genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.315.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102780145--102780219	23	3.2	23	80	10	64	32	2	9	56	1.45
102780149--102780208	26	2.3	26	85	8	77	31	1	6	60	1.33
102782038--102782092	3	18.0	3	84	3	74	36	0	3	60	1.15
102782521--102782565	22	2.0	24	91	8	76	57	0	17	24	1.40
102782521--102782576	22	2.5	22	83	16	64	53	1	17	26	1.54
102786877--102786942	33	2.1	33	83	8	84	54	4	21	19	1.62
102786884--102786950	33	2.1	32	85	2	89	53	7	20	17	1.68
102787284--102787362	36	2.2	36	84	6	99	64	0	1	34	1.02
102787298--102787351	18	3.0	18	75	17	58	61	0	1	37	1.07
102787301--102787360	18	3.4	18	72	17	54	61	0	1	36	1.06
102787298--102787379	36	2.2	36	80	6	94	58	0	2	39	1.11
102787517--102787541	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
102787624--102787693	29	2.5	28	75	13	72	35	2	4	57	1.33
102787689--102787731	21	2.0	21	82	8	52	32	4	0	62	1.15
102787738--102787806	35	2.0	35	83	11	88	39	0	2	57	1.13
102787816--102788113	93	3.3	90	78	16	310	32	7	20	38	1.81
102787816--102788095	94	3.0	90	81	12	318	33	7	20	37	1.82
102790972--102791108	40	3.4	39	78	2	139	32	14	18	34	1.92
102795822--102795847	6	4.3	6	100	0	52	30	53	15	0	1.42
102808229--102808293	28	2.3	28	100	0	130	40	9	9	41	1.69
102810840--102810928	46	1.9	46	97	0	169	35	4	12	47	1.62
102812440--102814039	685	2.3	678	85	6	2026	33	13	18	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102819604--102819813	51	4.1	51	94	0	357	30	22	14	32	1.94
102822813--102822889	31	2.5	31	95	0	136	23	11	16	48	1.79
102822919--102822962	23	2.0	23	86	4	63	31	9	9	50	1.65
102829192--102829234	21	2.0	21	86	0	59	46	9	0	44	1.35
102832224--102832259	13	2.6	14	91	8	56	27	2	0	69	1.02
102846669--102846740	19	3.8	19	75	17	69	38	0	2	58	1.13
102846687--102846749	18	3.4	19	72	24	53	39	0	0	60	0.97
102846665--102846748	38	2.2	38	76	4	89	36	0	2	60	1.10
102852703--102852748	24	1.9	24	86	8	67	50	0	2	47	1.13
102857691--102858671	488	2.0	488	98	0	1899	25	15	25	33	1.95
102876821--102876862	14	2.9	14	92	3	66	47	4	0	47	1.23
102876821--102876863	15	2.9	15	86	6	61	46	4	0	48	1.22
102876878--102876943	25	2.7	25	74	9	64	53	1	0	45	1.09
102878236--102878287	15	3.4	14	74	25	52	26	0	7	65	1.20
102878250--102878307	16	3.6	16	71	28	52	25	0	3	70	1.03
102878239--102878306	31	2.2	32	89	7	104	27	0	5	66	1.15
102878239--102878316	31	2.5	31	85	10	88	29	0	6	64	1.18
102883356--102883402	24	2.0	24	86	0	67	42	2	2	53	1.25
102891897--102891939	19	2.3	19	88	4	61	44	4	9	41	1.57
102893463--102893508	19	2.5	19	92	3	76	41	4	10	43	1.59
102896908--102896932	13	1.9	13	100	0	50	24	12	8	56	1.62
102908122--102908146	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102915403--102915443	21	2.0	21	95	0	73	24	21	29	24	1.99
102915702--102915730	14	2.0	15	93	6	51	55	6	37	0	1.27
102915703--102915749	15	3.2	15	84	3	51	55	2	36	6	1.37
102921952--102922019	7	9.3	7	81	9	82	47	35	0	17	1.48
102921952--102922019	15	4.6	15	83	7	86	47	35	0	17	1.48
102921952--102922019	22	3.1	22	86	0	91	47	35	0	17	1.48
102923776--102923804	13	2.2	13	100	0	58	37	0	0	62	0.96
102923969--102924086	38	3.2	37	67	18	102	54	14	0	30	1.46
102923964--102924135	72	2.4	72	91	1	274	52	14	0	32	1.46
102924150--102924255	34	3.4	32	68	24	82	51	7	0	40	1.30
102924143--102924263	60	2.0	59	95	1	215	53	8	0	38	1.31
102924454--102924501	26	1.9	24	84	16	62	41	2	0	56	1.11
102929076--102929110	17	2.1	17	100	0	70	51	20	5	22	1.68
102932739--102932922	11	16.7	11	74	10	135	57	29	8	4	1.48
102932736--102932878	55	2.6	55	87	2	200	58	27	8	4	1.48
102932838--102932918	23	3.6	23	69	15	69	59	25	8	6	1.51
102938767--102939014	43	5.8	43	74	5	207	25	26	17	30	1.98
