genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.157.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51411385--51416256	490	10.0	485	74	12	2244	26	15	17	40	1.89
51414812--51416225	100	14.6	98	72	11	882	26	14	18	40	1.89
51415294--51415465	88	2.0	88	85	2	238	28	18	15	38	1.90
51415578--51415766	88	2.1	88	87	1	263	29	12	19	39	1.88
51415479--51416276	188	4.2	184	76	8	639	27	13	17	41	1.86
51420048--51420737	100	7.1	100	74	13	400	25	13	18	41	1.88
51420294--51420561	88	3.1	87	79	7	292	24	14	16	44	1.85
51420686--51420791	54	2.0	54	85	7	144	27	13	9	50	1.72
51420738--51423973	101	32.7	101	78	6	2803	26	14	18	40	1.89
51421225--51421394	88	1.9	88	83	4	218	29	13	16	40	1.87
51421313--51423973	201	13.4	200	78	7	2291	26	14	18	40	1.89
51421705--51421867	87	1.9	88	80	3	195	23	15	17	43	1.87
51422294--51422589	88	3.2	88	79	6	250	26	13	18	41	1.88
51422780--51422805	13	2.0	13	100	0	52	30	15	30	23	1.95
51423502--51423685	88	2.1	87	83	3	226	29	14	15	41	1.86
51424127--51424174	3	15.7	3	82	4	51	37	6	0	56	1.25
51427852--51428019	50	3.3	50	90	0	246	35	15	22	26	1.94
51427999--51428178	31	5.8	31	87	2	263	27	18	27	27	1.98
51428200--51428409	46	4.6	46	81	9	191	29	15	25	29	1.96
51428277--51428408	49	2.9	48	87	8	186	28	14	27	30	1.95
51428338--51428449	42	2.7	41	86	5	145	31	14	25	29	1.94
51429475--51432549	101	31.0	100	78	8	2503	26	15	17	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51429888--51430058	88	1.9	88	81	4	202	26	16	16	40	1.89
51430163--51430192	13	2.3	13	94	0	51	10	6	43	40	1.64
51430263--51430292	13	2.3	13	94	0	51	10	6	43	40	1.64
51429976--51432557	201	13.0	200	78	8	2280	26	15	17	40	1.89
51430782--51431050	88	3.1	87	77	2	279	27	15	15	41	1.87
51432129--51432436	110	2.9	111	81	6	280	25	15	17	40	1.89
51432263--51432554	100	2.9	100	92	1	467	26	16	17	39	1.91
51432879--51432916	20	2.0	20	85	15	53	5	15	0	78	0.91
51433104--51433402	154	2.0	153	89	5	462	43	4	11	41	1.60
51434627--51437611	101	30.4	99	70	14	1203	26	15	18	40	1.89
51434934--51435304	188	2.0	188	83	6	466	26	15	16	41	1.88
51435326--51435491	87	1.9	87	86	0	233	28	15	15	40	1.88
51435497--51435521	13	1.9	13	100	0	50	8	8	48	36	1.62
51434625--51437590	389	7.6	385	71	14	1328	26	14	18	40	1.90
51435908--51436124	87	2.5	88	87	5	314	26	16	17	40	1.90
51436081--51436160	39	2.1	39	100	0	160	27	17	20	35	1.95
51436337--51437611	679	1.9	678	84	3	1735	26	15	18	40	1.89
51437077--51437272	88	2.2	87	84	5	250	25	16	18	38	1.92
51436795--51437573	189	4.1	188	77	8	716	26	15	18	39	1.90
51436125--51437611	491	3.1	481	75	11	1288	26	14	18	40	1.89
51437963--51438008	10	4.6	10	89	5	58	26	6	2	65	1.28
51452488--51452660	46	3.7	46	81	9	194	28	28	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51458385--51458511	28	4.5	28	88	3	155	29	12	25	33	1.92
51458411--51458512	28	3.6	28	90	2	159	31	11	23	33	1.91
51458385--51458511	57	2.2	57	88	2	184	29	12	25	33	1.92
51460224--51460270	15	3.1	16	78	9	62	23	2	0	74	0.93
51460234--51460282	21	2.4	20	77	12	55	20	4	0	75	0.96
51462012--51462236	40	5.6	40	81	2	263	24	26	23	25	2.00
51461976--51462236	80	3.3	80	80	3	276	24	25	23	26	2.00
51462012--51462236	120	1.9	121	83	4	294	24	26	23	25	2.00
51470185--51470409	40	5.6	40	82	1	254	23	26	23	26	2.00
51470149--51470409	80	3.3	79	80	4	267	24	26	22	26	2.00
51470185--51470409	120	1.9	121	82	4	285	23	26	23	26	2.00
51472283--51472329	14	3.2	14	77	11	58	14	12	14	57	1.66
51472269--51472329	30	2.0	30	96	0	113	16	11	16	55	1.68
51472276--51472324	14	3.4	14	78	10	62	14	8	18	59	1.59
51473551--51473588	10	3.8	10	89	0	58	23	7	0	68	1.16
51474319--51474347	6	4.8	6	100	0	58	65	0	0	34	0.93
