genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67699277--67699546	40	6.8	40	94	0	479	25	31	22	20	1.98
67701402--67702030	47	13.4	47	91	0	988	28	30	8	32	1.87
67701524--67701646	22	5.3	22	62	18	61	26	30	10	31	1.90
67705840--67705991	40	3.8	41	89	3	211	24	21	28	25	1.99
67705840--67706011	80	2.2	80	84	3	213	23	20	27	27	1.99
67713990--67714141	40	3.8	41	89	3	211	24	21	28	25	1.99
67713990--67714161	80	2.2	80	84	3	213	23	20	27	27	1.99
67720475--67720537	20	3.2	20	95	0	108	17	26	41	14	1.88
67736299--67736361	29	2.2	29	100	0	126	34	20	9	34	1.85
67746058--67746320	46	5.7	46	73	16	220	30	28	19	21	1.97
67746065--67746330	93	2.9	93	90	2	435	29	28	19	21	1.98
67746112--67746274	47	3.5	47	72	17	176	30	29	18	21	1.97
67751763--67751938	47	3.8	47	77	13	200	28	29	19	22	1.98
67751756--67751930	93	1.9	93	95	0	314	29	29	18	21	1.97
67760585--67760641	28	2.0	28	100	0	114	33	21	21	24	1.97
67761979--67762040	28	2.2	29	88	2	90	25	11	32	30	1.91
67770478--67770582	44	2.4	43	84	7	131	24	22	25	26	2.00
67781635--67781818	67	2.8	64	76	11	187	28	15	30	24	1.96
67788856--67789040	40	4.6	39	81	5	185	25	22	26	25	2.00
67788909--67789073	79	2.1	79	80	6	183	27	20	26	26	1.99
67791984--67792105	42	2.9	41	78	7	127	31	23	20	23	1.98
67793278--67793587	54	5.7	54	89	2	453	35	17	19	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67793278--67793587	27	11.5	26	84	7	370	35	17	19	28	1.94
67793278--67793600	136	2.4	135	86	5	352	35	16	19	28	1.94
67794784--67794895	27	4.2	26	79	14	102	36	21	25	16	1.94
67794784--67794895	54	2.1	54	85	6	147	36	21	25	16	1.94
67797911--67798086	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
67797908--67798079	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
67805444--67805616	46	3.8	46	72	18	164	21	20	28	28	1.98
67807246--67807530	27	10.6	27	77	6	256	40	18	9	32	1.82
67807290--67807503	80	2.6	79	80	7	225	39	18	9	31	1.84
67807239--67807530	107	2.7	106	82	9	317	39	18	9	32	1.83
67807514--67807586	27	2.7	27	82	2	92	39	23	8	28	1.83
67807639--67807911	27	10.2	26	82	8	280	36	18	20	23	1.94
67807639--67807893	109	2.4	105	87	5	361	37	18	20	23	1.94
67807656--67807921	53	5.0	54	79	10	244	37	19	19	23	1.94
67807623--67807923	80	3.8	78	82	8	338	37	18	19	24	1.94
67809080--67809341	45	5.9	45	86	2	325	23	20	29	27	1.99
67817738--67817887	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
67817762--67817945	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
67822205--67822388	67	2.8	64	79	8	203	30	16	29	23	1.96
67826987--67827026	21	1.9	21	84	0	53	50	15	5	30	1.65
67828305--67828419	43	2.7	42	74	16	112	34	25	15	24	1.95
67828832--67828871	8	5.0	8	96	0	71	35	15	0	50	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67831863--67831887	7	3.6	7	100	0	50	44	0	28	28	1.55
67833953--67834044	27	3.4	27	90	0	130	28	21	7	42	1.80
67834076--67834198	27	4.6	27	80	2	140	43	21	6	27	1.77
67834207--67834262	27	2.1	26	87	9	78	39	12	10	37	1.78
67835173--67835255	25	3.4	24	81	8	96	28	20	22	27	1.99
67835390--67835483	42	2.2	42	92	0	152	28	13	21	36	1.92
67837173--67837329	43	3.7	42	81	9	167	24	15	23	35	1.94
67837168--67837329	85	1.9	86	83	6	213	24	16	23	36	1.94
67838633--67838664	16	2.0	16	93	0	55	56	34	0	9	1.32
67840213--67840310	29	3.4	29	84	1	126	27	14	29	28	1.95
67844893--67845047	43	3.7	43	75	11	149	25	17	25	31	1.97
67846899--67846945	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
67847229--67847269	18	2.3	18	100	0	82	41	34	9	14	1.79
67849533--67849664	38	3.4	38	86	4	176	25	15	28	30	1.96
67855088--67855270	40	4.6	40	76	8	135	24	20	26	28	1.99
67855088--67855267	79	2.3	81	82	8	210	23	20	27	28	1.99
