genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33774696--33774760	32	2.0	32	96	0	121	40	12	20	27	1.88
33774833--33774883	22	2.3	23	86	10	70	74	0	0	25	0.82
33778792--33779000	41	5.2	40	86	3	116	25	26	23	23	2.00
33778815--33779000	41	4.6	41	88	3	252	24	25	24	25	2.00
33782379--33782418	8	5.4	8	82	17	59	60	0	0	40	0.97
33782386--33782417	13	2.5	13	89	0	55	59	0	0	40	0.97
33783303--33783387	44	1.9	44	85	4	118	20	18	24	36	1.95
33786438--33786508	33	2.2	33	92	0	115	29	7	14	49	1.69
33789980--33790031	8	6.9	8	86	8	74	59	0	0	40	0.97
33789980--33790026	21	2.2	21	96	0	85	59	0	0	40	0.97
33789987--33790018	13	2.5	13	94	0	55	59	0	0	40	0.97
33793354--33793461	26	4.2	26	91	0	171	31	9	24	35	1.87
33800435--33800489	23	2.3	24	81	6	58	30	5	18	45	1.72
33803857--33803915	28	2.1	28	100	0	118	45	3	13	37	1.60
33810530--33810640	23	4.7	24	71	14	95	36	22	23	18	1.95
33810530--33810647	48	2.5	49	76	8	127	35	22	24	17	1.95
33812679--33812760	26	3.2	26	92	0	137	31	7	23	37	1.82
33814203--33814278	26	2.8	26	84	4	89	35	23	11	28	1.90
33814381--33814521	54	2.6	53	94	2	237	17	24	24	34	1.95
33814381--33814539	27	5.9	27	83	11	193	18	24	22	34	1.96
33815793--33815841	3	17.3	3	76	19	52	69	0	2	28	1.00
33815799--33815837	11	3.5	11	92	0	69	69	0	2	28	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33815800--33815841	19	2.2	19	87	8	59	71	0	2	26	0.98
33817104--33817200	6	16.5	6	69	18	53	73	2	20	4	1.10
33817106--33817209	22	4.7	22	68	22	58	71	1	23	3	1.13
33817154--33817201	5	9.0	5	78	13	51	75	0	25	0	0.81
33817150--33817201	16	3.2	16	94	2	86	75	0	25	0	0.81
33817141--33817207	11	6.0	11	77	18	59	71	1	26	0	0.94
33817157--33817207	12	4.4	12	78	14	54	72	0	27	0	0.85
33817718--33817774	29	2.0	29	100	0	114	35	15	21	28	1.94
33818068--33818206	39	3.6	39	72	8	113	25	18	23	32	1.97
33825432--33825539	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
33828200--33828232	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
33831137--33831180	3	14.7	3	81	9	54	75	0	0	25	0.81
33838280--33838436	27	5.8	27	87	0	206	30	22	7	38	1.82
33838280--33838438	54	2.9	54	84	1	239	30	22	7	38	1.82
33838256--33838447	81	2.4	81	83	3	244	32	22	7	36	1.82
33838235--33838638	27	14.9	27	75	10	99	36	20	8	34	1.83
33838267--33838447	54	3.4	54	80	3	220	33	22	7	36	1.82
33838415--33838552	54	2.6	54	90	2	188	38	20	10	31	1.86
33838429--33838659	54	4.2	54	81	7	225	40	17	9	31	1.83
33838457--33838659	110	1.9	108	81	4	246	41	18	9	31	1.82
33838415--33838645	27	8.5	27	75	7	144	38	19	9	32	1.84
33839572--33839641	25	2.8	25	82	2	88	28	22	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33839597--33839668	25	3.0	24	78	13	67	29	20	22	27	1.99
33839862--33839943	31	2.7	31	92	3	132	25	17	28	29	1.97
33839949--33840042	33	2.9	33	69	18	90	24	20	25	29	1.99
33844508--33844600	46	2.0	46	100	0	186	34	25	9	30	1.88
33846162--33846240	24	3.3	24	84	5	97	18	24	15	41	1.89
33853073--33853164	13	7.1	13	83	4	96	33	7	21	36	1.82
33855688--33855721	6	5.7	6	92	0	59	64	0	0	35	0.94
33857304--33857349	23	2.0	24	82	4	58	65	15	6	13	1.46
33859036--33859083	24	2.0	25	87	4	71	47	4	4	43	1.41
33859037--33859113	25	3.1	24	79	5	73	46	3	3	45	1.39
33862955--33862995	22	1.9	21	85	5	55	24	2	39	34	1.69
33867234--33867276	19	2.3	19	84	8	52	30	4	0	65	1.13
33874467--33874502	11	3.1	12	88	8	56	36	8	8	47	1.64
33876488--33876529	14	3.0	14	86	6	50	28	16	2	52	1.56
33876554--33876687	13	10.0	13	70	15	76	35	16	3	44	1.65
33876543--33876652	27	4.1	26	73	21	84	37	16	3	42	1.66
33876543--33876659	40	2.9	40	77	5	119	36	17	3	42	1.66
33876607--33876659	27	2.0	27	84	0	70	35	18	1	43	1.62
