	82	3	450	29	9	21	39	1.85
62422653--62423045	161	2.4	160	87	2	572	28	10	22	39	1.86
62429608--62429644	19	1.9	19	100	0	74	37	16	24	21	1.93
62439909--62439953	21	2.1	21	83	4	54	15	26	15	42	1.87
62442521--62443413	48	18.6	48	94	0	1437	35	7	26	30	1.84
62443586--62443688	37	2.8	37	95	0	179	23	19	32	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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