genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.138.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44800775--44800804	14	2.1	14	93	0	51	23	16	36	23	1.94
44801338--44801372	17	2.1	17	89	5	54	77	14	0	8	0.99
44802570--44803891	661	2.0	661	99	0	2617	38	19	11	30	1.87
44805214--44805348	69	2.0	69	95	0	243	31	5	23	38	1.79
44805217--44805328	34	3.3	33	65	16	84	32	4	25	38	1.76
44805693--44805723	16	1.9	16	93	0	53	38	3	0	58	1.15
44809950--44810030	40	2.0	40	97	0	153	40	1	14	43	1.54
44810856--44810964	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
44811110--44811294	99	1.9	96	91	5	300	31	26	6	35	1.82
44811110--44811295	48	3.8	48	89	5	293	31	26	6	35	1.82
44811265--44811458	47	4.1	47	90	0	289	26	29	10	32	1.90
44811218--44811458	94	2.6	94	84	4	290	27	29	9	33	1.89
44811358--44811429	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
44815200--44815259	31	1.9	31	100	0	120	28	26	16	28	1.97
44820350--44820386	17	2.2	17	100	0	74	72	10	5	10	1.25
44821237--44821463	46	4.8	49	77	12	210	25	18	33	22	1.97
44825246--44825297	26	2.0	26	88	0	77	44	19	17	19	1.87
44831176--44831349	46	3.7	46	79	7	183	28	18	29	23	1.98
44831171--44831395	46	4.8	46	76	11	176	28	19	28	24	1.98
44835530--44835723	98	2.0	100	86	4	277	25	13	21	39	1.90
44837067--44837148	42	1.9	43	85	2	112	32	23	15	28	1.95
44858661--44858790	65	2.0	65	100	0	260	41	6	15	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44860515--44860644	65	2.0	65	100	0	260	41	6	15	36	1.72
44862372--44862501	65	2.0	65	100	0	260	41	6	15	36	1.72
44865031--44865175	40	3.6	40	85	4	184	25	24	26	24	2.00
44871728--44871776	20	2.5	19	80	9	62	30	2	0	67	1.02
44871729--44871779	19	2.7	20	82	11	63	31	1	0	66	1.03
44871952--44871993	16	2.5	17	76	3	50	66	2	7	23	1.28
44873322--44873346	10	2.5	10	100	0	50	32	0	0	68	0.90
44874029--44874088	30	2.1	30	84	6	79	73	5	0	21	1.02
44875251--44875286	11	3.3	11	88	0	54	38	0	2	58	1.13
44877580--44877694	46	2.5	46	81	9	144	21	32	21	24	1.98
44880548--44880583	18	2.0	18	88	0	54	33	16	5	44	1.71
44890001--44890059	30	2.0	30	86	0	82	23	20	30	25	1.98
44891340--44891413	36	2.1	36	97	0	139	41	14	20	22	1.89
44912029--44912145	55	2.1	55	82	0	144	29	30	25	14	1.95
44918490--44918518	9	3.3	9	95	4	51	34	20	10	34	1.87
44919389--44919567	40	4.5	40	88	4	263	25	29	24	20	1.99
44919389--44919567	80	2.2	80	92	0	295	25	29	24	20	1.99
44927605--44927781	40	4.5	40	90	6	272	25	29	23	20	1.99
44927605--44927781	79	2.2	80	93	2	304	25	29	23	20	1.99
44935158--44935311	83	1.9	82	80	14	183	24	30	22	22	1.99
44943679--44943763	38	2.2	38	82	12	102	24	29	21	24	1.99
44949688--44949764	36	2.1	36	88	4	111	25	31	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44949937--44950295	47	7.8	47	96	3	660	30	30	7	32	1.85
44949937--44950295	93	3.9	94	96	3	660	30	30	7	32	1.85
44953147--44953384	40	6.0	38	79	9	151	25	27	21	25	1.99
44953164--44953420	80	3.2	76	77	7	219	25	28	22	24	1.99
44955268--44955346	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
44955462--44956076	47	12.7	47	84	9	749	29	29	7	33	1.86
44955616--44955649	17	2.0	17	100	0	68	29	29	0	41	1.57
44955569--44955696	64	2.0	64	98	0	247	30	29	5	34	1.80
44955522--44955743	111	2.0	111	99	0	435	30	29	6	33	1.83
44955461--44955790	158	2.1	158	93	1	563	29	30	7	32	1.85
44955633--44956076	234	1.9	235	98	0	863	29	28	8	33	1.86
44968556--44968626	35	2.0	35	97	0	133	29	23	29	16	1.97
44984417--44984605	71	2.6	71	86	6	227	31	31	16	20	1.95
44984581--44984631	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
44984487--44984709	103	2.2	104	92	2	369	31	31	18	17	1.95
44985038--44985101	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
44985045--44985101	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
