genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84463605--84463635	16	2.0	15	93	6	53	51	25	19	3	1.62
84464086--84464174	28	3.3	27	89	7	135	19	23	22	34	1.96
84466879--84466983	28	3.8	28	85	0	138	27	15	31	25	1.95
84478877--84479017	27	5.1	27	73	14	101	37	18	9	34	1.84
84479750--84480001	27	9.3	26	85	4	297	28	21	8	41	1.82
84479747--84480001	54	4.7	54	86	0	350	29	21	8	41	1.82
84479750--84480001	81	3.1	81	90	2	391	28	21	8	41	1.82
84480238--84480289	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
84480408--84480470	6	10.3	6	74	16	58	20	15	14	49	1.80
84482075--84482117	23	1.9	22	85	4	59	23	2	25	48	1.62
84483999--84484058	31	1.9	31	89	0	93	45	20	15	20	1.86
84491291--84491380	28	3.2	28	93	0	144	22	14	38	24	1.91
84493120--84493232	58	2.0	58	85	5	158	24	31	14	29	1.94
84493118--84493224	29	3.8	28	80	8	119	24	33	14	27	1.95
84494723--84494753	16	1.9	16	93	0	53	12	3	29	54	1.53
84495046--84495480	27	16.2	27	83	6	437	38	19	9	31	1.85
84495054--84495426	134	2.8	134	86	4	511	39	19	9	31	1.84
84495405--84495520	27	4.3	27	86	2	135	38	16	14	30	1.89
84495270--84495520	81	3.1	81	81	6	190	37	19	13	29	1.90
84497871--84497958	28	3.1	28	88	3	122	26	15	30	27	1.96
84499149--84499182	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
84502449--84502537	28	3.1	28	83	3	88	26	14	30	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84503723--84503756	18	1.9	18	88	5	52	41	11	20	26	1.87
84504327--84504482	43	3.7	43	73	10	142	23	17	26	32	1.96
84505242--84505284	23	1.9	22	85	4	59	23	0	25	51	1.49
84516940--84517073	26	5.2	26	98	0	259	35	26	6	30	1.82
84517549--84519142	326	4.9	327	95	1	2720	41	12	11	35	1.78
84517549--84519142	653	2.4	653	94	1	2727	41	12	11	35	1.78
84519764--84519801	20	2.0	20	89	5	60	55	10	10	23	1.65
84522186--84522278	42	2.2	44	90	5	154	19	22	18	39	1.92
84546009--84546143	43	3.1	42	73	16	107	33	27	14	25	1.94
84549536--84549708	46	3.8	45	78	7	186	28	29	19	21	1.98
84549543--84549714	93	1.8	93	92	0	290	28	29	20	22	1.98
84552069--84552155	29	3.0	29	80	12	99	58	16	14	10	1.62
84552069--84552146	14	5.4	15	80	11	92	60	14	15	10	1.59
84552080--84552146	15	4.6	14	83	9	82	59	13	14	11	1.61
84555089--84555263	46	3.8	45	78	10	192	28	29	20	21	1.98
84555096--84555267	93	1.8	93	92	2	292	27	29	20	22	1.98
84555097--84555283	46	4.0	46	69	22	124	27	29	20	22	1.98
84560810--84560867	27	2.1	27	90	0	89	37	20	12	29	1.89
84561944--84562031	32	2.8	32	76	0	86	34	19	19	27	1.96
84562516--84562657	27	5.3	27	80	3	133	29	11	22	35	1.90
84562516--84562657	54	2.6	53	78	5	151	29	11	22	35	1.90
84570913--84571206	43	6.7	43	77	14	257	31	24	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84570913--84571108	85	2.3	85	94	0	356	31	24	18	25	1.98
84571061--84571157	49	2.0	49	100	0	194	31	24	18	24	1.97
84571110--84571206	44	2.3	42	82	8	115	32	24	17	24	1.97
84573318--84573542	40	5.6	40	81	11	223	24	26	22	26	2.00
84573318--84573543	80	2.8	80	81	10	264	24	26	22	26	2.00
84578673--84578738	34	1.9	34	90	6	107	27	22	22	27	1.99
84579644--84579756	40	2.8	40	79	4	111	26	28	19	25	1.99
84586861--84586931	23	3.1	23	97	0	133	39	11	4	45	1.60
84591851--84591943	28	3.2	32	61	28	78	26	13	22	36	1.92
84591841--84591953	56	2.0	56	96	0	208	25	15	20	38	1.91
84593896--84593927	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
84594127--84594515	50	7.7	50	76	6	338	30	24	17	27	1.97
84594188--84594369	101	1.8	101	83	4	242	30	25	17	27	1.97
84594130--84594520	151	2.6	151	92	0	631	30	24	17	27	1.98
84594337--84594520	101	1.8	101	89	0	287	29	26	18	25	1.98
84596872--84596931	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
