genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81523006--81523184	85	2.1	85	96	0	331	38	7	27	26	1.84
81525370--81525645	47	5.8	47	93	0	435	32	8	30	28	1.87
81525763--81525841	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
81531036--81531070	13	2.6	14	95	4	63	28	5	2	62	1.32
81531307--81531396	30	3.0	29	71	20	78	46	4	0	48	1.22
81535367--81535587	110	2.0	110	91	0	361	36	16	20	26	1.93
81535765--81535848	42	2.0	42	97	0	159	41	4	16	36	1.70
81539228--81539312	34	2.5	33	81	5	91	34	21	17	27	1.96
81548393--81548492	34	2.9	34	92	2	157	23	26	19	32	1.97
81548498--81548562	34	1.9	34	87	0	94	26	24	21	27	1.99
81558669--81558705	17	2.2	17	90	4	58	72	0	27	0	0.84
81562725--81562991	46	5.7	47	73	11	188	23	30	17	28	1.97
81572104--81572130	7	3.9	7	100	0	54	40	0	14	44	1.46
81574621--81574769	75	2.0	75	90	0	235	18	34	23	24	1.96
81574779--81574888	46	2.4	44	85	7	132	26	29	18	26	1.98
81574827--81574916	46	1.9	47	80	10	105	27	25	17	28	1.98
81582408--81582577	46	3.7	46	79	12	156	23	29	20	27	1.99
81582359--81582622	46	5.6	45	74	13	155	23	29	19	27	1.98
81582500--81582625	47	2.7	46	80	16	143	23	29	20	26	1.99
81582356--81582630	94	2.9	92	74	11	256	23	29	19	27	1.98
81587948--81587994	7	6.9	7	81	18	55	74	0	2	23	0.93
81587946--81587996	20	2.5	21	93	3	86	74	0	1	23	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81587959--81587996	13	2.9	13	84	11	51	76	0	0	23	0.79
81588474--81588542	34	2.0	34	94	0	120	39	15	13	31	1.86
81595175--81595212	20	1.9	20	84	10	51	26	10	7	55	1.61
81596392--81596629	27	8.8	27	86	0	305	29	24	8	37	1.85
81596365--81596629	81	3.3	81	84	0	332	30	24	8	36	1.86
81596347--81596720	27	13.9	27	81	0	147	33	23	8	34	1.85
81596392--81596629	54	4.4	54	89	0	341	29	24	8	37	1.85
81596610--81596745	27	5.0	27	81	0	119	39	22	8	28	1.84
81596622--81596745	54	2.3	54	81	0	140	41	20	8	28	1.82
81596732--81596900	27	6.3	27	81	1	196	36	17	20	26	1.94
81596701--81596900	81	2.5	80	79	8	199	36	18	19	26	1.94
81597311--81597374	25	2.6	25	87	0	92	18	18	14	48	1.81
81599323--81599560	27	8.8	27	86	0	305	29	24	8	37	1.85
81599278--81599651	27	13.9	27	81	0	156	33	24	8	34	1.84
81599296--81599589	81	3.6	80	80	2	291	30	24	8	36	1.86
81599323--81599560	54	4.4	54	89	0	341	29	24	8	37	1.85
81599547--81599667	27	4.5	27	82	0	98	42	20	6	30	1.78
81599661--81599827	54	3.1	52	81	8	174	36	15	20	26	1.93
81599663--81599831	27	6.3	26	77	8	151	36	16	20	27	1.94
81600240--81600303	25	2.6	25	87	0	92	18	18	14	48	1.81
81602255--81602491	27	8.8	27	84	0	287	29	23	9	38	1.86
81602246--81602529	27	10.6	27	78	6	191	30	23	9	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81602255--81602520	81	3.3	80	80	3	273	30	22	9	37	1.86
81602470--81602610	54	2.6	53	79	3	165	39	22	7	29	1.82
81602470--81602610	27	5.3	27	83	1	131	39	22	7	29	1.82
81602593--81602761	27	6.3	27	80	4	171	36	17	18	27	1.93
81602617--81602747	54	2.4	54	87	0	190	35	17	19	27	1.94
81602592--81602761	81	2.1	81	80	2	198	37	17	18	27	1.93
81603172--81603235	25	2.6	25	87	0	92	18	18	14	48	1.81
81605186--81605423	27	8.8	27	86	0	305	28	23	8	38	1.85
81605141--81605542	27	14.9	27	82	0	142	33	23	8	34	1.85
81605159--81605452	81	3.6	80	80	2	300	30	23	9	36	1.86
81605186--81605423	54	4.4	54	89	0	341	28	23	8	38	1.85
81605445--81605695	27	9.3	26	79	7	164	39	19	14	26	1.90
81605524--81605680	54	2.9	53	86	4	215	37	17	18	26	1.93
81605444--81605695	81	3.1	80	76	11	194	39	19	14	26	1.90
81606103--81606166	25	2.6	25	87	0	92	18	18	14	48	1.81
81608118--81608355	27	8.8	27	86	0	305	28	23	9	37	1.87
81608073--81608419	27	12.8	26	77	8	111	32	23	9	34	1.86
