genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85128788--85129072	143	2.0	143	89	4	441	31	9	30	28	1.89
85129193--85129271	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
85131014--85131105	47	2.0	47	82	4	114	23	28	15	32	1.95
85131114--85131231	46	2.5	47	82	8	134	23	30	16	29	1.96
85132935--85133032	42	2.3	42	94	0	169	22	41	19	16	1.90
85136475--85136757	101	3.0	95	78	8	326	31	26	15	26	1.96
85137268--85137326	30	2.0	29	83	9	75	28	27	6	37	1.82
85139369--85139407	15	2.5	15	91	4	60	56	15	12	15	1.68
85142139--85142432	50	5.9	50	81	4	335	30	26	17	25	1.97
85142950--85143010	30	2.0	30	84	12	81	31	26	6	36	1.82
85144963--85145122	46	3.5	46	89	0	221	25	28	8	37	1.86
85145106--85145225	47	2.6	47	94	1	206	25	31	11	30	1.91
85163418--85163705	143	2.0	143	99	0	567	22	9	19	47	1.78
85170879--85170968	43	2.1	43	86	10	123	25	18	25	30	1.98
85172898--85172952	27	2.0	27	100	0	110	27	7	32	32	1.84
85175957--85176046	46	2.0	46	95	0	162	33	24	24	17	1.96
85176255--85176307	27	2.0	27	84	0	70	28	15	20	35	1.93
85180706--85180814	42	2.6	42	82	1	128	27	17	22	33	1.96
85180667--85180823	43	3.7	43	76	10	160	26	17	24	31	1.97
85182959--85183019	31	2.0	31	93	0	104	16	31	19	32	1.94
85188812--85188849	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
85189079--85189249	93	1.8	93	92	0	288	30	29	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85189077--85189246	46	3.7	46	75	10	184	30	28	19	21	1.97
85189077--85189265	46	4.1	46	71	16	149	29	29	19	22	1.98
85189668--85189728	30	2.0	30	83	3	77	34	24	4	36	1.77
85191640--85191898	6	42.8	6	76	17	234	49	13	17	20	1.80
85191619--85191923	30	10.1	29	76	15	255	48	12	17	20	1.80
85191640--85191923	91	3.2	85	87	9	408	48	12	17	20	1.79
85191640--85191923	97	3.1	96	86	11	398	48	12	17	20	1.79
85192041--85192106	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
85192041--85192114	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
85192065--85192122	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
85192428--85192506	27	2.9	28	87	7	92	36	18	22	21	1.95
85192705--85192873	54	3.1	54	85	3	216	24	19	18	37	1.94
85192706--85192854	27	5.6	27	86	1	201	25	21	17	35	1.95
85192707--85192873	27	6.2	27	83	4	158	25	19	17	37	1.94
85192707--85192873	80	2.1	80	80	4	192	25	19	17	37	1.94
85192721--85192888	53	3.2	53	79	13	175	26	19	19	35	1.95
85192878--85193206	27	12.2	27	85	3	439	40	10	22	26	1.86
85194976--85195079	6	17.3	6	72	15	63	20	3	2	73	1.13
85194976--85195079	19	5.8	18	77	11	81	20	3	2	73	1.13
85195008--85195084	11	6.8	11	77	12	50	23	0	2	74	0.95
85198017--85198063	14	3.4	14	96	0	85	51	8	6	34	1.58
85201152--85201369	40	5.5	40	86	3	271	22	24	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85209409--85209626	40	5.5	40	86	2	244	23	23	27	26	2.00
85214636--85214682	17	2.6	18	80	13	51	68	6	19	6	1.34
85217273--85217384	43	2.6	43	81	2	127	26	17	25	29	1.98
85227503--85227558	29	1.9	29	85	0	76	35	30	1	32	1.68
85232811--85232846	18	1.9	18	88	5	54	47	5	25	22	1.73
85235642--85235673	14	2.1	16	88	11	50	31	0	3	65	1.08
85235612--85235678	26	2.6	26	73	4	64	35	5	1	56	1.33
85235750--85235841	46	2.0	46	91	0	148	32	11	9	45	1.74
85236383--85236468	22	4.0	22	69	17	56	63	0	2	33	1.07
85236434--85236473	19	2.1	19	86	9	55	65	2	0	32	1.06
85236857--85236929	33	2.3	29	75	22	76	28	5	12	53	1.60
85236867--85236928	33	1.9	32	87	9	90	30	4	12	51	1.61
85236937--85237011	9	7.9	9	72	20	55	53	1	4	41	1.28
85236937--85237004	28	2.3	29	83	14	79	52	1	4	41	1.30
85236937--85237063	10	13.3	10	67	19	58	54	1	3	40	1.28
85236950--85237060	47	2.3	47	81	4	125	55	0	4	38	1.26
85237093--85237194	10	10.8	9	69	17	55	63	1	4	29	1.26
