genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64971712--64972322	263	2.3	264	88	0	875	28	19	24	27	1.98
64971712--64972398	263	2.6	262	84	3	722	29	19	24	27	1.98
64975244--64975761	131	3.9	130	80	3	477	27	19	17	35	1.95
64975242--64975761	262	2.0	263	79	4	575	27	19	17	35	1.95
64976840--64976932	44	2.1	46	88	8	138	35	25	5	33	1.79
64976914--64976967	16	3.4	16	89	0	81	33	25	1	38	1.67
64977438--64977523	26	3.3	24	72	15	82	48	1	2	47	1.22
64978451--64978488	19	2.0	19	90	10	60	39	2	0	57	1.12
64991424--64991462	7	5.4	7	87	6	60	15	0	41	43	1.46
64991426--64991462	15	2.5	15	91	4	58	16	0	37	45	1.47
64993237--64993713	239	2.0	237	94	0	828	22	22	29	26	1.99
64995001--64995044	16	2.6	16	85	7	52	56	4	20	18	1.58
64995013--64995044	16	1.9	17	93	6	57	56	6	18	18	1.62
64995158--64995220	18	3.3	18	77	16	56	65	0	22	12	1.26
65006948--65007077	47	2.8	47	89	2	190	33	25	16	23	1.96
65006948--65007124	94	1.9	94	81	6	216	33	25	15	25	1.95
65013703--65013727	13	1.9	13	100	0	50	28	24	24	24	2.00
65014597--65014769	47	3.7	47	87	1	213	32	27	16	23	1.95
65016425--65016544	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
65017672--65017890	40	5.7	40	80	10	233	24	21	27	26	1.99
65017732--65017795	33	1.9	33	87	0	92	25	20	26	28	1.99
65017765--65017923	80	2.0	79	84	6	205	25	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65024336--65024455	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
65025583--65025807	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
65025583--65025840	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
65029145--65029265	59	2.1	59	100	0	242	25	24	23	26	2.00
65040761--65041010	51	4.9	51	88	3	326	28	26	14	31	1.94
65047308--65047475	90	1.9	90	94	2	302	39	7	18	35	1.78
65052073--65052100	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
65053202--65053226	13	1.9	13	100	0	50	16	8	28	48	1.74
65057705--65057732	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
65058837--65058861	13	1.9	13	100	0	50	16	8	28	48	1.74
65065642--65065764	22	5.3	22	62	27	58	32	13	29	25	1.93
65065626--65065810	47	3.9	47	90	0	280	34	11	27	26	1.91
65066015--65066164	37	4.1	37	92	0	237	24	18	31	26	1.97
65066022--65066083	21	3.2	21	60	21	53	29	17	32	20	1.96
65067441--65067820	199	1.9	199	95	0	679	23	23	29	23	1.99
65067441--65067820	40	9.6	40	94	1	647	23	23	29	23	1.99
65067996--65068051	25	2.2	26	84	9	71	30	12	32	25	1.92
65071922--65072044	22	5.3	22	62	27	58	32	13	29	25	1.93
65071906--65072090	47	3.9	47	91	0	289	33	11	28	26	1.92
65072295--65072443	37	4.1	37	92	0	246	23	19	30	26	1.98
65073667--65073703	17	2.2	17	90	4	58	59	5	5	29	1.42
65077448--65077519	36	2.0	36	94	0	126	34	18	9	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65077851--65077914	6	10.5	6	72	3	56	6	20	1	71	1.15
65077849--65077914	18	3.6	19	81	6	73	6	21	1	71	1.16
65080367--65080426	30	2.0	31	86	3	86	46	18	20	15	1.84
65084755--65084814	30	2.0	31	83	3	77	43	18	23	15	1.87
65086570--65087079	27	18.9	27	86	3	519	43	23	15	17	1.87
65086570--65087054	81	6.0	81	86	0	612	44	23	15	16	1.86
65087070--65087205	27	5.0	27	81	3	157	24	14	22	38	1.91
65087509--65087581	18	4.1	18	81	0	92	20	21	15	42	1.89
65090014--65090075	7	8.7	7	85	3	61	48	32	0	19	1.49
65090014--65090073	14	4.1	14	85	6	75	50	30	0	20	1.49
65090025--65090066	22	1.9	22	90	0	66	47	30	0	21	1.51
65090719--65091029	48	6.5	47	82	3	302	26	21	30	21	1.98
65090751--65091021	144	1.9	144	85	1	373	26	20	30	21	1.98
65090719--65091029	96	3.2	96	82	2	340	26	21	30	21	1.98
65098238--65098287	18	2.6	19	90	9	75	30	18	8	44	1.78
65100372--65100430	29	2.0	29	96	0	109	27	11	23	37	1.90