44991942--44991994	26	2.0	26	92	0	88	28	33	20	16	1.95
44991954--44992138	69	2.6	70	84	10	223	31	30	17	21	1.96
44992114--44992164	25	2.0	26	92	3	86	29	33	23	13	1.93
44992022--44992240	100	2.2	104	90	5	342	31	30	19	18	1.95
44997420--44997569	27	5.4	27	74	12	108	25	18	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45016064--45016283	106	2.1	106	81	12	256	32	30	19	18	1.96
45023918--45023969	26	2.0	27	92	3	88	28	36	23	11	1.90
45024189--45024213	11	2.3	11	100	0	50	64	8	0	28	1.22
45027034--45027211	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
45027035--45027190	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
45027031--45027211	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
45035204--45035380	27	6.6	27	82	5	196	26	15	28	29	1.96
45035204--45035380	53	3.3	55	81	5	191	26	15	28	29	1.96
45041811--45041863	21	2.5	21	84	6	72	16	33	33	15	1.90
45052601--45052746	37	3.9	37	94	0	238	27	30	18	23	1.98
45052955--45053343	47	8.1	47	87	5	526	25	29	12	31	1.93
45052955--45053343	94	4.0	98	89	5	587	25	29	12	31	1.93
45052955--45053322	147	2.5	146	88	4	539	25	29	12	31	1.93
45055282--45055460	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
45059073--45059134	31	2.0	30	84	3	79	30	22	8	38	1.83
45060304--45060417	43	2.7	43	82	8	135	31	23	14	29	1.95
45060521--45060593	36	2.0	36	97	0	137	35	21	6	35	1.81
45062732--45062815	40	2.1	40	97	0	159	28	30	9	30	1.89
45065810--45066058	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
45065809--45066058	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
45066153--45066184	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
45066395--45066451	30	1.9	29	85	3	78	31	24	1	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45073042--45073285	50	4.7	50	83	4	265	21	29	23	25	1.99
45073041--45073287	100	2.4	105	86	7	344	21	29	23	25	1.99
45073385--45073416	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
45073628--45073685	30	1.9	30	85	0	80	32	24	1	41	1.65
45077675--45077789	43	2.7	43	83	10	137	30	25	17	26	1.97
45078282--45078337	28	2.0	29	82	10	71	28	23	3	44	1.70
45079754--45079801	21	2.3	21	92	3	80	22	18	8	50	1.74
45079761--45079804	21	2.1	21	100	0	88	27	18	9	45	1.79
45095557--45095616	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
45095571--45095642	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
45100583--45100792	28	7.4	27	72	9	150	30	35	17	17	1.93
45100560--45100794	57	4.1	57	91	3	348	29	35	17	17	1.93
45100606--45100764	29	5.6	29	76	3	178	29	38	16	15	1.90
45101929--45101969	20	2.0	21	85	4	57	43	4	4	46	1.46
45106396--45106569	46	3.8	45	78	13	183	29	29	20	20	1.98
45106402--45106573	93	1.8	93	92	0	290	29	29	20	20	1.98
45106991--45107050	30	2.0	30	86	0	84	31	25	6	36	1.82
45113916--45114090	46	3.8	46	80	13	205	29	29	20	20	1.98
45113924--45114094	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	20	1.98
45114512--45114571	30	2.0	30	86	0	84	31	25	5	38	1.77
45115548--45115709	35	4.6	35	77	3	173	41	17	9	30	1.82
45120696--45120746	16	3.2	16	75	10	50	49	23	17	9	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45125840--45126001	35	4.6	35	78	0	153	41	17	9	30	1.82
45127068--45127152	33	2.6	33	86	0	125	25	23	20	30	1.98
45127495--45127664	27	6.3	27	85	3	200	27	19	17	35	1.94
45127495--45127664	54	3.2	53	87	4	225	27	19	17	35	1.94
45127482--45127664	81	2.3	81	83	5	237	28	19	18	34	1.95
45153808--45153967	40	4.1	39	80	7	171	28	28	20	22	1.99
45158741--45158905	71	2.3	71	95	1	294	34	22	12	30	1.91
45158857--45159034	27	6.6	27	85	3	133	29	28	14	26	1.95
45158857--45159033	54	3.3	54	83	5	214	29	28	14	26	1.95
45158878--45159033	81	1.9	82	88	3	235	29	28	14	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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