genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70151243--70151338	32	3.0	32	71	6	77	21	22	21	33	1.97
70159937--70160051	57	2.0	57	96	0	212	53	6	18	22	1.66
70165117--70165200	26	3.3	26	82	8	104	26	23	20	29	1.99
70165250--70165324	20	3.8	20	86	6	93	36	16	9	38	1.80
70165278--70165326	5	10.2	5	77	16	50	34	20	6	38	1.77
70167932--70168101	47	3.6	47	91	0	259	25	20	25	28	1.99
70169357--70169418	29	2.1	29	100	0	124	27	0	29	43	1.55
70174198--70174510	47	6.7	47	83	4	332	28	18	30	22	1.97
70174198--70174502	140	2.2	140	83	4	373	28	18	30	22	1.97
70177038--70177068	4	7.8	4	100	0	62	48	0	0	51	1.00
70178266--70178597	165	2.0	165	96	0	610	34	18	17	29	1.94
70180009--70180080	24	3.0	24	100	0	144	33	8	16	41	1.78
70183439--70183512	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
70192426--70192556	39	3.1	41	63	25	101	40	6	24	29	1.79
70192387--70192565	85	2.1	85	97	0	340	37	7	27	26	1.84
70194748--70195021	47	5.7	47	93	2	415	33	8	28	29	1.86
70194748--70195021	96	2.9	94	89	5	424	33	8	28	29	1.86
70194769--70195021	49	5.3	49	93	3	410	34	8	28	29	1.86
70195140--70195218	37	2.1	37	83	0	104	24	18	30	26	1.98
70199765--70199854	29	3.1	29	82	4	103	26	12	28	32	1.92
70207575--70207668	29	3.3	29	87	1	136	25	14	29	29	1.95
70209387--70209532	41	3.6	41	83	1	195	19	23	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70210624--70210719	46	2.1	46	100	0	192	20	18	23	36	1.95
70217511--70217660	41	3.7	41	85	1	212	22	23	26	28	1.99
70223045--70223779	96	7.7	96	94	3	1261	32	8	29	29	1.87
70223045--70223779	145	5.1	143	95	1	1294	32	8	29	29	1.87
70234218--70234280	33	1.9	33	100	0	126	39	20	11	28	1.87
70237863--70238040	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
70237863--70238040	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
70237884--70238039	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
70245932--70246109	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
70245932--70246109	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
70245953--70246108	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
70248613--70248763	43	3.5	44	84	3	164	27	17	26	28	1.98
70248840--70248921	31	2.6	31	78	1	83	59	17	6	17	1.56
70254704--70254841	9	15.3	9	70	18	74	36	1	15	46	1.55
70254741--70254841	18	5.5	18	74	13	98	38	1	14	44	1.57
70254741--70254847	9	11.7	9	73	13	85	39	1	14	43	1.57
70255227--70255256	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
70255326--70255350	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
70255026--70255497	194	2.5	189	92	6	812	53	4	5	35	1.46
70255342--70255484	43	3.2	43	64	13	117	53	4	4	37	1.42
70255722--70255766	24	1.9	23	86	4	63	48	4	11	35	1.59
70255722--70255771	23	2.2	23	82	7	57	52	4	10	34	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70256301--70256355	8	7.0	8	81	4	58	36	29	1	32	1.68
70259304--70259685	158	2.4	156	79	7	389	30	23	12	33	1.91
70260589--70260633	14	3.2	14	83	0	63	48	28	0	22	1.50
70260895--70260990	41	2.4	41	84	8	117	27	21	18	32	1.97
70261172--70261246	39	1.9	40	94	2	134	13	17	26	42	1.86
70265091--70265172	41	2.0	41	92	0	137	36	0	6	57	1.24
70265104--70265191	41	2.1	41	87	0	122	35	1	3	60	1.21
70267103--70267141	21	1.9	19	85	10	51	43	0	5	51	1.24
70269143--70269183	21	2.0	21	90	9	66	43	2	24	29	1.67
70269452--70269528	32	2.3	32	82	8	93	57	3	1	37	1.26
70278643--70279217	285	2.0	285	91	0	918	31	26	17	24	1.97
70281173--70281267	31	3.0	31	93	3	154	31	26	14	27	1.95
70285339--70285392	27	2.0	27	85	7	74	35	12	18	33	1.89
70287328--70287422	27	3.5	27	75	1	91	30	17	25	26	1.98
70289307--70289430	31	3.9	31	69	12	81	20	21	12	44	1.85
70289327--70289414	31	2.8	31	78	3	86	23	25	7	43	1.81
