genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   

This is table  185  of  352  ( 42160 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60750834--60750860	12	2.2	12	100	0	54	25	0	7	66	1.17
60751192--60751253	27	2.3	27	91	0	97	16	6	37	40	1.74
60751191--60751284	27	3.4	27	81	8	91	18	5	32	43	1.72
60754846--60755053	47	4.5	46	74	10	167	24	29	19	27	1.98
60764547--60764600	28	2.0	26	82	7	63	24	25	18	31	1.97
60765031--60765124	27	3.5	27	82	2	118	25	15	15	42	1.87
60765033--60765149	27	4.3	27	82	2	94	23	13	18	44	1.85
60765144--60765241	26	3.6	27	76	14	103	34	15	17	32	1.91
60787357--60787425	31	2.2	32	86	2	95	43	8	18	28	1.80
60790941--60791044	42	2.5	42	93	3	174	17	31	28	22	1.96
60791992--60792088	41	2.4	41	96	0	176	30	28	17	22	1.97
60804328--60804361	16	2.2	16	89	5	52	61	2	0	35	1.11
60804701--60804739	19	2.0	20	85	5	53	43	20	2	33	1.65
60805545--60805751	53	3.8	53	77	4	155	20	24	17	37	1.94
60805563--60805751	55	3.5	53	76	5	155	20	24	19	36	1.95
60807486--60807558	35	2.1	36	97	2	139	12	13	30	43	1.81
60812919--60812991	27	2.7	27	86	0	92	26	17	20	35	1.95
60812945--60812997	27	2.0	27	96	0	97	28	13	16	41	1.86
60813003--60813461	27	17.2	26	74	12	285	32	10	19	38	1.85
60812966--60813461	54	9.3	51	77	8	352	31	10	18	38	1.85
60813003--60813462	80	5.7	81	83	4	488	31	10	19	38	1.86
60813778--60813869	28	3.3	28	84	3	123	27	35	15	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60815755--60815820	20	3.7	19	66	27	54	27	12	16	43	1.83
60815756--60815821	33	2.0	33	100	0	132	27	12	18	42	1.85
60816738--60816812	27	2.8	27	85	0	96	29	16	18	36	1.92
60816824--60817283	27	17.2	27	82	4	484	30	10	19	39	1.85
60816814--60817283	80	5.8	81	82	3	520	30	10	19	39	1.85
60817582--60817691	28	3.9	28	83	4	132	25	34	13	26	1.93
60817582--60817691	56	1.9	57	85	1	150	25	34	13	26	1.93
60821059--60821214	47	3.3	47	80	4	174	33	8	29	27	1.87
60821285--60821369	40	2.2	40	84	2	109	17	22	31	28	1.97
60823866--60824220	40	8.9	40	90	0	541	21	20	29	27	1.98
60824384--60824434	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
60828037--60828186	47	3.4	45	83	14	186	34	9	29	26	1.88
60828046--60828176	42	3.0	42	85	10	151	35	6	29	27	1.83
60828257--60828341	40	2.2	40	84	2	109	17	22	31	28	1.97
60835432--60835702	46	5.8	46	76	8	203	23	30	19	26	1.98
60835486--60835701	46	4.6	47	78	9	210	23	29	19	27	1.98
60838163--60838591	47	9.1	47	93	1	696	32	9	30	28	1.88
60838710--60838788	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
60843491--60843537	22	2.1	22	92	0	76	25	25	17	31	1.97
60845482--60845545	24	2.7	24	87	0	92	42	20	17	20	1.90
60851433--60851522	27	3.3	27	84	0	108	24	24	10	41	1.85
60851578--60851681	27	3.8	27	76	12	104	44	17	8	29	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60851739--60851799	27	2.3	27	80	5	70	36	16	24	22	1.94
60852597--60852666	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
60852596--60852679	25	3.4	24	83	8	98	27	23	23	25	2.00
60852814--60852947	42	3.2	42	98	0	259	31	14	20	33	1.93
60852971--60853085	31	3.7	31	91	3	189	27	16	26	28	1.97
60857825--60857902	37	2.1	37	87	0	111	26	32	16	24	1.96
60858021--60858435	47	8.7	47	96	1	706	29	29	8	33	1.87
60860617--60860795	85	2.1	85	97	0	340	25	27	8	37	1.86
60863500--60863682	79	2.3	79	83	7	210	25	27	22	24	2.00
60863479--60863682	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	24	1.99
60866714--60867289	250	2.4	239	83	11	710	30	9	28	31	1.88
60866708--60867312	47	12.3	47	83	12	699	30	9	28	31	1.88
60876297--60876479	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
60876276--60876479	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
60890581--60890836	40	6.5	40	87	5	344	24	27	23	25	2.00
