genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82635087--82635210	35	3.8	30	73	14	86	40	18	1	39	1.60
82642152--82642883	138	5.4	135	77	6	488	30	24	16	27	1.97
82642551--82642763	70	3.1	68	64	13	155	29	25	18	26	1.98
82642218--82642697	262	1.8	261	83	4	644	31	24	16	27	1.96
82642153--82642885	400	1.8	400	81	2	909	30	24	16	27	1.97
82642480--82642894	138	3.0	137	84	1	499	29	24	18	27	1.98
82643044--82643169	17	7.4	17	72	7	94	35	12	13	38	1.83
82653598--82653670	25	3.1	25	67	15	73	19	10	12	57	1.64
82654706--82654762	22	2.6	22	83	8	71	45	19	3	31	1.67
82654734--82654784	19	2.9	17	80	11	57	39	19	5	35	1.76
82657744--82657779	17	2.1	17	100	0	72	22	30	16	30	1.96
82659864--82659908	23	2.0	23	91	4	74	46	17	4	31	1.68
82659890--82659940	19	2.9	17	83	11	66	35	17	9	37	1.83
82659861--82659918	22	2.6	22	86	7	82	43	18	3	34	1.68
82659874--82659931	19	2.8	20	84	10	64	39	17	6	36	1.76
82662041--82662118	39	2.0	39	100	0	156	48	12	12	25	1.77
82676124--82676225	8	12.6	8	81	13	120	35	0	2	60	1.18
82676117--82676201	23	3.7	23	88	3	127	37	0	1	61	1.04
82676130--82676202	15	4.8	15	93	1	119	32	0	1	65	1.01
82676693--82676752	14	4.2	15	79	8	63	23	0	23	53	1.46
82676693--82676732	15	2.7	15	88	3	55	27	0	20	52	1.46
82677466--82677688	40	5.6	41	76	6	208	33	24	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82677468--82677688	77	2.8	79	82	8	252	33	23	18	23	1.97
82677693--82677791	41	2.4	42	84	3	128	20	17	22	40	1.91
82679669--82679707	18	2.2	18	100	0	78	56	17	0	25	1.41
82681423--82681452	14	2.1	14	93	0	51	43	10	0	46	1.37
82686803--82686835	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
82688104--82688243	70	2.0	70	98	0	271	44	8	15	32	1.76
82690782--82690951	41	4.2	40	74	18	161	27	27	22	22	1.99
82692392--82692489	12	7.8	12	71	10	52	59	1	5	34	1.26
82692403--82692490	17	5.4	17	75	6	65	59	1	4	35	1.25
82694444--82694996	176	3.1	176	88	1	847	27	18	19	35	1.95
82694444--82695075	176	3.6	177	84	5	787	27	18	19	34	1.95
82712931--82712990	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
82717504--82717569	30	2.1	32	86	10	93	60	0	3	36	1.12
82717528--82717606	5	16.6	5	73	15	69	58	0	3	37	1.16
82717473--82717606	68	1.9	71	82	10	170	57	1	3	37	1.26
82717528--82717606	19	4.2	19	77	7	81	58	0	3	37	1.16
82717556--82717607	22	2.4	22	80	6	61	57	0	5	36	1.23
82717755--82717779	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
82719409--82719500	27	3.4	27	87	0	130	27	23	8	40	1.84
82719499--82719644	27	5.4	27	77	4	134	41	19	9	30	1.83
82719552--82719712	54	2.9	54	80	4	153	41	17	8	32	1.79
82719585--82719711	27	4.6	28	74	14	84	44	18	6	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82719633--82719718	27	3.1	27	82	11	111	39	13	9	37	1.78
82719759--82719832	27	2.7	27	78	12	80	37	21	20	20	1.94
82720646--82720728	25	3.4	24	86	8	105	27	21	24	26	1.99
82720863--82720996	42	3.2	42	97	2	252	30	14	20	34	1.93
82721020--82721134	31	3.7	31	90	1	178	29	15	25	29	1.96
82724223--82724255	15	2.1	16	88	5	50	60	0	18	21	1.36
82726897--82726927	12	2.6	12	94	0	53	41	9	12	35	1.76
82730799--82730829	12	2.6	12	100	0	62	41	9	16	32	1.80
82732516--82732558	13	3.4	13	87	12	63	2	23	0	74	0.93
82735705--82736075	182	2.0	181	93	0	625	54	5	19	20	1.64
82736416--82736468	24	2.2	24	89	0	79	18	24	9	47	1.78
82743534--82743586	26	2.0	26	100	0	106	33	7	11	47	1.68
82743910--82743938	14	2.1	14	100	0	58	41	6	24	27	1.80
82752724--82752803	25	3.2	25	74	10	74	31	18	25	25	1.98
82752769--82752873	25	4.2	25	72	9	79	33	19	25	21	1.97
82752769--82752873	50	2.1	50	80	7	115	33	19	25	21	1.97
82782093--82782132	20	1.9	22	85	10	57	47	0	10	42	1.37
