genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18126460--18126634	46	3.8	45	76	13	176	21	21	28	29	1.99
18126456--18126584	47	2.8	43	80	14	152	22	20	27	28	1.99
18126456--18126628	93	1.9	93	91	0	283	21	21	28	27	1.99
18128850--18128910	15	4.0	15	78	2	68	26	11	4	57	1.54
18128848--18128909	30	2.0	31	84	3	81	29	11	3	56	1.50
18129055--18129144	30	2.9	31	74	9	94	45	0	16	37	1.48
18136880--18136927	24	2.0	24	100	0	96	25	8	12	54	1.65
18147551--18147687	67	2.0	68	97	1	258	32	26	10	31	1.89
18147809--18147856	9	5.3	9	82	0	60	45	18	8	27	1.78
18148166--18148201	18	2.0	18	94	0	63	36	22	13	27	1.92
18150389--18150426	19	2.0	20	84	5	51	50	0	5	44	1.24
18151117--18151182	34	2.0	32	82	8	80	36	0	4	59	1.18
18153320--18153547	46	5.0	46	92	1	341	40	15	24	20	1.90
18153652--18153726	26	2.9	24	74	14	69	42	5	18	33	1.73
18155086--18155120	18	1.9	18	88	0	52	17	0	2	80	0.84
18160455--18160506	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
18160472--18160517	24	1.9	24	86	8	67	39	6	8	45	1.61
18168719--18169418	156	4.5	155	89	5	954	22	20	22	34	1.97
18169618--18169653	18	2.0	18	88	0	54	69	2	0	27	1.02
18171624--18171666	16	2.7	15	76	16	50	55	23	6	13	1.62
18180299--18180572	46	6.0	46	91	0	406	38	14	23	22	1.92
18180960--18181017	26	2.2	26	96	0	107	41	3	13	41	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18185481--18185582	14	7.4	14	72	9	57	15	0	28	54	1.48
18185481--18185619	29	4.9	28	73	5	100	16	0	28	53	1.48
18185629--18185743	61	1.9	61	81	0	140	18	4	25	52	1.64
18186531--18186581	22	2.3	22	93	0	84	21	1	31	45	1.63
18187606--18187630	13	1.9	13	100	0	50	24	12	0	64	1.27
18187725--18187764	20	2.0	21	90	5	64	65	0	0	35	0.93
18187914--18188018	50	2.1	50	94	0	183	30	18	8	42	1.80
18188624--18188666	21	2.0	21	95	0	77	41	4	13	39	1.66
18192607--18192659	28	2.0	27	89	10	83	58	0	5	35	1.22
18196554--18196823	132	2.0	132	94	0	468	31	12	17	38	1.87
18198141--18198474	126	2.7	126	88	0	515	32	19	21	27	1.97
18201966--18202008	18	2.4	18	84	0	59	46	9	23	20	1.79
18203565--18203608	23	1.9	23	81	9	54	54	6	4	34	1.47
18203603--18203736	48	2.8	47	85	5	164	52	6	9	31	1.60
18210058--18210107	23	2.2	24	85	10	77	36	0	12	52	1.39
18210067--18210109	13	3.5	13	81	18	65	34	0	16	48	1.46
18210065--18210111	23	2.0	23	100	0	94	36	0	17	46	1.48
18214908--18214937	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
18219993--18220116	6	20.7	6	73	12	94	60	3	5	30	1.36
18219993--18220116	9	13.8	9	74	13	94	60	3	5	30	1.36
18220000--18220101	15	6.8	15	79	4	89	59	2	4	32	1.33
18221631--18221881	44	5.7	44	69	10	134	27	27	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18234097--18234121	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
18234200--18234323	6	20.7	6	69	12	58	57	5	6	30	1.47
18234216--18234292	21	3.7	21	72	16	61	58	7	3	29	1.44
18234259--18234308	15	3.3	15	85	0	64	60	0	8	32	1.26
18236024--18236115	43	2.1	43	93	2	157	30	21	16	31	1.95
18237014--18237093	23	3.4	22	78	16	72	60	0	1	38	1.05
18237046--18237095	14	3.9	13	73	21	52	62	0	0	38	0.96
18238037--18238068	14	2.3	15	89	10	50	71	3	0	25	1.00
18243041--18243521	240	2.0	240	100	0	962	30	14	21	33	1.93
18245798--18245845	17	2.8	17	84	12	62	12	2	8	77	1.08
18253437--18253503	20	3.3	20	85	0	98	38	13	14	32	1.86
18256970--18257046	38	2.0	39	92	2	129	41	15	24	18	1.89
18260348--18260491	23	6.0	24	90	7	213	29	20	22	27	1.99
18260348--18260472	47	2.6	47	92	3	207	30	20	21	28	1.98
18268281--18268347	20	3.3	20	91	0	107	34	10	20	34	1.87
18268395--18268567	24	7.2	25	88	10	204	30	18	22	28	1.97
18268393--18268560	23	7.0	25	89	9	207	29	19	22	29	1.98
