genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28541225--28541294	34	2.1	34	100	0	140	27	11	28	32	1.91
28543063--28543161	27	3.7	27	83	5	103	40	18	10	31	1.83
28543063--28543169	54	2.0	54	81	7	128	38	19	10	31	1.85
28543147--28543207	27	2.3	27	79	0	68	32	27	8	31	1.86
28543158--28543369	27	7.9	27	85	6	259	27	22	8	41	1.83
28543320--28543572	27	9.3	27	77	9	156	37	19	9	33	1.84
28543091--28543379	54	5.4	54	78	4	199	32	21	8	37	1.84
28543347--28543599	54	4.6	54	75	7	197	37	20	9	32	1.85
28543104--28543503	81	4.9	81	74	3	241	32	21	9	36	1.85
28543386--28543541	81	1.9	83	84	10	214	41	20	8	30	1.82
28543617--28543693	27	2.9	26	75	12	84	35	22	20	22	1.96
28544496--28544619	26	4.8	26	85	1	169	28	23	21	26	1.99
28544764--28544855	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
28544893--28544953	31	2.0	31	90	0	95	32	11	24	31	1.91
28550006--28550061	9	6.0	9	80	15	53	35	0	0	64	0.94
28555738--28555769	15	2.1	15	94	0	55	50	18	3	28	1.62
28565027--28565212	70	2.6	71	80	6	175	40	18	10	30	1.84
28565109--28565212	35	3.0	35	79	0	127	43	22	8	25	1.81
28572846--28572883	15	2.6	15	95	4	69	50	10	5	34	1.59
28581332--28581510	48	3.7	48	90	0	286	35	28	16	18	1.93
28581593--28581667	37	2.0	37	94	0	132	40	21	6	32	1.79
28586586--28586905	159	2.0	159	93	1	552	30	16	20	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28602465--28602595	46	2.8	48	78	14	157	21	19	29	29	1.98
28609175--28609219	23	2.0	23	100	0	90	35	13	28	22	1.92
28612824--28612945	35	3.5	35	67	10	97	27	18	18	35	1.94
28612831--28612979	70	2.1	70	85	2	192	28	17	18	36	1.93
28613758--28613836	31	2.5	31	87	0	113	56	5	3	34	1.39
28613766--28613864	31	3.3	30	81	8	103	55	4	5	35	1.41
28614974--28615007	6	5.5	6	86	6	50	14	0	0	85	0.60
28620432--28620462	16	1.9	16	100	0	62	19	3	0	77	0.90
28622222--28622290	31	2.3	31	82	7	79	27	11	17	43	1.83
28625740--28625783	6	7.2	6	92	2	61	61	0	22	15	1.34
28625741--28625783	18	2.3	19	92	4	70	60	0	23	16	1.35
28633446--28633492	17	2.8	16	81	9	58	36	27	19	17	1.93
28633506--28633572	33	2.0	33	100	0	134	41	31	2	23	1.70
28649661--28649719	21	2.8	21	84	7	66	66	0	0	33	0.92
28650010--28650040	15	2.1	15	93	0	53	38	0	6	54	1.26
28650011--28650089	24	3.2	24	71	18	65	41	5	2	50	1.38
28651930--28652051	43	2.9	42	78	7	131	30	23	13	31	1.94
28675055--28675218	82	2.0	82	98	0	319	34	17	7	40	1.77
28676629--28676676	24	2.0	24	100	0	96	33	8	4	54	1.50
28682314--28682464	42	3.6	41	75	4	142	31	14	25	29	1.95
28686412--28686968	276	2.0	276	99	0	1096	36	7	21	34	1.83
28687424--28687459	18	1.9	19	88	5	56	38	0	27	33	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28692438--28692946	47	10.8	47	95	1	878	32	8	29	29	1.86
28693064--28693142	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
28694796--28694880	43	2.0	43	95	0	152	40	28	4	27	1.76
28695414--28695522	37	3.0	37	83	4	141	33	30	16	19	1.94
28697374--28697430	29	2.0	29	82	6	71	26	5	28	40	1.77
28701737--28701795	31	1.9	30	83	10	75	61	6	5	27	1.43
28707372--28707410	15	2.7	14	88	7	60	28	10	0	61	1.28
28707416--28707563	3	49.0	3	68	9	77	29	9	1	60	1.37
28707688--28707752	3	21.7	3	93	6	114	30	1	0	67	1.00
28719951--28719986	14	2.6	15	83	16	51	19	0	0	80	0.71
28723645--28723732	46	1.9	46	90	4	142	31	18	25	25	1.97
28723636--28723742	46	2.3	46	82	3	135	36	18	23	21	1.95
28724099--28724202	43	2.4	43	83	6	129	30	18	23	27	1.97
28724132--28724244	43	2.6	44	84	5	140	28	18	23	30	1.98
28724097--28724572	45	10.6	45	69	13	257	33	16	21	28	1.95
28724099--28724351	88	2.8	92	77	10	236	33	17	20	28	1.95
28724175--28724528	138	2.6	138	88	1	507	33	16	20	29	1.95
28724174--28724348	93	1.8	95	84	4	237	33	17	20	29	1.95
