genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65306838--65306895	19	3.0	20	82	5	66	70	0	8	20	1.13
65308224--65308262	20	2.0	20	85	10	53	0	28	20	51	1.48
65308857--65308951	42	2.2	42	85	5	120	31	25	17	25	1.97
65308838--65308994	43	3.7	43	80	10	178	31	26	17	23	1.97
65313006--65313076	37	1.9	37	94	0	124	32	26	5	35	1.80
65317316--65317471	43	3.6	42	78	10	104	31	24	16	27	1.96
65317375--65317480	43	2.5	43	89	3	151	34	24	15	25	1.94
65327452--65327560	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
65327723--65327859	47	3.0	46	88	2	186	27	28	10	34	1.89
65336708--65336758	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
65337699--65337822	47	2.6	48	84	7	146	27	29	18	25	1.98
65337800--65337962	46	3.5	47	76	9	140	24	30	17	27	1.97
65337889--65338058	94	1.8	92	81	7	209	23	29	19	27	1.98
65343877--65344002	45	2.8	45	84	9	152	23	31	17	26	1.97
65343931--65344097	45	3.6	45	79	7	158	21	28	20	29	1.98
65343927--65344095	93	1.8	89	81	14	209	21	29	20	28	1.98
65346338--65346486	60	2.5	60	79	7	151	28	24	18	28	1.98
65351605--65351702	43	2.3	43	85	0	124	33	24	14	27	1.94
65355766--65355878	29	4.0	29	86	2	149	25	14	29	30	1.95
65355764--65355879	28	4.1	29	84	5	148	26	13	28	31	1.94
65355764--65355879	57	2.0	57	86	3	162	26	13	28	31	1.94
65357390--65357488	28	3.5	28	88	1	135	29	13	25	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65364316--65364443	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
65364316--65364443	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
65375398--65375436	19	2.1	19	85	0	51	33	38	7	20	1.81
65385298--65385466	24	7.0	24	88	3	241	29	20	20	29	1.98
65385516--65385582	20	3.3	20	91	0	107	31	20	13	34	1.92
65385516--65385572	11	5.5	11	72	16	59	31	19	14	35	1.91
65385619--65385666	25	1.9	25	86	0	69	25	12	25	37	1.91
65391745--65391783	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
65395169--65395246	39	2.0	39	94	0	138	41	15	7	35	1.76
65399039--65399234	98	2.0	96	92	3	322	35	6	26	31	1.82
65399039--65399234	48	4.0	48	90	5	322	35	6	26	31	1.82
65399381--65399489	37	2.9	37	93	0	182	22	20	30	26	1.98
65405443--65405525	28	3.0	28	80	3	89	34	21	24	19	1.96
65406655--65406708	16	3.3	16	74	20	58	64	0	29	5	1.16
65406651--65406705	18	3.2	17	72	17	51	61	0	32	5	1.19
65406900--65407231	168	2.0	168	91	1	540	26	29	14	29	1.95
65407488--65407598	28	4.0	29	85	4	140	27	14	30	27	1.95
65407486--65407595	55	2.0	56	85	7	152	27	14	30	27	1.95
65422294--65422445	37	4.1	37	95	0	261	26	32	19	21	1.97
65422564--65422881	47	6.7	47	92	2	496	28	30	9	32	1.88
65422564--65422881	93	3.4	93	92	2	494	28	30	9	32	1.88
65433985--65434031	23	2.0	23	100	0	94	21	12	17	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65434102--65434147	22	2.0	24	87	8	69	41	2	0	56	1.11
65434615--65434756	71	2.0	71	98	0	275	24	22	19	33	1.97
65434726--65434821	47	2.0	47	93	0	165	19	26	17	36	1.94
65437710--65437744	3	12.0	3	87	6	54	68	2	0	28	1.04
65438392--65438435	19	2.3	20	80	11	56	29	2	4	63	1.26
65442652--65442691	19	2.1	19	100	0	80	30	5	20	45	1.72
65445020--65445057	18	2.1	19	85	5	51	34	0	7	57	1.28
65446972--65447018	25	1.9	24	86	4	67	55	2	2	40	1.24
65457438--65457512	37	2.0	37	92	0	123	32	6	16	45	1.73
65464908--65464934	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
65466464--65466529	6	10.7	6	88	6	87	16	4	3	75	1.09
65477723--65477754	16	2.0	16	93	0	55	25	15	12	46	1.81
65479173--65479390	47	4.7	47	82	9	177	30	27	18	23	1.98
65479224--65479346	47	2.6	47	97	0	237	29	27	19	23	1.98
65482441--65482566	47	2.7	47	96	0	234	28	26	19	25	1.99
65494149--65494180	13	2.5	13	94	0	55	34	15	6	43	1.72
