genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64673716--64673790	38	2.0	38	97	2	143	30	13	24	32	1.93
64674977--64675120	40	3.6	40	84	5	184	26	24	25	23	2.00
64679205--64679239	17	2.0	18	88	5	54	42	2	5	48	1.41
64697043--64697090	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
64697110--64697143	17	1.9	18	88	5	52	32	5	23	38	1.79
64697127--64697193	20	3.3	20	89	0	98	31	11	22	34	1.90
64697242--64697482	24	10.0	24	92	1	376	29	23	20	26	1.99
64704539--64704621	43	1.9	43	85	4	114	16	34	21	26	1.95
64711711--64711797	28	3.1	29	83	3	115	26	13	28	31	1.94
64713579--64713648	25	2.8	25	91	4	106	25	21	25	27	1.99
64714479--64714530	27	1.9	27	84	7	70	17	21	23	38	1.93
64714552--64714761	27	7.7	27	77	4	134	32	8	18	40	1.81
64714639--64714761	54	2.3	54	85	0	156	30	6	18	43	1.75
64714793--64714938	27	5.4	27	91	0	220	41	8	22	27	1.83
64714793--64714963	54	3.2	54	88	0	225	38	9	23	28	1.86
64714784--64714963	81	2.2	80	83	6	236	38	10	22	29	1.86
64720137--64720207	37	1.9	37	88	5	108	28	15	32	23	1.95
64720190--64720363	47	3.7	47	77	12	164	29	17	28	23	1.97
64720190--64720363	96	1.8	93	87	8	262	29	17	28	23	1.97
64731628--64731711	41	2.0	42	97	2	161	32	14	19	34	1.91
64734831--64734863	9	3.3	10	88	12	50	54	6	0	39	1.25
64741378--64741442	17	3.5	19	81	6	71	69	0	1	29	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64741361--64741440	39	2.0	40	80	9	92	66	0	3	30	1.09
64741592--64741630	19	2.0	20	90	5	62	58	2	0	38	1.12
64747663--64747819	39	4.0	39	92	2	210	30	29	22	17	1.96
64751428--64751470	16	2.7	16	85	0	50	13	13	13	58	1.64
64754863--64755081	47	4.7	46	79	10	173	28	19	29	22	1.98
64754881--64755032	46	3.2	44	81	11	162	27	21	30	21	1.98
64754859--64755031	93	1.9	94	81	12	214	28	21	29	20	1.98
64754910--64755079	93	1.8	94	82	6	220	28	18	29	24	1.98
64757261--64757438	46	3.8	46	75	4	205	28	28	20	22	1.99
64757269--64757440	93	1.8	93	91	0	281	27	29	20	22	1.98
64762756--64762929	45	3.8	45	81	9	217	28	29	20	21	1.98
64762764--64762934	93	1.8	92	94	1	306	27	30	21	21	1.98
64801907--64802135	40	5.7	40	85	2	316	24	20	27	27	1.99
64801912--64802135	120	1.9	120	90	1	360	23	20	27	27	1.99
64801912--64802168	120	2.2	120	87	3	358	24	21	27	26	1.99
64810863--64810896	14	2.4	14	95	0	59	20	0	26	52	1.46
64811734--64811772	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
64812211--64812325	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
64812236--64812325	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
64812431--64812495	28	2.3	28	92	5	105	29	7	29	33	1.85
64812743--64812773	16	2.0	15	93	6	53	3	19	25	51	1.62
64818650--64818841	40	4.8	40	92	1	287	21	28	25	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64826754--64826936	40	4.6	40	89	1	233	24	26	24	24	2.00
64834419--64834593	38	4.5	38	87	2	208	20	23	25	30	1.99
64838044--64838090	19	2.5	19	89	0	67	19	21	40	19	1.92
64838057--64838093	19	1.9	19	100	0	74	16	21	37	24	1.93
64838530--64838713	27	6.8	27	82	3	174	40	19	9	30	1.83
64838563--64838712	81	1.9	81	86	0	219	42	19	8	30	1.80
64838643--64838771	27	4.7	27	77	12	120	44	19	5	31	1.73
64838563--64838791	54	4.2	54	76	8	203	41	18	8	31	1.81
64840177--64840348	46	3.7	46	77	13	190	20	20	29	30	1.97
64840174--64840344	93	1.8	93	92	0	288	20	20	29	29	1.98
64842282--64842416	42	3.2	42	91	0	207	29	16	20	33	1.95
64842439--64842522	31	2.7	31	94	1	143	28	17	26	27	1.98
64843646--64843729	42	2.0	42	100	0	168	45	9	4	40	1.58
64846958--64847001	20	2.2	20	88	4	63	29	15	27	27	1.96
64855474--64855626	47	3.2	49	85	10	194	35	6	27	30	1.82
64855721--64855844	48	2.7	48	85	12	165	33	9	26	30	1.89
64858086--64858279	39	5.0	40	82	10	233	25	21	27	26	1.99