18268393--18268560	47	3.5	48	85	11	224	29	19	22	29	1.98
18268748--18268811	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
18269483--18269510	14	2.0	14	100	0	56	28	28	21	21	1.99
18272579--18272646	6	11.5	6	73	7	59	16	2	5	75	1.13
18272663--18272688	12	2.2	12	100	0	52	30	0	7	61	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18274626--18274665	20	2.0	20	90	9	64	50	17	17	15	1.79
18280242--18280413	43	4.0	44	79	10	167	24	16	25	33	1.96
18285339--18285399	18	3.4	19	68	23	51	44	14	8	32	1.75
18297403--18297428	13	2.0	13	100	0	52	46	0	15	38	1.46
18297735--18297775	21	2.0	21	85	9	57	43	4	19	31	1.72
18302159--18302226	30	2.3	30	79	5	75	42	5	36	14	1.70
18304807--18304860	27	2.0	27	92	0	90	12	40	5	40	1.67
18304808--18304869	27	2.3	27	88	0	88	14	35	6	43	1.71
18309693--18309730	15	2.5	15	100	0	76	34	10	13	42	1.78
18313906--18314087	46	4.0	46	90	1	258	21	23	14	40	1.91
18317974--18318017	22	2.0	22	86	8	63	22	27	6	43	1.78
18319108--18319335	46	5.0	46	91	1	332	22	24	14	38	1.92
18322223--18322270	25	2.0	25	87	4	71	14	27	20	37	1.92
18324235--18324306	37	1.9	37	81	15	87	38	1	19	40	1.60
18324787--18324846	18	3.3	18	72	9	50	43	10	15	31	1.79
18332185--18332258	35	2.1	34	87	7	105	36	0	13	50	1.42
18338156--18338196	13	2.8	16	82	17	54	43	2	0	53	1.13
18338204--18338259	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
18339567--18339659	46	2.0	46	93	0	159	31	13	20	34	1.92
18343326--18343361	8	4.2	8	86	13	54	86	0	0	13	0.58
18343326--18343361	18	2.1	18	90	10	58	86	0	0	13	0.58
18343899--18343938	19	2.0	20	85	4	55	45	0	2	52	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18345596--18345643	10	4.9	10	76	2	53	25	6	2	66	1.26
18345596--18345643	20	2.5	20	89	3	71	25	6	2	66	1.26
18348045--18348075	5	6.0	5	96	3	53	77	0	3	19	0.90
18349421--18349492	29	2.4	30	81	4	83	51	8	4	36	1.51
18353990--18354028	12	3.3	11	86	13	51	12	2	2	82	0.89
18353990--18354028	18	2.2	18	85	0	51	12	2	2	82	0.89
18355682--18355754	30	2.4	30	74	0	83	64	1	4	30	1.20
18355751--18355790	16	2.5	15	88	12	53	55	5	5	35	1.44
18355874--18355946	32	2.2	32	79	13	78	52	1	10	35	1.46
18358045--18358129	23	3.6	23	70	17	66	49	3	2	44	1.32
18358058--18358107	17	2.9	17	82	11	57	52	2	2	44	1.24
18358226--18358277	24	2.2	24	82	6	61	61	3	0	34	1.14
18358818--18358851	13	2.6	13	90	0	50	73	0	20	5	1.04
18360139--18360317	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
18362510--18362919	47	8.6	47	92	2	667	32	8	30	28	1.87
18362510--18362919	96	4.3	94	92	2	667	32	8	30	28	1.87
18362510--18362919	143	2.9	143	97	0	752	32	8	30	28	1.87
18363038--18363182	37	3.9	37	93	0	236	22	20	31	24	1.98
18363999--18364139	70	2.0	70	98	0	273	31	7	36	25	1.83
18366113--18366168	26	2.2	26	96	0	103	35	25	7	32	1.83
18367465--18367562	24	4.0	24	75	11	83	22	23	19	34	1.96
18367465--18367562	23	4.0	23	76	11	81	22	23	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18367468--18367562	47	1.9	51	87	8	144	22	24	20	33	1.97
18370008--18370145	69	2.0	70	92	1	233	28	10	2	58	1.45
18370970--18371025	21	2.7	21	88	0	85	25	7	37	30	1.82
18374404--18374429	13	2.0	13	100	0	52	69	7	7	15	1.35
18374752--18374783	12	2.7	12	95	0	55	18	18	6	56	1.62
18374922--18374981	25	2.5	26	75	22	67	56	3	35	5	1.37
18375044--18375070	12	2.2	12	100	0	54	37	0	62	0	0.95
18381292--18381337	3	15.7	3	86	4	67	26	0	0	73	0.83
18386054--18386444	75	5.3	73	83	5	428	24	19	21	33	1.97
18386054--18386444	150	2.6	148	83	4	484	24	19	21	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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