65494461--65494565	42	2.4	43	75	7	106	36	22	15	25	1.93
65502030--65502147	43	2.8	41	84	6	146	33	21	17	27	1.96
65503816--65503858	14	3.0	14	78	15	52	72	4	18	4	1.20
65512726--65512771	19	2.4	19	100	0	92	13	45	28	13	1.80
65514604--65514721	48	2.5	48	83	2	130	26	27	17	28	1.98
65514645--65514739	48	2.0	48	83	8	122	28	27	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65517626--65517691	27	2.4	27	74	0	69	40	24	6	28	1.79
65517714--65517853	27	5.2	27	82	6	176	35	16	20	27	1.94
65517714--65517856	54	2.6	54	90	4	225	35	17	20	26	1.95
65518369--65518430	22	2.9	22	81	11	83	17	25	22	33	1.96
65518421--65518473	20	2.7	20	82	2	72	9	18	33	37	1.83
65518685--65518834	6	24.3	6	68	17	85	19	20	13	46	1.83
65518685--65518777	25	3.7	25	91	0	141	19	21	13	45	1.85
65518732--65518825	37	2.5	37	94	0	161	20	21	10	47	1.79
65524374--65524420	23	2.0	23	95	0	85	31	12	25	29	1.93
65527290--65527320	14	2.2	14	100	0	62	19	16	41	22	1.89
65530683--65530744	26	2.3	27	86	10	92	37	27	8	27	1.85
65530849--65530928	27	2.9	27	86	1	106	21	23	18	36	1.95
65534469--65534530	26	2.3	27	86	10	92	37	27	8	27	1.85
65534634--65534721	27	3.3	26	85	4	113	20	21	22	35	1.96
65536871--65537152	39	7.2	39	88	2	404	25	23	28	22	1.99
65536865--65537152	118	2.4	117	93	1	477	25	22	28	23	1.99
65548899--65548945	20	2.3	20	88	0	67	12	29	38	19	1.89
65554279--65554307	5	5.8	5	100	0	58	58	0	0	41	0.98
65572308--65572564	40	6.4	40	86	3	297	25	21	26	26	1.99
65582688--65582857	46	3.7	45	77	12	175	22	20	27	30	1.98
65582682--65582852	93	1.8	93	91	2	281	22	21	27	29	1.99
65584765--65584800	5	7.8	5	82	17	51	22	22	0	55	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65584762--65584800	9	4.3	9	100	0	78	23	23	0	53	1.46
65584755--65584797	4	10.0	4	80	14	50	25	23	0	51	1.49
65591437--65591517	41	2.0	41	97	0	153	40	9	19	29	1.84
65598119--65598319	47	4.3	47	90	2	296	28	30	8	31	1.88
65601288--65601376	45	2.0	45	85	8	121	23	28	23	24	2.00
65601730--65601841	43	2.6	43	94	0	197	30	32	25	11	1.91
65601834--65601917	38	2.2	38	80	0	96	33	26	19	21	1.97
65607955--65608015	30	2.0	30	83	0	77	40	4	22	31	1.75
65612992--65613060	27	2.6	27	90	0	102	36	8	36	18	1.82
65615063--65615154	28	3.4	27	77	10	91	34	11	25	28	1.91
65615173--65615377	51	4.0	51	83	3	234	28	15	27	28	1.96
65615185--65615377	103	1.9	103	82	6	248	27	16	27	27	1.97
65622820--65622948	46	2.8	46	95	0	222	29	29	21	19	1.98
65622828--65622967	46	3.0	45	88	4	140	28	29	21	20	1.98
65631884--65632265	121	3.0	121	82	7	424	46	5	8	39	1.57
65632005--65632362	138	2.6	140	91	2	589	46	6	8	38	1.60
65637394--65637443	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
65642022--65642071	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
65644542--65644582	20	2.0	20	90	0	64	43	17	2	36	1.62
65649123--65649228	40	2.7	39	82	7	108	25	27	20	26	1.99
65649165--65649387	40	5.6	40	82	8	224	28	27	20	23	1.99
65649168--65649387	79	2.8	79	84	5	239	27	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65649168--65649387	119	1.8	120	83	10	290	27	27	20	23	1.99
65654436--65654533	20	4.9	20	76	7	74	15	28	16	39	1.89
65654924--65654975	25	2.1	25	92	0	86	38	5	21	34	1.77
65663006--65663089	27	3.2	26	84	1	105	22	21	20	35	1.96
65665838--65665862	13	1.9	13	100	0	50	12	24	24	40	1.88
65667538--65667646	54	2.0	54	98	0	209	44	23	11	21	1.84
65672493--65672583	42	2.2	42	82	4	103	30	15	21	31	1.94
65672579--65672641	30	2.1	30	96	0	117	26	19	31	22	1.97
65679394--65679469	24	3.3	22	75	15	73	35	19	25	19	1.95
65679422--65679469	24	2.0	24	91	0	78	35	22	25	16	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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