genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86429122--86429259	29	4.9	29	85	5	176	25	13	29	31	1.94
86429117--86429265	57	2.6	57	82	10	196	26	13	29	30	1.94
86429117--86429260	28	5.1	29	84	6	172	26	13	29	30	1.94
86437752--86437814	31	2.0	31	96	0	117	25	14	14	46	1.82
86439736--86439781	24	2.0	23	83	12	58	45	10	15	28	1.79
86441918--86441997	40	2.0	40	95	0	142	40	7	20	32	1.80
86443950--86444034	45	2.0	42	82	15	102	57	2	7	32	1.38
86444183--86444259	35	2.3	34	82	8	86	67	1	7	23	1.24
86445744--86446608	45	20.1	44	71	16	489	26	24	19	29	1.98
86445717--86446182	172	2.7	172	89	0	718	26	23	19	30	1.98
86445956--86446309	127	2.8	126	90	1	537	25	24	19	30	1.98
86446106--86446466	172	2.1	172	92	3	593	27	23	19	29	1.98
86445807--86446608	299	2.7	298	90	1	1250	26	24	19	29	1.98
86446278--86446677	127	3.2	126	87	3	563	27	23	18	30	1.98
86456578--86456612	17	2.0	18	94	5	63	22	28	34	14	1.93
86456677--86456710	17	1.9	18	88	5	52	17	26	44	11	1.83
86463114--86463419	40	7.7	41	92	2	416	26	26	20	26	1.99
86465744--86465906	43	3.8	43	73	7	127	29	17	23	28	1.97
86471820--86471946	66	1.9	66	81	10	152	45	14	24	14	1.83
86472929--86473002	24	3.1	24	94	0	121	31	5	41	21	1.76
86474441--86474553	27	4.2	26	82	8	127	16	23	23	36	1.94
86474441--86474553	55	2.1	54	85	5	147	16	23	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86478390--86478565	46	3.8	46	79	12	207	19	20	30	29	1.97
86478386--86478558	93	1.9	93	95	0	310	19	20	31	28	1.97
86481010--86481212	78	2.6	79	85	6	259	27	26	20	26	1.99
86481009--86481212	40	5.2	39	87	4	250	26	26	20	26	1.99
86488485--86488669	40	4.7	40	88	6	243	26	27	21	24	1.99
86491565--86491638	24	3.1	24	94	0	121	31	5	41	21	1.76
86493076--86493170	28	3.4	28	81	5	104	15	23	25	35	1.94
86493076--86493150	27	2.8	25	77	15	62	17	24	24	34	1.96
86493076--86493188	55	2.1	54	83	5	138	15	23	24	37	1.93
86505124--86505148	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
86505863--86506465	143	4.2	146	81	10	596	27	19	29	23	1.99
86505863--86506463	49	12.7	49	76	11	468	27	19	29	23	1.99
86505864--86506408	192	2.9	185	84	8	685	27	19	29	23	1.98
86524910--86525119	55	3.8	56	76	9	193	21	25	18	34	1.96
86524910--86525112	108	1.9	110	82	4	259	22	25	18	33	1.97
86528495--86528533	19	2.1	19	95	0	69	43	15	12	28	1.83
86528931--86529109	52	3.5	51	86	5	229	27	27	15	28	1.96
86532238--86532433	97	2.0	97	97	0	374	47	8	13	31	1.72
86543144--86543168	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
86559915--86559951	19	1.9	19	94	0	65	54	0	0	45	1.00
86579956--86580421	47	9.9	47	95	2	821	29	30	8	31	1.87
86580125--86580198	22	3.3	22	64	17	62	28	31	10	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86587429--86587649	48	4.8	46	81	7	234	24	30	19	25	1.98
86591789--86591828	14	2.9	14	92	0	62	32	10	25	32	1.89
86592641--86593027	193	2.0	193	97	0	738	40	20	13	26	1.89
86599429--86599471	21	2.0	21	100	0	86	39	4	4	51	1.44
86605720--86605786	20	3.2	21	76	20	70	43	0	2	53	1.16
86619050--86619103	26	2.1	26	100	0	108	38	7	20	33	1.80
86626291--86626324	17	1.9	17	88	5	50	20	44	23	11	1.84
86627930--86627984	27	2.0	27	82	7	65	50	3	3	41	1.37
86630391--86630507	43	2.7	43	82	2	119	30	24	15	29	1.96
86630425--86630525	43	2.3	43	84	3	123	37	22	15	23	1.93
86635018--86635118	41	2.5	41	88	0	139	28	21	21	27	1.99
86635043--86635131	41	2.2	41	87	4	126	24	21	20	33	1.97
86635894--86636053	7	22.7	7	73	5	63	50	28	0	20	1.53
86635961--86636025	22	3.0	21	80	14	69	56	24	0	18	1.41
86635895--86636053	21	7.5	21	71	18	80	50	27	0	20	1.53
86636835--86636989	41	3.8	41	78	2	168	15	25	19	40	1.90
