genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72188905--72188941	18	2.1	18	100	0	74	43	40	16	0	1.48
72191366--72191432	18	3.8	17	75	15	64	2	20	1	74	1.03
72191364--72191431	14	5.1	13	75	22	61	4	19	1	75	1.06
72192886--72193024	60	2.3	60	82	8	158	30	20	23	25	1.98
72199649--72199776	40	3.2	40	91	2	197	21	22	26	29	1.99
72205394--72205756	47	7.6	47	91	3	541	28	29	8	34	1.87
72205394--72205756	143	2.6	143	90	3	554	28	29	8	34	1.87
72208722--72208876	24	6.4	24	95	2	274	29	21	19	30	1.97
72208728--72208876	73	2.0	73	97	0	280	29	20	19	30	1.97
72208926--72208992	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
72208926--72208981	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
72211114--72211157	15	3.1	15	87	6	56	54	4	0	40	1.21
72211171--72211214	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
72214377--72214402	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
72219736--72220023	27	10.4	27	76	12	226	39	19	9	31	1.84
72219736--72220020	53	5.1	53	77	12	261	39	19	9	31	1.83
72219836--72220017	91	2.0	92	86	3	260	37	17	10	34	1.84
72221330--72221380	10	5.0	10	83	4	57	43	15	25	15	1.86
72221331--72221380	21	2.4	21	84	12	68	44	16	24	16	1.86
72221641--72221765	27	4.6	27	86	0	178	38	22	8	30	1.84
72221641--72221791	27	5.6	27	84	1	160	37	22	10	29	1.88
72221745--72221808	27	2.4	27	86	0	83	39	20	17	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72221649--72221805	81	1.9	81	82	5	192	38	21	11	28	1.88
72229438--72229517	29	2.8	28	84	3	106	26	32	16	25	1.96
72229737--72229779	16	2.7	16	88	0	68	13	20	13	51	1.76
72231704--72231886	40	4.6	40	88	2	262	24	21	26	27	2.00
72235964--72236267	47	6.4	47	91	1	437	34	8	29	27	1.86
72240708--72240746	13	2.9	13	84	3	51	28	2	10	58	1.44
72242135--72242358	40	5.6	40	87	3	290	23	20	27	28	1.99
72242134--72242358	81	2.8	80	88	2	310	23	20	27	28	1.99
72248226--72248287	31	2.0	31	100	0	124	19	12	22	45	1.84
72248640--72249195	48	11.6	48	95	0	959	35	7	28	29	1.83
72248914--72248988	22	3.2	22	67	26	64	33	8	33	25	1.85
72252256--72252331	22	3.3	22	66	28	59	35	13	27	23	1.92
72252043--72252334	47	6.2	47	92	0	458	34	12	27	26	1.92
72252043--72252368	141	2.3	141	85	2	413	33	11	28	26	1.92
72252348--72252438	46	2.0	46	86	0	128	35	7	30	26	1.85
72254805--72255003	40	5.0	40	93	0	326	21	23	30	25	1.99
72255167--72255217	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
72256977--72257772	48	16.6	48	96	0	1385	35	7	27	30	1.83
72257321--72257399	26	3.2	25	63	26	60	35	7	29	27	1.84
72257913--72258015	37	2.8	37	94	2	181	25	20	32	22	1.98
72262840--72262966	29	4.5	29	85	5	154	33	25	12	29	1.92
72262840--72262966	28	4.5	28	87	3	166	33	25	12	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72262839--72262966	57	2.3	56	86	4	177	32	25	12	28	1.92
72274121--72274294	49	3.5	49	85	1	258	28	28	17	25	1.98
72274121--72274302	99	1.8	99	95	0	328	27	29	18	25	1.98
72277894--72278069	46	3.8	45	78	11	178	30	28	19	22	1.98
72277902--72278073	93	1.8	93	89	0	272	29	29	19	22	1.98
72277945--72278088	46	3.1	46	69	18	118	31	27	18	22	1.97
72283018--72283200	40	4.6	40	88	1	269	22	23	28	25	1.99
72283018--72283235	80	2.7	79	85	6	244	23	22	27	25	2.00
72286275--72286323	24	2.0	24	100	0	98	16	4	34	44	1.66
72286857--72286982	47	2.7	47	84	0	162	29	7	11	51	1.65
72286904--72287009	47	2.2	48	81	3	126	30	11	11	47	1.74
72287012--72287060	25	2.0	25	95	0	89	34	18	12	34	1.88
72287067--72287109	20	2.3	18	85	14	61	27	11	11	48	1.74
72289667--72289710	23	1.9	23	90	0	70	56	20	4	18	1.58
72290439--72290600	43	3.8	42	79	8	159	32	25	18	22	1.97
72290439--72290600	86	1.9	85	82	11	206	32	25	18	22	1.97
72294779--72294836	20	2.9	20	73	0	62	34	34	12	18	1.88
