genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.160.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52259541--52259621	30	2.7	30	98	0	153	24	12	32	30	1.92
52259962--52260229	47	5.7	46	74	10	204	26	18	29	25	1.98
52259962--52260179	94	2.4	91	81	6	244	25	18	30	25	1.98
52261621--52261645	13	1.9	13	100	0	50	32	28	24	16	1.96
52264135--52264175	18	2.3	18	91	0	64	26	7	39	26	1.82
52265003--52265303	131	2.3	130	78	5	295	33	20	21	25	1.97
52268689--52268808	56	2.1	56	96	0	222	45	8	23	23	1.80
52270262--52270905	47	13.6	47	93	2	906	32	9	29	28	1.88
52281599--52281699	41	2.5	40	78	12	98	35	15	15	32	1.90
52283435--52283466	16	2.0	16	93	0	55	56	34	0	9	1.32
52285897--52286001	41	2.6	41	81	1	131	23	25	23	26	2.00
52285897--52285985	40	2.2	40	85	2	115	22	25	24	26	2.00
52287190--52287265	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
52288164--52288279	29	4.1	29	83	4	130	25	15	31	27	1.96
52292660--52292733	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
52300730--52300803	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
52304057--52304117	29	2.1	28	93	3	104	26	13	31	29	1.93
52304069--52304150	29	2.8	29	87	3	103	24	15	31	28	1.96
52307646--52307815	93	1.8	93	96	0	313	28	29	21	21	1.98
52307640--52307812	46	3.7	46	79	13	210	29	28	20	21	1.98
52312906--52312961	29	1.9	29	96	0	103	42	19	1	35	1.62
52314707--52314873	48	3.5	48	83	6	221	29	22	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52314939--52315023	37	2.3	37	87	0	116	25	23	20	30	1.98
52318917--52319013	43	2.2	44	82	8	119	23	14	15	46	1.83
52318917--52319026	43	2.6	43	80	2	114	23	16	15	44	1.86
52324591--52324645	27	2.1	25	86	6	74	25	10	29	34	1.90
52324703--52324777	27	2.8	27	83	0	87	32	22	22	22	1.98
52333660--52333727	34	2.0	34	100	0	136	26	2	23	47	1.66
52334712--52334786	35	2.1	35	100	0	150	46	5	14	33	1.67
52365988--52366035	24	2.0	23	84	4	60	2	41	0	56	1.11
52371246--52371343	45	2.2	44	87	5	144	35	23	14	26	1.93
52372895--52372952	30	1.9	30	96	0	107	48	6	22	22	1.74
52376562--52376598	18	2.0	20	89	10	60	29	32	18	18	1.96
52381973--52382016	20	2.2	20	100	0	88	18	4	22	54	1.61
52382059--52382098	1	40.0	1	100	0	80	0	0	0	100	0.00
52397398--52397461	21	3.2	21	73	22	57	25	4	3	67	1.25
52397585--52397618	18	1.9	18	94	5	61	20	0	0	79	0.73
52410549--52410654	53	2.0	53	90	0	167	30	16	17	34	1.93
52414892--52415010	44	2.6	45	84	10	143	29	21	20	28	1.98
52414932--52415301	44	8.2	44	71	10	217	32	19	20	27	1.97
52415075--52415345	44	6.0	44	74	6	195	32	16	22	29	1.96
52415249--52415345	51	1.9	51	89	0	149	31	17	22	27	1.97
52415088--52415355	133	2.0	134	83	8	335	32	16	22	28	1.95
52419149--52419181	16	2.2	15	89	10	50	15	45	6	33	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52428091--52428125	18	2.0	18	88	5	54	28	14	20	37	1.91
52429156--52429272	29	4.1	29	78	3	112	26	31	16	25	1.96
52431472--52431546	37	2.0	37	97	0	141	61	5	12	21	1.50
52431549--52431594	3	15.3	3	100	0	92	32	0	32	34	1.58
52432266--52432326	21	3.0	20	75	11	61	40	11	0	47	1.40
52432266--52432330	20	3.2	20	77	12	69	38	12	0	49	1.41
52432264--52432591	145	2.3	142	80	8	358	42	10	3	43	1.57
52432318--52432606	148	2.0	145	83	3	364	43	10	4	40	1.60
52432759--52432794	12	3.3	11	88	11	56	86	0	13	0	0.58
52432757--52432794	18	2.2	18	95	4	69	86	0	13	0	0.56
52432925--52432974	3	16.7	3	83	8	66	66	0	0	34	0.92
52436505--52436721	40	5.4	40	91	0	344	17	20	29	32	1.96
52438342--52438374	14	2.3	15	89	5	50	75	3	0	21	0.93
52438644--52438688	23	2.0	23	81	0	54	33	4	2	60	1.29
52441294--52441386	29	3.2	29	87	0	132	38	12	27	20	1.89
52445768--52445797	12	2.5	12	100	0	60	40	0	0	60	0.97
