genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   

This is table  42  of  352  ( 42160 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13491743--13491788	21	2.2	21	100	0	92	36	19	13	30	1.90
13492348--13492447	49	2.0	49	100	0	200	41	4	4	51	1.39
13516056--13516092	19	2.0	18	89	5	56	51	0	16	32	1.45
13516846--13516924	17	4.4	17	77	16	70	64	0	1	34	1.02
13516861--13516925	20	3.5	19	83	12	73	60	0	0	40	0.97
13516892--13517042	20	7.7	20	69	12	82	59	1	5	33	1.30
13516854--13517044	9	20.2	9	67	16	68	61	1	4	32	1.24
13516892--13517044	10	15.7	10	66	19	56	59	1	5	33	1.30
13517220--13517287	30	2.3	30	79	5	75	35	1	1	61	1.14
13517235--13517274	20	2.0	21	90	5	64	40	0	0	60	0.97
13517212--13517307	9	10.4	9	69	20	56	32	1	1	65	1.06
13526284--13526323	20	2.1	19	85	4	53	55	10	5	30	1.54
13530814--13531025	38	5.1	39	71	16	149	30	23	15	31	1.95
13530857--13530995	48	2.9	48	84	1	181	31	21	15	31	1.94
13545372--13545413	19	2.2	19	87	8	59	66	4	11	16	1.40
13547765--13547810	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
13547772--13547816	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
13555512--13555557	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
13555519--13555563	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
13558458--13558602	72	2.0	72	91	0	236	34	19	25	20	1.96
13560709--13561694	151	6.5	151	89	3	1466	27	6	8	56	1.55
13560710--13561694	304	3.3	302	89	3	1482	27	6	8	56	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13561522--13561557	12	2.8	13	83	8	56	22	0	0	77	0.76
13561506--13561558	17	3.4	17	70	20	51	28	0	0	71	0.86
13560709--13561694	451	2.2	453	89	3	1511	27	6	8	56	1.55
13562217--13562252	9	4.3	9	80	20	51	0	41	0	58	0.98
13562215--13562252	15	2.5	15	95	0	67	0	42	0	57	0.98
13562417--13562458	13	2.9	15	86	10	52	14	11	9	64	1.50
13564743--13564779	19	1.9	19	88	0	56	81	2	16	0	0.81
13567709--13567884	42	4.0	42	79	12	178	29	26	14	29	1.95
13567779--13567884	49	2.2	48	91	3	167	30	27	14	28	1.95
13570936--13571053	31	3.8	31	93	0	200	26	28	18	26	1.98
13575239--13575355	51	2.3	51	84	0	153	27	20	10	41	1.84
13579760--13579833	37	2.0	37	86	5	105	47	13	4	35	1.62
13580926--13580953	12	2.3	12	100	0	56	53	7	25	14	1.66
13587966--13587992	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
13601967--13602001	6	5.8	6	86	0	52	2	28	14	54	1.54
13604759--13604798	21	1.9	21	94	0	71	25	17	27	30	1.97
13605830--13605907	36	2.1	36	97	2	147	42	7	23	26	1.81
13606676--13606709	9	3.9	9	88	3	52	76	0	11	11	1.02
13606676--13606728	18	3.2	18	80	19	62	79	0	13	7	0.93
13607973--13608009	18	2.1	18	89	0	56	45	10	16	27	1.80
13607977--13608019	18	2.4	19	80	11	54	46	9	13	30	1.75
13609867--13610029	42	3.9	42	77	3	157	31	14	21	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13611678--13611760	43	1.9	43	83	9	107	18	26	34	20	1.95
13612389--13612428	21	1.9	21	89	0	62	35	27	12	25	1.92
13613742--13613883	43	3.3	43	86	3	171	30	14	22	32	1.94
13614185--13614320	68	2.0	68	100	0	272	26	17	14	41	1.88
13619538--13619562	7	3.6	7	100	0	50	32	0	28	40	1.57
13626454--13626699	123	2.0	123	95	1	440	26	13	18	41	1.87
13634948--13635227	148	1.9	143	90	3	443	29	18	11	40	1.86
13635217--13635348	65	2.0	65	100	0	264	27	18	10	43	1.83
13636040--13636106	30	2.2	30	86	0	89	23	32	23	19	1.97
13637160--13637444	139	2.1	139	95	1	511	22	11	11	54	1.69
13644677--13645606	46	18.8	48	67	21	262	23	28	19	27	1.99
13644426--13645574	305	3.8	305	94	0	1971	23	28	20	27	1.99
13645338--13645604	94	2.8	92	76	14	269	22	28	20	28	1.99
13647187--13647221	18	2.0	17	88	5	52	20	8	5	65	1.40
13647262--13647299	15	2.5	16	87	8	53	26	2	5	65	1.27
