genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14361983--14362154	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
14361976--14362151	46	3.8	46	77	12	198	29	28	20	21	1.98
14370998--14371043	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
14371005--14371049	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
14382994--14383093	53	1.9	52	87	2	146	23	28	31	18	1.97
14383911--14384003	21	4.4	21	71	10	73	44	15	23	17	1.86
14383925--14384028	42	2.5	41	81	4	111	41	14	23	21	1.89
14385451--14385934	260	1.9	260	90	2	783	38	17	13	29	1.89
14386215--14386266	23	2.3	23	82	0	59	57	5	7	28	1.50
14386338--14386391	3	18.0	3	96	0	90	62	0	3	33	1.12
14386495--14386584	27	3.3	27	70	14	78	52	5	8	33	1.56
14386934--14386974	18	2.3	18	86	0	64	70	2	2	24	1.11
14388155--14388243	7	12.9	7	74	7	74	16	0	34	48	1.47
14388480--14388516	13	2.7	14	91	8	67	43	0	5	51	1.24
14390317--14390349	13	2.4	14	90	5	50	6	15	0	78	0.93
14390774--14390816	22	1.9	23	95	4	79	30	0	4	65	1.13
14392904--14393108	27	8.1	27	71	16	154	49	13	0	36	1.48
14392915--14392959	14	3.3	14	72	27	51	51	13	0	35	1.41
14392927--14393113	52	3.7	52	74	15	212	48	14	1	36	1.51
14392981--14393042	13	4.3	13	74	21	61	51	9	0	38	1.35
14392911--14393149	97	2.6	97	86	8	338	48	14	0	35	1.50
14393096--14393151	9	6.2	9	71	8	51	46	21	0	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14393076--14393151	36	2.1	36	95	0	134	47	18	0	34	1.49
14398575--14398671	21	4.6	21	76	10	92	35	19	44	1	1.58
14398903--14398985	31	2.6	31	82	3	94	15	4	19	60	1.53
14400026--14400077	23	2.3	23	100	0	104	28	13	23	34	1.92
14406623--14406656	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
14411262--14411295	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
14420880--14420917	17	2.2	17	86	9	51	36	0	15	47	1.46
14429703--14429775	29	2.5	29	80	6	85	53	4	0	42	1.20
14433423--14433449	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
14435537--14435714	28	6.3	28	79	3	169	56	6	14	23	1.60
14435539--14435747	56	3.7	55	79	6	188	55	6	15	22	1.63
14435567--14435723	84	1.9	84	81	5	192	56	7	15	21	1.63
14435533--14435739	112	1.8	113	83	5	276	55	6	14	23	1.62
14445534--14445649	27	4.3	27	87	0	151	35	17	20	26	1.95
14446035--14446099	33	2.0	34	84	6	89	26	23	24	26	2.00
14454272--14454296	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
14461703--14461788	39	2.2	38	83	8	102	46	1	1	51	1.16
14461700--14461788	7	13.3	7	72	17	55	47	1	1	50	1.15
14462941--14463008	22	3.0	22	82	6	84	16	20	19	44	1.87
14468583--14468770	50	3.9	48	72	16	158	30	18	23	27	1.98
14468582--14468889	94	3.3	94	87	1	377	31	18	21	28	1.97
14468632--14468958	94	3.5	94	87	2	399	31	18	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14468963--14469752	44	17.2	45	72	11	367	35	15	18	30	1.92
14468944--14469753	96	8.8	94	76	8	505	35	15	18	30	1.92
14469064--14469473	89	4.6	89	73	10	305	35	16	18	30	1.93
14469063--14469738	138	4.9	132	73	9	439	35	15	18	31	1.92
14469609--14469779	44	3.9	44	81	4	184	31	13	20	34	1.91
14471381--14471405	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
14475714--14475738	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
14476807--14476884	26	3.0	26	92	0	129	21	14	35	28	1.92
14481719--14481811	41	2.2	42	86	3	143	35	3	10	50	1.53
14486549--14486579	7	4.4	7	100	0	62	32	0	0	67	0.91
14489158--14489228	29	2.4	29	81	9	83	42	4	0	53	1.20
14489159--14489228	10	7.1	10	76	14	56	42	4	0	52	1.20
14489316--14489356	18	2.3	17	87	8	55	29	2	0	68	1.03
14490206--14490231	13	2.0	13	100	0	52	23	15	23	38	1.92
14490314--14490399	15	5.8	15	71	16	63	29	19	23	27	1.98