65104225--65104292	34	2.0	34	91	0	109	19	14	27	38	1.91
65109898--65109925	11	2.5	11	100	0	56	46	17	10	25	1.80
65117718--65117898	40	4.5	40	91	4	267	24	22	28	24	2.00
65122760--65122800	18	2.3	18	86	0	55	34	9	9	46	1.70
65123339--65123457	43	2.8	43	81	2	132	26	14	25	34	1.94
65130145--65130327	40	4.6	39	80	9	192	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65130199--65130350	79	1.9	79	84	7	202	26	20	26	26	1.99
65138769--65138860	40	2.4	37	81	16	107	27	27	21	23	1.99
65141280--65141304	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
65147132--65147277	40	3.7	40	84	7	181	26	27	22	23	2.00
65154440--65154986	47	11.6	47	91	2	862	32	7	30	29	1.86
65154440--65154986	143	3.9	143	92	2	879	32	7	30	29	1.86
65159020--65159106	45	1.9	45	90	0	138	37	9	11	41	1.73
65159015--65159089	23	3.3	23	68	19	66	37	9	10	42	1.72
65160265--65160298	11	3.0	11	86	4	50	61	8	0	29	1.26
65160293--65160333	17	2.3	18	91	4	66	53	4	7	34	1.50
65161361--65161400	21	1.9	21	84	0	53	50	12	10	27	1.72
65162364--65162463	41	2.5	41	83	6	116	21	22	17	40	1.92
65163177--65163208	7	4.6	7	96	0	55	43	0	9	46	1.35
65163204--65163274	21	3.4	22	78	20	64	52	1	0	46	1.09
65163201--65163254	21	2.6	21	83	13	67	48	0	0	51	1.00
65164799--65164824	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
65166224--65166263	19	2.1	19	100	0	80	70	0	0	30	0.88
65169964--65169997	17	2.0	17	88	0	50	47	11	5	35	1.65
65173945--65174096	39	3.9	39	85	10	202	24	21	27	26	1.99
65173945--65174104	40	4.1	40	90	4	245	24	21	28	25	1.99
65181527--65181748	40	5.6	40	89	3	315	23	27	22	26	2.00
65191280--65191322	22	2.0	22	86	9	61	18	13	27	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65198779--65198821	22	2.0	22	90	0	68	23	13	27	34	1.93
65199898--65199954	29	2.0	29	96	0	105	42	10	17	29	1.83
65208854--65208981	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
65208853--65208981	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
65221350--65221443	28	3.3	28	77	7	109	26	14	35	23	1.94
65221329--65221446	57	2.1	56	85	6	166	27	12	33	26	1.92
65231827--65231872	11	4.5	11	82	17	64	17	6	0	76	1.00
65244564--65244626	31	2.1	30	87	3	90	42	7	20	28	1.80
65246985--65247009	12	2.1	12	100	0	50	44	40	8	8	1.63
65247469--65247559	42	2.2	42	95	0	164	17	31	35	15	1.91
65247727--65247763	19	1.9	19	89	10	58	2	29	0	67	1.04
65249417--65249457	21	2.0	21	85	0	55	21	9	34	34	1.87
65249548--65249591	11	3.9	11	79	5	52	15	6	0	77	0.97
65249548--65249591	17	2.6	17	79	13	54	15	6	0	77	0.97
65249549--65249591	12	3.8	11	82	14	52	16	6	0	76	0.99
65254786--65255023	50	4.8	49	81	7	264	25	17	26	30	1.97
65254782--65255023	101	2.4	98	84	5	290	25	18	26	29	1.98
65271369--65271464	40	2.4	41	87	6	135	26	30	17	26	1.97
65289572--65289623	23	2.3	23	84	15	65	63	3	11	21	1.43
65291567--65291709	55	2.6	55	80	5	164	18	27	27	25	1.98
65294933--65295030	25	4.0	24	80	11	92	24	21	23	30	1.99
65294948--65295030	25	3.4	25	89	1	114	24	21	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65295839--65295902	27	2.4	27	81	5	76	18	23	21	35	1.95
65295957--65296064	27	3.9	28	79	15	109	31	7	17	43	1.77
65295937--65296089	27	5.6	27	74	11	82	30	7	19	43	1.78
65296121--65296212	27	3.4	27	88	5	132	43	9	20	26	1.83
65299059--65299244	40	4.7	40	88	5	252	23	21	27	26	1.99
65299059--65299277	80	2.8	80	83	8	270	25	21	27	26	1.99
65303335--65303542	40	5.2	40	84	2	224	24	27	24	24	2.00
65303343--65303542	80	2.5	82	80	9	259	25	27	23	24	2.00
65306838--65306885	20	2.5	19	77	9	53	70	0	10	18	1.15
65306864--65306895	6	4.9	7	92	7	50	75	0	0	25	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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