genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.294.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96652834--96653034	101	2.0	101	85	3	271	22	27	14	35	1.93
96656303--96656376	23	3.2	25	73	17	63	39	0	0	60	0.97
96658445--96658555	40	2.7	40	83	6	125	32	27	14	26	1.95
96659975--96660022	8	5.8	8	76	9	51	43	4	0	52	1.20
96659969--96660020	25	2.1	25	100	0	104	38	7	0	53	1.30
96667022--96667110	18	4.8	18	66	21	58	57	3	1	38	1.23
96667142--96667185	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
96668254--96668301	19	2.5	19	89	0	78	12	29	0	58	1.35
96670699--96670739	20	2.0	21	90	9	68	70	2	0	26	0.99
96670699--96670756	19	2.9	20	82	17	68	67	3	0	29	1.07
96670699--96670756	20	2.9	19	85	14	66	67	3	0	29	1.07
96670736--96670783	9	5.6	9	81	16	57	60	2	0	37	1.09
96670744--96670783	8	4.8	8	82	11	53	60	0	0	40	0.97
96670954--96670993	21	1.9	21	84	0	53	32	0	5	62	1.17
96680453--96680636	79	2.3	81	82	7	225	25	22	27	24	2.00
96680452--96680636	40	4.7	40	82	6	225	25	22	27	24	2.00
96680453--96680669	79	2.7	79	80	7	192	26	21	27	24	1.99
96694005--96694449	148	2.9	150	83	6	497	29	15	21	32	1.95
96693999--96694449	75	5.9	74	81	9	464	29	15	21	33	1.95
96694154--96694689	179	3.2	158	77	9	504	30	16	19	33	1.94
96694313--96694450	72	1.9	73	86	5	199	32	17	19	30	1.95
96694441--96694475	14	2.5	14	100	0	70	17	20	5	57	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96694367--96694689	89	3.6	89	78	12	335	30	17	17	34	1.93
96707104--96707295	97	2.0	97	87	2	278	38	17	20	24	1.93
96707238--96707399	74	2.2	74	82	2	198	38	15	20	25	1.92
96707200--96707399	76	2.7	75	80	1	222	39	16	19	25	1.92
96707276--96707421	74	2.0	74	80	0	166	40	14	18	26	1.89
96720619--96720644	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
96720718--96720752	13	2.8	13	86	4	54	62	0	8	28	1.24
96720734--96720767	17	2.1	16	94	5	59	61	0	8	29	1.26
96720828--96720885	16	3.6	16	77	11	64	55	0	6	37	1.27
96724067--96724123	29	2.0	29	89	0	87	57	8	3	29	1.45
96724364--96724396	14	2.3	15	89	5	50	57	0	3	39	1.14
96730813--96730879	31	2.1	32	83	8	84	14	35	31	17	1.91
96731700--96731776	38	2.0	38	100	0	154	48	25	2	23	1.64
96733206--96733270	21	3.2	21	70	12	73	38	21	27	12	1.89
96733188--96733287	39	2.6	39	91	1	166	37	24	26	13	1.91
96737469--96737536	30	2.3	30	82	5	75	27	20	5	45	1.74
96744720--96744925	43	4.8	43	81	3	220	28	20	26	24	1.99
96744730--96744908	86	2.1	86	88	2	261	29	18	26	25	1.98
96745969--96746003	19	1.9	19	88	11	56	51	0	5	42	1.25
96750937--96751064	9	13.6	9	76	9	121	31	0	21	46	1.57
96750937--96751064	57	2.2	57	85	0	175	31	0	21	46	1.57
96751185--96751649	241	1.9	239	96	1	860	33	14	18	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96754751--96754788	18	2.1	18	100	0	76	50	34	5	10	1.59
96755329--96755365	13	2.7	14	87	8	58	48	5	0	45	1.25
96755599--96755687	14	6.3	14	74	11	65	41	38	1	19	1.59
96755676--96755728	22	2.5	21	81	3	61	43	35	1	18	1.62
96756025--96756065	21	1.9	22	85	5	57	41	29	2	26	1.69
96759028--96759181	59	2.6	58	76	7	150	31	8	11	48	1.68
96759667--96759725	31	1.9	30	83	10	75	32	22	5	40	1.75
96760163--96760201	14	2.9	14	84	3	53	46	2	5	46	1.38
96763024--96763062	12	3.2	12	85	0	60	61	10	2	25	1.41
96766884--96766917	17	2.1	17	88	5	52	11	20	0	67	1.21
96767752--96767781	12	2.5	12	94	0	51	63	6	3	26	1.35
96768662--96768785	63	2.0	63	80	6	144	24	19	24	32	1.98
96768761--96768873	29	3.9	29	80	2	102	24	24	23	26	2.00
96772086--96772169	23	3.7	23	93	0	132	36	15	11	35	1.84
96775420--96775549	42	3.1	42	76	7	138	35	19	14	30	1.92
96776446--96776833	38	10.6	36	73	13	168	38	15	20	25	1.92
96776584--96776876	36	7.9	36	76	11	227	40	14	20	24	1.90