14490326--14490355	14	2.2	14	94	5	53	36	13	20	30	1.90
14496112--14496144	16	2.1	16	88	11	50	54	6	3	36	1.41
14496026--14496421	138	3.0	126	82	10	422	59	4	4	32	1.35
14496124--14496154	12	2.6	12	94	0	53	54	6	0	38	1.26
14496152--14496183	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
14496433--14496465	3	10.7	3	93	6	57	63	0	0	36	0.95
14496279--14496629	155	2.3	155	91	4	561	57	5	4	32	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14497287--14497329	22	1.9	23	95	4	79	74	0	9	16	1.06
14497941--14498062	16	7.8	16	73	9	90	27	11	27	33	1.91
14497877--14498007	45	2.9	45	81	2	145	24	9	29	35	1.88
14499648--14499775	38	3.4	38	86	4	186	36	10	14	38	1.80
14501171--14501265	28	3.4	27	78	8	84	64	1	5	29	1.22
14501162--14501432	9	29.1	9	67	18	76	60	2	3	33	1.26
14501253--14501326	29	2.6	29	77	12	80	63	6	0	29	1.20
14501279--14501330	19	2.9	18	83	13	63	65	3	0	30	1.10
14501279--14501343	8	7.5	8	73	20	51	64	4	0	30	1.14
14501279--14501345	15	3.9	16	74	20	55	64	4	0	31	1.14
14501233--14501390	20	7.8	20	67	21	71	59	3	1	35	1.24
14501851--14501913	30	2.1	30	93	0	108	55	12	3	28	1.52
14501890--14501922	17	1.9	17	88	11	50	69	3	0	27	1.03
14502431--14502497	22	3.1	22	76	4	66	28	2	0	68	1.04
14502407--14502631	9	24.1	9	68	20	81	32	4	2	61	1.28
14502457--14502530	29	2.6	28	77	10	73	35	5	0	59	1.20
14503133--14503169	17	2.2	18	80	14	51	64	0	0	35	0.94
14503232--14503279	21	2.3	22	85	7	64	62	2	0	35	1.07
14503216--14503307	9	9.5	10	70	21	63	67	2	1	29	1.09
14503254--14503307	28	1.9	28	88	7	83	70	3	0	25	1.04
14503141--14503307	19	8.9	18	72	12	88	65	2	1	29	1.18
14503615--14503680	8	7.8	8	77	16	62	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14503616--14503681	18	3.8	18	78	11	75	31	0	0	68	0.90
14503633--14503718	11	8.0	10	69	21	50	34	2	1	61	1.16
14503580--14503699	45	2.7	43	81	11	111	31	2	1	64	1.17
14503615--14503679	24	2.5	26	87	7	89	33	0	0	66	0.92
14503594--14503714	9	13.6	9	73	22	62	34	2	1	61	1.19
14503811--14503848	18	2.2	18	85	4	51	39	5	21	34	1.76
14506128--14506189	29	2.1	30	90	3	99	27	3	12	56	1.52
14506195--14506221	13	2.1	13	100	0	54	29	7	14	48	1.71
14512631--14512656	11	2.4	11	100	0	52	57	7	0	34	1.27
14512909--14512943	2	17.5	2	88	11	54	48	0	2	48	1.16
14513229--14513292	32	2.1	30	85	5	83	59	12	1	26	1.42
14514005--14514074	32	2.2	32	97	0	131	21	22	0	55	1.43
14515972--14516120	41	3.6	41	87	0	208	18	16	24	40	1.91
14518312--14518352	21	2.0	21	85	9	57	17	0	24	58	1.38
14519974--14520015	22	1.9	22	95	0	75	59	2	11	26	1.45
14527184--14527266	37	2.3	36	91	2	130	24	13	31	31	1.93
14527337--14527444	35	3.1	35	81	5	137	24	18	23	34	1.96
14531236--14531293	29	2.0	29	86	6	82	41	1	5	51	1.34
14531822--14532119	150	2.0	148	89	5	460	39	7	7	45	1.62
14535564--14535610	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
14540281--14540353	32	2.3	32	83	9	87	39	6	10	42	1.67
14543082--14543128	11	4.4	11	78	10	53	44	2	2	51	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14543144--14543207	32	2.0	32	81	0	74	34	25	12	28	1.92
14545423--14545468	22	2.0	24	87	12	69	67	0	0	32	0.91
14561350--14561496	53	2.8	52	80	3	161	27	17	25	30	1.97
14562032--14562074	21	2.2	21	84	15	58	30	4	20	44	1.72
14562032--14562076	18	2.3	20	78	17	51	31	4	20	44	1.71
14562307--14562360	20	2.7	20	88	0	72	18	35	31	14	1.91
14564445--14564506	30	2.0	33	81	9	76	32	9	12	45	1.75
14565278--14565320	13	3.5	13	81	18	65	60	0	11	27	1.31
14565290--14565330	10	3.8	10	82	17	55	65	0	9	24	1.22
14565278--14565330	23	2.3	23	100	0	106	62	0	11	26	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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