genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58726167--58726347	82	2.2	81	82	4	222	26	16	28	29	1.96
58730243--58730276	15	2.1	16	89	10	52	41	23	14	20	1.89
58737640--58737670	16	1.9	16	93	0	53	41	0	19	38	1.51
58737698--58737723	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
58737692--58737728	19	1.9	19	100	0	74	89	0	10	0	0.49
58738062--58738109	26	2.0	24	84	12	62	22	0	27	50	1.50
58738386--58738411	12	2.2	12	100	0	52	84	0	0	15	0.62
58744995--58745027	13	2.6	13	90	4	50	75	0	0	24	0.80
58744996--58745027	9	3.8	9	84	16	50	78	0	0	21	0.76
58746683--58746720	18	2.1	18	95	0	67	15	13	26	44	1.83
58757741--58757800	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
58759238--58759273	18	2.0	18	100	0	72	50	5	5	38	1.49
58759240--58759281	18	2.3	18	87	0	57	57	4	7	30	1.47
58763230--58763300	11	6.5	11	79	6	63	45	0	32	22	1.53
58766703--58766749	12	4.3	12	72	25	50	55	0	4	40	1.19
58766710--58766764	19	2.8	19	88	5	83	56	0	1	41	1.10
58766739--58766799	27	2.2	27	85	11	79	63	1	0	34	1.04
58766739--58766800	28	2.2	28	88	8	90	64	1	0	33	1.03
58767010--58767098	9	9.7	9	81	12	101	30	1	0	68	0.97
58767011--58767098	29	3.2	28	87	7	110	30	1	0	68	0.97
58766936--58767090	19	8.1	19	68	17	106	32	5	1	61	1.26
58767164--58767395	89	2.5	90	84	6	290	32	8	21	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58774136--58774183	18	2.8	17	87	3	60	22	12	0	64	1.27
58774137--58774183	17	2.7	18	86	3	60	23	12	0	63	1.28
58782883--58782919	17	2.2	17	100	0	74	24	16	21	37	1.93
58784665--58784754	23	3.9	23	77	2	101	31	20	23	25	1.98
58785829--58785961	27	5.0	27	81	6	155	33	23	25	17	1.96
58785825--58785961	54	2.5	54	90	2	213	34	22	25	17	1.96
58787530--58787623	26	3.8	26	91	5	142	37	22	8	31	1.84
58792765--58792922	27	5.9	27	79	11	155	34	20	25	20	1.96
58792782--58792922	54	2.6	54	88	2	212	34	21	24	19	1.97
58794512--58794619	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
58796228--58796305	40	1.9	42	84	5	106	51	3	17	26	1.63
58796795--58796852	29	2.0	29	100	0	116	44	0	20	34	1.52
58799149--58799318	43	4.0	43	74	6	148	35	24	13	26	1.93
58800754--58800886	56	2.4	56	89	2	196	27	16	24	32	1.96
58802457--58802533	38	2.0	38	100	0	154	38	0	15	45	1.46
58802706--58802734	15	1.9	15	100	0	58	27	0	24	48	1.51
58804512--58804553	19	2.2	19	87	12	59	28	33	4	33	1.78
58805350--58805400	24	2.1	24	88	0	75	45	13	9	31	1.76
58816680--58816767	28	3.1	28	91	3	140	26	13	32	27	1.94
58816688--58816767	29	2.8	28	90	3	124	25	15	33	26	1.95
58831681--58831736	28	2.0	28	96	0	103	41	25	10	23	1.86
58834060--58834098	17	2.3	17	86	0	51	38	25	12	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58835744--58835794	24	2.1	24	85	7	68	35	11	13	39	1.82
58835758--58835814	25	2.3	24	88	8	80	29	12	14	43	1.81
58835774--58835831	25	2.3	25	84	0	71	25	13	20	39	1.90
58836274--58836300	14	1.9	14	100	0	54	62	7	7	22	1.46
58839910--58840245	48	7.0	48	94	1	586	34	6	28	30	1.83
58840390--58840488	37	2.7	37	93	0	171	25	19	31	24	1.98
58844654--58844828	84	2.1	84	98	0	341	28	19	11	40	1.86
58846914--58846968	28	2.0	28	85	7	76	29	23	23	23	1.99
58854092--58854209	20	5.9	20	83	5	123	38	23	22	15	1.92
58858834--58858863	6	5.0	6	91	0	51	16	3	13	66	1.37
58861935--58862038	51	2.0	51	96	0	190	36	9	10	43	1.72
58870294--58870540	49	5.0	50	82	2	291	25	18	27	28	1.98
58870399--58870482	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
58877649--58877674	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
58883970--58883999	15	1.9	16	93	6	53	46	0	16	36	1.47
58887512--58887720	38	5.0	39	74	19	181	30	14	24	29	1.95
58887549--58887680	48	2.8	48	85	1	185	31	15	22	30	1.95
