genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73835629--73835854	40	5.7	40	88	4	280	25	21	26	26	1.99
73835629--73835887	120	2.2	120	82	7	296	26	20	26	26	1.99
73835629--73835887	40	6.5	40	85	5	260	26	20	26	26	1.99
73839429--73839540	28	4.0	28	85	2	136	26	15	29	28	1.96
73839426--73839537	56	2.0	57	85	5	156	27	15	29	27	1.96
73839916--73839992	38	2.0	38	97	0	145	28	18	11	41	1.85
73839928--73839992	19	3.3	21	72	16	75	26	20	12	41	1.87
73840791--73840902	45	2.5	45	86	1	145	33	27	14	24	1.94
73844979--73845070	45	2.0	45	87	0	130	34	29	15	20	1.93
73847123--73847222	34	2.8	35	76	13	105	23	22	22	33	1.98
73847486--73847555	27	2.6	27	84	4	88	32	17	17	32	1.93
73851332--73851555	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
73851332--73851555	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
73887221--73887256	18	2.1	17	94	5	63	33	22	22	22	1.97
73890416--73890460	22	2.1	22	83	4	56	35	13	24	26	1.92
73891166--73891266	49	2.1	49	88	0	148	31	9	12	45	1.75
73893249--73893400	40	3.8	40	85	3	182	25	21	27	25	1.99
73893249--73893398	80	1.9	80	84	2	203	26	20	27	26	1.99
73893249--73893420	80	2.2	80	81	3	195	25	20	27	27	1.99
73901314--73901463	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
73901338--73901521	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
73905779--73905958	67	2.8	62	77	10	182	30	18	30	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73911092--73911659	47	12.1	47	96	0	974	32	8	29	28	1.88
73911778--73911856	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
73921272--73921382	58	1.9	59	83	5	145	23	9	14	53	1.69
73922606--73922630	10	2.5	10	100	0	50	84	0	16	0	0.63
73923062--73923099	18	2.1	18	95	0	67	47	5	28	18	1.70
73930111--73930197	39	2.2	39	93	0	147	22	22	26	27	2.00
73930111--73930210	39	2.6	39	87	3	130	23	22	27	28	1.99
73934356--73934519	43	3.8	42	69	15	120	28	18	25	28	1.98
73934800--73934859	30	2.0	30	96	0	111	35	6	23	35	1.81
73936881--73936975	24	3.8	24	83	12	104	33	20	24	22	1.97
73941527--73941620	43	2.2	43	86	0	125	36	25	12	25	1.92
73943745--73943775	14	2.2	14	100	0	62	51	6	0	41	1.27
73960896--73960984	22	4.0	22	75	10	99	25	4	23	46	1.71
73960896--73961047	68	2.2	68	90	4	227	26	6	22	44	1.77
73962929--73962989	30	2.0	30	83	0	77	39	6	24	29	1.80
73965034--73965171	48	2.9	48	85	0	177	25	18	26	29	1.98
73970289--73970331	20	2.2	20	95	0	77	20	32	27	18	1.96
73973133--73973211	37	2.1	37	88	0	113	25	31	20	22	1.98
73973330--73973697	47	7.7	47	92	1	558	28	29	8	32	1.87
73973330--73973676	192	1.8	190	91	1	577	28	29	8	33	1.86
73976171--73976380	46	4.5	46	77	7	228	30	25	20	23	1.98
73977748--73977868	46	2.6	46	86	2	152	24	28	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73980214--73980240	13	2.1	13	100	0	54	55	22	7	14	1.64
73986316--73986368	28	1.9	28	88	3	81	28	26	16	28	1.97
73986328--73986470	60	2.4	59	77	8	137	27	23	18	30	1.97
73988894--73988921	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
73991138--73991243	28	3.7	27	70	27	76	25	25	19	29	1.99
73991141--73991285	60	2.4	61	83	10	183	27	23	19	29	1.98
73993830--73993873	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
73995893--73995998	28	3.7	26	71	27	81	26	25	18	29	1.98
73995896--73996040	60	2.4	61	85	10	192	28	23	18	29	1.98
73996354--73996416	26	2.4	27	86	2	83	26	15	25	31	1.96
73997495--73997534	5	8.2	5	86	2	55	80	0	17	2	0.83
73998480--73998510	3	10.3	3	92	0	53	61	0	0	38	0.96
73998482--73998511	15	2.0	15	100	0	60	60	0	0	40	0.97
73998603--73998646	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
73999593--73999652	7	8.7	7	83	7	52	5	28	1	65	1.23
74002100--74002156	29	1.9	29	85	3	78	52	10	5	31	1.58