84596886--84596957	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
84603089--84603148	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
84603103--84603174	28	2.6	28	86	4	83	29	29	12	29	1.93
84607689--84607747	26	2.3	26	84	0	73	35	5	5	54	1.45
84609216--84609249	15	2.3	15	89	0	50	41	2	17	38	1.65
84611476--84611511	6	5.7	6	87	12	54	66	0	19	13	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84611420--84611574	63	2.5	64	83	6	192	54	5	14	25	1.61
84618898--84618928	14	2.2	14	94	0	53	48	0	22	29	1.51
84622634--84622679	18	2.5	19	89	10	78	17	34	34	13	1.88
84625704--84625793	23	3.7	24	78	11	94	26	23	18	31	1.98
84625689--84625783	23	3.9	24	81	6	93	27	23	17	31	1.97
84633268--84633314	24	2.0	24	91	0	76	19	19	21	40	1.92
84633508--84633546	18	2.1	19	85	4	53	30	7	17	43	1.77
84634257--84634295	19	2.1	19	100	0	78	25	23	20	30	1.98
84641582--84641841	27	9.6	27	87	0	340	40	20	8	31	1.82
84641582--84641842	54	4.8	54	89	0	387	40	19	8	31	1.82
84641582--84641895	81	3.9	81	82	0	351	39	20	8	30	1.83
84641582--84641913	54	6.1	54	82	3	364	39	20	9	31	1.84
84641582--84641896	27	11.7	27	83	3	289	39	20	8	30	1.83
84641576--84641952	27	14.0	26	79	6	146	38	21	9	31	1.84
84641934--84642397	27	17.3	27	88	1	601	35	20	21	23	1.96
84642538--84642567	15	1.9	16	93	6	53	30	20	16	33	1.94
84642823--84642887	22	3.0	22	75	8	69	21	23	21	33	1.97
84643014--84643087	27	2.8	27	85	2	87	18	24	20	36	1.95
84643224--84643389	31	5.3	32	90	2	239	20	13	14	51	1.76
84643230--84643389	63	2.5	62	88	3	232	20	13	15	51	1.76
84643322--84643437	25	4.7	25	79	14	109	18	17	16	48	1.82
84643278--84643437	6	25.8	6	71	19	107	18	16	16	48	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84647952--84648173	40	5.6	40	91	1	349	27	26	22	23	2.00
84655016--84655238	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
84655096--84655273	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
84708066--84708277	39	5.4	39	81	11	229	28	26	22	23	1.99
84708066--84708277	79	2.7	81	83	10	244	28	26	22	23	1.99
84712172--84712202	14	2.2	14	94	0	53	38	6	12	41	1.69
84715020--84715058	20	1.9	21	84	5	53	25	10	23	41	1.86
84715121--84715286	78	2.1	77	80	4	181	25	21	26	26	1.99
84715121--84715251	39	3.3	39	81	10	142	25	21	27	25	1.99
84715119--84715284	39	4.3	39	77	13	139	25	21	26	25	2.00
84723000--84723076	40	1.9	41	83	2	102	24	23	28	23	1.99
84723013--84723184	41	4.3	40	81	8	172	25	22	28	24	1.99
84740459--84740534	22	3.4	22	78	7	82	27	23	18	30	1.98
84741439--84741475	18	2.1	17	90	5	56	70	5	0	24	1.08
84742898--84742972	6	12.3	6	72	13	64	50	12	18	18	1.77
84742919--84743016	31	3.0	31	79	8	97	47	12	18	21	1.80
84742907--84743028	37	3.4	36	76	15	128	50	11	17	20	1.76
84743428--84743842	27	15.4	27	83	3	476	27	18	17	36	1.94
84743834--84743990	27	5.8	27	87	4	210	39	8	23	28	1.84
84743834--84743990	54	2.9	55	87	5	232	39	8	23	28	1.84
84743835--84743990	81	1.9	81	88	2	233	39	8	23	28	1.83
84743834--84744017	54	3.4	52	82	7	190	38	8	23	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84743844--84744017	81	2.1	81	82	2	206	38	8	24	28	1.85
84744147--84744225	5	14.2	6	77	19	66	48	16	2	32	1.60
84744143--84744188	20	2.2	21	92	7	85	47	19	0	32	1.50
84744143--84744189	11	4.5	11	87	12	73	46	19	0	34	1.50
84744222--84744249	14	2.0	14	100	0	56	71	0	14	14	1.15
84747073--84747142	25	2.8	25	95	0	122	28	21	22	27	1.99
84747189--84747227	10	3.8	10	80	6	51	35	17	15	30	1.91
84747268--84747315	24	2.0	25	87	4	71	29	10	25	35	1.89
84753611--84754063	47	9.6	47	92	1	726	32	8	29	29	1.87
84753611--84754063	96	4.8	94	92	2	726	32	8	29	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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