28724585--28724787	45	4.5	45	74	9	146	31	20	20	28	1.97
28725199--28725249	23	2.2	23	96	0	93	45	29	9	15	1.79
28726427--28726465	15	2.7	14	84	7	51	28	10	2	58	1.44
28726471--28726606	3	46.0	3	70	12	77	30	8	1	59	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28726629--28726734	39	2.7	39	85	1	131	31	22	19	26	1.98
28727108--28727200	40	2.4	39	90	3	143	25	18	25	30	1.98
28727440--28727477	15	2.6	14	87	4	58	21	0	34	44	1.52
28727435--28727483	22	2.3	21	89	3	71	24	0	28	46	1.53
28727450--28727532	21	3.9	21	77	4	60	24	1	36	38	1.63
28727876--28727914	7	5.7	7	81	6	53	17	0	25	56	1.41
28727878--28727914	14	2.7	14	95	4	67	18	0	21	59	1.38
28727872--28727916	13	3.4	13	81	6	54	15	0	28	55	1.41
28728530--28728608	7	9.9	8	76	15	58	64	5	0	30	1.15
28728555--28728605	15	3.5	14	76	15	50	68	3	0	27	1.07
28728570--28728608	15	2.5	16	83	4	53	71	2	0	25	0.98
28728555--28728608	20	2.5	21	79	14	56	68	3	0	27	1.06
28733251--28733524	129	2.1	129	83	4	347	24	17	27	30	1.97
28733251--28733529	43	6.5	43	81	5	314	24	17	26	31	1.97
28733649--28733693	23	2.0	24	87	12	69	26	4	2	66	1.22
28740853--28740907	4	13.8	4	84	0	74	52	0	16	30	1.44
28740844--28740910	8	8.4	8	91	0	89	50	0	13	35	1.42
28746528--28747110	177	3.3	177	84	1	731	28	24	16	29	1.97
28746981--28747062	43	1.9	43	87	0	119	30	25	12	31	1.92
28747124--28747210	44	2.0	44	82	8	106	26	27	14	31	1.95
28746975--28747258	147	1.9	147	86	1	408	28	25	15	30	1.96
28747288--28747387	44	2.2	45	82	1	112	28	19	24	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28746798--28747432	324	2.0	324	83	2	819	27	24	17	29	1.98
28747122--28747443	177	1.8	177	81	5	400	26	23	19	30	1.98
28747122--28747520	177	2.3	177	79	4	394	26	23	19	30	1.98
28747634--28747824	63	3.0	64	86	1	276	36	16	18	28	1.93
28748920--28748962	20	2.2	20	86	0	59	6	11	6	74	1.21
28748940--28748993	14	3.9	13	79	18	56	9	7	3	79	1.03
28748929--28748990	26	2.3	26	75	8	63	8	9	4	77	1.12
28753981--28754038	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
28754250--28754281	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
28754376--28754617	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
28754376--28754625	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
28761574--28761631	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
28761843--28761874	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
28761969--28762210	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
28761969--28762218	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
28771715--28771888	48	3.6	47	79	7	181	21	27	20	30	1.98
28771715--28771888	96	1.8	96	89	2	278	21	27	20	30	1.98
28777024--28777094	35	2.0	35	100	0	142	47	28	5	18	1.71
28779823--28779899	35	2.2	35	76	2	84	35	22	15	27	1.94
28782231--28782454	40	5.6	40	86	3	297	24	24	26	25	2.00
28782235--28782454	83	2.7	80	87	5	293	23	24	27	24	2.00
28788443--28789103	46	14.4	46	79	7	539	33	5	22	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28788438--28789099	115	5.8	115	85	6	736	33	5	22	37	1.79
28788972--28789103	23	5.7	23	87	5	146	34	4	25	35	1.77
28791094--28791154	32	1.9	32	96	0	113	27	13	16	42	1.85
28794590--28794624	12	2.8	13	87	12	56	40	2	31	25	1.70
28812351--28812563	47	4.5	47	71	17	156	23	29	17	29	1.97
28812432--28812603	47	3.8	46	79	14	169	24	30	18	27	1.98
28819033--28819093	28	2.2	28	96	0	113	16	39	22	21	1.92
28820072--28820224	47	3.3	47	86	3	218	24	29	18	27	1.98
28820192--28820239	23	2.1	23	84	0	60	29	22	14	33	1.94
28820200--28820247	23	2.1	23	92	0	78	22	25	18	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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