60893116--60893349	48	4.9	48	70	10	138	29	24	17	27	1.98
60905716--60905834	24	4.8	25	74	16	90	32	19	21	26	1.97
60911823--60911881	31	1.9	31	92	0	100	38	10	6	44	1.65
60918565--60918598	12	2.8	12	86	4	50	20	0	11	67	1.21
60926033--60926062	11	2.7	11	94	0	51	40	10	23	26	1.86
60933891--60933989	48	2.0	49	92	1	164	33	16	26	24	1.96
60943753--60943868	39	3.0	39	92	0	169	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60943709--60943860	78	1.9	78	82	5	191	26	28	21	24	1.99
60952732--60952787	29	2.0	29	85	3	78	37	1	25	35	1.66
60953948--60953977	14	2.1	15	93	6	53	20	10	13	56	1.65
60968021--60968076	23	2.4	23	96	0	103	30	26	19	23	1.98
60971654--60971774	43	2.9	42	79	7	145	28	15	25	30	1.96
60975525--60975652	43	3.0	43	78	10	111	25	15	24	34	1.95
60979736--60979917	40	4.6	40	81	8	194	24	20	28	26	1.99
60979786--60979950	79	2.1	79	84	6	210	25	20	27	26	1.99
60987723--60987905	79	2.3	81	82	7	214	23	22	27	26	1.99
60987723--60987907	40	4.7	40	82	6	216	23	22	28	26	1.99
60987776--60987930	79	2.0	79	82	7	190	24	20	27	27	1.99
60991210--60991254	23	2.0	22	82	4	54	55	2	15	26	1.52
60994555--60994606	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
61000856--61000915	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
61000877--61000940	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
61006663--61006715	24	2.3	22	76	17	54	45	26	7	20	1.78
61008040--61008125	43	2.0	43	88	0	127	31	30	17	20	1.96
61019381--61019433	26	2.0	26	100	0	106	30	22	20	26	1.98
61021183--61021239	30	1.9	30	89	7	89	17	17	35	29	1.93
61032488--61032587	6	16.3	6	72	15	71	49	15	16	20	1.80
61032508--61032587	31	2.6	31	89	0	124	48	15	16	20	1.81
61032719--61032818	27	3.8	26	84	7	114	36	20	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61032719--61032818	54	1.9	51	83	6	128	36	20	23	21	1.96
61032976--61033037	22	2.8	23	85	7	83	33	19	22	24	1.97
61035939--61036018	22	3.5	23	67	23	69	32	12	28	26	1.93
61035819--61036083	47	5.6	47	91	0	397	33	10	28	27	1.90
61036315--61036386	37	1.9	37	97	0	135	23	19	29	27	1.98
61037546--61038183	27	24.0	27	86	3	819	24	20	20	34	1.97
61037871--61037910	19	2.1	19	100	0	80	27	20	20	32	1.97
61038172--61038359	27	7.0	26	74	6	108	29	8	23	38	1.84
61038176--61038355	81	2.2	81	80	2	191	27	7	23	40	1.82
61038202--61038380	27	6.7	27	75	9	134	27	8	24	39	1.84
61038388--61038556	27	6.3	27	87	1	232	37	7	26	28	1.82
61038388--61038556	81	2.1	81	91	2	268	37	7	26	28	1.82
61038388--61038601	81	2.6	81	84	1	223	36	7	24	31	1.82
61040194--61040245	26	2.0	26	85	7	70	38	3	25	32	1.74
61040407--61040703	148	2.0	148	98	0	576	37	11	21	30	1.88
61044268--61044377	42	2.6	42	75	5	107	28	16	25	30	1.97
61053255--61053462	54	3.9	54	79	4	222	22	23	17	36	1.94
61053441--61053577	47	2.9	47	87	2	184	28	23	14	33	1.94
61068150--61068282	45	3.0	45	90	0	203	21	12	29	36	1.90
61077327--61077549	40	5.6	40	92	0	365	22	28	21	27	1.99
61083165--61083316	37	4.1	37	93	0	250	25	31	20	23	1.98
61083479--61083689	47	4.5	47	87	1	280	26	28	13	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61083660--61084083	48	8.5	48	81	11	505	32	28	6	33	1.82
61083660--61084083	96	4.3	96	86	8	589	32	28	6	33	1.82
61083777--61083805	14	2.1	14	100	0	58	41	31	0	27	1.56
61083729--61083862	62	2.1	62	91	1	214	35	29	4	31	1.77
61083660--61084083	206	2.1	192	90	6	641	32	28	6	33	1.82
61093088--61093142	26	2.1	26	100	0	110	41	14	7	36	1.74
61108476--61108517	18	2.3	18	84	8	59	16	40	26	16	1.90
61115383--61115469	45	1.9	45	92	0	147	36	25	12	25	1.91
61122069--61122253	49	3.9	49	72	16	140	26	19	28	25	1.99
61123072--61123179	37	2.9	37	88	1	155	27	29	17	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352