33876645--33876701	28	2.0	28	86	0	78	28	12	5	54	1.59
33887262--33888456	598	2.0	598	94	0	2088	33	18	15	32	1.92
33889925--33889963	21	1.9	20	89	5	60	43	20	7	28	1.79
33891085--33891187	42	2.5	42	85	1	145	30	21	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33893904--33893933	15	2.0	15	100	0	60	26	40	20	13	1.89
33899757--33899927	46	3.7	43	74	16	139	29	18	29	22	1.97
33928111--33928199	44	2.0	44	100	0	178	38	17	19	24	1.93
33928280--33928409	49	2.6	50	80	4	147	25	20	31	23	1.98
33932504--33933444	471	2.0	471	98	0	1819	26	25	19	28	1.98
33935239--33935266	13	2.2	13	100	0	56	17	35	32	14	1.90
33946575--33946637	32	2.0	32	96	0	117	49	1	33	15	1.55
33946577--33946628	16	3.2	16	68	10	52	51	1	30	15	1.54
33949947--33949999	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
33951486--33951593	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
33963450--33963719	46	5.7	47	73	12	198	30	17	28	24	1.97
33963456--33963721	47	5.6	48	74	13	205	29	17	28	24	1.97
33965643--33965784	40	3.6	39	85	6	178	26	23	26	23	2.00
33971985--33972017	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
33972064--33972122	21	2.8	22	85	7	70	25	0	5	69	1.09
33972093--33972152	26	2.4	24	86	8	84	30	0	1	68	0.99
33976798--33976839	21	2.0	21	95	0	75	54	21	0	23	1.44
33986401--33986475	38	1.9	37	86	10	105	53	9	2	34	1.47
33986459--33986484	9	2.9	9	100	0	52	65	0	0	34	0.93
33989133--33989406	46	5.8	47	75	10	161	27	20	30	22	1.98
33996748--33996923	46	3.8	46	84	7	214	27	20	31	19	1.97
33999771--33999844	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34007850--34007923	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
34009643--34009681	21	1.9	20	84	5	51	12	38	28	20	1.89
34011546--34011593	25	1.9	25	86	0	69	37	20	22	18	1.94
34017809--34017940	40	3.3	39	87	5	185	23	20	28	27	1.99
34017757--34017940	40	4.6	39	78	9	176	24	21	27	26	1.99
34017809--34017963	79	2.0	79	82	7	190	25	20	27	27	1.99
34019824--34019856	16	2.0	17	88	5	50	9	6	15	69	1.34
34026340--34026423	26	3.2	25	91	6	132	35	4	23	35	1.76
34026706--34026732	12	2.2	12	100	0	54	33	7	14	44	1.73
34028023--34028135	27	4.2	27	84	3	129	16	24	23	35	1.95
34028021--34028144	54	2.3	54	84	2	160	16	25	23	34	1.95
34028717--34029393	340	2.0	340	97	0	1266	25	19	20	33	1.97
34032449--34032558	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
34034173--34034261	27	3.2	28	82	7	112	17	23	23	34	1.96
34034171--34034285	27	4.3	27	80	11	92	17	24	22	35	1.95
34042133--34042291	42	3.8	42	81	1	185	31	15	22	30	1.95
34053523--34053570	25	1.9	25	82	0	60	39	16	20	22	1.92
34053902--34053949	21	2.3	21	82	13	55	41	14	2	41	1.57
34058532--34058558	7	3.9	7	100	0	54	44	14	0	40	1.46
34059279--34059406	32	4.0	32	89	0	211	34	10	9	45	1.72
34061386--34061438	21	2.5	21	87	0	79	32	37	7	22	1.82
34063833--34063983	77	2.0	76	84	5	196	37	13	16	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34066438--34066501	34	1.9	34	84	6	87	28	28	17	26	1.97
34068073--34068180	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
34073245--34073307	34	1.9	34	83	6	85	30	23	17	28	1.97
34075156--34075263	26	4.2	26	89	4	173	35	25	7	31	1.84
34077015--34077068	18	3.2	18	72	12	53	12	14	0	72	1.13
34078403--34078452	24	2.1	24	100	0	100	34	16	18	32	1.92
34081697--34081734	20	1.9	19	89	5	58	42	0	5	52	1.24
34081697--34081753	19	3.0	19	82	12	64	40	1	5	52	1.34
34081697--34081752	18	3.0	18	84	10	60	41	1	5	51	1.35
34082132--34082250	51	2.3	52	84	2	152	27	19	8	44	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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