genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34086241--34086338	50	2.0	50	89	0	151	37	10	17	34	1.83
34096885--34097010	40	3.2	40	88	2	173	14	23	23	38	1.91
34096894--34096993	20	5.0	20	72	12	89	15	23	22	40	1.91
34100242--34100302	27	2.3	27	86	11	81	31	18	24	26	1.97
34106862--34106987	57	2.2	57	88	2	182	26	23	20	29	1.99
34108827--34108874	25	1.9	25	83	8	62	31	12	16	39	1.86
34110814--34110862	23	2.1	23	88	0	71	51	18	16	14	1.77
34115084--34115126	22	2.0	22	81	9	52	25	18	0	55	1.42
34115695--34115737	8	5.5	8	84	13	54	32	0	2	65	1.06
34119048--34119306	36	7.1	35	76	11	195	39	15	19	25	1.91
34119034--34119232	108	1.8	111	86	5	298	37	14	20	27	1.92
34119188--34119501	73	4.3	71	76	7	261	44	16	13	25	1.84
34124038--34124135	17	5.4	17	64	13	52	51	15	4	29	1.62
34124031--34124140	37	3.0	37	94	0	193	48	16	5	30	1.68
34127926--34127974	22	2.2	22	78	7	55	69	0	8	22	1.14
34129116--34129156	21	2.0	21	85	0	55	2	46	14	36	1.58
34131306--34131355	24	2.1	25	85	7	68	52	0	26	22	1.48
34137158--34137200	13	3.5	13	78	21	56	11	0	11	76	1.02
34147288--34147383	48	2.0	48	89	0	147	33	17	35	13	1.89
34148052--34148115	31	2.1	31	93	0	110	31	17	31	20	1.95
34150755--34150793	4	9.8	4	88	0	60	48	20	5	25	1.70
34155574--34155608	18	1.9	18	100	0	70	45	25	11	17	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34157779--34157859	23	3.5	23	84	0	108	11	6	35	46	1.64
34158677--34158724	15	3.4	15	80	13	66	81	0	0	18	0.70
34158677--34158718	7	5.7	7	89	10	66	80	0	0	19	0.70
34158677--34158718	22	1.9	22	100	0	84	80	0	0	19	0.70
34163041--34163070	12	2.5	12	94	0	51	26	46	20	6	1.75
34167687--34167742	6	9.3	6	76	20	55	51	0	17	30	1.46
34167668--34167735	29	2.4	29	92	2	111	51	0	17	30	1.46
34168756--34168920	42	4.0	42	91	1	260	30	26	15	27	1.96
34168756--34168919	83	2.0	83	91	0	265	30	26	15	27	1.96
34173186--34173221	18	2.0	18	94	0	63	22	13	5	58	1.56
34178657--34178832	46	3.8	46	78	12	207	20	20	29	29	1.98
34178654--34178825	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
34184146--34184188	16	2.8	15	80	13	52	16	13	6	62	1.51
34185713--34185746	6	5.7	6	92	0	59	29	2	0	67	1.05
34185713--34185784	18	4.0	17	78	10	72	22	4	2	70	1.17
34185713--34185771	12	4.8	12	79	8	55	23	3	1	71	1.11
34186080--34186171	30	3.1	30	98	0	175	9	34	40	15	1.80
34187204--34187317	33	3.5	33	78	7	115	33	23	10	32	1.89
34188498--34188525	13	2.2	13	100	0	56	35	0	7	57	1.26
34194790--34194869	33	2.4	33	83	8	108	30	23	11	35	1.90
34197431--34197456	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
34203664--34203729	33	2.0	33	85	5	89	28	24	10	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34203666--34203779	33	3.5	33	70	11	81	32	23	10	33	1.89
34204954--34204979	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
34208963--34209082	51	2.4	49	92	2	177	30	23	13	32	1.93
34209002--34209133	58	2.3	58	89	0	201	28	24	14	32	1.94
34213300--34213344	21	2.1	22	83	4	56	60	2	13	24	1.45
34216190--34216248	31	1.9	31	96	0	109	27	18	27	27	1.98
34221052--34221210	27	5.9	27	83	11	193	35	22	24	17	1.95
34221070--34221210	54	2.6	54	93	2	239	35	24	24	16	1.95
34221628--34221657	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
34222832--34222887	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
34229416--34229761	47	7.3	47	92	3	500	32	9	30	27	1.89
34229612--34229733	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
34232192--34232266	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
34232320--34232679	40	9.1	40	92	0	571	24	21	28	25	1.99
34235947--34236335	47	8.3	46	92	4	534	33	10	30	26	1.89
34236125--34236259	45	3.2	37	88	11	101	36	11	28	23	1.90
34235949--34236314	184	2.0	187	89	3	569	32	10	30	26	1.90