72314642--72314742	42	2.4	44	80	6	118	33	24	16	24	1.96
72318431--72318608	27	6.6	27	85	3	133	29	28	14	26	1.95
72318431--72318607	54	3.3	54	83	5	214	29	28	14	26	1.95
72318452--72318607	81	1.9	82	88	3	235	29	28	14	26	1.95
72320510--72320578	6	11.7	6	77	14	63	79	1	17	1	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72320510--72320578	20	3.5	19	79	13	70	79	1	17	1	0.88
72320524--72320582	28	2.1	28	87	3	84	79	0	18	1	0.81
72323702--72323800	27	3.9	26	68	18	75	31	7	10	51	1.62
72323681--72323806	20	5.6	20	69	23	72	30	6	10	53	1.60
72323681--72323810	47	2.8	47	91	0	206	30	6	10	53	1.58
72325740--72325821	28	2.9	29	83	5	89	26	13	30	29	1.94
72330962--72331134	46	3.7	46	74	15	176	30	27	20	22	1.98
72330969--72331138	93	1.8	93	92	0	286	29	27	20	22	1.98
72330968--72331154	46	4.0	46	69	16	118	29	27	19	22	1.98
72335897--72335964	28	2.4	28	85	2	91	27	11	25	35	1.91
72337368--72337407	20	2.0	20	85	0	53	25	22	10	42	1.84
72340543--72340717	46	3.8	46	77	15	200	20	20	29	29	1.97
72340540--72340710	92	1.8	93	93	3	301	21	20	29	28	1.98
72342667--72342707	21	2.0	21	85	0	55	39	7	21	31	1.81
72348058--72348233	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
72348055--72348226	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
72352123--72352190	34	2.0	34	97	0	127	38	16	11	33	1.85
72353001--72353031	12	2.6	12	94	0	53	29	38	25	6	1.81
72353731--72353785	27	2.0	27	92	0	92	20	7	25	47	1.75
72355753--72355859	44	2.5	44	81	6	130	25	20	24	29	1.99
72355751--72355909	43	3.7	43	73	7	135	25	19	24	30	1.98
72358999--72359206	40	5.2	40	84	5	244	27	26	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72363897--72363921	13	1.9	13	100	0	50	24	0	16	60	1.36
72366960--72367094	49	2.8	48	84	6	148	26	28	16	28	1.97
72366959--72367094	24	5.6	24	73	7	96	26	28	16	28	1.97
72373869--72373937	32	2.2	32	100	0	138	43	2	14	39	1.60
72376574--72376606	9	3.7	9	95	0	57	39	12	18	30	1.87
72377340--72377365	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
72379782--72379823	18	2.4	18	88	7	61	71	2	19	7	1.20
72385183--72385232	25	2.0	25	84	7	66	28	2	2	68	1.12
72386908--72386950	18	2.4	18	88	0	59	20	25	9	44	1.81
72389723--72389943	75	2.8	78	81	8	236	28	26	20	25	1.99
72389723--72389943	115	1.9	117	85	5	306	28	26	20	25	1.99
72389723--72389943	40	5.7	40	79	11	226	28	26	20	25	1.99
72393450--72393526	38	2.0	38	90	5	120	22	35	18	24	1.96
72397852--72397987	40	3.4	40	83	8	143	27	26	21	25	1.99
72400355--72400748	126	3.1	125	84	3	479	29	15	16	38	1.90
72400824--72400903	41	2.0	41	87	5	117	42	18	0	38	1.51
72401408--72401498	26	3.5	26	84	13	116	53	0	0	46	1.00
72401506--72401548	22	2.0	22	90	9	70	48	9	0	41	1.35
72409269--72409507	55	4.5	54	78	8	224	35	16	24	23	1.95
72409276--72409525	108	2.4	110	78	9	277	36	16	24	23	1.94
72409323--72409507	53	3.5	51	77	10	160	37	17	22	22	1.94
72409721--72409755	16	2.2	16	94	0	61	40	0	20	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72416844--72417075	53	4.4	53	81	7	251	34	16	25	23	1.95
72416851--72417052	108	1.9	109	89	1	316	32	17	25	24	1.97
72417295--72417325	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
72420882--72420966	44	1.9	44	83	9	111	37	15	23	23	1.93
72421105--72421226	47	2.6	47	93	0	208	37	13	23	25	1.91
72421208--72421412	55	3.8	54	82	1	223	34	17	25	22	1.96
72434417--72434672	40	6.5	40	90	5	346	25	29	23	21	1.99
72434456--72434672	119	1.8	119	93	2	382	25	29	23	20	1.99
72440179--72440225	8	5.9	8	82	0	58	44	23	23	8	1.80
72440179--72440225	16	2.9	16	83	0	67	44	23	23	8	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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