13648926--13649044	59	2.0	59	100	0	238	37	21	20	20	1.94
13650270--13650299	12	2.4	13	88	11	53	63	6	23	6	1.43
13654795--13654854	31	1.9	31	89	3	93	58	3	5	33	1.36
13654782--13654866	31	2.9	29	79	16	88	60	3	5	30	1.38
13656322--13656360	21	1.9	21	89	5	62	17	0	10	71	1.12
13657611--13657643	16	2.0	17	88	5	50	48	0	18	33	1.48
13657944--13658016	25	2.9	25	83	0	92	17	26	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13661998--13662272	48	5.7	48	76	9	254	30	18	25	25	1.98
13661992--13662272	96	2.9	96	87	2	393	30	18	25	25	1.98
13669326--13669367	9	4.8	9	85	5	59	61	0	9	28	1.27
13669335--13669371	17	2.2	17	100	0	74	64	0	5	29	1.15
13669325--13669387	26	2.5	26	84	7	76	61	0	9	28	1.27
13669420--13669448	9	3.0	10	90	10	51	0	10	58	31	1.31
13676202--13676287	42	2.0	42	97	0	163	39	10	12	37	1.78
13676202--13676267	20	3.2	20	67	23	55	39	10	12	37	1.77
13676212--13676278	22	3.1	22	68	23	70	38	11	11	37	1.79
13679915--13680083	40	4.2	41	76	8	107	35	20	22	21	1.96
13679939--13680098	40	4.0	40	76	11	130	35	21	21	20	1.96
13681094--13681127	18	1.9	17	88	5	50	47	0	2	50	1.16
13681319--13681706	82	4.8	82	77	8	336	35	13	23	27	1.92
13681319--13681665	165	2.1	165	85	3	457	35	12	23	28	1.92
13684505--13684727	46	4.8	46	74	10	179	29	28	19	22	1.98
13684512--13684727	93	2.3	93	91	0	360	29	28	19	22	1.98
13684559--13684731	47	3.7	46	76	7	188	29	27	19	23	1.98
13688326--13688813	99	4.7	99	79	14	547	37	6	3	53	1.42
13688416--13688459	19	2.4	19	92	3	72	31	2	0	65	1.05
13688330--13688555	118	1.9	115	87	6	330	37	5	2	53	1.39
13688330--13688514	62	3.1	60	73	15	177	36	5	2	55	1.37
13688440--13688806	104	3.7	97	92	6	603	38	6	3	51	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13688884--13688991	9	12.1	9	71	16	73	43	13	2	39	1.59
13688892--13688988	16	6.1	16	72	13	65	43	14	3	39	1.61
13688910--13689021	30	3.6	30	70	15	93	41	13	5	39	1.67
13688886--13689026	64	2.2	64	90	0	228	43	12	4	39	1.62
13689159--13689230	9	8.2	9	80	9	69	47	16	0	36	1.47
13689152--13689226	34	2.2	34	85	4	98	49	16	0	34	1.46
13695221--13695280	17	3.5	17	74	21	63	65	0	1	33	1.03
13695763--13695860	18	5.5	18	86	4	137	36	12	11	39	1.78
13695763--13695869	35	3.0	35	93	4	169	37	13	10	39	1.78
13696699--13696738	21	1.9	21	89	0	62	30	17	50	2	1.59
13696971--13697031	31	2.0	31	93	0	104	16	8	19	55	1.65
13703978--13704289	46	7.0	46	82	9	326	40	14	23	21	1.90
13704066--13704134	34	2.0	34	100	0	138	39	11	23	26	1.88
13704020--13704272	80	3.0	80	83	8	281	41	13	23	20	1.89
13703977--13704226	126	2.0	126	87	0	365	40	13	24	22	1.90
13704570--13704602	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
13722585--13722646	31	2.0	31	93	0	106	43	17	8	30	1.78
13723287--13723325	17	2.2	18	86	4	53	33	10	7	48	1.66
13723866--13723913	11	4.4	11	81	5	53	37	0	2	60	1.09
13726474--13726521	24	2.0	24	100	0	96	37	12	12	37	1.81
13728921--13728951	5	6.2	5	100	0	62	19	0	0	80	0.71
13729018--13729114	48	2.0	48	97	0	185	36	6	12	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13739961--13740227	132	2.0	132	85	1	356	35	16	18	28	1.93
13751482--13751771	148	2.0	148	89	0	445	41	12	15	30	1.84
13753081--13753146	6	10.7	6	79	12	53	75	7	3	13	1.13
13755186--13755224	17	2.2	17	90	4	60	51	10	7	30	1.64
13756664--13756703	2	20.0	2	100	0	80	50	50	0	0	1.00
13763377--13763424	4	12.5	4	89	8	73	18	0	2	79	0.84
13763377--13763424	11	4.2	11	91	2	69	18	0	2	79	0.84
13764151--13764252	19	5.3	19	70	21	86	38	23	28	9	1.87
13764121--13764259	39	3.6	39	96	0	244	38	23	26	11	1.89
13766619--13766681	3	21.0	3	100	0	126	33	33	0	33	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352