85237107--85237175	30	2.3	30	85	7	86	65	1	5	27	1.24
85237477--85237527	20	2.6	20	79	14	54	54	0	5	39	1.24
85239791--85239820	14	2.1	14	93	0	51	63	0	0	36	0.95
85239795--85239842	20	2.2	22	85	10	64	54	4	0	41	1.20
85241827--85242000	46	3.7	46	74	15	169	21	18	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85247035--85247206	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	22	1.99
85247028--85247203	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
85247036--85247222	46	4.0	46	70	21	140	27	28	20	22	1.99
85252189--85252361	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
85252186--85252356	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
85259149--85259174	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
85259270--85259439	87	1.9	89	83	4	220	48	11	15	24	1.78
85262485--85262532	18	2.6	18	86	3	60	33	4	8	54	1.50
85262499--85262537	18	2.2	18	95	0	69	28	2	10	58	1.44
85264152--85264260	41	2.6	43	85	10	154	33	25	20	20	1.96
85264152--85264391	43	5.7	43	83	8	221	33	25	17	22	1.96
85264242--85264391	43	3.5	43	89	3	232	34	26	15	24	1.95
85264242--85264410	43	4.0	43	86	7	211	34	26	14	24	1.94
85264238--85264428	85	2.2	86	85	4	244	34	25	15	24	1.95
85270399--85270450	22	2.4	22	78	9	54	55	23	1	19	1.53
85270420--85270477	28	2.1	28	87	6	82	55	25	0	18	1.43
85271675--85271718	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
85273946--85274000	28	2.0	28	82	3	67	32	18	21	27	1.96
85277392--85277672	113	2.4	115	85	3	379	25	22	19	32	1.98
85277607--85277709	40	2.5	41	84	4	120	26	26	17	30	1.97
85277838--85277885	17	2.7	18	83	9	62	66	2	4	27	1.21
85278717--85278745	13	2.1	14	93	6	51	62	6	3	27	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85280239--85280281	19	2.3	18	76	11	50	53	0	18	27	1.45
85280589--85280613	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
85296408--85296448	18	2.2	19	83	12	50	26	9	4	58	1.50
85298602--85298643	18	2.2	20	87	8	61	64	0	16	19	1.30
85298852--85298913	3	20.7	3	83	6	81	27	1	0	70	0.96
85301751--85301782	16	2.0	16	93	0	55	15	25	18	40	1.90
85306565--85306678	15	7.5	15	82	4	86	42	3	0	54	1.17
85306602--85306672	5	14.0	5	98	1	133	39	1	0	59	1.06
85306674--85306720	25	1.9	24	83	12	60	74	2	10	12	1.16
85306752--85306787	17	2.0	17	89	10	54	72	0	27	0	0.85
85306706--85306785	25	3.2	24	77	8	72	66	5	26	2	1.25
85316396--85316519	61	2.0	61	92	0	203	26	15	20	37	1.92
85318067--85318118	19	2.6	20	76	14	54	67	1	0	30	1.02
85318090--85318126	12	3.4	11	89	10	58	64	2	0	32	1.07
85331411--85331478	31	2.1	31	83	8	82	13	32	29	25	1.93
85332162--85332307	74	2.0	74	98	0	283	36	23	10	29	1.88
85339083--85339138	29	1.9	29	100	0	112	42	0	0	57	0.99
85339285--85339319	16	2.1	16	89	10	52	77	0	0	22	0.78
85339372--85339427	26	2.3	24	80	14	62	57	0	5	37	1.22
85342927--85342971	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
85346758--85346803	17	2.7	17	79	0	56	65	0	8	26	1.21
85346759--85346802	20	2.2	20	83	0	52	65	0	6	27	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85346821--85346845	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
85349828--85349938	47	2.4	47	83	6	145	36	23	15	25	1.94
85357053--85357163	47	2.4	47	83	6	145	35	22	16	26	1.95
85359890--85360291	192	2.1	191	91	2	644	33	19	12	34	1.89
85373946--85373976	14	2.2	14	94	0	53	16	6	0	77	0.97
85374652--85374708	3	19.3	3	85	3	71	31	3	3	61	1.30
85382658--85382684	14	1.9	14	100	0	54	55	7	29	7	1.55
85387661--85387822	88	1.8	88	86	2	236	29	17	18	35	1.94
85387808--85388047	54	4.4	54	95	1	417	28	13	16	41	1.86
85389275--85389305	14	2.2	14	100	0	62	12	6	0	80	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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