86653435--86653489	19	2.9	19	76	13	60	58	5	0	36	1.21
86653824--86653877	24	2.2	25	83	9	76	53	5	1	38	1.35
86654981--86655012	7	4.6	7	100	0	64	43	28	15	12	1.83
86664135--86664171	17	2.1	18	90	5	58	13	32	29	24	1.93
86668137--86668182	24	1.9	24	90	0	74	50	4	4	41	1.42
86668681--86668871	41	4.7	41	83	4	224	36	15	18	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86669357--86669445	40	2.2	40	82	4	108	32	21	23	22	1.98
86669935--86669976	21	2.0	21	85	0	57	52	0	14	33	1.42
86670315--86670340	6	4.3	6	100	0	52	0	34	34	30	1.58
86671779--86671825	24	2.0	24	95	0	85	27	21	8	42	1.81
86672044--86672202	14	11.9	14	68	21	56	43	0	3	52	1.24
86672040--86672173	39	3.4	39	97	0	250	41	0	4	52	1.26
86672078--86672194	24	5.0	24	68	15	61	43	0	3	52	1.17
86672139--86672205	29	2.3	28	87	7	98	44	0	0	55	0.99
86672464--86672698	9	26.7	9	84	6	250	45	21	0	32	1.55
86677750--86677778	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
86678622--86678671	26	1.9	26	95	0	91	16	14	28	42	1.86
86684419--86684458	20	2.0	20	85	9	55	32	5	0	62	1.17
86685277--86685325	24	2.0	24	96	0	89	32	10	12	44	1.75
86686869--86686916	18	2.7	18	90	0	78	47	10	35	6	1.63
86689161--86689208	24	2.0	25	87	4	71	25	8	16	50	1.73
86689397--86689435	19	2.1	19	85	0	51	15	7	7	69	1.35
86689933--86689999	33	2.0	33	100	0	134	52	14	8	23	1.70
86690474--86691031	137	4.1	138	89	1	825	40	7	6	45	1.58
86690474--86691031	275	2.0	275	89	1	859	40	7	6	45	1.58
86699619--86699760	40	3.5	40	75	16	148	38	16	26	19	1.92
86699619--86699877	41	6.4	40	75	10	150	36	15	26	21	1.93
86699813--86699878	21	3.2	20	69	14	55	36	16	28	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86699644--86699890	81	3.0	80	77	4	244	36	15	25	22	1.93
86700586--86700659	31	2.4	31	93	2	121	25	20	12	41	1.87
86702649--86702697	25	2.0	25	88	8	73	40	10	14	34	1.79
86722362--86722527	46	3.6	44	75	12	129	27	18	29	24	1.98
86725205--86725408	41	5.0	41	87	0	255	33	16	29	19	1.94
86725324--86725395	20	3.5	21	67	12	60	40	18	27	13	1.88
86734589--86734674	37	2.4	36	82	5	102	19	29	2	48	1.61
86735481--86735566	37	2.4	36	84	5	111	20	29	1	48	1.57
86734298--86736086	892	2.0	893	96	0	3334	32	15	18	33	1.92
86737390--86737431	22	2.0	22	90	4	68	61	0	16	21	1.34
86741219--86741271	25	2.1	25	92	0	88	41	32	7	18	1.79
86743862--86743912	25	2.0	25	96	0	93	25	7	17	49	1.74
86746024--86746082	9	6.6	9	84	0	64	42	18	11	27	1.85
86746168--86746205	18	2.1	18	95	0	67	13	2	42	42	1.57
86746412--86746447	18	2.0	18	94	0	63	30	27	19	22	1.98
86753377--86753648	147	1.9	147	87	0	402	30	16	13	38	1.88
86759285--86759410	39	3.2	39	94	0	207	22	21	29	26	1.99
86759285--86759448	39	4.2	39	88	2	197	21	22	29	26	1.99
86759285--86759475	78	2.5	78	81	5	192	20	21	29	27	1.99
86761096--86761364	132	2.0	138	89	7	424	20	15	9	53	1.70
86761243--86761291	16	3.1	16	72	0	53	10	12	0	77	0.99
86762220--86762254	16	2.2	16	89	0	52	57	17	5	20	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86765788--86765818	15	2.0	15	93	6	53	70	0	3	25	1.02
86768161--86768214	23	2.6	21	83	13	67	38	7	14	38	1.75
86772729--86772760	16	2.0	16	93	0	55	31	21	18	28	1.97
86775024--86775234	107	2.0	107	100	0	422	38	7	15	38	1.75
86779303--86779329	12	2.2	12	100	0	54	14	0	48	37	1.45
86786975--86787005	16	1.9	16	93	0	53	48	9	0	41	1.36
86788542--86788649	43	2.5	43	80	3	119	30	15	24	29	1.96
86800155--86800180	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
86807820--86807927	26	4.2	26	95	0	198	36	25	6	31	1.82
86818950--86819011	21	3.0	21	70	0	52	17	27	17	37	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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