74002370--74002437	29	2.4	28	80	11	75	55	7	11	25	1.61
74003368--74003392	7	3.6	7	100	0	50	76	0	0	24	0.80
74013768--74013812	20	2.2	20	88	0	63	28	20	15	35	1.93
74021463--74021507	20	2.2	20	88	0	63	28	20	15	35	1.93
74023839--74024063	80	2.8	80	80	6	269	25	27	21	24	1.99
74023841--74024063	119	1.9	120	82	6	283	25	27	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74023839--74024063	40	5.6	41	82	6	241	25	27	21	24	1.99
74033996--74034220	40	5.6	40	79	2	227	25	25	23	25	2.00
74033960--74034220	80	3.3	80	78	3	249	25	25	22	26	2.00
74042145--74042366	40	5.6	40	78	5	236	24	26	23	25	2.00
74044335--74044461	46	2.7	46	82	9	152	29	25	20	23	1.99
74044337--74044472	47	3.0	44	74	18	127	29	27	19	23	1.98
74044887--74044947	30	2.0	30	90	0	95	31	24	8	36	1.85
74046682--74046815	67	2.0	67	98	0	259	29	14	22	33	1.94
74058127--74058192	9	7.7	9	80	10	84	21	34	36	7	1.82
74058132--74058196	8	7.8	8	78	10	67	24	35	33	6	1.80
74058128--74058204	17	4.5	17	98	0	145	24	35	33	6	1.81
74058411--74058529	27	4.4	27	87	4	150	30	24	6	38	1.81
74058387--74058498	54	2.1	54	82	0	134	33	24	7	35	1.83
74058414--74058529	54	2.1	54	90	3	180	29	25	6	38	1.81
74058561--74058659	27	3.7	27	80	2	110	45	20	4	30	1.69
74058613--74058720	27	3.9	27	77	13	103	41	17	8	32	1.79
74058761--74058838	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
74064540--74064597	29	2.0	29	100	0	116	31	20	3	44	1.68
74068182--74068479	27	11.0	27	76	11	240	32	13	17	36	1.89
74071866--74071930	22	3.0	22	74	0	58	33	18	24	23	1.96
74072292--74072612	27	11.9	27	76	12	229	32	12	18	36	1.88
74076450--74076772	27	12.0	26	80	5	268	31	11	19	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74076452--74076780	54	6.1	54	81	7	312	30	10	20	37	1.87
74076451--74076713	81	3.2	80	82	6	307	31	10	20	38	1.86
74076452--74076780	108	3.1	108	86	2	421	30	10	20	37	1.87
74080904--74081068	48	3.4	48	100	0	330	34	7	27	30	1.84
74081241--74081342	37	2.8	37	95	1	179	23	19	32	24	1.98
74082625--74082860	40	5.8	40	86	6	287	20	23	30	25	1.99
74082619--74082838	85	2.7	80	82	6	287	21	22	30	26	1.99
74082901--74082998	29	3.4	29	88	4	119	21	14	30	33	1.93
74086530--74086790	48	5.4	48	98	0	495	34	7	28	30	1.84
74086963--74087065	37	2.8	37	95	0	179	23	19	32	25	1.98
74091564--74091787	40	5.7	40	85	6	260	25	28	21	24	1.99
74091566--74091787	118	1.9	120	83	5	290	25	28	22	24	1.99
74093210--74093329	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
74094370--74094472	41	2.5	40	82	4	127	26	21	21	31	1.98
74094593--74095135	114	4.8	114	89	3	763	29	20	21	27	1.98
74095050--74095208	74	2.1	74	96	0	291	25	16	26	30	1.97
74095050--74095227	74	2.4	74	91	0	259	28	19	24	27	1.99
74095751--74095793	15	2.9	14	82	3	50	20	0	37	41	1.53
74095758--74095819	14	4.4	13	78	15	52	20	0	30	48	1.50
74095781--74095839	28	2.1	28	81	6	66	25	0	22	52	1.47
74096039--74096063	8	3.1	8	100	0	50	24	0	24	52	1.48
74096200--74096250	7	7.3	7	73	8	50	11	3	39	45	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74096200--74096250	14	3.6	14	78	0	57	11	3	39	45	1.59
74096200--74096250	21	2.4	21	80	0	57	11	3	39	45	1.59
74096358--74096408	21	2.4	22	84	15	72	19	5	37	37	1.76
74096358--74096410	7	7.6	7	73	0	52	20	5	35	37	1.77
74101671--74101708	21	1.9	20	89	10	60	26	21	50	2	1.62
74102010--74102296	85	3.3	83	84	9	330	22	21	25	30	1.99
74102007--74102296	43	6.7	43	87	7	351	22	21	24	31	1.98
74106350--74106399	22	2.3	22	96	0	91	24	24	10	42	1.85
74111367--74111534	46	3.6	46	74	10	171	21	20	27	30	1.98
74111363--74111536	93	1.9	93	90	0	276	21	20	28	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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