51477867--51478021	76	2.0	77	89	1	240	47	7	9	36	1.62
51480205--51480244	16	2.5	16	95	0	71	10	7	12	70	1.35
51488678--51488838	67	2.3	70	79	4	193	22	22	17	37	1.94
51500212--51500349	69	2.0	68	98	1	267	34	19	10	35	1.86
51506251--51506300	12	4.6	11	81	16	52	76	0	0	24	0.80
51506252--51506313	16	3.4	18	75	20	58	75	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51508390--51508442	26	2.0	27	85	3	72	11	16	35	35	1.85
51524159--51524207	25	2.0	25	96	4	91	20	6	20	53	1.67
51533389--51533840	47	9.6	47	90	1	624	33	9	29	27	1.88
51548470--51548509	20	1.9	22	85	10	57	17	10	5	67	1.37
51549568--51549619	20	2.6	20	75	9	61	44	0	1	53	1.11
51549604--51549654	24	2.2	23	83	10	68	52	0	1	45	1.12
51549606--51549666	24	2.5	22	75	17	59	52	0	1	45	1.10
51552336--51552655	41	7.8	41	90	0	453	37	24	20	18	1.94
51552798--51552832	17	2.0	17	88	5	52	20	0	14	65	1.26
51553557--51553609	21	2.5	21	78	0	70	13	1	30	54	1.49
51553607--51553653	21	2.2	21	84	3	58	23	4	21	51	1.65
51553951--51554342	60	6.7	58	70	17	222	47	2	2	47	1.28
51553976--51554020	20	2.1	21	88	8	65	44	0	4	51	1.21
51554124--51554166	20	2.0	21	86	8	61	44	0	4	51	1.22
51554171--51554375	32	6.8	31	67	26	104	48	1	1	47	1.21
51554230--51554306	20	3.9	19	68	13	57	45	1	3	49	1.28
51553957--51554583	147	4.3	147	98	0	1193	47	2	2	47	1.28
51554269--51554313	20	2.1	21	88	8	65	44	0	4	51	1.21
51554377--51554462	20	4.3	20	69	15	70	45	1	3	50	1.26
51554350--51554481	60	2.3	57	85	8	162	46	2	2	48	1.27
51554383--51554497	60	1.9	60	96	0	212	46	1	3	48	1.29
51554398--51554506	32	3.5	31	70	25	104	45	1	2	49	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51554856--51554897	22	1.9	22	85	0	57	38	38	0	23	1.55
51556249--51556306	9	6.7	9	73	15	59	27	0	10	62	1.28
51556249--51556297	17	2.9	17	85	8	73	28	0	10	61	1.29
51556249--51556337	43	2.1	42	81	8	99	29	1	7	61	1.31
51559336--51559640	103	3.0	102	88	6	449	33	6	4	55	1.44
51559912--51560037	9	13.8	9	69	11	69	45	15	3	36	1.62
51559912--51560037	18	6.9	18	70	10	85	45	15	3	36	1.62
51559892--51560059	74	2.3	74	90	2	257	45	14	2	36	1.61
51565125--51565153	13	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
51565559--51565613	21	2.6	21	82	0	83	29	20	49	1	1.59
51565840--51565923	42	2.0	42	100	0	168	19	7	16	57	1.62
51565911--51565976	31	2.1	31	88	0	96	18	10	21	50	1.77
51567102--51567127	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
51567090--51567163	21	3.6	21	71	8	71	35	0	0	64	0.94
51569166--51569236	29	2.4	29	81	4	81	38	15	5	40	1.71
51569268--51569538	65	4.2	65	88	1	400	47	23	0	27	1.57
51571791--51571820	13	2.2	14	94	5	53	50	16	0	33	1.46
51571877--51571980	33	3.1	33	72	24	117	29	9	11	49	1.71
51571918--51571943	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
51574720--51574757	18	2.1	19	85	5	51	52	7	2	36	1.45
51578860--51578915	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
51581389--51581427	20	1.9	21	84	5	53	33	5	0	61	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51581729--51581808	28	3.0	26	75	7	88	33	3	3	58	1.33
51582710--51582756	23	2.1	22	88	4	67	38	27	12	21	1.90
51586622--51586805	64	2.8	64	74	8	176	22	28	16	31	1.96
51588715--51588756	20	2.0	22	86	9	61	45	0	0	54	0.99
51589324--51589369	19	2.3	20	85	10	60	39	17	10	32	1.84
51589355--51589391	14	2.7	13	91	8	56	29	21	8	40	1.82
51592828--51592884	30	1.9	30	88	0	87	15	29	31	22	1.95
51594727--51594758	6	5.3	6	92	0	55	81	0	3	15	0.82
51596551--51596600	23	2.1	24	79	20	61	68	0	32	0	0.90
51603785--51603829	8	5.5	8	80	15	56	84	0	4	11	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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