genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59033751--59033879	29	4.5	28	78	8	118	21	17	30	31	1.96
59033719--59033907	57	3.3	57	86	2	247	22	17	30	29	1.97
59037411--59037748	48	7.0	48	94	0	568	33	6	28	31	1.83
59037889--59038026	37	3.7	37	96	0	240	25	19	30	24	1.98
59044176--59044310	55	2.5	55	86	0	180	26	29	20	23	1.99
59045061--59045279	49	4.6	45	77	12	201	22	29	20	27	1.98
59048971--59049006	18	1.9	19	88	5	56	72	0	8	19	1.10
59052663--59052691	14	2.1	14	100	0	58	24	0	20	55	1.44
59054876--59055011	39	3.5	39	81	0	155	28	4	22	44	1.72
59054959--59055019	22	3.0	21	67	30	51	34	3	19	42	1.68
59056606--59056665	25	2.4	25	77	0	66	30	28	16	25	1.97
59056624--59056791	50	3.4	50	78	8	175	34	26	13	25	1.93
59056700--59056779	25	3.2	25	70	7	72	41	30	8	20	1.82
59057375--59057429	4	13.8	4	100	0	110	50	25	0	23	1.49
59058873--59058940	19	3.4	19	90	10	100	35	27	14	22	1.93
59058880--59058948	23	3.2	23	92	8	110	37	26	13	23	1.91
59063064--59063100	14	2.6	14	91	0	56	37	0	0	62	0.96
59066670--59066700	13	2.4	13	100	0	62	32	38	16	12	1.86
59068250--59068561	47	6.7	46	71	15	187	28	20	27	23	1.99
59070312--59070345	16	2.1	17	94	5	61	17	11	5	64	1.45
59075402--59075550	58	2.6	57	77	4	149	29	20	17	32	1.96
59076590--59076625	15	2.3	16	90	4	56	33	11	0	55	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59089292--59089424	49	2.8	47	78	5	133	24	23	21	31	1.98
59090225--59090264	20	2.0	21	85	5	55	37	17	2	42	1.63
59092158--59092212	15	3.7	15	77	0	65	58	14	14	12	1.64
59092152--59092209	30	2.0	29	89	3	89	60	12	15	12	1.59
59101994--59102086	46	2.0	46	93	0	159	21	21	22	34	1.97
59102322--59102360	20	2.1	19	85	9	53	2	28	17	51	1.59
59107046--59107220	49	3.6	48	79	8	185	24	24	20	30	1.98
59107043--59107220	98	1.8	97	87	6	270	23	24	20	30	1.98
59110690--59110844	44	3.6	42	80	12	165	25	19	26	29	1.98
59116661--59116712	20	2.7	18	80	11	59	25	3	1	69	1.16
59116661--59116721	19	3.2	19	77	11	61	27	3	1	67	1.16
59118183--59118227	23	2.0	23	86	8	65	68	2	4	24	1.19
59124461--59124499	17	2.3	17	90	0	60	17	38	12	30	1.88
59133582--59133633	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
59135552--59135603	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
59136890--59136957	33	2.0	34	85	8	93	23	13	8	54	1.66
59138810--59138846	19	1.9	19	88	0	56	37	13	16	32	1.87
59138787--59138845	31	1.9	30	86	3	82	37	13	15	33	1.86
59146038--59146378	169	2.0	169	97	0	637	31	14	15	39	1.87
59147930--59148070	27	5.2	27	81	11	173	33	24	24	17	1.96
59147930--59148073	54	2.7	54	93	2	236	33	24	25	17	1.96
59149660--59149767	26	4.2	26	88	4	164	37	24	6	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59149660--59149767	52	2.1	52	94	3	191	37	24	6	31	1.81
59152207--59152317	43	2.6	43	79	1	134	27	23	21	27	1.99
59152246--59152448	85	2.4	85	83	1	255	29	26	18	26	1.98
59165789--59165822	17	1.9	18	94	5	61	11	14	20	52	1.73
59168170--59168194	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
59169198--59169289	46	2.0	45	97	2	175	40	8	22	28	1.84
59170545--59170613	32	2.2	32	83	0	84	26	2	15	55	1.55
59170578--59170643	25	3.0	21	75	16	78	30	1	13	54	1.48
59171905--59171974	28	2.5	29	86	6	108	60	2	4	32	1.31
59178443--59178485	7	6.3	7	91	5	70	86	0	13	0	0.58
59178579--59178629	26	2.0	26	85	11	70	41	39	3	15	1.66
59178688--59178719	12	2.6	13	90	9	50	0	53	0	46	1.00
59180980--59181030	26	2.0	26	84	7	68	25	0	9	64	1.24
59180975--59181038	26	2.4	26	79	10	67	23	0	9	67	1.20
59180988--59181046	26	2.2	27	81	6	66	20	0	15	64	1.29
59181677--59181753	24	3.2	24	69	20	61	45	0	2	51	1.14
59188083--59188228	37	4.0	37	91	1	233	24	22	15	36	1.93