81608091--81608384	81	3.6	80	80	2	300	30	23	9	36	1.88
81608118--81608355	54	4.4	54	88	0	341	28	23	9	37	1.87
81608118--81608383	54	4.9	54	83	5	207	29	23	9	37	1.87
81608334--81608445	54	2.1	53	83	5	136	41	23	7	28	1.80
81608375--81608472	27	3.7	26	83	2	106	43	22	7	26	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81608348--81608472	53	2.3	54	79	6	137	42	21	8	28	1.81
81608457--81608624	27	6.3	27	80	5	162	37	17	17	26	1.93
81608456--81608624	80	2.1	81	79	1	196	37	17	17	26	1.92
81608465--81608610	53	2.7	53	84	6	195	36	17	17	27	1.93
81609035--81609098	25	2.6	25	87	0	92	18	18	14	48	1.81
81611048--81611284	27	8.8	27	86	0	305	28	24	9	37	1.86
81611048--81611284	107	2.2	108	87	2	343	28	24	9	37	1.86
81611021--81611275	134	1.9	134	85	0	357	28	24	9	37	1.87
81611010--81611322	27	11.6	27	80	6	233	31	23	9	35	1.87
81611048--81611284	54	4.4	54	89	1	341	28	24	9	37	1.86
81611263--81611405	27	5.3	27	83	0	133	39	23	8	29	1.84
81611277--81611402	54	2.3	54	83	0	153	42	22	7	27	1.81
81611387--81611555	27	6.3	27	82	1	187	36	18	18	26	1.94
81611966--81612029	25	2.6	25	87	0	92	18	18	14	48	1.81
81613954--81614218	27	9.8	27	85	0	332	30	22	8	38	1.84
81613942--81614309	27	13.6	27	83	0	180	35	22	7	35	1.83
81613981--81614218	54	4.4	54	89	0	368	30	21	8	39	1.83
81614206--81614336	27	4.9	27	82	3	129	42	20	6	30	1.76
81614321--81614488	27	6.3	27	84	3	214	34	17	21	26	1.96
81614895--81614982	6	14.3	6	68	17	56	18	17	14	50	1.79
81614895--81614973	31	2.5	31	87	0	104	17	17	13	50	1.78
81615818--81615859	21	2.0	22	85	4	59	16	30	28	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81617400--81617448	10	4.9	10	87	0	71	67	2	12	18	1.32
81618727--81618776	22	2.3	22	82	3	66	54	0	2	44	1.11
81625054--81625277	40	5.6	40	87	4	299	26	24	25	24	2.00
81625054--81625277	120	1.9	120	88	1	342	26	24	25	24	2.00
81626217--81626250	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
81636685--81636730	21	2.1	22	84	4	58	56	2	6	34	1.37
81637461--81637497	2	18.5	2	94	0	65	45	0	0	54	1.00
81637458--81637499	8	5.5	8	86	11	52	42	0	0	57	0.99
81639150--81639216	31	2.2	31	86	0	89	46	1	2	49	1.26
81640381--81640415	18	1.9	18	94	0	61	57	17	2	22	1.53
81642001--81642034	17	2.0	17	94	0	59	11	38	29	20	1.88
81647324--81647387	24	2.8	22	83	9	83	40	17	15	26	1.89
81647486--81647619	54	2.5	54	81	2	162	42	17	19	20	1.89
81647586--81647782	77	2.5	78	80	2	218	41	17	23	18	1.90
81647586--81647802	39	5.6	39	74	1	184	40	17	23	18	1.91
81647586--81647807	78	2.9	78	76	7	211	40	18	22	18	1.91
81647809--81648017	54	3.9	53	85	2	220	38	14	20	26	1.91
81648004--81648137	39	3.4	38	76	8	135	41	17	20	20	1.91
81658413--81658459	20	2.3	20	92	0	85	61	4	14	19	1.49
81658514--81658608	35	2.8	33	72	15	77	50	3	1	45	1.24
81663022--81663079	30	1.9	30	85	0	80	44	13	8	32	1.75
81667384--81667481	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81667391--81667479	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
81667707--81667745	18	2.2	17	86	13	53	43	23	0	33	1.54
81669751--81669799	24	2.0	24	100	0	98	28	20	12	38	1.89
81671234--81671267	17	2.0	17	100	0	68	52	17	0	29	1.45
81671382--81671458	41	1.9	40	86	2	109	57	2	7	32	1.41
81671775--81671843	18	3.8	18	75	18	54	66	2	0	30	1.06
81671965--81672007	22	2.0	22	90	0	68	32	0	2	65	1.06
81672058--81672095	20	1.9	20	88	0	58	65	10	2	21	1.35
81672104--81672148	23	2.0	23	83	12	58	28	8	8	53	1.62
81673768--81673810	21	2.0	21	86	0	59	34	25	27	11	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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