58894109--58894683	77	7.5	76	74	8	321	43	15	15	25	1.86
58894287--58894584	76	3.9	77	79	7	252	44	15	14	25	1.85
58894246--58894597	153	2.3	151	80	5	352	44	15	14	24	1.84
58894393--58894681	153	1.9	153	84	6	388	43	16	14	25	1.86
58902528--58902619	40	2.3	41	84	3	125	41	15	16	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58902938--58902986	25	2.0	25	87	0	71	34	14	18	32	1.91
58934191--58934249	20	3.1	19	76	14	59	40	16	15	27	1.89
58934713--58934821	54	2.1	53	94	3	193	35	7	15	41	1.75
58935847--58935912	27	2.4	27	80	12	73	33	6	1	59	1.31
58938255--58938293	19	2.0	19	90	5	60	41	2	0	56	1.13
58941030--58941074	6	7.0	6	85	9	54	17	2	0	80	0.82
58941031--58941078	15	3.4	15	72	16	57	18	2	0	79	0.84
58941028--58941082	27	2.0	27	100	0	110	18	3	0	78	0.90
58941032--58941098	27	2.4	27	87	2	89	16	8	0	74	1.05
58941036--58941128	17	5.6	17	70	21	63	11	12	0	75	1.05
58942147--58942194	14	3.4	14	85	11	62	70	6	0	22	1.09
58942156--58942201	16	3.1	16	84	12	62	73	8	0	17	1.07
58942815--58942845	16	1.9	16	100	0	62	38	25	6	29	1.81
58944815--58944866	20	2.5	20	87	3	68	51	9	1	36	1.46
58944810--58944866	21	2.7	21	83	8	71	54	10	1	33	1.45
58947916--58948098	90	2.0	90	93	2	314	51	8	7	32	1.59
58951791--58951830	21	1.9	21	89	0	62	50	17	7	25	1.72
58953575--58953606	6	5.3	6	100	0	64	53	31	0	15	1.43
58953573--58953619	18	2.6	18	86	0	67	46	31	0	21	1.51
58953672--58953737	29	2.2	29	80	15	73	60	0	3	36	1.12
58954203--58954251	20	2.4	21	83	6	57	38	4	2	55	1.31
58955583--58955627	12	3.8	11	85	8	54	71	4	2	22	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58957733--58957843	45	2.5	45	85	1	143	28	18	18	35	1.94
58957874--58958088	96	2.2	96	89	1	324	27	20	19	32	1.97
58958006--58958133	45	2.9	45	74	3	116	28	21	17	32	1.97
58957970--58958275	143	2.2	141	80	7	361	27	21	19	30	1.98
58958238--58958359	45	2.7	45	73	13	117	29	27	14	28	1.95
58959415--58959477	6	9.8	6	79	17	65	0	15	0	84	0.63
58959415--58959479	15	4.3	15	85	14	89	0	15	0	84	0.62
58959416--58959461	11	4.4	11	86	8	69	0	15	0	84	0.62
58964474--58964503	16	1.9	15	93	6	51	73	0	3	23	0.98
58964815--58964841	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
58964953--58965008	21	2.4	23	77	17	62	67	8	5	17	1.36
58967543--58967711	46	3.8	45	79	13	204	21	20	28	29	1.98
58967935--58967972	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
58975111--58975283	46	3.7	46	80	10	208	21	19	27	30	1.98
58975108--58975278	93	1.8	93	93	0	297	21	19	28	29	1.98
58975508--58975545	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
58977981--58978011	15	2.1	14	94	5	53	58	6	6	29	1.48
58983222--58983443	47	4.7	47	75	11	161	26	19	29	24	1.98
58983274--58983444	46	3.7	47	79	7	179	25	19	30	23	1.98
58994172--58994346	76	2.3	76	88	3	255	32	25	20	21	1.97
58997240--58997366	46	2.8	45	85	8	168	23	28	19	28	1.98
59012665--59012735	34	2.0	37	84	10	96	42	8	26	22	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59015807--59015955	47	3.2	47	96	0	271	26	11	14	47	1.78
59016488--59016691	45	4.6	45	89	3	299	23	22	28	25	1.99
59025393--59025427	14	2.4	15	90	4	54	28	2	34	34	1.72
59026060--59026097	18	2.1	19	85	5	51	71	0	10	18	1.14
59026118--59026142	7	3.6	7	100	0	50	48	0	52	0	1.00
59028695--59028752	30	1.9	30	92	0	98	27	25	13	32	1.94
59031374--59031711	48	7.0	48	95	0	577	34	6	27	31	1.82
59031852--59031954	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
59033240--59033691	40	11.3	40	96	0	805	24	20	28	26	1.99
59033723--59033879	28	5.6	27	77	8	143	21	18	29	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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