genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74867187--74867592	94	4.4	94	87	4	540	26	20	28	24	1.99
74867186--74867592	187	2.2	186	86	6	581	26	20	28	24	1.99
74870778--74870835	30	1.9	30	96	0	107	29	22	18	29	1.98
74873933--74873981	24	2.0	24	100	0	98	26	32	0	40	1.56
74874257--74874303	14	3.4	14	80	11	53	70	4	12	12	1.31
74874257--74874303	13	3.3	15	80	14	55	70	4	12	12	1.31
74875783--74875877	30	3.2	30	77	3	102	28	26	15	29	1.96
74878088--74878124	16	2.2	17	90	4	58	83	0	10	5	0.79
74878096--74878173	41	1.9	40	82	12	97	74	5	19	1	1.08
74891497--74891568	29	2.5	29	88	0	99	26	33	16	23	1.96
74891782--74891814	16	2.1	16	94	0	57	3	24	27	45	1.68
74891777--74891828	24	2.2	23	89	3	77	7	23	19	50	1.73
74891786--74891828	16	2.7	16	85	0	50	9	23	18	48	1.76
74893025--74893057	16	2.1	16	100	0	66	18	6	27	48	1.71
74895968--74896061	29	3.3	29	80	7	111	27	28	15	27	1.97
74896277--74896306	8	3.8	8	90	0	51	0	26	23	50	1.50
74900932--74901184	68	3.9	64	79	9	226	29	16	29	24	1.96
74900977--74901184	67	3.2	64	80	8	204	30	16	29	23	1.96
74907154--74907207	20	2.7	19	75	11	54	27	20	31	20	1.97
74908796--74908834	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
74908840--74908901	12	5.2	12	74	0	52	16	25	0	58	1.38
74908827--74908910	24	3.5	24	78	0	96	11	25	0	63	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74908849--74908907	18	3.3	18	78	0	64	11	23	0	64	1.27
74911364--74911417	20	2.7	20	72	11	56	29	20	29	20	1.98
74912505--74912572	27	2.4	28	76	9	68	52	13	13	20	1.73
74913050--74913133	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
74913012--74913177	50	3.3	49	83	3	188	25	18	27	27	1.98
74919405--74919442	4	9.5	4	86	11	51	76	2	21	0	0.91
74922909--74923200	148	2.0	143	81	8	344	32	12	13	40	1.83
74928732--74928786	23	2.3	24	75	9	60	56	3	1	38	1.28
74928801--74928839	19	1.9	19	85	10	51	48	7	5	38	1.54
74934834--74934903	23	3.3	23	67	32	73	55	8	4	31	1.49
74934835--74934901	21	3.2	21	68	19	68	53	8	4	32	1.52
74934830--74934912	41	2.0	41	97	2	159	51	7	4	36	1.51
74934834--74934902	22	3.3	22	72	12	81	55	8	4	31	1.50
74934851--74934915	18	3.3	18	67	24	51	50	10	3	35	1.53
74934882--74935304	138	3.1	137	92	2	670	39	7	7	45	1.60
74938062--74938961	450	2.0	450	96	0	1640	26	22	15	34	1.95
74943495--74943695	27	7.4	27	85	3	251	27	14	27	30	1.95
74953418--74953456	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
74953912--74954001	27	3.2	27	87	7	119	32	23	24	20	1.98
74954107--74954171	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
74960401--74960584	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	25	1.99
74960453--74960617	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74968450--74968634	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
74968450--74968632	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
74968451--74968666	79	2.7	79	78	13	239	25	21	27	25	1.99
74970061--74970087	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
74977315--74977475	42	3.8	42	79	4	155	29	14	24	31	1.94
74983821--74983870	27	1.9	26	84	8	66	50	10	6	34	1.60
74989251--74989316	28	2.3	28	84	2	87	30	27	12	30	1.92
74990814--74990845	16	2.0	16	93	0	55	9	0	34	56	1.32
74993783--74993867	28	3.0	28	82	1	98	25	27	16	30	1.97
74998217--74998328	28	4.0	28	80	4	109	27	30	14	27	1.95
74998392--74998425	18	1.9	18	88	5	52	23	35	23	17	1.95
75003112--75003257	37	3.9	37	91	1	213	26	30	19	23	1.98
75003113--75003257	74	2.0	74	91	0	236	26	31	19	23	1.98
75003401--75003537	46	3.0	46	84	0	184	25	31	8	34	1.86
75003511--75003944	47	9.1	47	88	4	598	26	29	12	31	1.93
75003511--75003922	98	4.3	98	90	2	606	25	29	12	31	1.93
75003511--75003944	145	3.0	142	88	4	647	26	29	12	31	1.93