82783519--82783588	27	2.5	28	88	4	97	34	21	24	20	1.97
82783714--82783778	28	2.3	28	94	0	112	30	9	26	33	1.88
82791181--82791270	27	3.2	28	76	16	89	33	22	22	22	1.97
82791374--82791438	28	2.3	28	94	0	112	30	9	26	33	1.88
82796568--82796732	23	7.2	23	69	9	95	35	20	20	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82796567--82796732	46	3.6	46	82	1	199	35	19	20	24	1.96
82798457--82798499	21	2.0	21	86	0	59	32	0	34	32	1.58
82805741--82805819	31	2.5	31	89	0	131	26	25	17	30	1.97
82805843--82805934	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
82806079--82806228	26	5.8	26	87	3	214	27	22	22	28	1.99
82806079--82806228	52	2.9	52	92	3	250	27	22	22	28	1.99
82806084--82806228	78	1.9	77	91	1	236	26	22	22	28	1.99
82806835--82806918	27	3.1	27	87	3	116	20	26	21	32	1.98
82806980--82807236	27	9.4	27	79	5	158	33	9	19	37	1.84
82806957--82807209	81	3.1	79	74	11	224	32	9	20	38	1.84
82806957--82807209	54	4.6	54	76	5	222	32	9	20	38	1.84
82807188--82807422	27	8.7	27	88	0	310	41	8	23	26	1.83
82807422--82807520	27	3.7	27	85	5	121	31	10	18	40	1.83
82807430--82807535	27	3.9	27	79	9	92	34	9	16	38	1.82
82810015--82810107	41	2.2	43	80	3	109	31	26	18	23	1.97
82821065--82821236	46	3.8	45	80	11	215	21	21	27	29	1.99
82821062--82821231	92	1.8	92	96	0	313	21	21	28	28	1.99
82828587--82828760	46	3.8	46	74	15	180	22	20	28	29	1.98
82828584--82828752	91	1.8	93	91	2	279	22	20	28	28	1.99
82831554--82831718	44	3.7	45	84	3	201	33	26	16	23	1.96
82831583--82831718	45	3.0	45	86	2	184	35	25	16	23	1.95
82836344--82836446	37	2.8	37	92	2	163	24	31	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82836587--82836763	48	3.6	48	92	3	282	29	27	7	34	1.85
82836696--82836839	76	1.9	76	97	0	270	31	25	9	34	1.87
82836646--82836887	124	1.9	125	94	1	432	31	24	7	35	1.84
82836772--82837268	48	10.4	48	96	0	886	30	26	6	36	1.83
82845787--82846052	46	5.8	45	70	15	175	22	17	30	30	1.96
82845836--82845998	47	3.5	47	72	14	165	20	15	31	31	1.94
82845790--82846045	93	2.8	93	92	0	413	21	17	30	30	1.96
82857967--82858380	78	5.3	78	92	0	677	32	17	24	24	1.97
82858097--82859161	365	2.9	357	84	5	1241	32	17	24	25	1.97
82858019--82859199	443	2.7	442	90	0	1842	32	17	24	25	1.97
82858462--82858826	78	4.7	78	88	1	525	32	18	25	24	1.97
82858905--82859199	78	3.8	78	85	3	396	33	18	22	25	1.97
82858540--82859309	365	2.1	369	87	3	1097	32	17	24	25	1.97
82859213--82859412	45	4.5	45	85	1	267	31	14	29	25	1.94
82859215--82859412	89	2.2	90	85	1	272	31	14	28	25	1.94
82859755--82859829	19	4.2	19	88	10	95	38	12	13	36	1.82
82859763--82859835	19	3.9	19	91	7	123	38	9	15	36	1.80
82859763--82859858	19	4.8	22	84	10	79	37	8	15	38	1.78
82866294--82866351	22	2.7	21	76	10	53	43	17	3	36	1.66
82866330--82866439	19	5.9	19	91	6	181	36	15	10	37	1.83
82868157--82868214	30	2.0	29	93	3	98	10	13	15	60	1.59
82868161--82868215	15	3.8	14	79	9	65	9	12	16	61	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82870441--82870720	46	5.8	46	73	17	228	21	20	28	28	1.98
82870440--82870706	104	2.7	94	87	9	383	22	20	28	28	1.99
82880149--82880180	15	2.1	16	88	11	50	53	21	3	21	1.60
82890754--82890841	5	17.6	5	100	0	176	39	0	0	60	0.97
82891901--82892009	45	2.6	41	75	14	107	21	19	19	40	1.92
82891914--82892009	45	2.1	45	86	3	131	21	17	18	41	1.90
82898077--82898182	5	21.2	5	100	0	212	40	0	0	59	0.97
82898844--82898917	22	3.4	22	71	14	71	33	1	18	45	1.58
82898832--82898920	44	2.0	44	95	0	160	33	2	17	46	1.61
82899299--82899404	45	2.3	46	84	6	128	21	18	16	42	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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