59188192--59188407	46	4.6	46	85	7	272	30	21	13	34	1.92
59191526--59191717	49	3.9	49	95	1	323	30	30	15	23	1.95
59192972--59193117	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
59193081--59193297	46	4.6	46	85	6	281	29	22	13	34	1.92
59193170--59193283	52	2.2	52	85	4	149	29	22	11	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59216254--59216322	27	2.5	28	95	2	122	26	13	28	31	1.93
59216254--59216336	27	3.0	27	87	5	94	28	12	25	33	1.92
59223577--59223719	49	2.8	51	80	2	164	24	19	25	30	1.98
59227951--59228034	31	2.7	31	80	8	84	36	0	3	59	1.15
59230078--59230397	46	7.0	46	90	0	408	42	13	24	19	1.87
59234968--59235120	47	3.3	46	75	8	148	23	29	19	27	1.98
59242740--59242867	46	2.8	45	77	15	127	25	28	18	27	1.98
59247211--59247354	46	3.1	45	73	21	120	28	28	20	22	1.98
59263464--59263584	62	2.0	62	94	0	215	37	11	8	42	1.71
59267606--59267647	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
59267655--59267699	22	2.0	24	82	8	58	68	8	8	13	1.38
59267693--59267737	15	2.9	16	84	15	51	73	0	0	26	0.84
59267830--59267865	16	2.3	15	90	4	54	69	2	0	27	1.02
59274526--59274550	11	2.3	11	100	0	50	32	8	16	44	1.76
59275758--59275793	18	2.0	18	100	0	72	33	11	5	50	1.61
59287419--59287452	5	6.8	5	100	0	68	20	0	58	20	1.39
59287970--59288006	12	3.0	12	96	4	65	8	35	40	16	1.78
59290598--59290932	186	1.8	186	84	2	467	26	6	16	51	1.68
59301030--59301067	19	2.0	19	100	0	76	42	15	5	36	1.70
59312676--59312745	27	2.6	27	88	0	113	18	27	34	20	1.96
59314781--59314814	13	2.6	13	95	0	59	41	23	8	26	1.83
59315814--59315913	48	2.2	45	83	5	119	49	4	6	41	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59316311--59316360	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
59316604--59316695	36	2.6	36	89	0	139	23	14	15	46	1.82
59318078--59318107	15	1.9	15	93	6	51	20	0	0	80	0.72
59321248--59321459	43	5.0	43	84	4	250	33	23	14	29	1.94
59327182--59327232	16	3.2	16	81	10	68	25	25	3	45	1.71
59329176--59329222	24	1.9	25	83	12	62	65	6	4	23	1.33
59329243--59329396	3	52.3	3	73	11	70	62	1	9	25	1.37
59329295--59329325	16	1.9	16	93	0	53	58	3	16	22	1.52
59329243--59329343	28	3.2	30	72	21	89	64	1	9	23	1.34
59329331--59329408	15	5.4	14	71	9	50	60	1	6	32	1.30
59331076--59331561	143	3.4	143	82	1	564	28	18	20	32	1.96
59332829--59332890	31	2.0	31	93	0	106	37	17	20	24	1.94
59336663--59336983	47	6.8	47	72	9	188	29	20	28	21	1.98
59336668--59336883	94	2.3	91	82	6	238	29	20	28	22	1.98
59344131--59344307	94	1.9	93	84	6	241	29	19	28	21	1.98
59351055--59351276	67	3.4	64	76	7	214	32	15	28	23	1.95
59352944--59353001	29	2.0	29	100	0	116	20	27	17	34	1.95
59356904--59357069	3	56.3	3	71	10	67	60	2	9	27	1.41
59356960--59356990	16	1.9	16	93	0	53	58	3	16	22	1.52
59358941--59358978	18	2.1	18	85	9	51	44	26	0	28	1.54
59368600--59368636	13	2.9	13	88	11	51	5	16	0	78	0.93
59370813--59370845	15	2.2	15	94	0	57	33	15	0	51	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59375224--59375267	21	2.0	22	86	8	63	75	2	6	15	1.12
59377258--59377288	14	2.2	14	94	0	53	35	0	32	32	1.58
59384457--59384496	17	2.4	16	91	4	62	67	2	0	30	1.04
59384970--59385181	111	1.9	115	89	5	333	25	8	18	46	1.79
59385543--59385751	82	2.5	82	89	2	312	49	15	7	27	1.71
59385825--59386282	159	2.9	156	81	7	516	33	14	16	35	1.89
59387762--59388126	181	2.0	181	95	0	658	30	21	10	37	1.88
59391882--59391930	24	2.0	24	88	0	71	42	14	12	30	1.82
59415766--59415976	98	2.1	97	86	3	287	27	13	18	39	1.89
59417284--59417364	40	2.0	41	92	4	137	29	7	7	55	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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