67858452--67858508	27	2.2	26	84	6	71	43	17	19	19	1.88
67858463--67858528	27	2.4	27	82	5	80	40	15	19	24	1.90
67860598--67860694	28	3.5	28	88	4	126	30	28	13	26	1.94
67868414--67868511	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
67871771--67871827	28	2.0	28	100	0	114	24	29	21	24	1.99
67871799--67872025	48	4.7	48	79	10	257	23	30	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67871799--67872022	96	2.3	96	86	1	297	23	30	18	26	1.98
67880051--67880161	28	3.9	28	88	2	143	27	15	28	28	1.96
67880049--67880159	56	2.0	57	89	5	172	27	15	28	28	1.96
67882229--67882253	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
67886555--67886641	6	14.3	6	77	7	50	18	6	2	72	1.18
67886556--67886616	22	2.9	21	87	7	88	21	6	0	72	1.07
67886553--67886630	16	4.7	16	78	15	70	19	6	1	73	1.12
67886555--67886630	22	3.4	21	82	8	80	18	6	1	73	1.11
67889543--67889567	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
67894400--67894625	60	3.8	60	86	0	281	28	26	11	33	1.91
67894400--67894621	120	1.9	120	86	0	318	28	27	11	32	1.92
67897912--67898053	38	3.7	38	91	1	205	21	23	24	30	1.99
67897942--67898069	38	3.3	38	93	2	202	20	22	25	31	1.98
67901555--67901595	21	1.9	21	85	5	55	60	0	12	26	1.31
67901973--67902025	23	2.3	23	83	0	70	20	24	30	24	1.99
67902421--67902478	30	2.0	30	86	3	82	44	12	8	34	1.72
67903471--67903541	37	1.9	37	94	0	124	38	14	14	33	1.86
67903661--67903700	21	1.9	21	84	0	53	57	12	2	27	1.48
67904741--67904817	29	2.7	29	87	0	109	27	29	18	24	1.98
67906090--67906129	17	2.4	17	87	8	55	17	5	25	52	1.64
67909057--67909133	29	2.7	29	93	0	127	27	29	18	24	1.98
67909023--67909133	58	1.9	57	85	1	150	27	28	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67909354--67909384	16	1.9	16	93	0	53	12	16	16	54	1.71
67914986--67915132	47	3.1	47	88	0	204	33	10	29	27	1.89
67915342--67915447	37	2.9	37	91	0	167	24	16	31	27	1.97
67921533--67921568	16	2.1	18	90	10	58	44	11	5	38	1.63
67923197--67923264	24	2.8	24	88	0	109	38	4	36	20	1.73
67924760--67924808	22	2.3	21	86	10	64	12	6	55	26	1.60
67931091--67931164	24	3.0	24	88	2	112	36	4	37	21	1.73
67932664--67932712	22	2.3	21	86	10	64	12	4	55	28	1.55
67936550--67936798	81	3.1	81	83	3	279	40	18	18	22	1.91
67936550--67936799	27	9.2	28	80	6	250	40	18	18	22	1.91
67938170--67938203	16	2.1	16	100	0	68	35	14	17	32	1.91
67944029--67944246	40	5.5	40	86	2	271	23	22	28	25	1.99
67946490--67946521	16	2.0	16	100	0	64	50	31	6	12	1.65
67947746--67947798	25	2.1	25	92	0	88	52	16	18	11	1.73
67947912--67947948	19	2.0	18	89	5	56	24	13	43	18	1.86
67948029--67948141	29	3.9	29	75	6	113	28	16	29	25	1.97
67958274--67958403	55	2.4	56	75	6	140	28	26	28	16	1.97
67963372--67963475	29	3.6	29	81	11	133	25	17	33	23	1.96
67965212--67965239	13	2.2	13	100	0	56	50	14	7	28	1.69
67966750--67966933	41	4.5	41	86	6	232	24	26	24	24	2.00
67974407--67975107	27	26.0	27	87	1	913	35	17	20	26	1.95
67975436--67975494	22	2.7	22	83	0	73	20	23	22	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67975652--67975759	27	4.0	26	84	5	117	18	23	21	37	1.95
67977985--67978918	27	34.3	27	86	3	1147	35	18	19	25	1.95
67979481--67979564	27	3.1	27	86	6	116	16	22	23	36	1.94
67979489--67979588	27	3.7	26	83	9	103	20	23	21	36	1.96
67979710--67979749	18	2.2	18	91	8	64	17	10	17	55	1.69
67981801--67982500	27	25.9	27	86	0	882	35	18	19	26	1.94
67983074--67983181	27	4.0	26	80	5	99	20	22	20	37	1.95
67983074--67983181	54	2.0	53	81	1	126	20	22	20	37	1.95
67984483--67984517	13	2.7	13	95	0	61	11	31	34	22	1.90
68001757--68001932	46	3.8	46	77	12	198	20	21	29	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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