52448379--52448548	40	4.2	40	92	1	252	24	22	26	26	2.00
52450271--52450514	131	1.9	131	85	2	339	30	18	17	33	1.95
52458064--52458118	23	2.5	23	85	11	71	23	5	25	45	1.74
52460651--52462080	206	7.0	205	82	5	1586	31	17	19	31	1.95
52460651--52462069	403	3.5	400	80	7	1552	31	17	19	31	1.95
52465107--52465224	46	2.6	46	82	8	141	34	13	22	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52469985--52470021	16	2.4	16	90	4	58	43	0	0	56	0.99
52470130--52470180	13	3.9	13	92	5	77	72	0	9	17	1.11
52470130--52470170	4	9.8	4	84	10	55	73	0	7	19	1.07
52470130--52470176	9	5.4	9	85	12	55	72	0	8	19	1.10
52470219--52470262	4	10.5	4	85	9	61	68	0	31	0	0.90
52470219--52470262	13	3.5	12	84	9	61	68	0	31	0	0.90
52470219--52470269	17	3.1	17	94	2	86	66	0	33	0	0.92
52472495--52472533	21	1.9	20	84	5	51	51	5	10	33	1.58
52472316--52472723	204	2.0	204	99	0	807	36	10	19	33	1.86
52482988--52483029	22	2.0	22	90	4	68	9	42	28	19	1.82
52487552--52487591	19	2.1	19	100	0	80	40	25	5	30	1.77
52490523--52490553	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
52494150--52494329	89	2.0	89	100	0	360	30	18	12	38	1.88
52494714--52494752	18	2.2	18	95	0	69	33	17	23	25	1.96
52496491--52496518	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
52521039--52521092	27	2.0	27	88	0	81	38	5	14	40	1.70
52525830--52526000	47	3.7	47	79	12	203	22	30	19	26	1.98
52525780--52526016	91	2.6	89	76	13	246	24	31	18	26	1.97
52531338--52531391	18	3.1	18	72	5	56	70	0	11	18	1.16
52538243--52538412	46	3.6	46	80	5	189	31	18	26	22	1.97
52538238--52538457	92	2.4	90	82	6	255	28	18	27	25	1.98
52538289--52538558	49	5.7	48	72	14	172	30	20	25	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52538338--52538597	142	1.8	143	83	9	352	27	20	26	26	1.99
52542917--52543046	50	2.6	50	92	0	206	23	27	18	30	1.97
52542972--52543125	79	1.9	79	98	0	299	22	25	19	31	1.98
52543049--52543238	50	3.9	49	85	4	249	22	27	19	30	1.98
52542919--52543171	129	2.0	129	91	1	409	22	28	19	29	1.98
52555578--52555791	46	4.6	45	75	12	134	24	29	18	27	1.98
52557631--52557809	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
52559081--52559674	47	12.6	47	93	2	849	33	9	29	27	1.88
52559476--52559550	24	3.2	24	62	27	61	29	12	32	26	1.92
52569642--52569697	29	2.0	28	85	3	76	64	3	5	26	1.32
52577882--52577976	47	2.0	47	95	0	172	28	16	25	29	1.97
52583360--52583415	29	1.9	29	92	0	94	14	14	16	55	1.70
52588639--52588677	19	2.1	19	85	0	51	61	12	0	25	1.31
52596352--52596403	27	2.0	26	85	11	70	25	5	15	53	1.63
52597473--52597505	15	2.2	15	89	10	50	66	0	0	33	0.92
52602274--52602323	24	2.0	25	92	3	84	60	0	0	40	0.97
52602771--52602855	38	2.3	38	97	2	163	45	12	18	22	1.83
52603533--52603650	57	2.1	57	85	4	157	50	5	17	26	1.69
52604515--52604567	27	1.9	28	84	3	72	7	69	0	22	1.13
52605753--52605794	22	1.9	22	95	0	75	33	9	2	54	1.46
52605743--52605793	22	2.4	21	84	9	68	37	7	1	52	1.42
52607719--52607759	21	2.0	21	85	0	55	51	2	9	36	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52608830--52608863	12	2.8	12	100	0	68	8	35	20	35	1.84
52609653--52609677	9	2.8	9	100	0	50	60	16	0	24	1.36
52614118--52614156	14	2.8	14	88	0	51	20	5	7	66	1.36
52614185--52614222	18	2.1	18	90	0	58	7	2	44	44	1.47
52615461--52615519	30	2.0	30	82	0	73	42	6	23	27	1.79
52616134--52616518	50	7.7	50	75	7	307	26	17	25	30	1.97
52616136--52616524	101	3.9	101	74	12	278	26	17	24	30	1.97
52616134--52616526	151	2.6	150	92	1	660	26	18	24	30	1.98
52619643--52619694	20	2.6	20	87	0	77	15	30	32	21	1.94
52619751--52619805	28	1.9	29	88	3	85	20	40	21	18	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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