genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83784435--83784600	40	4.2	40	93	0	280	28	26	22	22	1.99
83785902--83785935	13	2.5	13	90	9	50	47	14	2	35	1.60
83791498--83791653	40	3.9	40	88	0	233	30	24	21	24	1.99
83792956--83792989	13	2.5	13	90	9	50	47	14	2	35	1.60
83795638--83795807	46	3.7	47	78	13	190	31	31	18	18	1.96
83795646--83795832	46	4.0	45	71	14	123	30	30	19	19	1.96
83798165--83798234	15	4.8	14	74	19	54	11	11	15	61	1.57
83798576--83798603	14	2.0	14	100	0	56	35	0	14	50	1.43
83805476--83805522	18	2.7	17	83	3	58	48	8	6	36	1.59
83807217--83807276	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
83814615--83814674	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
83823960--83824038	25	3.3	25	69	16	85	35	3	29	31	1.75
83823935--83824088	47	3.3	47	93	0	272	33	7	29	29	1.84
83827932--83828122	38	4.9	38	90	2	265	30	26	21	20	1.98
83827932--83828122	78	2.5	76	87	3	265	30	26	21	20	1.98
83835622--83835741	38	3.1	38	85	4	159	33	25	19	22	1.97
83835621--83835741	40	3.1	39	86	4	163	33	24	19	23	1.97
83838119--83838316	43	4.6	43	95	0	342	30	33	24	11	1.91
83849219--83849258	18	2.2	18	86	8	55	42	10	10	37	1.72
83857938--83857973	14	2.6	14	95	4	65	13	22	11	52	1.72
83868906--83869061	79	2.0	79	100	0	312	23	26	12	37	1.91
83873568--83873881	45	7.0	43	80	13	337	29	19	30	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83902376--83902542	43	3.9	42	78	6	149	23	16	26	34	1.95
83925400--83925439	21	1.9	21	84	0	53	42	10	22	25	1.84
83927514--83927707	24	8.0	24	89	4	282	30	19	21	28	1.97
83930854--83930910	21	2.7	21	89	5	80	21	15	36	26	1.93
83931672--83931778	19	5.8	18	69	18	69	49	2	2	44	1.31
83949623--83950123	47	10.6	47	94	1	824	32	8	29	29	1.86
83949623--83950123	96	5.3	94	93	3	824	32	8	29	29	1.86
83949623--83950123	143	3.5	143	95	1	850	32	8	29	29	1.86
83952346--83952741	40	10.1	40	89	4	590	25	22	28	24	2.00
83952346--83952728	79	4.9	80	91	3	600	25	22	27	24	2.00
83952346--83952741	119	3.4	119	90	3	613	25	22	28	24	2.00
83956388--83956613	47	4.8	47	91	2	371	33	8	28	29	1.86
83956388--83956613	96	2.4	96	93	2	379	33	8	28	29	1.86
83961260--83961470	35	6.0	35	90	0	305	16	15	28	39	1.89
83961260--83961484	105	2.1	105	89	2	344	15	14	29	40	1.87
83961462--83961552	36	2.5	36	90	0	146	13	8	38	39	1.75
83965572--83965610	20	2.0	19	90	5	60	28	7	15	48	1.72
83965576--83965629	20	2.7	20	82	0	63	29	5	14	50	1.66
83967295--83967415	59	2.1	59	100	0	242	24	26	6	42	1.79
83968165--83968194	12	2.5	12	100	0	60	6	26	40	26	1.81
83969863--83969916	26	2.1	26	96	0	99	40	12	14	31	1.84
83971397--83971564	30	5.6	30	74	9	126	23	25	11	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83971394--83971650	91	2.8	91	82	2	275	22	26	12	39	1.89
83971548--83971633	30	2.8	30	83	1	100	18	26	12	41	1.87
83974069--83974114	24	1.9	24	86	8	67	41	4	0	54	1.20
83974570--83974622	22	2.3	22	90	6	79	50	22	0	26	1.49
83977088--83977173	40	2.2	39	82	2	100	26	17	26	29	1.98
83982148--83982223	22	3.3	22	65	28	59	30	13	31	25	1.93
83982126--83982505	47	8.1	47	87	5	525	33	11	28	26	1.91
83982182--83982659	47	10.0	48	80	13	290	33	10	27	28	1.90
83982337--83982459	22	5.3	22	64	27	67	31	13	30	25	1.93
83982126--83982553	236	1.8	236	95	0	784	33	10	28	27	1.91
83982239--83982659	47	8.8	48	82	11	338	33	9	27	28	1.89
83982475--83982656	98	1.9	98	89	4	278	34	7	26	31	1.84
83982806--83982914	37	2.9	37	93	0	182	22	18	31	27	1.97
83984182--83984653	40	11.8	40	94	0	782	23	20	29	26	1.99
83988537--83988612	22	3.3	22	65	28	59	30	13	31	25	1.93
83988512--83988894	47	8.1	47	85	5	486	33	10	27	27	1.90
83988535--83989096	47	11.8	48	81	12	436	34	9	27	28	1.89
