genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93112503--93112746	81	3.0	81	90	1	364	24	22	19	34	1.97
93112625--93112942	27	11.9	26	78	6	174	27	13	20	38	1.89
93112765--93112886	53	2.3	54	85	4	158	28	9	21	40	1.83
93112707--93112953	80	3.1	80	78	4	221	29	10	21	39	1.86
93112934--93113197	27	9.8	27	87	3	336	39	7	22	31	1.81
93112871--93112973	54	1.9	54	82	4	127	32	5	19	42	1.75
93112934--93113197	107	2.5	108	85	6	356	39	7	22	31	1.81
93112935--93113194	134	1.9	135	88	2	389	39	7	21	31	1.81
93128202--93128341	46	3.0	46	69	17	135	22	20	27	29	1.98
93128191--93128363	93	1.9	93	88	0	265	23	19	28	28	1.98
93129679--93129770	27	3.4	27	89	0	130	29	22	6	41	1.79
93129762--93129905	27	5.3	26	70	15	80	38	21	10	29	1.87
93129774--93129903	54	2.4	54	79	7	140	40	20	10	28	1.85
93129822--93129982	54	2.9	54	80	4	180	41	18	8	31	1.81
93129855--93129988	27	4.9	27	74	10	101	41	18	8	31	1.80
93133577--93133619	19	2.2	19	83	4	50	25	11	2	60	1.43
93140840--93140915	40	1.9	40	94	0	134	26	15	30	27	1.96
93149701--93149797	40	2.4	41	93	3	162	27	16	29	25	1.97
93155763--93155821	31	1.9	31	96	0	109	33	25	11	28	1.91
93155861--93155952	42	2.2	42	86	0	121	36	19	14	29	1.91
93156103--93156241	26	5.4	26	91	0	210	28	25	22	24	2.00
93156990--93157054	27	2.4	27	85	10	80	23	27	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93157012--93157073	27	2.3	27	94	0	106	19	25	22	32	1.97
93158568--93158790	119	1.9	120	84	8	303	25	27	21	24	1.99
93158548--93158790	40	6.1	40	84	6	289	25	27	21	25	2.00
93160532--93160794	81	3.3	81	85	5	338	30	8	20	41	1.82
93160521--93160808	27	10.7	27	77	4	251	30	8	20	40	1.82
93160787--93160938	27	5.6	27	92	0	214	41	8	19	30	1.81
93162378--93162607	118	2.0	117	88	0	343	25	13	16	45	1.83
93165523--93165560	18	2.1	18	100	0	76	26	0	31	42	1.56
93175520--93175695	46	3.8	46	76	12	162	21	18	28	31	1.97
93175516--93175686	93	1.8	93	88	0	261	21	18	29	30	1.97
93180835--93180867	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
93180835--93180868	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
93181124--93181218	18	4.7	21	79	12	74	40	16	7	35	1.77
93181124--93181181	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
93181160--93181233	19	3.9	19	96	3	141	36	16	10	36	1.83
93181153--93181233	37	2.2	38	91	8	141	35	17	9	37	1.83
93181163--93181242	37	2.2	37	88	6	110	38	13	12	35	1.83
93181589--93181993	45	8.9	45	73	9	322	25	25	16	32	1.96
93181597--93181766	89	1.9	89	90	0	268	26	26	14	32	1.94
93181686--93181993	137	2.2	137	95	0	544	25	25	17	31	1.97
93195158--93195545	49	8.1	49	93	2	639	29	30	8	31	1.87
93195158--93195545	96	4.0	96	94	2	654	29	30	8	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93199062--93199318	40	6.5	40	80	7	269	24	27	22	24	2.00
93199624--93199702	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
93199684--93199825	43	3.4	43	95	4	256	27	34	15	22	1.94
93201846--93202322	47	10.1	47	91	4	762	28	31	8	31	1.87
93201846--93202322	96	5.0	96	94	3	788	28	31	8	31	1.87
93204879--93204911	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
93204879--93204912	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
93205167--93205242	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
93205196--93205293	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
93205203--93205293	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
93209430--93209654	62	3.6	62	79	0	252	25	23	27	23	2.00
93217601--93217782	78	2.3	81	83	6	239	25	28	21	24	1.99
93217582--93217784	40	5.1	40	84	7	236	25	27	21	25	1.99
93225430--93225575	40	3.7	40	84	7	181	26	27	22	23	2.00
93227863--93227925	22	2.9	22	92	2	101	23	28	38	9	1.86
93229045--93229215	46	3.7	46	76	8	150	23	28	18	29	1.98