102938768--102939099	86	3.9	86	76	9	259	25	25	18	30	1.98
102938769--102939075	43	7.2	43	74	7	187	26	25	18	29	1.98
102945283--102945719	43	10.1	43	77	1	336	27	18	26	28	1.98
102945283--102945719	129	3.4	129	78	1	401	27	18	26	28	1.98
102946232--102946919	228	3.0	228	95	0	1223	33	16	21	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102949892--102949943	24	2.4	22	79	17	63	17	0	19	63	1.31
102950894--102951063	86	2.0	86	85	0	232	27	17	26	29	1.97
102950887--102951071	43	4.3	43	83	0	210	28	18	25	27	1.98
102951341--102951474	66	2.0	66	82	2	162	14	22	18	44	1.85
102954400--102954498	3	33.0	3	74	8	85	32	5	3	59	1.34
102954382--102954498	39	3.0	38	81	7	128	32	6	2	58	1.38
102962649--102962706	21	2.8	21	82	12	66	62	0	8	29	1.25
102962814--102962879	27	2.5	25	79	13	69	48	3	10	37	1.53
102964227--102964285	23	2.6	23	97	0	109	16	0	40	42	1.49
102965388--102965455	35	1.9	35	93	0	118	33	7	13	45	1.71
102965582--102966468	59	15.1	59	91	1	1370	43	4	5	46	1.45
102968547--102968599	25	2.1	25	82	0	61	28	20	39	11	1.87
102968634--102968685	20	2.6	21	90	9	81	42	3	32	21	1.71
102968759--102968861	39	2.6	39	85	1	161	27	23	14	34	1.94
102971702--102971742	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
102986331--102986363	16	2.1	16	94	0	57	24	24	6	45	1.75
102994997--102995021	7	3.6	7	100	0	50	16	0	40	44	1.47
102995740--102995796	23	2.5	22	80	8	69	5	14	12	68	1.37
103000176--103000234	12	5.3	11	78	15	59	1	13	15	69	1.27
103000176--103000238	11	5.5	11	72	12	56	1	14	15	68	1.29
103001012--103001093	41	2.0	41	81	9	96	28	14	9	47	1.76
103003569--103003660	17	5.3	18	81	15	99	38	13	7	41	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103003570--103003660	35	2.6	35	85	13	125	38	13	7	40	1.73
103004000--103004229	45	5.1	45	75	5	221	25	26	16	31	1.96
103004169--103004385	78	2.8	78	89	2	328	25	23	18	31	1.98
103008495--103008653	46	3.4	46	74	11	171	23	16	27	32	1.96
103008538--103008747	47	4.5	47	82	8	293	23	19	28	29	1.98
103008490--103008700	93	2.3	93	97	0	395	23	17	27	31	1.97
103014844--103014955	19	5.7	21	79	14	71	40	16	7	36	1.76
103014844--103014901	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
103014880--103014970	19	4.9	19	92	8	161	37	15	9	37	1.81
103014880--103014982	54	1.9	53	92	5	172	37	13	10	37	1.80
103015753--103015795	8	5.4	8	100	0	86	39	25	0	34	1.56
103023593--103023638	17	2.7	17	90	6	67	21	0	2	76	0.90
103026481--103026596	58	2.0	58	100	0	232	39	12	22	25	1.89
103033815--103033860	17	2.7	17	90	6	67	21	0	2	76	0.90
103038937--103039023	27	3.2	26	83	9	102	37	0	2	59	1.10
103038962--103039010	19	2.6	18	87	9	62	42	0	0	57	0.99
103049392--103049450	29	2.0	29	93	0	100	44	20	5	30	1.73
103050441--103050479	16	2.5	15	84	15	53	28	5	7	58	1.47
103050572--103050658	44	2.0	44	97	0	165	37	9	17	35	1.81
103053059--103053099	21	2.0	21	95	0	73	24	17	29	29	1.97
103053171--103053199	3	9.7	3	100	0	58	68	0	31	0	0.89
103053516--103053591	38	2.0	38	100	0	152	26	5	15	52	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103060734--103060897	85	1.9	86	87	1	240	26	14	15	43	1.85
103061046--103061070	12	2.1	12	100	0	50	32	24	8	36	1.84
103069728--103069763	18	1.9	18	88	5	54	30	2	2	63	1.22
103070337--103070397	22	2.8	22	97	0	113	26	36	18	19	1.94
103071645--103071749	3	35.0	3	72	24	80	31	0	0	66	1.04
103071632--103071701	10	6.9	10	72	27	51	31	2	0	65	1.07
103071612--103071749	48	2.9	48	81	15	139	29	2	0	66	1.11
103071643--103071749	18	5.9	18	78	18	116	31	0	0	66	1.04
103083950--103084386	175	2.5	174	92	2	720	34	21	18	25	1.96
103083950--103084386	87	5.1	84	64	20	229	34	21	18	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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