75003866--75003943	25	3.2	24	66	23	65	30	30	8	29	1.88
75008035--75008066	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
75008245--75008631	50	7.7	50	76	4	348	31	25	16	27	1.97
75008258--75008640	151	2.5	151	91	0	613	31	24	16	26	1.97
75009255--75009313	30	2.0	30	82	0	73	28	25	5	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75022850--75023055	40	5.2	40	94	2	346	28	27	21	22	1.99
75024274--75024299	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
75029990--75030172	78	2.3	81	83	6	232	24	22	27	25	2.00
75029989--75030172	40	4.7	40	83	8	225	24	22	27	25	2.00
75037760--75037944	40	4.7	40	77	11	184	24	22	28	24	2.00
75189107--75189206	27	3.7	26	82	11	121	17	24	22	37	1.94
75193320--75193379	18	3.4	18	82	13	81	36	10	16	36	1.82
75199070--75199108	11	3.5	11	82	6	51	87	0	10	2	0.65
75199059--75199104	18	2.6	18	86	13	60	84	0	13	2	0.71
75200013--75200195	44	4.1	44	72	8	174	31	18	23	27	1.97
75200139--75200305	88	1.9	87	82	6	212	33	16	20	29	1.95
75200001--75200320	132	2.4	132	87	1	433	33	16	21	28	1.96
75200268--75200849	175	3.3	175	92	1	961	33	19	19	28	1.96
75200268--75200888	87	7.1	87	67	15	316	32	18	19	28	1.96
75200341--75200791	86	5.2	86	68	16	291	34	19	19	27	1.96
75201150--75201175	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
75207619--75207725	48	2.2	49	93	3	189	42	21	5	29	1.75
75210911--75210974	33	1.9	33	100	0	128	31	18	12	37	1.88
75211105--75211207	42	2.5	42	86	0	134	31	23	15	30	1.95
75215214--75215291	40	2.0	40	86	0	111	30	21	21	25	1.98
75216421--75216459	7	5.6	7	90	0	51	69	0	0	30	0.89
75216421--75216471	14	3.5	14	81	5	57	62	1	1	33	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75216421--75216486	14	4.5	15	75	9	55	57	1	1	39	1.17
75216827--75216877	27	1.9	26	88	4	75	54	1	43	0	1.11
75216820--75216889	21	3.3	21	78	7	63	52	1	42	2	1.24
75220603--75220641	15	2.9	14	88	11	55	12	17	25	43	1.85
75222446--75222516	36	2.0	36	94	0	124	21	25	18	35	1.95
75222480--75222574	50	1.9	50	91	0	154	27	23	14	34	1.94
75230337--75230423	20	4.3	20	82	4	104	12	25	19	42	1.86
75233350--75233408	30	2.0	30	87	6	86	44	22	15	18	1.87
75234401--75234450	22	2.3	22	100	0	100	48	10	12	30	1.73
75237580--75237651	25	2.9	24	83	4	72	25	20	23	30	1.99
75237702--75237759	21	2.7	22	84	10	77	31	22	12	34	1.91
75237796--75237845	25	2.0	26	88	4	75	24	14	24	38	1.92
75245710--75245767	25	2.4	25	80	5	66	25	18	22	32	1.97
75245818--75245875	21	2.7	22	84	10	77	31	22	12	34	1.91
75250058--75250087	13	2.2	14	94	5	53	13	0	30	56	1.37
75250388--75250439	21	2.5	21	87	6	70	32	3	28	34	1.76
75251564--75251603	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
75251549--75251615	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
75251941--75251998	26	2.2	26	96	0	107	43	10	12	34	1.76
75254068--75254166	27	3.6	27	70	20	96	51	21	14	13	1.75
75254180--75254204	13	1.9	13	100	0	50	40	16	28	16	1.89
75254576--75254606	14	2.2	14	94	0	53	32	19	9	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75254824--75254854	16	1.9	16	93	0	53	61	0	6	32	1.21
75259683--75260141	3	155.0	3	70	12	193	28	7	3	60	1.39
75259683--75260140	19	23.6	19	66	15	113	28	7	3	60	1.38
75259901--75259930	16	1.9	15	93	6	51	23	0	0	76	0.78
75259952--75260040	26	3.6	25	79	10	101	24	6	1	67	1.22
75259839--75260034	17	11.6	17	67	16	79	28	8	0	62	1.27
75263284--75263362	41	1.9	41	89	0	122	34	24	22	18	1.97
75263348--75263455	41	2.6	41	97	0	198	24	21	29	25	1.99
75263705--75264830	494	2.3	494	97	0	2153	35	6	14	43	1.71
75268987--75269045	31	1.9	30	90	10	93	27	3	1	67	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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