34238971--34239060	5	18.0	5	95	0	153	37	0	3	58	1.14
34239747--34239779	14	2.2	16	89	10	52	48	3	24	24	1.65
34239831--34239875	23	2.0	21	87	8	63	33	0	15	51	1.44
34239861--34239942	29	2.8	29	87	7	114	47	0	18	34	1.49
34240355--34240425	24	3.0	24	97	0	133	39	0	18	42	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34245119--34245176	26	2.3	25	77	8	64	36	22	22	18	1.95
34252979--34253123	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
34255163--34255227	32	2.0	32	96	0	121	32	10	18	38	1.85
34258141--34258176	16	2.2	16	100	0	72	44	5	5	44	1.50
34260020--34260071	27	1.9	27	88	0	77	36	36	7	19	1.80
34260965--34261000	17	2.1	17	90	10	56	0	16	8	75	1.04
34262758--34262885	62	2.0	63	96	1	240	33	19	12	34	1.89
34262902--34262931	15	1.9	16	93	6	53	50	20	6	23	1.71
34269154--34269184	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
34269151--34269190	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
34269733--34269800	34	2.0	34	85	0	91	38	0	38	23	1.55
34272714--34272771	29	2.0	30	82	3	73	29	13	10	46	1.77
34295260--34295333	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
34296249--34297874	813	2.0	813	98	0	3155	33	25	11	30	1.90
34303496--34303569	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
34315786--34315830	22	2.0	22	100	0	90	26	15	26	31	1.96
34333602--34333672	21	3.2	21	70	18	72	38	26	14	21	1.91
34333584--34333672	45	2.0	45	97	0	169	38	26	13	21	1.91
34333584--34333652	24	3.0	24	66	20	65	37	27	13	21	1.90
34346575--34346697	46	2.8	46	80	17	154	32	26	18	21	1.97
34353382--34353432	25	2.0	25	100	0	102	49	7	19	23	1.74
34360352--34360419	33	2.1	33	100	0	136	22	8	11	57	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34369077--34369147	21	3.4	21	90	0	106	15	29	33	21	1.94
34369687--34369727	21	2.0	21	100	0	82	29	19	9	41	1.83
34371594--34371866	46	5.8	46	74	14	188	23	30	17	28	1.97
34371702--34371907	46	4.5	46	79	8	188	21	29	18	30	1.97
34371786--34371907	47	2.6	48	79	11	144	22	26	18	32	1.97
34372247--34372324	30	2.6	30	97	0	147	30	26	8	33	1.87
34374152--34374224	36	2.0	36	89	0	110	35	21	10	31	1.88
34378249--34378290	15	2.7	16	77	7	50	35	4	4	54	1.42
34390923--34391155	40	5.8	40	82	1	277	34	15	28	21	1.94
34390977--34391078	20	5.1	20	64	13	57	31	19	30	18	1.96
34390918--34391168	120	2.1	118	85	4	358	35	16	27	20	1.94
34393702--34393858	43	3.7	41	76	8	136	28	15	24	31	1.96
34398718--34398878	24	6.6	24	71	13	105	24	13	30	31	1.93
34398724--34398863	74	1.9	75	83	7	187	25	11	30	32	1.91
34408614--34408654	21	2.0	21	95	0	73	31	26	0	41	1.56
34413864--34414085	48	4.6	50	77	8	194	23	29	18	28	1.97
34413909--34414085	98	1.8	94	85	4	246	22	29	18	29	1.97
34417725--34418056	50	6.8	49	82	4	316	27	18	28	25	1.98
34427885--34427911	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
34434079--34434184	28	3.8	28	83	1	124	36	19	23	19	1.95
34434290--34434348	26	2.3	25	80	8	64	28	8	23	38	1.84
34437092--34437200	37	2.9	37	91	0	173	27	30	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34437344--34437480	46	3.0	46	85	2	177	26	31	8	33	1.87
34437454--34437789	47	7.1	47	89	2	483	27	28	11	32	1.92
34437544--34437618	22	3.3	22	66	23	64	25	29	13	32	1.93
34437454--34437789	145	2.4	141	90	3	503	27	28	11	32	1.92
34441656--34442326	40	16.8	40	96	0	1126	25	26	22	26	2.00
34443597--34443705	37	2.9	37	91	0	182	26	29	19	24	1.98
34443842--34443983	46	3.1	46	88	0	203	26	29	8	35	1.86
34443957--34444343	47	8.1	47	87	4	522	27	29	11	31	1.92
34443957--34444343	196	2.0	188	90	4	612	27	29	11	31	1.92
34444269--34444344	23	3.3	23	63	23	59	28	31	10	28	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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