70295056--70295099	22	2.0	22	91	8	72	38	6	9	45	1.63
70298936--70298973	19	2.0	19	100	0	76	15	26	15	42	1.87
70299087--70299192	41	2.6	41	86	1	142	25	12	27	34	1.92
70299087--70299235	41	3.7	40	81	7	131	26	12	26	35	1.91
70299157--70299235	42	1.9	41	84	2	104	26	11	25	36	1.90
70310904--70310988	29	3.0	29	85	1	109	24	14	32	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70324141--70324165	13	1.9	13	100	0	50	16	32	28	24	1.96
70328028--70328200	46	3.7	46	74	10	163	30	26	20	22	1.98
70335430--70335599	46	3.7	46	75	12	159	30	27	18	24	1.98
70336025--70336084	30	2.0	30	90	0	93	31	25	6	36	1.82
70341929--70341987	29	2.0	30	93	3	102	23	10	22	44	1.83
70343048--70343218	93	1.8	93	88	2	263	29	29	19	22	1.98
70343043--70343215	46	3.7	46	75	11	165	30	28	19	22	1.98
70364835--70364949	39	2.9	39	86	0	149	15	26	20	37	1.93
70366221--70366417	54	3.8	53	79	12	198	26	15	26	31	1.95
70369650--70369764	39	2.9	39	88	0	158	14	26	21	37	1.92
70370851--70371095	55	4.6	53	75	10	175	22	25	16	35	1.95
70373789--70373840	24	2.2	24	83	13	63	30	36	15	17	1.91
70377247--70377321	20	3.8	20	89	6	102	38	10	18	32	1.85
70377366--70377502	26	5.3	26	85	3	181	29	21	23	25	1.99
70377366--70377497	52	2.6	52	92	3	216	29	21	22	25	1.99
70390150--70390321	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
70390143--70390318	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
70394851--70394881	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
70395076--70395327	55	4.8	53	77	10	162	23	25	15	36	1.94
70397799--70397973	45	3.9	45	74	14	164	21	20	28	29	1.98
70397796--70397965	92	1.9	91	90	3	270	21	20	29	28	1.98
70399991--70400068	15	5.2	15	80	6	79	11	16	14	57	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70402448--70402624	46	3.9	44	74	11	158	23	22	25	28	1.99
70402445--70402617	93	1.9	93	88	0	265	23	22	26	27	2.00
70404476--70404523	24	2.0	25	84	12	64	70	2	22	4	1.15
70404476--70404523	25	2.0	24	87	4	69	70	2	22	4	1.15
70405772--70405954	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
70405773--70405956	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
70405825--70405989	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
70409879--70410251	48	7.8	48	93	0	602	34	6	27	31	1.82
70416711--70416765	24	2.3	23	84	9	67	72	3	20	3	1.15
70418003--70418185	40	4.6	39	81	10	194	24	22	27	25	2.00
70421044--70421117	34	2.2	33	85	9	96	29	22	21	25	1.99
70427797--70427861	15	4.4	15	77	9	71	10	15	12	61	1.56
70427793--70427861	30	2.3	30	82	7	88	10	14	15	59	1.61
70448415--70448521	33	3.2	34	84	5	128	28	23	19	28	1.98
70449451--70449637	40	4.6	40	77	6	146	22	13	27	35	1.92
70451432--70451491	28	2.1	28	87	0	84	30	28	13	28	1.94
70451474--70451608	40	3.4	40	89	2	191	33	25	16	25	1.96
70458632--70458748	40	2.9	40	93	0	207	35	24	15	24	1.94
70458632--70458779	80	1.9	80	85	2	208	34	22	16	25	1.95
70466500--70466542	21	2.1	21	86	4	61	25	2	23	48	1.62
70468692--70468819	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
70468692--70468819	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70471971--70472138	47	3.6	47	88	0	246	27	30	8	32	1.87
70472363--70472455	40	2.3	40	92	3	152	26	27	21	23	1.99
70476034--70476114	34	2.4	34	82	0	99	25	28	20	24	1.99
70482145--70482723	289	2.0	289	98	0	1113	30	30	14	24	1.95
70483038--70483155	29	4.1	28	79	8	114	26	29	14	29	1.95
70485929--70486099	46	3.7	46	78	11	197	22	20	28	29	1.98
70493468--70493593	46	2.7	46	92	0	207	21	21	26	30	1.98
70496905--70497006	33	3.1	33	84	1	105	22	22	26	28	1.99
70499519--70499698	40	4.6	40	80	8	194	25	21	28	25	1.99
70499570--70499731	78	2.1	77	81	12	181	26	20	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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