93236656--93236773	46	2.5	47	86	9	154	25	29	17	27	1.98
93236699--93236792	46	2.0	46	85	0	125	27	29	18	24	1.98
93240031--93240244	62	3.5	62	82	3	261	26	25	26	21	2.00
93243338--93243384	20	2.4	19	82	10	58	63	0	0	36	0.94
93257689--93257713	11	2.3	11	100	0	50	36	24	28	12	1.91
93268734--93268792	30	1.9	31	89	3	93	22	20	32	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93275002--93275035	16	2.1	17	88	5	52	70	2	0	26	1.01
93275606--93275659	23	2.5	22	87	6	74	59	7	1	31	1.36
93275609--93275678	3	23.3	3	74	11	63	61	5	1	31	1.28
93276662--93276686	8	3.1	8	100	0	50	24	12	52	12	1.72
93277015--93277907	44	19.8	45	71	15	127	27	22	18	30	1.97
93277070--93277186	46	2.5	46	98	0	225	28	17	21	33	1.95
93277206--93278037	88	9.4	88	73	10	359	27	23	18	30	1.98
93277158--93277832	316	2.1	317	97	1	1275	27	23	18	30	1.97
93277416--93277613	98	2.0	98	92	3	328	27	21	17	33	1.96
93277522--93278081	44	12.7	45	74	8	273	27	23	18	30	1.98
93277514--93278036	219	2.4	219	98	0	1003	27	23	18	30	1.98
93277294--93278085	131	6.0	130	73	11	566	27	23	19	30	1.98
93290726--93290779	23	2.5	22	87	6	74	59	7	1	31	1.36
93290729--93290798	3	23.3	3	74	11	63	61	5	1	31	1.28
93291786--93291810	8	3.1	8	100	0	50	24	12	52	12	1.72
93292518--93292618	53	1.9	53	83	4	132	25	14	26	32	1.95
93292519--93292726	47	4.3	47	78	6	157	25	13	27	32	1.94
93300257--93300367	58	1.9	57	81	5	134	24	31	14	29	1.94
93300582--93300648	24	2.8	25	82	13	79	11	22	14	50	1.76
93300588--93300648	8	7.6	8	80	7	61	11	22	14	50	1.75
93300582--93300648	16	4.2	16	80	5	73	11	22	14	50	1.76
93305840--93305896	11	5.5	11	70	16	50	33	12	19	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93305830--93305896	20	3.3	20	85	0	98	32	11	20	34	1.90
93305946--93306086	47	3.0	46	86	9	178	28	19	21	30	1.98
93305947--93306086	24	6.0	23	89	3	183	27	19	22	30	1.98
93311135--93311406	40	6.8	40	85	2	262	27	27	20	24	1.99
93311135--93311405	80	3.4	80	84	2	339	27	27	21	24	1.99
93311106--93311402	120	2.5	120	88	1	427	27	27	20	24	1.99
93311648--93311817	84	2.0	84	96	0	313	16	24	16	42	1.88
93318472--93318713	40	6.4	39	84	12	269	26	28	20	23	1.99
93322027--93322208	40	4.7	40	85	7	223	25	28	21	24	1.99
93322029--93322208	77	2.3	80	82	7	226	25	27	22	25	2.00
93323335--93323507	55	3.1	55	98	1	330	23	23	9	44	1.81
93326934--93327003	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
93334831--93334900	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
93339794--93339860	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
93339910--93340050	47	3.0	47	88	6	205	26	21	22	28	1.99
93339911--93340050	24	6.0	23	89	5	201	26	22	22	28	1.99
93340242--93340305	31	2.1	31	87	0	92	39	14	21	25	1.91
93342373--93342449	39	2.0	39	92	0	127	22	22	31	24	1.98
93344708--93344866	29	5.5	29	71	4	124	17	15	37	28	1.91
93344743--93344836	28	3.3	28	73	2	107	17	18	35	29	1.93
93344710--93344866	57	2.7	57	91	2	251	17	15	37	29	1.91
93347508--93347536	13	2.1	14	93	6	51	48	17	0	34	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93351493--93351656	43	3.8	43	76	10	165	31	24	18	25	1.97
93351493--93351654	86	1.9	85	82	6	202	32	24	17	25	1.97
93356898--93357005	43	2.5	43	86	3	146	37	21	13	26	1.91
93377520--93377546	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
93386115--93386299	40	4.6	39	75	9	142	27	21	25	25	2.00
93391183--93391368	40	4.7	40	84	5	218	25	22	26	25	2.00
93391236--93391401	80	2.1	79	82	7	194	27	20	26	25	1.99
93394697--93394812	57	2.0	57	90	9	184	47	8	22	21	1.78
93395483--93395614	40	3.3	41	82	9	150	27	21	26	25	1.99
93398916--93399086	53	3.1	55	91	6	287	46	9	22	22	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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