96776574--96776875	73	4.1	74	81	5	319	40	14	20	24	1.90
96776550--96776821	147	1.9	146	84	5	370	38	16	20	24	1.92
96779782--96779995	47	4.6	47	95	0	383	33	14	16	35	1.90
96780440--96780483	15	2.9	15	75	0	52	47	20	2	29	1.62
96780596--96780637	22	1.9	22	90	0	66	52	33	0	14	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96780601--96780650	22	2.3	22	82	6	57	52	28	0	20	1.47
96780985--96781273	132	2.2	132	93	0	497	33	25	16	24	1.96
96781265--96781431	91	1.8	92	86	1	246	34	23	15	26	1.95
96798819--96798967	43	3.5	43	84	3	174	31	26	16	26	1.96
96801739--96801763	12	2.1	12	100	0	50	16	8	24	52	1.70
96801808--96802187	41	9.3	41	78	4	349	36	23	17	23	1.94
96801835--96802177	121	2.8	120	77	7	354	35	23	17	23	1.95
96802742--96802782	21	2.0	21	85	0	55	12	0	31	56	1.36
96802793--96802840	22	2.2	21	77	3	51	12	2	33	52	1.51
96803236--96803333	41	2.4	41	91	3	153	38	13	21	26	1.90
96813557--96813621	32	2.0	34	84	6	89	29	24	16	29	1.97
96815476--96815577	26	4.2	26	79	14	135	37	23	7	31	1.83
96815530--96815567	20	1.9	20	94	0	67	39	18	10	31	1.85
96824121--96824173	23	2.3	22	78	9	61	32	32	9	26	1.88
96825899--96825976	40	2.0	40	92	0	129	32	35	14	17	1.90
96829595--96829632	9	4.3	9	80	6	51	47	10	0	42	1.38
96829574--96829642	26	2.5	28	72	23	74	44	11	0	43	1.40
96829577--96829673	49	2.0	50	87	6	144	44	13	0	42	1.43
96834151--96834187	15	2.5	15	86	4	58	59	5	10	24	1.52
96834672--96834700	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
96835533--96835802	43	6.3	43	79	1	227	27	17	22	32	1.97
96839134--96839216	9	9.0	9	71	17	55	34	0	16	48	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96839134--96839218	31	2.6	32	88	5	118	35	0	16	48	1.47
96839148--96839218	36	2.0	36	94	5	128	35	0	15	49	1.45
96839269--96839294	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
96840437--96840467	12	2.6	12	94	0	53	19	45	0	35	1.51
96841461--96841504	22	2.0	22	82	8	54	59	11	2	27	1.44
96843954--96844001	18	2.7	18	80	9	53	58	6	0	35	1.23
96849836--96849867	16	2.0	16	93	0	55	25	21	28	25	1.99
96856943--96857009	21	3.3	21	70	19	70	14	25	20	38	1.91
96856925--96857025	39	2.6	39	87	0	148	13	25	22	37	1.92
96861069--96861391	166	1.9	166	97	0	610	33	13	13	39	1.83
96864930--96865003	31	2.4	31	86	4	96	48	13	16	21	1.80
96866215--96866247	16	2.0	17	88	5	50	33	0	0	66	0.92
96869509--96869542	14	2.4	14	90	0	50	23	20	14	41	1.89
96869868--96869913	18	2.8	17	78	15	53	30	41	28	0	1.56
96874690--96874849	42	3.7	43	83	8	168	30	21	21	25	1.99
96874690--96874849	85	1.9	86	82	8	202	30	21	21	25	1.99
96875147--96875190	21	2.1	21	95	0	79	2	56	20	20	1.52
96880733--96880833	9	10.6	9	72	12	76	29	0	20	48	1.56
96880736--96880794	21	2.8	21	82	5	66	25	1	23	49	1.60
96880733--96880833	30	3.5	30	79	8	100	29	0	20	48	1.56
96884358--96884389	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08
96884722--96884776	21	2.6	21	85	0	74	23	0	23	52	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96884868--96884897	15	2.0	15	93	0	51	16	0	30	53	1.44
96884880--96884935	21	2.6	22	80	8	62	25	3	26	44	1.70
96884900--96884942	21	2.0	21	82	8	52	32	0	20	46	1.51
96885802--96885885	40	2.1	40	93	0	141	23	29	16	29	1.96
96886574--96886629	30	2.0	27	86	10	76	42	3	8	44	1.53
96894576--96894634	25	2.4	25	100	0	118	57	13	0	28	1.37
96894589--96894638	16	3.6	16	65	34	51	54	12	0	34	1.38
96894902--96894934	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
96895498--96895674	43	4.1	43	88	0	257	22	27	19	30	1.98
96902467--96902763	39	7.6	39	88	1	409	15	18	31	34	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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