64858086--64858315	39	5.9	40	82	9	228	26	21	26	26	1.99
64858097--64858371	117	2.4	116	82	8	301	25	21	26	26	1.99
64861742--64862233	47	10.6	47	92	4	775	32	8	29	29	1.87
64864405--64864684	40	7.1	40	86	4	352	25	22	26	25	2.00
64864409--64864671	79	3.3	78	86	5	341	25	23	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64868106--64868610	47	10.6	47	89	3	688	32	7	29	30	1.86
64868106--64868610	49	10.6	49	91	3	793	32	7	29	30	1.86
64868106--64868610	96	5.3	96	90	2	750	32	7	29	30	1.86
64871031--64871439	53	7.8	54	73	11	287	23	24	16	35	1.95
64871264--64871448	54	3.5	54	75	12	195	23	24	15	36	1.93
64871421--64871542	47	2.6	47	89	0	181	25	22	14	37	1.92
64871054--64871486	204	2.1	207	91	3	703	24	24	15	35	1.94
64872317--64872374	30	1.9	31	89	3	91	29	25	10	34	1.89
64873905--64874101	42	4.5	42	78	6	153	27	24	15	32	1.95
64875379--64875428	25	2.1	23	85	7	64	34	6	4	56	1.43
64878118--64878225	15	7.2	15	93	0	153	0	37	0	61	1.03
64878118--64878225	6	18.0	6	90	0	153	0	37	0	61	1.03
64878118--64878225	9	12.0	9	90	0	153	0	37	0	61	1.03
64880074--64880133	29	2.1	29	100	0	120	51	3	10	35	1.52
64881975--64882142	42	4.0	42	76	4	151	29	16	26	27	1.96
64881989--64882142	84	1.8	84	85	0	218	29	16	26	26	1.97
64885823--64886535	54	13.6	54	73	13	410	23	24	15	36	1.94
64885833--64886536	100	6.8	100	75	11	603	24	24	15	36	1.94
64885833--64886528	209	3.3	209	92	1	1144	24	24	15	35	1.94
64886100--64886381	154	1.8	154	83	6	356	24	24	14	36	1.93
64888889--64888944	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
64890425--64890477	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64896609--64896664	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
64898143--64898195	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
64900672--64900866	27	7.2	27	90	2	284	29	23	7	39	1.81
64900672--64900866	81	2.4	81	93	1	320	29	23	7	39	1.81
64900858--64901000	27	5.3	26	73	14	105	36	22	13	27	1.92
64900856--64900997	54	2.6	54	77	9	139	36	22	13	27	1.92
64900899--64901021	27	4.5	28	78	6	119	41	22	8	26	1.83
64900899--64901022	54	2.3	55	80	8	139	41	22	8	27	1.83
64901033--64901084	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
64902013--64902082	25	2.8	25	84	4	79	27	24	22	25	2.00
64902230--64902321	42	2.2	42	96	0	166	32	14	20	32	1.92
64902345--64902465	31	3.7	31	80	13	145	28	16	24	30	1.97
64907496--64907665	46	3.7	45	77	14	177	31	20	27	21	1.98
64909038--64909205	46	3.6	47	83	10	145	23	29	20	27	1.99
64909131--64909251	46	2.6	46	85	5	145	22	30	20	26	1.98
64920399--64920511	42	2.7	42	76	5	129	31	15	24	28	1.95
64924166--64924441	46	5.9	44	88	6	275	27	19	30	22	1.98
64924163--64924479	47	6.8	47	88	5	299	27	19	30	22	1.98
64927724--64927770	22	2.0	23	84	8	60	53	0	2	44	1.12
64927729--64927772	22	2.0	22	90	0	70	54	0	0	45	0.99
64927796--64927832	16	2.3	17	81	13	51	59	2	0	37	1.12
64927851--64927921	15	4.6	15	74	16	65	50	1	0	47	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64931505--64931603	49	2.0	49	94	0	171	30	12	17	40	1.86
64947662--64947696	16	2.2	16	94	0	61	14	5	28	51	1.65
64950548--64950599	24	2.3	23	75	15	54	28	3	5	61	1.37
64951359--64951633	131	2.1	132	81	4	322	29	20	17	33	1.95
64953948--64954116	45	3.7	44	76	10	178	21	19	28	29	1.98
64957030--64957098	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
64957021--64957108	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
64959501--64959672	46	3.7	46	77	4	184	22	19	29	29	1.98
64959494--64959664	93	1.8	93	89	2	272	22	20	28	28	1.98
64971712--64972322	131	4.6	132	89	0	866	28	19	24	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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