83988726--83988801	22	3.3	22	67	22	66	32	13	28	25	1.93
83988512--83988942	236	1.8	236	94	1	774	33	10	27	27	1.90
83988535--83989080	189	2.9	186	79	11	538	34	10	27	28	1.89
83989246--83989387	37	3.8	37	95	0	248	24	18	31	25	1.97
83992375--83992448	29	2.6	28	75	12	69	60	1	0	37	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83993483--83993551	31	2.2	31	81	0	75	28	40	14	15	1.87
83995048--83995077	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
83997018--83997065	21	2.3	21	81	0	60	70	6	2	20	1.19
83997072--83997101	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
83999197--83999248	20	2.5	20	84	3	77	25	13	13	48	1.79
84008632--84008672	20	2.0	21	86	13	59	36	0	26	36	1.57
84010654--84010721	30	2.3	30	92	0	109	25	26	30	17	1.97
84017198--84017226	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
84017905--84018054	63	2.4	63	77	0	156	28	22	22	26	1.99
84022214--84022320	39	2.7	39	92	0	169	29	28	22	18	1.97
84022293--84022345	25	2.1	25	96	0	97	37	32	16	13	1.88
84022254--84022384	64	2.0	64	94	0	226	30	30	22	16	1.96
84022318--84022485	39	4.3	39	96	0	309	29	30	22	17	1.97
84022215--84022423	103	2.0	103	92	0	346	30	30	22	17	1.97
84028238--84028289	25	2.1	25	100	0	104	38	32	17	11	1.85
84028199--84028328	63	2.0	64	91	1	208	31	30	21	16	1.96
84028263--84028389	39	3.3	39	93	1	211	29	29	22	18	1.98
84030530--84030769	39	6.2	39	92	1	383	19	22	29	29	1.98
84035043--84035100	29	2.0	30	82	3	73	41	0	37	20	1.53
84035142--84035178	9	4.1	9	85	0	56	32	10	10	45	1.74
84045124--84045168	23	2.0	23	100	0	90	51	0	40	8	1.33
84049590--84049725	20	6.3	21	69	15	64	61	2	2	34	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84050871--84050958	21	4.0	22	75	8	90	42	25	17	15	1.88
84051245--84051323	39	2.0	39	95	0	140	34	24	10	31	1.88
84052403--84052465	27	2.3	27	88	0	90	55	9	1	33	1.42
84052403--84052473	27	2.7	26	84	6	81	56	8	1	33	1.38
84068898--84068925	13	2.2	13	100	0	56	17	35	32	14	1.90
84071374--84071505	43	3.1	43	86	2	169	31	32	23	12	1.92
84071482--84071678	38	5.1	38	87	2	286	29	24	22	22	1.99
84071482--84071678	78	2.6	76	85	3	286	29	24	22	22	1.99
84076034--84076105	25	2.9	25	89	0	117	25	20	26	27	1.99
84076150--84076188	10	3.8	10	86	6	60	30	15	17	35	1.91
84076150--84076189	21	1.9	21	94	0	71	30	15	17	37	1.90
84076229--84076278	24	2.0	25	92	3	84	24	20	24	32	1.98
84080338--84080380	16	2.7	15	89	7	59	53	18	18	9	1.70
84087002--84087110	27	4.0	26	82	8	119	38	22	22	17	1.93
84091489--84091577	44	2.0	44	95	0	160	35	19	7	37	1.81
84093310--84093335	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
84094339--84094504	40	4.2	40	95	2	282	22	22	28	25	1.99
84097963--84098009	21	2.2	21	92	7	78	19	23	6	51	1.70
84102330--84102645	48	6.6	48	84	3	406	25	17	28	28	1.97
84110055--84110119	25	2.6	25	75	4	69	33	18	23	24	1.96
84110829--84110881	25	2.3	22	79	17	63	32	7	20	39	1.81
84110838--84110888	25	2.0	25	100	0	102	39	7	19	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84112051--84112250	99	2.0	101	95	1	359	24	13	26	37	1.91
84112919--84112978	26	2.3	26	85	0	84	40	21	20	18	1.92
84113051--84113098	25	2.0	25	87	4	71	41	20	22	14	1.89
84113441--84113482	21	2.0	21	90	0	66	40	16	0	42	1.48
84113441--84113479	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
84117438--84117590	5	31.0	5	88	9	226	39	0	0	58	1.07
84118703--84118761	25	2.4	25	91	0	91	20	22	18	38	1.93
84124001--84124026	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
84124109--84124285	41	4.3	40	87	5	239	33	24	21	20	1.97
84124443--84124487	14	3.2	14	80	0	54	26	0	24	48	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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